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1978年12月，中共十一届三中全会及时果断地作出决策：结束全国性的揭批林彪、“四人帮”群众运动，从1979年起把全党工作的着重点和全国人民的注意力转移到社会主义现代化建设上来。会议选举产生了中央纪律检查委员会，陈云为第一书记，邓颖超为第二书记，胡耀邦为第三书记，黄克诚为常务书记，王鹤寿等为副书记。
随后，新成立的中纪委根据中央的决定，重新对林彪反党集团主要成员陈伯达、黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作进行党内审查，并承接了原中央专案组办理的审查“四人帮”反党集团案。林彪反党集团案、“四人帮”反党集团案正式定名为“两案”。1979年初，中纪委向中央报送了审查“两案”的初步情况和意见。经过内查外调，大量事实证明，“两案”案犯既有人民内部矛盾性质的问题，又有敌我矛盾性质的问题；既有违反纪律的问题，又有触犯刑律的问题。
1979年7月，中央决定成立“两案”审理领导小组，对林彪、“四人帮”反党集团案进行审查处理。中共中央秘书长、中央宣传部部长、中纪委第三书记胡耀邦任组长，中共组织部部长宋任穷、中纪委常务书记黄克诚、最高人民检察院检察长黄火青、中纪委副书记王鹤寿为副组长，成员有黄玉昆、于桑、曾志、李士英、郑绍文、刘顺元、张启龙、章蕴和魏文伯。“两案”审理领导小组下设办公室，挂靠中纪委，对外称“中纪委二办”，经黄克诚、曾志推荐，主任由解放军军事检察院检察长曹广化出任，其他人员主要是从各有关部门抽调来的。办公地点经胡耀邦批准设在中组部办公楼五层。
7月28日，“两案”审理领导小组召开了第一次会议。中央“两案”审理领导小组组长胡耀邦在会上传达了中央指示，强调了“两案”审理的重要性，要求“两案”审理工作“要向子孙后代负责，向全党负责，要经得起历史的检验”。会议决定，“两案”的审理工作分两套班子进行。公安部及从各省市公安机关调来的人员组织对江青反革命集团的预审，最高人民检察院负责起诉书的起草；林彪反革命集团的审理交解放军总政治部具体负责，由总政治部副主任黄玉昆、史进前负责，并组织保卫、检察、法院和总参谋部、总后勤部及各大军区、各军兵种的力量，直接受命于中央“两案”审理小组的领导。
8月，根据中央副主席邓小平的意见，第一次全国“两案”审理会议在北京京西宾馆召开。这实际上是一次全国性的“两案”审理动员会。当时，全国各省、市、自治区都相应成立了“两案”领导小组。会议正式传达了中央指示，调集力量，准备“两案”审理，胡耀邦、黄克诚、王鹤寿等作了重要讲话。
这次会议之后，“两案”的审理准备工作开始进行。1979年9月，总政成立了林彪案审判工作办公室，由总政副主任黄玉昆、史进前分工领导，并从有关单位抽调了120多名干部，加上中纪委派来的8名干部，参加办公室工作。林彪案审判工作办公室主任由解放军军事法院院长郝苏担任，总政保卫部副部长郑梦溪、军事法院副院长刘继光、空军政治部副主任袁正元和解放军军事检察院副院长图们任副主任。办公室下设秘书、预审、证据、审判、宣传、技术六个组。此外，还分别成立了黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作、江腾蛟等案犯的检察小组和审判小组。公安部也负责组织了江青案审判工作办公室，办公室主任由公安部副部长凌云兼任，办公室下设若干组，有调查组、材料组等。
与此同时，起诉书的起草工作也在紧张地进行。
中央决定对“两案”进行审理，但究竟审哪几个人？审什么？怎么审？认识并不完全一致。为了解决思想上的障碍，9月3日，中央主席华国锋主持召开政治局常委会议，听取胡耀邦代表中央“两案”审理领导小组的汇报。胡耀邦汇报结束后，常委们进行了讨论。邓小平提出，“判刑的多少，判几个人，要看罪行”；要“作为篡党夺权、阴谋政变的集团案子来处理”；“不要一个人一个人地去判，按集团案把起诉书写出来”；“黄、吴、李、邱，还有陈伯达可算一案。王、张、江、姚也作为一案”；“审判的时候注意把他们的主要罪行，即祸国殃民的罪行写出来就行了”，“不在于列多少条罪行，关键在于他们祸国殃民、阴谋夺权、篡党夺权”。
华国锋除同意邓小平的意见外，还说，对于这两个案子，不管判刑也好，党内处分也好，总的精神是要把党的好的传统发扬起来，就是对这些人的处理站得住脚。这两个案子将来究竟用什么方式审判，审判的时间，再研究。审判的时候，这些人可能胡搅蛮缠。要估计到各种情况，就是要在审判之前，估计到张春桥会怎么样？姚文元会怎么样？……以便有效应对。
胡耀邦说，我们起诉就是要起诉他们是一个反革命集团，阴谋篡党夺权，祸国殃民，这是由头。
这次会议在“两案”审判过程有着重要的意义。它实际上明确了林彪、“四人帮”一伙是反革命集团，必须交付人民审判，明确了审查的主要内容，为“两案”的审理工作指明了方向。此外，也初步提出了“两案”审理的总的指导方针。为以后“两案”审判工作创造了条件。
这时，对林彪、江青反革命集团案进行审判，也具备了法律上的条件。1979年7月1日，第五届全国人民代表大会第二次会议通过了《刑法》、《刑事诉讼法》、《人民法院组织法》、《人民检察院组织法》等法律，为即将举行的“两案”审判提供依据和保障。
1979年国庆节不久，中纪委第一书记陈云主持召开了中纪委会议，正式认定林彪、江青反革命集团触犯了刑律。“两案”的党内审查工作基本结束，“两案”将移交司法机关依法审判。