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1946年11月27日，蒋介石在南京召集国民党籍的“国大”代表开会，并发表讲话，谓：“这次修改宪法，就是为了打击共产党。”又说：“现在是本党的危急存亡关头，大家要听我的话则有前途，否则完了。”话音刚落，众人惊骇，蒋氏的这一句“完了”，竟成谶语。
国共双方经过一年的拉锯式战争，国民党颓势已现，大厦将倾。至1947年7月，中共军队以损失30余万人兵力的代价，歼灭国民党正规军与杂牌军达112万人。自此，共产党所属部队由内线转入外线，由战略防御转入了全国范围的大规模战略进攻阶段。
1947年12月25日至28日，中共中央在陕北米脂县杨家沟村召开会议，对于当时的形势，毛泽东在报告中指出：中国人民解放军的主力已经打到国民党统治区域里去了，标志着中国人民革命战争已经达到了一个转折点，使之走向胜利的道路。同时强调：“这是一个历史的转折点，这是蒋介石的20年反革命统治由发展到消灭的转折点。这是100多年以来帝国主义在中国的统治由发展到消灭的转折点。”这次会议为中共在新的形势下夺取全国性胜利，从政治、思想、策略上作了充分准备。
就在此时，中央研究院首届院士评选活动却在乱哄哄的首都南京轰轰烈烈地搞了起来。面对这一行动，学术界意见不一，众说纷纭。傅斯年在给胡适的一封信中称：“话说天下大乱，还要选举院士，去年我就说，这事问题甚多，弄不好，可把中央研究院弄垮台。大家不听，今天只有竭力办得它公正、像样，不太集中，以免为祸算了。”
此时，傅斯年正在美国疗养。他是1947年6月偕夫人与儿子傅仁轨前往美国波士顿伯利罕医院疗养的，四个月后移居康涅狄格州纽黑文休养。就在傅离开南京之前，史语所的骨干董作宾也应美国芝加哥大学之邀赴美讲学。经过一番考虑，傅斯年没有把史语所的所务交给当时所里的其他重要人物负责，而是让年轻有为的夏鼐代理史语所所长一职。这一决定既出乎众人意料，又实在情理之中，以傅斯年精明老辣的识人能力，很快证明这个选择是恰当和明智的。
关于选举中央研究院院士一事，早在抗战胜利初期即开始酝酿并有所行动，因内战硝烟骤起，使这一行动延缓下来。据物理学家吴大猷回忆：“三十五（1946年）年由评议会筹办院士选举，先由各大学院校、专门学会、研究机构及学术界有资望人士，分科提名候选人，400余人。三十六（1947年）年由评议会审定候选人150人。”到1948年初，中央研究院评议会评议员再次提出，无论战争局势如何发展，一定要在中央研究院成立20周年之际选举出首届院士，以为科学、民主争得地位和荣誉，并为后世开出一条关乎国家民族命运的光明道路。按原定计划，院士选举分为数理、植物、人文三个组。由中央研究院代院长朱家骅总负其责，总干事萨本栋负责数理、植物组；胡适、傅斯年、李济、陶孟和等人负责人文组并提出候选人名单。最后由中央研究院评议会评议员提出各自的意见并投票选出。
时在美国治病疗养的傅斯年，对候选人名单毫不含糊地提出了自己的意见，他在致朱家骅、翁文灏、胡适、萨本栋、李济并转各评议员的信中说：“自斯年出国就医以后，曾接到几次关于院士选举之文件，其候选人名单，虽斯年仍不无意见，然大体上细心公正，至佩诸先生之劳苦，至此地步，大是不易。斯年因病在国外就医，虽在委员会内，未能尽力，既惭且憾，深喜诸事赖诸先生之劳苦，得以顺利进行。”
待这番客套话说过之后，傅斯年开始对“候选人名单之意见”直抒己见，所谈到的第一个人物就是号称“国宝”的刘文典。
傅说：“候选人中确有应删除者，如刘文典君，刘君以前之《三馀札记》差是佳作，然其贡献绝不能与余、胡、唐、张、杨并举（按：所列五人当是余嘉锡、胡适、唐兰、张元济、杨树达）。凡一学人，论其贡献，其最后著作最为重要。刘君校《庄子》，甚自负，不意历史语言研究所之助理研究员王叔岷君曾加检视（王君亦治此学）发现其无穷错误，校勘之学如此，实不可为训，刘君列入，青年学子，当以为异。更有甚者，刘君在昆明自称‘二云居士’，谓是云腿与云土。彼曾为土司之宾，土司赠以大量烟土，归来后，既吸之，又卖之，于是清华及联大将其解聘，此为当时在昆明人人所知者。斯年既写于此信上，当然对此说负法律责任，今列入候选人名单，如经选出，岂非笑话？学问如彼，行为如此，故斯年敢提议将其自名单除去。”
原本傅斯年与闻一多在政治上各有自己的立场，呈水火不容、势不两立状，未曾想在对待刘文典“为土司之宾”的看法上却出奇的一致。看来这位甚自负的“国宝”在昆明的所作所为，的确惹恼了不少人，最后落得个被解聘的悲凉结局。至于刘文典学问的优劣，当然不能就此认为傅斯年所言即是真理，王叔岷的检视绝对正确，当是一个仁者见仁，智者见智，尚可讨论的学术范畴问题。但傅斯年如此直言，很容易让人联想起当年吴宓论陈寅恪和钱钟书老少两代在学界地位的那段话，老一辈除陈寅恪，年轻一辈除钱钟书，其他所谓的学者“都不过尔尔”。吴宓说这句话的时候，刘文典或许尚不服气，其他人或许还稀里糊涂地蒙在鼓里不知可否，在评选院士问题举足轻重的傅斯年作如是说，刘文典就真的成为不为评委会人员所重的“尔尔”了。
就刘文典个人的命运而言，抗战胜利后，滞留偏远的云南，未能回到北平这一文化、学术中心，对他事业的发展、学术的定位、名声的传播，皆是一个不可估量的重大损失。当年清华中文系的几位大师级教授，其璀璨的光芒经久不衰，凡稍读过书的人几乎皆闻其名。而刘文典的光芒却很快黯淡下去，在文学上的贡献与声名，除了几个专业研究人士外，世人知之者甚少，即是云大毕业的学生，知其人者也越来越少了。身处如此不幸之中的刘文典，假如在此次首届院士评选中能得以胜出，或可借此挽回颓局，重整旗鼓，在学术上做出新的贡献并留下不朽的声名。仅此一击，刘文典便倒地不起，属于他的时代算是彻底终结了。
在候选人名单中第二个拖出来“开刀问斩”者就是潘光旦。傅直言不讳地表示：“社会学一项，有潘光旦君。潘君自是聪明人，然其治谱牒学之结论，实不能成立。彼以科举之名，证明苏州人天资优越，然此说实不足以成之，盖科举之业亦有风气，且可揣摩，主考与入选者每为一调，忽略此历史事实，乃潘君之说，故潘君之工夫似未可与陈达君同列也。治学不可以报纸文字定其高下，此学在中国既不发达，如求其次，则孙本文君似应列入。此君之书，甚有理解，其工夫非作二三小文之比，故敢提议将其列入候选名单。”
潘光旦所搞的一套社会学不为傅斯年所重，这自是与潘氏的著述不周或观点偏颇有关，但这似乎又不是主要的症结，因为潘除了研究谱牒，还有其他大量社会学著作，如人口学论文行世，此著述傅斯年并未提及，抓住一点而攻其全身，自是不能令人信服，也是说不过去的。傅斯年之所以抓其一点就敢于把潘光旦革掉，恐怕与他对潘光旦的政治倾向和思想作风大不感冒更有干系。傅向来不把潘光旦，或与潘氏相近的吴文藻、费孝通等一派人物视为同志、同类或同族，又因潘光旦等人在抗战后期经常于报纸上发表攻击国民政府的言论，还不自量力地以“我们人民”的名义，向正在交火的国共双方进行劝阻威胁等做法大加轻视。傅的心态与疾愤之情在此前写的文章、书信，以及此次暗含讥讽的“治学不可以报纸文字定其高下”中已有所表露。因有了政见的不同，性格的差异，自然就不属于一股道上跑的马。
在第一轮正式推举之前，作为主要决策者的胡适拟定的人文组名单是：
哲学：吴敬恒（稚晖）、汤用彤、金岳霖
中国文学：沈兼士、杨树达、傅增湘
史学：张元济、陈垣、陈寅恪、傅斯年
语言学：赵元任、李方桂、罗常培
考古学及艺术系（史）：董作宾、郭沫若、李济、梁思成
人文地理民族学：想不出人名
大约同时，傅斯年从美国写信给胡适，透露了他推荐的名单。信中说：日前开会商量应该在提名中不忘了外［部］名单（不必即日举出，此会尽力，不能包办也），想南方人士而不可多得，兹将当日所写之名单送上一看，但请千万秘密。有涉人文组者：
中国文学：吴稚晖、胡适、杨树达、张元济
史学：陈寅恪、陈垣、傅斯年、顾颉刚、蒋廷黻、余嘉锡或柳诒徵（柳不如余，但南方仍不可无一人）
考古及美术史：李济、董作宾、郭沫若、梁思成
哲学：汤用彤、冯友兰、金岳霖
语言：赵元任、李方桂、罗常培
胡、傅二人拟定的名单大同小异，可谓英雄所见略同，只是胡适拟定的名单上没有自己，而傅斯年则当仁不让地签上了自己的大名。从名单拟定的视角也可看出，胡、傅二人的性格以及处事方式之大不同。或许正是这种外露且不知收敛的性格，使傅斯年一生誉满天下，但谤亦满天下。当年有人曾公开向傅斯年叫板曰：“中央研究院各研究所所长都是大学问家，傅斯年会什么，怎么居然也当了所长？”这些透着不服气与攻击性的说辞，是与傅之性格及为人处世有很大关系。当然，傅斯年也不是傻子一个，他之所以能在学术界呼风唤雨，除了紧紧傍住了胡适与朱家骅等大腕并巧妙地借用了他们的势力，自然也有他的过人之处。如此次给胡适的信中，就极其精明和圆滑地叮嘱说：“以上陈寅恪、李济、赵元任、董作宾、傅斯年五人为本所职员，似本所不愿（亦）提名，拟请北大提出何如？其他部门，我们学校人数不多（清华多得多，6月4日其理由），然我们为求公道起见不可不注意，理学院饶、江、吴、杨、孙似不可落选，并乞先生届时留意。”又说：“提名不可太少，亦不可太多。北大可先由各学院自推，最后先生审定寄所也。”显然，在傅与胡的心中，史语所与北大已成兵合一处、将归一家之势，如此幕后操作和交易，尽管没有不检点的明显违规之处，但可以想见，这两家一旦变一家，对院士选举评委会将会有如何强大的控制与要挟能力。
1947年10月13日，在北平的胡适、陈垣等中研院评议员到达南京。翌日史语所为欢迎胡、陈等人的到来，由夏鼐主持，专门举办了一个由全体人员参加的茶话会。会上，夏鼐机智得体的表现，给胡适留下了深刻的印象，胡在当天的日记中以赞美的语气写道：“史语所中很有人才。孟真确是一个好导师。”10月15日，由评议员组成的院士选举筹备委员会正式开幕，在朱家骅、萨本栋的特许下，仅为副研究员职称的夏鼐以代理史语所所长的资格出席了会议。会上，众评议员对被提名的510位候选人进行资格初步审查，审查的主要内容是看被提名人是否在抗战期间沦陷区的伪大学等学术、教育机构任职。审查中，著名化学家赵承嘏、萨本铁等人被从名单上删除。当审查到郭沫若时，有评议员认为郭是站在共产党一边的人，其罪过远远大于赵、萨二人，前者不可留，后者更该杀。夏鼐听罢，认为此等言论明显有违胡、傅二人的意图，在胡适不便出面的情况下，夏鼐不顾自己作为列席者不能参加讨论的身份和规矩，当场起身为郭沫若，也是为胡、傅二人的推荐理由辩护，并说：“Member of Academia Sinica”（中央研究院院士）以学术之贡献为标准，此外只有自绝于国人之汉奸，应取消资格。至于政党关系，不应以反政府而加以删除。”
夏鼐的斗胆进言得到了李济等部分与会者的支持，李济进而讲道：“郭是一个多学科有才华的学者，在考古学与古文字学领域造诣很高，虽其人没有直接参加田野考古发掘，也不属于中研院各所，但作为体制外的人士，我们应该给他保留一个位子。”李济的辩护并没有让反对派放弃自己的观点，关于郭沫若是保留还是“咔嚓”一下砍掉的问题，顿时成为争论的焦点。在一片势如蛙塘的吵吵嚷嚷与相互指责、怒斥声中，不厌其烦的中间派人士提出了一个折中的方案，即争论双方都闭上嘴巴，由人文组正反双方各自拿起笔来用无记名投票的方式进行表决，等结果一出，是砍是留自见分晓，众人皆以为然。最后，郭沫若以13票对8票的差额，被决定保留在候选人名单之内。当这个结果拍板定案后，胡适、李济、夏鼐等人都禁不住长嘘了一口气。
经过此次审查，被推荐者由最早的510人减至402名，一下砍掉108人。经过初步选举，总人数再次减至150人。按原定计划，最终只有100人当选。有了这个既定数字，最后的角逐就显得异乎寻常起来。
当时正在美国讲学的董作宾闻讯，于1948年2月2日由芝加哥致信胡适，特意谈到了他对此次选举的关注与态度，信中说：“春间中研院选院士，您必出席，关于考古学方面，希望您选（梁）思永或（郭）沫若，我愿放弃。因为思永在病中，应给他一点安慰，沫若是外人，以昭大公，这是早想托您的。”此时的董作宾对郭沫若仍一往情深，“高宜”与“卓识”犹在耳边回响，为了郭的缘故，自己可舍身相让，甘落下风。不知同样的信是否还寄给傅斯年，但从胡与傅推荐的名单看，郭沫若一直在二人的推荐名单之中，后来梁思永也得以被提名推荐。
1948年3月25日至27日，中央研究院代院长兼评议会议长朱家骅在南京主持召开了最后一轮院士选举会。经过与会者五轮无记名投票，原定要选出的100名院士，因许多名流在投票中纷纷落马，导致69人票数未能过半，最后只有81人被通过。按既定规矩，凡通过者即正式成为中华民国中央研究院第一届院士。名单如下：
数理组（28人）
姜立夫、许宝騄、陈省身、华罗庚、苏步青、吴大猷、吴有训、李书华、叶企孙、赵忠尧、严济慈、饶毓泰、吴宪、吴学周、庄长恭、曾昭抡、朱家骅、李四光、翁文灏、黄汲清、杨钟健、谢家荣、竺可桢、周仁、侯德榜、茅以升、凌鸿勋、萨本栋
生物组（25人）
王家楫、伍献文、贝时章、秉志、陈桢、童第周、胡先骕、殷宏章、张景钺、钱崇澍、戴芳澜、罗宗洛、李宗恩、袁贻瑾、张孝骞、陈克恢、吴定良、汪敬熙、林可胜、汤佩松、冯德培、蔡翘、李先闻、俞大绂、邓叔群
人文组（28人）
吴敬恒、金岳霖、汤用彤、冯友兰、余嘉锡、胡适、张元济、杨树达、柳诒徵、陈垣、陈寅恪、傅斯年、顾颉刚、李方桂、赵元任、李济、梁思永、郭沫若、董作宾、梁思成、王世杰、王宠惠、周鲠生、钱端升、萧公权、马寅初、陈达、陶孟和
随着名单的公布，中国有史以来的首届院士选举尘埃落定。从以上名单可以看出，傅斯年麾下的史语所中有相当多的人当选本届院士。其中专任研究员有傅斯年、陈寅恪、赵元任、李方桂、李济、梁思永、董作宾、吴定良。兼任研究员有冯友兰、汤用彤。通信研究员有胡适、陈垣、梁思成、顾颉刚、翁文灏。整个人文组有一半院士与史语所直接和间接有关。除中研院下属各所外，院士多出自清华、北大两校，南开相对较少，与同济大学有关联的仅童第周一人。
这年夏天，在美国的傅斯年突然提出回国，夫人俞大䌽劝他再静养些时日，但傅执意欲归，并曰：“国内要做的事太多，岂能偷闲而安居异国乎？”于是乃归，8月抵达南京，重新执掌史语所所务，夏鼐的代理所长就此告一段落。
1948年9月23日至24日，中央研究院第一届院士暨纪念中央研究院成立20周年大会在南京北极阁举行。为表示对科学与知识分子的尊重，蒋介石撇下前线十万火急的战事，亲自出席会议并作了讲话。未久，这批名震天下的81名院士，就在战争的硝烟炮火中分道扬镳，天各一方了。据石璋如回忆：“当时在研究院办了很热闹的庆祝活动。上午开会，晚上就请吃饭，从总办事处到地质研究所前头的空旷处，桌子一路排开，放上酒跟点心，夜里灯火通明，称作游园会。刚开始的时候人很多，爱去哪桌吃、喝酒都可以，可是天气不巧，打了响雷下起阵雨，大家就集中到总办事处的演讲大厅去了。”石璋如没有继续描述此后诸位的心境，可以想象的是，众人或许都已清楚地意识到那串不期而至的“惊雷”，将是为国民党政权在大陆的统治敲响的一声丧钟。