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1.本书体例包括原文点校（以宝祐本为底本）、章节段落重排、注释、概要（史载不详的禅师无概要）、“拓展阅读”（与该禅师有关的其他资料）。
2.本书注释包括生僻字词、专有名词、佛教术语、禅宗公案、唐宋口语方言谚语或成语俗语、歇后语等内容。为了避免重复注释，同样的词语一般只注释一次，其他地方读者可查找书后《本书常用词语表》。凡是书中提示“参见本书某词条”字样，说明该词语可以在附表中找到。为阅读方便，也有一些生僻词语重复注释。本书是一部注释详尽的禅宗辞典类工具书。
3.本书注释还包括对过去点校本（简称旧校本）以及过去译注本（简称旧译本）的错误说明。
4.四川大学项楚教授《〈五灯会元〉点校献疑三百例》与《〈五灯会元〉点校献疑续补一百例》，本书均予以参考，并在注释中予以说明。本书写作过程中发现旧校本的某些错讹，均在注释中予以说明。但不涉及理解原意的小错误，本书则直接更正，不再说明。
5.复旦大学冯国栋博士《〈五灯会元〉校点疏失类举》增补一百二十条点校错误，除极个别的值得商榷外，本书亦全部吸收，并在注释中说明。
6.学术界研究《五灯会元》已经取得的一些成果，本书在注释中有所说明，作为参考文献亦在书后列入。
7.本书点校，以宋宝祐本为底本，同时以日本内阁文库汉10018号藏本与美国哈佛大学藏本为底本，同时与《大正新修大藏经》（简称大正藏）《卍新纂续藏经》（简称续藏经）《乾隆大藏经》（简称清藏或龙藏）等佛教古籍进行比较，更正宝祐本中的错误。
8.本书章节编排体系来自原本，将卷改为章，章内分节，符合现行书籍章节编排体系。
9.本书点校更正宝祐本有误之处。参照续藏经《五灯会元》版本，简称“续藏本”。参照大正藏《景德传灯录》版本更正时，书中未注明版本，书中提到“依据《景德传灯录》改”等字样时，其版本一般都是大正藏本。
10.注释说明“旧校本”点校错误，如果原文标点复杂，除了逗号，还有句号等其他标点符号，就会使读者看不清哪里是原文，哪里是注释内容，故在原文下画线。例如：
母大清净妙。位登补处 ：旧校本标点有误。弄错了佛母名字，其标点为“母 大清净妙位 ”（旧校版凡是专有名词下画线），就使人误以为佛母名叫“大清净妙位”。释尊母亲名叫“大清净妙”，并非“大清净妙位”。“位”字属于下句开始，即“位登补处”，指释尊未降生之前，属于候补佛位……
11.在注释原文时，如果原文太长，标点复杂，除了逗号，还有句号等其他标点符号，为使读者看清哪里是原文，哪里是注释内容，均在原文下画线。例如：
路行跨水复逢羊，独自栖栖暗渡江。日下可怜双象马，二株嫩桂久昌昌 ：“路行跨水”指达磨祖师由南印度渡海东来，“复逢羊”在广州登陆，“羊城”，即为古代的广州……
12.本书绝大部分内容是禅师与学人的对话，一般都是不同时间与场合的对话录在一起。为了层次清楚，就把相同时间与场合的对话作为一段标点。也有极少数对话从头到尾都是相同时间与场合的两人对话，如第四章“京兆大荐福寺弘辩禅师”条从头到尾都是弘辩禅师与唐宣宗的对话，所以就一问一答分段标点。
13.禅师说话太长就分段，每段开头为双引号，结尾无引号，一直到说话结束才有双引号。如果禅师说的是一首偈颂，一般不使用引号。如果同时说了几首偈颂，则使用引号区分。
14.本书注释时参考了很多重要文献，在注释中均已经注明，详细出处敬请查阅书后《参考文献》。本书“概要”中提示的参考文献，敬请在《大正藏》《续藏经》《龙藏》等佛典中查询。
15.本书以宋宝祐本为底本重新标点，并校对宝祐本以及其他版本的错误，从而得到一个比较好的善本。“注”，本书是迄今为止系统注释《五灯会元》的第一部书籍，为读者读懂本书扫清阅读障碍。“解”，“注释”中有解读，“概要”则是集中解读该禅师的生平、思想以及公案等内容，使读者对该禅师有完整的了解。
16.为了使读者全面了解中国禅宗的发展过程及其特点，从面到点理解本书所记载历代祖师的行迹与语录，我们在书后附上本书作者曾琦云先生的专论《中国禅宗论略》。