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1936年10月19日鲁迅去世后，蔡元培与宋庆龄一起组织治丧委员会且担任主席，还前往万国殡仪馆吊唁并送挽联：“著作最谨严，非徒中国小说史；遗言太沉痛，莫作空头文学家。”在10月22日的葬礼上，蔡元培又出席发表演讲，指出“我们要使鲁迅精神永远不死，必须担负起继续发扬他精神的责任来”，“我们要踏着前驱的血迹，建造历史的塔尖”。
为使“鲁迅精神永远不死”，蔡元培又与宋庆龄成立鲁迅纪念委员会，并决定编印出版《鲁迅全集》，以“唤醒国魂，砥砺士气”。1937年3月，《鲁迅全集》由许广平等编定完成，蔡元培又致函国民政府宣传部部长邵力子，并当面与他商谈，请他亲自审查和开绿灯予以出版。蔡元培还受许广平委托为《鲁迅全集》作序，他花了一个多月时间通读完鲁迅的主要著作后才动笔写序，对鲁迅推崇备至：
先生阅世既深，有种种不忍见不忍闻的事实，而自己又有一种理想的世界，蕴积既久，非一吐不快……他的感想之丰富，观察之深刻，意境之隽永，字句之正确，他人所苦思力索而不易得当的，他就很自然的写出来，这是何等天才！又是何等学力！……（著作）方面较多，蹊径独辟，为后学开示无数法门，所以鄙人敢以新文学开山目之。
为筹集出版资金和扩大销售，蔡元培题写了《鲁迅全集》书名，并以预约券的形式预收书款。蔡元培又带头购买了100元的预约券，使得20卷本的《鲁迅全集》终于出版。许广平对此感激道：“蔡先生对全集出版方面，曾再三赐予援助，计划久远，费去不少精神，……蔡先生文章道德海内传颂，鲁迅先生一生，深蒙提掖，此次更承为全集作序，知所宗尚，鲁迅先生有知，亦必含笑九泉，岂徒私人之感幸。”的确，蔡元培不仅在鲁迅生前不遗余力地关照鲁迅，在鲁迅去世后又为“鲁迅不死”不遗余力，鲁迅当含笑九泉。
实际上，蔡元培不仅对鲁迅一人如此关照，他对老乡鲁迅一家都可谓关怀备至，聘请了周作人担任北大教授，还安排周建人在商务印书馆任职。蔡元培除了对鲁迅一家人非常照顾，对民国时期诸多优秀人才都不遗余力地关怀，得天下英才而育之，可谓当时文化界、教育界、学界这三界最大的“靠山”，如他在担任教育总长、北大校长、大学院院长时期发现并培养了众多人才。尤其是他帮无数人找工作，当时有人说蔡元培的推荐信最“滥”，甚至他还会帮人找门房、工役等工作。蔡元培后来还担任了当时最高学术组织中央研究院院长，囊括了陈寅恪、赵元任、茅以升、梁思成等100多位最优秀的学者，并发起中国民权保障同盟，营救了或试图营救罗隆基、胡也频、丁玲、杨开慧、陈独秀等人，甚至还曾公开营救陈赓、廖承志、罗登贤等共产党人。
1937年全面抗战爆发后，蔡元培打算绕道香港到昆明主持中央研究院工作，但因为身体虚弱便留在香港养病。这时的蔡元培生活窘迫，但他坚持救济诗人廖平子等人，还写信推荐一位素不相识的青年到内地机关工作。这位青年自称是北大毕业生，蔡元培记不得这个学生，但还是写信推荐给某机关。该机关登记证件时，发现这人不是北大毕业的，于是去信给蔡元培询问，结果蔡元培回信说：“不必问其人是不是北大毕业了，但看其人是不是人才，能不能胜任工作……君有用人之权，我尽介绍之责，请自行斟酌。”该机关最后还是留用了此人，此人后来专门写信给蔡元培道歉，蔡元培没有责备他，只是希望他好好工作。
1940年3月5日，蔡元培病逝，其遗言道：“科学救国，美育救国。”他不但没留下任何遗产，还欠了医院1000多元医药费，甚至连棺材都是由商务印书馆总经理王云五等人代为筹集，令人唏嘘不已。
学者马建强在著作《民国先生》中评价蔡元培道：“纵观蔡元培一生，可以说是‘从排满到抗日战争，先生之志在民族革命’的一生，是‘从五四到人权同盟，先生之行在民主自由’（周恩来挽蔡元培联）的一生，也可以说是‘道德救国、学术救国’（中央研究院同人挽蔡元培联）的一生，还可以说是‘道德救国、事业功勋并茂’（商务印书馆董事会挽蔡元培联）的一生。”蔡元培的一生光辉灿烂照耀至今，如一位北大学生所写的诗所言：
未名湖畔
蔡元培塑像谦和地独守一片净土
无论岁月的尘埃如何起落
暗淡了多少偶像的色彩
无论时间的流水如何一去不返
动摇了多少权威的根基
既非权威亦非偶像的蔡先生却魅力不减
风采依旧
(1) 出自鲁迅书信集《书信（11）》中《270612致章廷谦》。
(2) 出自蔡元培《不愿再任北京大学校长的宣言》。
(3) KOL：关键意见领袖的简称。营销学概念，通常定义为拥有更多、更准确的产品信息，且为相关群体所接受或信任，并对该群体的购买行为有较大影响力的人。
(4) 出自鲁迅杂文集《南腔北调集》中《看萧和“看萧的人们”记》。