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一般认为，秦王朝焚书坑儒，虽殃及诸子和各家学说，但儒学受害最深，几遭灭顶之灾而损失殆尽。“汉兴，去圣帝明王遐远，仲尼之道又绝，法度无所因袭。时独有一叔孙通略定礼仪，天下惟有《易》卜，未有它书。至于孝惠之世，乃除挟书之律，然公卿大臣绛、灌之属，咸介胄武夫，莫以为意。至孝文皇帝，始使掌故晁错从伏生受《尚书》。《尚书》初出屋壁，朽折散绝，今其书见在，时师傅读而已。《诗》始萌芽，天下众书往往颇出皆诸子传说。犹广立于学官，为置博士。在汉之儒，惟贾生而已。至孝武皇帝，然后邹、鲁、梁、赵颇有《诗》、《礼》、《春秋》先师，皆起于建元之间。”
这种说法，影响甚大，它给人造成的突出印象，似乎在汉初几十年里，儒学先师虽偶有存在，儒学诸书虽偶有发现，但儒学作为一个整体似乎已经灭绝，不复存在。其实，实事求是地考诸文献和揆诸情理，这种说法是难以成立的。
前面说过，焚书坑儒的实际效果与焚书坑儒者的主观愿望恰好相反。不仅非儒学派仍然得以流传和发展，即使儒家学说与典籍也不可能遭到根本性的破坏。
西汉建国之初，为刘邦制礼作乐的叔孙通来自儒学故乡——鲁国，他不仅作为“故秦博士”服务于秦二世之时，而且在为刘邦设计礼仪之时曾在鲁国率百余名弟子操练演习。由此不难看到，即使在焚书坑儒之后，仍然有相当数量的儒生幸免于难，且继续为秦王朝服务。
司马迁曾准确地指出：“及秦之季世，焚《诗》、《书》，坑术士，六艺从此缺焉。陈涉之王也，而鲁诸儒持孔氏之礼器往归陈王。于是孔甲为陈涉博士，卒与涉俱死。”
这里有两点值得注意，一是司马迁仅用“缺”字，而不是“六艺从此绝矣”，足见其用心之良苦；二是所谓坑儒者云，似也仅是一些不轨的“术士”伏法而已，而鲁国诸儒如孔甲者流仍然相当活跃。
退一步说，即使秦王朝坑杀的这些术士都是“纯儒”，然区区几百人，焉能灭绝蔚为大观的一代学术？而且，儒学的发达在齐鲁地区，很难想像在当时的历史条件下一纸焚书坑儒令就能将远离京师的儒生斩尽杀绝。事实上，“及高皇帝诛项籍，举兵围鲁，鲁中诸儒尚讲诵习礼乐，弦歌之音不绝”，著名的鲁《诗》大家申公“以弟子从师入见高祖于鲁南宫”就是显例。因此，我们相信，“至于始皇，天下并争于战国，儒术既绌焉，然齐鲁之间，学者独不废。”
至于在民间，特别是儒学的故乡齐鲁地区，儒生依然相当活跃，儒学仍然得以流传。
反观秦王朝的焚书坑儒政策，其本身并不彻底。焚书令规定：“史官非秦纪皆烧之，非博士所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉诣守尉杂烧之。”
显然，博士官不在禁止之列，他们仍可藏有《诗》、《书》、百家语。因此，汉兴以后，“《诗》、《书》所以复见者，多藏人家，而史记独藏周室，以故灭。”
凡此种种，足证秦王朝焚书坑儒的文化高压政策并未使儒家学说尽绝。这一点，近人梁启超已有所揭示，他指出：“始皇焚坑之虐，后人以为敌孔教，实非然也；始皇所焚者，不过民间之书，百家之语；所坑者不过咸阳诸生、侯生、卢生等四百余人，未尝与儒教全体为仇也。岂惟不仇，且自私而自尊之。其焚书之令云：有欲学者，以吏为师。非禁民之学也，禁其于国立学校之外有所私业而已。所谓吏者何？则博士是也。秦承魏制，置博士官，伏生、叔孙通、张苍，史皆称其‘故秦博士’。盖始皇一天下，用李斯之策，固已知辨上下定民志之道，莫善于儒教矣。然则学术统一，与政治统一，同在一时，秦皇亦儒教之第二功臣也。”
事实也正是如此。早在刘邦南征北战、“平定四海”之际，“陆贾时时前说称《诗》、《书》。”
陆贾出使南越，也不外用儒家的仁义礼信之类规劝南越王北面称臣。叔孙通制礼作乐，以博刘邦的欢心，其“儒者难与进取，可以守成”的理论也得到刘邦的默许。
于此不难想见，儒学在汉初政治生活中的影响。在一定程度上说，儒家学说在汉初不仅影响着最高统治者的决策，而且也像黄老学说那样，影响着一些中级官吏甚至皇室成员。“梁怀王揖，文帝少子也，好《诗》、《书》，帝爱之异于他子。”
贾谊“年十八，以能诵《诗》、《书》属文，称于郡中”。
看来，儒家学说在汉初还是受到普遍欢迎的。
儒家学说在汉初受到普遍的欢迎，得以自由发展，并逐步重新形成一个有影响的学术集团和政治势力。儒学自身的膨胀与扩张，为它上升为统治阶级意识形态提供了必要的前提和现实的可能性。而其自身内容的演变更为它地位的上升创造了内在条件。
由孔子创立的儒家学派经过春秋战国时期的发展，内部已发生很大分化，各派乃至整个儒学都在不断地吸收和改造非儒学派的思想成分。韩非指出，“自孔子之死也，有子张之儒，有子思之儒，有颜氏之儒，有孟氏之儒，有漆雕氏之儒，有仲良氏之儒，有孙氏之儒，有乐正氏之儒”等八个不同派别，他们虽不至于势同水火，但“取舍相反”而皆谓为真儒学。
其中影响最大的是孟、荀两派，他们虽然自命为儒学真传，其实都是假圣人的旗号而兜售自己的货色。
儒学的这种情况并不是到孟、荀止，而是贯穿整个儒学发展史。在汉初，叔孙通曾当面讥讽那些恪守儒家旧教条的儒生为“真鄙儒也，不知时变”，而他自己则以“知当世之要务”自诩，变通儒学，以合乎当时社会条件的要求。
被许为汉初第一大儒的贾谊，其思想的内涵也非纯粹的儒家精神，而是杂糅了道家、法家、阴阳家等等复杂成分。
其“命不可说兮，孰知其极”，“天不可预虑兮，道不可预谋；迟速有命兮，焉识其时？”
虽然其中保留了原始儒家“不语怪力乱神”的无神论思想，但其无可奈何的宿命意识，实为老、庄思想的汉代版。至于他针对“背本而趋末”的社会问题而提出的重农主张，以及重建历法和改正朔、易服色的建议都明显地带有法家、阴阳家的痕迹。
不独叔孙通、贾谊如此，在汉代统治思想转折过程中起过重要作用的公孙弘、董仲舒也莫不如此。公孙弘“其行敦厚，辩论有余，司文法吏事，而又缘饰以儒术”。
明显地是以儒学为名而行他家学说之实。
至于董仲舒，他的思想来源就更为复杂，他几乎将先秦以及到当时的各家学说中一切可能吸收的东西都加以容受和改造，建立起庞大而精密的思想体系。这点我们在后面的论述中还将看到。
儒家学说的这些变化是时代使然，因为任何学说要想在现实社会中有所作为，都不能不立足于最现实的考虑。儒学经过这些“识时务”的儒生们的不断改造，到汉武帝即位前后就已基本完成新的构造，形成新的凝聚形态。与原始儒学相比，汉代新儒学几乎发生了脱胎换骨的变化。
新的儒学形态的最大特征，一方面是它建立了一个相对开放的思想体系，它能够容忍和吸收其他学派的思想要素。这是黄老学说之外的任何学派都不具备的。当然，它又不像黄老学说那样，可以容许另外一些学派的独立存在，而是将其加以改造，吸收其“合理”内核以构造自己的体系；另一方面，新的儒学形态具有极强的排他性，对于一切不利于自己体系的思想则本能地加以反对，一律视于“异端”。它的这种兼容性与排他性的高度统一，使之更富有弹性和满足社会对理论需求的最大限度的适应性，这就为其上升为统治学说提供了极为有利的内在条件。
基于上述特征，新的儒学形态的一系列理论设计，基本上能够适应和满足当时社会生活的需要。梁启超曾准确地指出，秦汉之际，“当时百家，莫不自思以易天下，何不一于他，而独一于孔？是亦有故。周末大家，足与孔并者，无愈老、墨，然墨氏主平等，大不利于专制；老氏主放任，亦不利于干涉，与霸者多持之术，固已异矣。惟孔学则严等差，贵秩序，而措而施之者，归结于君权，虽有大同之义、太平之制，而密句微言，闻者盖寡，其所以干七十二君、授三千弟子者，大率上天下泽之大义，扶阳抑阴之庸言，于帝王驭民最为适合，故霸者窃取而利用之，以宰制天下。汉高在马上取儒冠以资溲溺，及至定大业，则适鲁而以太牢祀矣。盖前此则孔学可以为之阻力，后此则孔学可以为之奥援也”。
揆诸汉初实况，足见梁氏此论颇富见地，也知儒学取黄老之学而代之已成不得不然的趋势。