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我国检察机关内部机构是以《人民检察院组织法》为原则设立的。该法第十八条规定：“人民检察院根据检察工作需要，设必要的业务机构。”第十九条规定：“人民检察院根据工作需要，可以设必要的检察辅助机构和行政管理机构。”这两条法律条文都原则性地规定了我国检察机关在立法的授权下，可根据人民检察院工作需要，对于其内设机构进行调整。但在内部机构设置和调整过程中缺乏必要立法指导，易出现一系列的内部机构设置问题。
1.机构设置不规范
在检视我国检察机关内部机构设置过程中，可以发现我国检察机关在不同级别以及不同地区的内部机构设置都有所差别。内部机构设置的不一致会导致上下级检察机关的业务对接、办案组织与部门对接产生矛盾。我国检察机关内部机构设置不一致主要体现在两大方面。
（1）机构设置标准不统一。检察机关系统机构设置的科学性会为检察职能的实现奠定基础，但我国检察机关内部机构设置的标准并不统一。我国检察机关作为法律监督机关，按照法律监督职能进行划分，可划分为侦查监督部门、监所检察部门、铁路运输检察部门；检察机关也是刑事诉讼追诉权的行使者，所以按照刑事诉讼程序进行划分，可划分为审查批准逮捕部门、公诉部门、控告申诉检察部门；人民检察院作为职务犯罪的侦查机关，按照其管辖范围的性质来划分，可划分为司法工作人员犯罪检察部门、民事行政检察部门。检察机关内部设置标准不统一会导致其划分出的职能部门之间出现职能重叠、责任追究不到位等问题。
（2）机构设置名称不统一。《人民检察院组织法》中只规定了检察机关可根据其工作需要，设置必要的业务机关和综合部门，但立法只是从宏观角度进行了原则性的规定，并未对其内部机构的名称等进行统一。在我国，检察机关内部对于某一职能部门的名称会因为检察机关级别或者地域不同而产生差别。例如在我国最高人民检察院，有的职能部门名称是“厅”，有的则是“总局”，还有的是“办公室”，例如“公诉厅”“法律研究办公室”。而在地方检察机关，对于公诉部门，有的检察院称“公诉一处”“公诉二处”和“公诉三处”，有的检察院则称“公诉处”“刑事审判监督处”和“二审监督处”，还有的检察院称“公诉办公室”（下设三个公诉处）；对于检察教育宣传部门，有的检察院称“宣传处”，有的检察院称“宣教处”，有的检察院则称为“组宣处”，还有的检察院称“新闻处”等。名称设置的不一致，对于上下级人民检察院之间的工作业务对接产生很大影响，例如下级人民检察院与上级人民检察院进行业务对接，但是上级人民检察院却可能没有相应的职能部门，这对于检察职能的发挥会有一定程度的限制，检察机关的高效原则也会受到影响。
2.检察职能重叠
我国检察机关在设立内部机构过程中，根据不同的设立标准设立的内部机构可能会产生职能重叠。例如行使审判监督权的部门，是设在公诉部门还是专门设立一个审判监督部门，就直接反映监督职能在各个机构之间是否会出现重叠。此种重叠出现的原因主要是检察机关对于检察权的认识不够深刻，对于检察权的划分并不到位。检察机关内部机构职能重叠还会导致在司法责任的承担上出现相互推诿的现象，导致责任追究不到位。造成此现象的根本原因是检察机关在内部机构设置过程中没有用系统和发展的眼光看待问题，在各机构设置中并未考虑机构之间的协调问题。检察机构的科学分配不仅有利于检察职能的发挥，而且能为检察机关高效运作提供保障。
3.内部设置机构独立性不够
检察机关在我国宪法中的定位是国家法律监督机关，行使法律监督职能。检察机关作为独立的司法机关，由人民代表大会产生，并对人民代表大会负责，与行政机关应当具有平等地位。但在我国的司法实践中，检察机关的地位通常远低于行政机关，甚至是与行政机关的下属部门具有同等地位，这就使检察机关内部机构设置的独立性受到了限制。《人民检察院组织法》中规定检察机关可根据必要工作需要，设立业务机构和综合机构等，但是在实践中，检察机关能否设立新的机构部门不仅自身决定不了，甚至上级检察机关也难以决定。检察机关设立新的机构部门必须要报本级地方编制部门审查批准，而地方编制部门在审查过程中会以地方政府各级部门之间是否平衡为是否批准的出发点，致使有些业务机构，尽管从检察机关来看确属工作需要，但地方编制部门却很难予以批准。当检察机关确实需要相应的职能部门进行工作却无法得到满足时，其检察职能就不能完全得到发挥，检察权就做不到完全独立。
1.立法不完善
关于检察机关内部机构设置问题，我国只有《人民检察院组织法》有所涉及，且该法对检察机关内部机构设置只做了原则性规定，并未对于其设立标准、设立程序、设立条件进行细致规定。立法对于此规定较为模糊的原因有以下两点：（1）检察制度改革在不断推进，检察职能的分配与检察权的大小息息相关，如若将检察机关内部机构设置规定太具体，那么检察权本身出现变动就会出现立法上的矛盾。例如，自监察委成立以来，检察机关对于国家工作人员贪污贿赂犯罪的监督权力就交由监察委来行使，那检察机关内部关于此部分职能的机构就会因检察权的变动而不得不重组或者解散。立法的原则性规定给检察制度的改革留下了发展空间。（2）检察机关内部具有公诉职能、法律监督职能、职务犯罪调查职能、公益诉讼等职能。检察机关内部职能具有复杂性，如果将内部机构设置标准固定，则会导致检察职能必须从一而终，而在司法实践中，就存在一定的落差。近年来，我国检察部门提出要捕诉合一，打破传统的审查逮捕和提起公诉两部门阅卷工作的格局，认为两部门重复阅卷不仅会导致公诉效率的下降，而且会造成司法责任的难追究。因此，有人提出“捕诉合一”的改革构想，并在最高人民检察院的部署下在各级检察机关展开实施。检察机构职能的复杂性也就让立法难以将划分标准具体化，只能做出原则性规定。
2.检察权分类不科学
检察机关内部机构职能机构的设置是对检察权的合理分配，而作为检察机关独立于其他机关的基本权力——检察权，在检察机关内部分配职能上起到重要作用。检察机关内部机构设置不科学就是检察机关对于自身检察权认识不到位或者不全面所造成。检察机关内部一直将自身定位为法律监督机关，因此其在内部职能机构划分时会按照法律监督标准进行划分，形成各个阶段的法律监督。我国现阶段会考虑将检察权向外延伸，不断扩大检察权的外延，例如“侦捕诉一体化”司法改革的试点。该试点就是将检察机关的检察权向侦查阶段渗入，检察机关派驻检察官到公安机关，对于案件调查进行引导和介入，公安机关必须要接受检察机关在侦查阶段的引导，并听取检察机关提出的建议，为后面的审查起诉提供便利。这是检察机关检察权拓展的典型，而检察机关检察权的拓展必定会影响到检察机关内部职能机构的设置，例如会增设相应的职能部门，专门负责对公安机关的侦查进行引导。
3.行政化管理模式根深蒂固
检察机关作为典型的司法机关行使的是司法权，但在检察机关内部却出现了明显的行政化趋势，例如检察机关内部人员的职称是完全按照行政机关内部进行评级的，且他们的工资待遇与其行政职称密切相关，晋升与否与其业务能力关系较大。在检察机关人员看来，检察机关内部机构分配得越精细越有利于检察职能的发挥，但这样就会造成各级检察机关划分出大量的职能机构，检察机关内部重复的划分会导致人浮于事，造成司法资源的大量浪费。
1.司法责任难追究
检察机关内部职能分配直接关系到检察权的行使，各内部职能机构之间若不进行明显分工，则会造成司法责任追究的不到位的问题。在检察权划分标准不统一的情形下，有部分内部机构因为划分的标准不一致，最终部分职能重叠。在检察机关处理案件过程中，会出现多机构都对此案件行使检察职能的情况，如若处理不慎，则会追究相应检察机关内部机构的责任，但在追究过程中也会出现各内部机构之间推卸责任，最终该责任难以得到追究的现象。
2.检察职能高效发挥
检察机关职能机构设置是对于检察权的合理分配，检察机关内部各机构之间分工合理、高效配合不仅有利于检察权的发挥，也有利于检察职能的发挥。而我国检察机关内部检察机构之间往往互不沟通，缺乏必要配合，在行使检察职能时往往各行其是。这会对检察机关内部统一性的形成产生影响。
3.检察司法资源浪费
检察机关内部机构设置过多，将检察权切分得过于细致，因工作需要增添过多检察部门，为各部门顺利运作招收额外的检察人员，会造成检察机关人浮于事，司法资源大量浪费。检察机构合理分配会事半功倍，但机构设置不合理，机构职能重叠，会造成检察机关工作效率低下，对于同一案件的重复阅卷等会造成另一种程度的司法资源浪费。