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1980年4月，公安部接手“两案”在押犯江青、张春桥、姚文元、王洪文、陈伯达、黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作、江腾蛟等，并开始依法侦查预审。鉴于林彪、江青反革命集团案案件特别重大，加之考虑到审判这个案件不能拖得太久，历史遗留问题必须尽快解决，公、检、法三机关需要各司其职、相互配合、相互制约进行审理，中央特别是彭真提出了“平行作业”的方法，即在公安侦查预审阶段，检察、审判人员也介入案情，在预审的同时起草起诉书。
预审前的准备工作主要是选调预审人员，彭真对这件事非常重视。根据中央“两案”审判工作小组召集人之一凌云回忆：彭真注意的第一件事情是，预审组组长调谁。有些是彭真亲自提名，有些是刘复之和凌云商量后提出，报彭真批准，如洪沛霖、王芳都是彭真提名的。1980年4月7日，辽宁省公安厅厅长左琨、黑龙江省副省长兼公安厅厅长卫之民、河北省公安厅厅长白均和王芳、洪沛霖等各一套人马进京，参加江青反革命集团案的预审班子，这个预审班子包括搞材料、后勤人员，有四五百人。与此同时，总政也抽调全军得力干部加强了林彪反革命集团案的预审班子。
彭真对调来的预审人员住在什么地方，也十分关心，曾就此征询凌云的意见。凌云过去负责修过京郊的秦城监狱，并且于“文化大革命”期间在那里坐了七年牢，知道那里现在空着，所以建议人员住在秦城，彭真表示同意。于是几乎所有参加“两案”的预审人员全都住到了秦城监狱的牢房里，一人一间。秦城监狱有许多便利的条件，每间牢房都有洗漱间、便桶，再放一张桌子一张床，既可住又可办公，而且此处离北京城区100多里，容易保密。
这些准备工作做好后，“两案”的预审就在秦城监狱展开了。预审是按照预先分工进行的，对林彪反革命集团的预审由总政保卫部负责；对江青反革命集团的预审由公安部及从各省、市公安机关调来的人员组织；江青由洪沛霖负责，张春桥由王芳负责，姚文元由白均负责，王洪文由卫之民负责。
起初，预审的进展并不顺利。林彪反革命集团案犯中除吴法宪态度比较好外，黄永胜、李作鹏、邱会作都拒不承认罪行，他们把“文化大革命”中的一切，均归于党的路线错误。江青反革命集团案犯中也只是王洪文认罪态度较好，江青则尽是撒泼耍赖，每次审问都同洪沛霖对吵，并不正经谈问题。而张春桥闭不开口，以沉默对抗，姚文元则和黄永胜、李作鹏、邱会作一样，认错不认罪。
起诉书的起草工作也遇到了困难。林彪、江青反革命集团的犯罪主要是在“文化大革命”期间，而这时正是党的“左”倾错误严重泛滥时期，林彪、江青一伙的许多犯罪活动利用了党中央或毛主席的错误，他们的罪行往往和当时党的路线错误交织在一起，起草组没有第一手的证据、材料来分清到底哪些是党中央或毛主席的错误，哪些是林彪、江青背着毛主席干的。
正确划清罪与非罪、罪行与错误、个人罪与集团罪的界限，不仅是“两案”审判获得突破、顺利进行的“瓶颈”问题，也是“两案”审判工作取得成功的关键。彭真敏锐地看到了这个问题，他出任中央“两案”审判指导委员会主任后，看了“两案”原来的起诉书，并和邓小平商议后，提出要“严格地把党内、人民内部的错误与反革命罪行分开”，林彪、“四人帮”一伙犯罪和党犯错误，是两个性质不同的问题；只审判林彪、江青反革命集团的罪行，不审理党内、人民内部的错误，包括党的路线错误，如不能审涉及《我的一张大字报》、九大决议等问题。
1980年5月中旬，彭真在人民大会堂专门听取了“两案”人员的汇报。5月21日，他在“两案”审判指导委员会会议上，就审判工作提出了八条意见。针对预审和起草起诉书中遇到的难题，彭真果断作出决策：案子要经得起历史的检验就要突破禁区，包括思想的禁区、人的禁区、材料的禁区。他指出，一方面，对已经逮捕的同案犯统一进行审讯，从四面包围；另一方面，由中组部、中纪委、中央政法委出面，把知情人找来开会，开党的会议，要求他们揭发案犯的罪行。他告诉办案人员，林彪、江青反革命集团当时是当权的，档案是重要材料，一部分集中在中组部，一部分集中在中央办公厅。要组织人去看，看哪些是审讯所需的材料。他表示要向中央建议，要各级领导人，包括中央政治局成员，所有的历史证人都要向办案人员开“绿灯”，积极提供材料和允许调查材料。
针对林彪、江青一伙把许多事情的责任推到毛主席、周总理身上的问题，彭真指出，“文化大革命”的许多事，在毛主席、周总理那里是好人犯错误，而林彪、江青一伙则是坏人办坏事。他要办案人员注意到这两个犯罪集团背着毛主席和中央搞阴谋，当毛主席、党中央作出某项决定之后，他们却利用权力加以歪曲和篡改搞阴谋的部分，他把这样看问题叫“两头抓麻杆”。
彭真的这番讲话和指示，切中了“两案”审判的“症结”问题，为“两案”的侦查、取证找到了突破口，使“两案”审判的准备工作跃上了一个新的台阶。
此后，“两案”预审组根据彭真的讲话和指示精神，明确抓住林彪、“四人帮”一伙“认定的、确凿的”罪行，采取让一些了解内情的老同志与案犯谈话、进行政策教育和出示证件相结合的步骤，展开大规模的预审“攻势”，使黄永胜、李作鹏等案犯开始改变态度，主动交代问题。江青虽然还是胡搅蛮缠，但在预审人员定立的“规矩”面前也老实了许多。虽然张春桥依旧是一言不发，但预审组按照彭真所说：“以事实为依据，以法律为准绳”，当事人不说，就找证人、证据，并且把证据向他当面宣读，即使他不说话、不签字，也查清了其罪行……
就在此间，起诉书的起草工作也有了重大进展。1980年7月，根据彭真和中央“两案”审判指导委员会给中央的报告，中央办公厅专门下发了文件，批准“两案”审判办公室可到中央办公厅、中央军委办公厅、中央档案馆及中央政法机关等有关单位查阅有关文件资料。同时，中央授权办案人员在调查案情中要打破人的禁区，可以走进红楼高门，向高层人物了解案情。随后，“两案”审判办公室专门组织班子去中南海看档案材料。据图们回忆：审判林彪反革命集团案子办公室共挑选了14名同志去看材料，通过材料了解了哪些是毛主席的失误，哪些是林彪、江青的罪行。据此，原来的起诉书砍掉了11个问题，在此基础上起草的新起诉书只写了七件大事。
“两案”起诉书的起草、修改和研究都是在彭真的直接指导下进行的。预审上路后，彭真便把主要精力放在了起诉书上，在起草“两案”起诉书的过程中，最主要的是核实证据问题。彭真认为，“两案”审判，在证据上不能有一点纰漏，要把这个案子办成铁案，要使之千秋万代永不得翻案。据凌云回忆，彭真经常直接听取起草组的汇报，“他看了许多我们送的材料。他发现问题，有时也向我们要材料”。前前后后，经彭真亲自认定过的文件材料足足有一米多厚。彭真对这些材料、原件一件一件地翻阅，哪怕是一个批示、一张照片、一个字据，都不放过。最后在起诉书里认定林彪、江青反革命集团主犯所犯罪行的873件证据（其中有检察起诉新增加的22件），没有一件不是经过彭真审查首肯的。
在起草“两案”起诉书的过程中，还有一个审多少罪犯的问题。中央“两案”审判工作小组原拟定审判108名罪犯。彭真认为“两案”审判指导委员会的责任是管法律上的事，要集中精力审判江青、林彪两个反革命集团的罪行，特别法庭的任务主要是审理“两案”主犯，其他案犯可以由分管他们的地方和部门去审理。最后，经王鹤寿提议，彭真同意，决定林彪反革命集团案主要审陈伯达、黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作、王飞（原空军副参谋长，曾参与了谋害毛主席、策划反革命武装政变的阴谋活动）等案犯，江青反革命集团案主要审江青、张春桥、姚文元、王洪文等案犯。后来，随着预审和取证工作的深入，办案人员发现陈伯达的罪行不仅和林彪反革命集团有瓜葛，更主要的是与江青反革命集团有关，应将陈伯达列入江青反革命集团起诉。后经“两案”审判工作小组批准，陈伯达亦被纳入江青反革命集团案审理。1980年6月，由于林彪反革命集团主犯王飞得了精神分裂症，不能起诉，彭真亲自拍板，决定将江腾蛟加上，列为主犯。江腾蛟仅仅是个师级干部，虽说是林彪反革命集团的“小不点”，但他能证明林彪要暗害毛主席。这样，江腾蛟就顶替王飞成为林彪反革命集团的主犯。
到1980年7月底，随着林彪、江青反革命集团案主犯名单的不断调整和他们的罪行逐渐被搞清，对两个反革命集团的起诉书亦日渐完善。至此，对林彪反革命集团的起诉书已搞了16稿，对江青反革命集团的起诉书也经过反复修改，基本成形。
与此几乎同时，“两案”的侦查预审也已接近尾声。预审的初步结果和起诉书所列的大量材料表明：林彪、江青反革命集团不仅罪行巨大，而且大量的事实证明这两个反革命集团在“文化大革命”的头几年是互相勾结，狼狈为奸，阴谋篡党夺权、推翻人民民主专政的一个反革命联盟。鉴于此，彭真向中央提出了将两案作为一案处理的意见。
两案要并为一案，原来的起诉书也需要合在一起，形成一个统一的起诉书。1980年9月，中央确定一案起诉后，“两案”各起草组便合到一起经过反复研究和修改，形成了《公安部对林彪、江青反革命阴谋集团案起诉意见书》。之后，在彭真的提议下又对总起诉书进行多次“三长会审”（“三长”即公安部部长赵苍璧、最高人民检察院检察长黄火青、最高人民法院院长江华）。当时虽称“三长会审”，但并非只“三长”参加，实际上伍修权、王鹤寿也参加了，一些副检察长、副院长也参加。那时“三长会审”办公的地点在公安部五号楼，由起草组的同志一条条地汇报，“三长”一条条地审。
1980年9月初，中央“两案”审判指导委员会审判工作小组召开会议，对总起诉书作了最后一次“会审”。彭真出席并主持会议，最高人民检察院院长黄火青、最高人民法院院长江华、公安部副部长凌云都参加。据图们回忆：当时，从第一条开始，一条一条地过。执笔人汇报时如果有人提出疑问，彭真就让停下来，要大家讨论。经过整整一天，最后对预审认定的“两案”犯罪事实有增有减，又经过调整合并，认定“两案”主犯犯有四大罪状、四十八条罪行，最终形成了《最高人民检察院特别检察厅起诉书》。总起诉书的起草完成，标志着将林彪、江青反革命集团案犯交付法庭审判的时机和各项准备工作日趋成熟。