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郑和下西洋，见仁见智。有人说，郑和船队是国家从事统制贸易的体现，是永乐开创的对外交和贸易严加控制的时代的缩影。但有一个事实却少人持有疑义，即郑和下西洋之后，西方以开放的姿态在全球化之路上越走越远，中国却自我萎缩，显赫的海军失去辉煌，整个王朝先进的技术和工艺如同白雪一般在阳光下消弭。
由于缺乏持续性和传承性，郑和的英雄史诗难以为继。之后相当长的一段时间内，明朝的海外贸易进入海盗群起的无政府状态。在明清，相当长的一段时间内的海禁政策让中国海商一直处于非法、非主流的边缘商人角色。明朝舆论控制的民间化和文官集团的亲商化又让朝堂对于禁海的态度较为分明，由此酿成一批主战派官员的悲惨人生。
1433年郑和航海活动中止后，马六甲继续兴旺昌盛，古吉拉特商人越来越多地来到马六甲。作为东南亚和东亚贸易中心，马六甲成为世界上最大的香料市场，其中大部分香料销往中国。
继海盗商人之后，葡西商人也试图挤进明朝的朝贡贸易圈。葡萄牙1143年从阿拉伯人领土上独立出来，13—14世纪，葡萄牙里斯本和西班牙波尔图的商人垄断了从直布罗陀至北海的香料贸易。但这是整个香料贸易链条的最末端，葡西商人尚没有势力与控制前端地中海贸易的威尼斯和热那亚商人相抗衡。
马可·波罗所处的时代是威尼斯商人由盛而衰的时代。他出身于威尼斯商人家庭，父亲和叔叔曾在元代通过中国古代“丝绸之路”到达中国，见过中国皇帝。他在狱中的口述史《马可·波罗游记》在欧洲广为传阅，激发着欧洲人对东方的狂热向往。当威尼斯商人日渐势弱时，葡萄牙人接过了欧洲人对东方热情的接力棒。
随着蒙古帝国的崩溃，蒙古各部封锁了从欧洲由陆路通往中国的道路。
1390年，埃及马木路克王朝建立，开罗成为中心。
马木路克王朝扼红海之口，垄断香料贸易，阻断了欧亚商人从西汉张骞通西域之后所形成的“丝绸之路”，于是葡西商人对打通亚洲新线路，包括海上香料贸易航线，态度积极。1396年，西班牙人入侵东欧，16世纪初，先后打败伊朗沙法维王朝、埃及马木路克王朝，占领叙利亚、巴勒斯坦（1516年）和埃及（1517年）等阿拉伯地区，成为地跨亚欧非三洲的世界大帝国。
1509年，葡萄牙人环大西洋航行一圈进入印度洋，击溃阿拉伯舰队，确立了在印度洋上的历史地位。同年，葡萄牙的船队驶抵马六甲，并与在当地经商的华人展开交往。华人运往马六甲的主要货物为麝香、丝绸、樟脑、大黄等，以换取胡椒和丁香。葡萄牙人千方百计向华人打探中国的情况，但因舰队在马六甲逗留数月无法补养而撤退。
1510年，葡萄牙人强占印度西海岸的果阿，第二年攻陷马六甲，此举等于扼住威尼斯的咽喉，也意味着明朝朝贡贸易圈被撕开一道口子。就这样，欧洲早期殖民者的商业扩张一步步蚕食和肢解大明帝国建造的朝贡贸易体系，同时将这种体系嫁接到更为广阔的世界贸易体系之中。
葡萄牙人托梅·皮雷斯在其《东方诸国记》中写道：“如果它们要十分富裕繁荣的话，那么，马六甲没有坎贝（位于印度西部）就不行，同样，坎贝没有了马六甲也不行。”
尽管此时坎贝与马六甲的经贸关系更为亲昵，但马六甲王国还是派遣使节向明朝皇帝控诉了葡萄牙人的侵入。1520年，当托梅·皮雷斯以葡萄牙大使和葡属马六甲总督大使的身份从广州前往北京时，明朝御史义正词严，要求其归还马六甲国王领土，否则驱逐在澳门的葡萄牙人。托梅·皮雷斯不仅没有见到明朝皇帝，还被礼部下层官员一顿训斥，悻悻而归。
1523年，明朝发生了两件颇有喻义的事件：一件是发生在浙江宁波的“争贡事件”，另一件是发生在广东新会（今东莞）的“茜草湾之役”。
所谓“争贡事件”是两个日本贸易使团争相来明朝贡，后来一方暗中行贿太监赖恩，得以先进港验货。在欢庆贸易团宴会上，双方因先来后到和席位安排，激起武斗。在日本国内，这就是相互敌对的两派，结果先来一方将后来一方正使杀死，而后来一方的副使、宁波人宋素卿逃走。
先来一方纵火焚毁嘉宾堂和宋素卿船，并追杀宋至绍兴城下，在折回宁波时，沿途杀抢，大掠市区，然后夺船逃走。备倭都指挥刘锦、千户张捏率军追赶，不幸战死。
在此事件中，先来一方来使先后扮演外交使者、商人和海盗的角色。朱元璋曾定下祖制，日本朝贡以10年为期，每次200人和两艘船。尽管日本使团多次交涉，明朝也没有松口。在“争贡事件”发生时，明朝废除与日本的勘合贸易达17年。此时正值日本战国时代（1467—1600年或1615年），部分大名、土豪、寺院乃至部分失去藩主的日本浪人实质不为将军和天皇控制，之后流落为倭寇。
1511年占据马六甲之后，葡萄牙人一直想在中国近海找到一个落脚点以开展贸易，“茜草湾之役”就在这种背景下发生。结果，葡萄牙人对广东新会的入侵被中国水师击败，托梅·皮雷斯被俘，这是中国与西方在近代史前期所发生的第一次武装冲突。
一南一北两个事件，成为明朝对外贸易转向的标志性事件。1523年，给事中
夏言上奏“倭患起于市舶”，另一给事中张冲也有类似建言。这直接导致浙江、福建两市舶司被停罢，只留广州市舶司到1566年。
当时浙江市舶司负责管理对日贸易，如此一来，官方对日贸易停滞，但处于地下状态的中日民间贸易由于中外官商的勾结而更趋活跃，也变得更为纠结。
凡日本货至，皆委托商家，商家负其债，故不付，多者至数万金，少者亦数千，索急则避去。日商无奈，转委托贵官家，而贵官之奸，尤甚于商。日人于近岛坐索欠债，日久不得，乏食，乃出没抄掠，贵官诬之为“倭寇”，命官府发兵驱之，复先泄于日商以示惠。他日货至，又复如此，日商大愤，乃据近岛不去，海民及衣冠之士多与之通。
1524年，托梅·皮雷斯被处死，标志着葡萄牙人想在广州海域寻找的努力暂时画上了一个句号。在与明朝正面交锋受挫后，葡人逐渐放弃武力攻华之野心，并慢慢学会与明朝打交道。
16世纪初，明政府规定，凡造二桅以上帆船者处死。1525年，明政府命令海防官吏立即查处、拆毁所有这类船舶，并逮捕任何继续使用这种船只的海员。到1551年，在内外勾结海盗猖獗之时，任何乘一桅以上船出海者都会被视为间谍，但对于摆脱大西洋羁绊而进入印度洋、进而闯入这个体系的葡西商人来说，明帝国的钳制之力逐渐变成强弩之末。
“茜草湾之役”后，葡萄牙人销声匿迹于广海，却出现在舟山群岛隶属于浙江宁波的双屿岛上（今为舟山市的六横岛和佛渡岛）。
舟山群岛位于对日实行朝贡贸易的宁波港外围，由千余岛屿组成，岛与岛之间的海湾错综复杂。双屿在舟山群岛东南百里，悬居海洋之中，为倭夷贡寇必由之路，扼南北航线和中日航线之要冲，是海洋天险。
最初，双屿不过是中外私商的一个季节性贸易场所，他们每岁夏季而来，望春而去。在1524年前，这里还是一个不太为人关注的地方，但之后，海盗、倭寇、殖民者搅和在一起，让这里逐渐不再平静。
葡萄牙人能在东亚和东南亚撕开朝贡体系的裂口，与明朝走私商人的外在推动也不无关系。从某种程度上说，葡萄牙人通过明朝走私贸易网络完善和延展了他们日后所需要的网络。对此，葡萄牙人加斯帕·达·克路士在《中国志》中曾这样叙述：
因被朝廷禁止回到中国，而不得不居住在马六甲、北大年
等南洋群岛的海外中国人，与葡萄牙互相勾结，私下和中国进行走私贸易，最终造成了在广东进行贸易的葡萄牙人也失去了做合法贸易的资格。为了能将贸易继续下去，进行走私贸易的海外中国人又将葡萄牙人带去了他们的亲戚朋友所居住的浙江双屿岛。
当时，浙闽海上通番之人从宁波双屿出洋多到日本，从漳州月港出海多到南洋。1517年，葡萄牙人就来到漳州互市。较早来双屿从事走私贸易的主要是福建漳州、泉州商人，他们所坐的海上商船被宁波人称为“漳船”，漳船进入宁波海域的时间大概也在这前后。
1526年，越狱的福建人郑獠下海经商，鼓动葡萄牙商人来到双屿港，与宁波商人卢黄四等私下开展交易，这成为葡萄牙商人到宁波经商的开始。
久而久之，葡萄牙商人就在双屿定居下来。到1541年，据日本小叶田淳的研究，漳州海面商船往来不绝，留居漳州的葡萄牙商人达500多人。
舟山群岛走私贸易的发达是以漳州龙溪地方为主的福建人所带动的，其他各股福建海盗也是这样。譬如，1548年的漳州海寇阮其实，1562年贼首洪獠、林獠、郭獠、魏獠等。
参加沿海走私贸易的宁波人主要是盐场的“灶丁”。灶丁生活在沿海地区，负责采办渔课，可以借采办之名，私下制造大船下海，帮双屿港走私分子搞物资运输，有的则直接参与交易。到了1532年左右，海上私人贸易公开化。“十数年来，富商大贾，牟利交通，番船满海间”
。
海商势起并非一朝一夕。原来浙东海上无寇，“渔民也遵纪守法，不敢越雷池半步”
，后来冒出一两位胆大的海商，在福建、广东的近海干起了海上渔盐的买卖。他们贿求地方官或托乡官，得以以小船早晚进货，祖宗之法尚未破坏。到嘉靖时，这些人勾引番船，海上寇盗纷纷而来。
1541年之前是海上私人贸易自由发展阶段。起初，大多数海商自买自卖，承揽货物，尚未成群，后由于“强弱相凌”的竞争，慢慢形成了“或五只，或十只，或十数只，成群分党，纷泊各港”的海上贸易集团。他们不但雇用本地的舵工、水手，又哄带日本贫穷的倭奴，借其强悍以为护翼，有的还与富实倭奴合伙做买卖，行迹遍布日本、暹罗、南洋等地，又兼在沿海伺机劫掠。
1538年，福建海商金子老以番舶主身份，“据宁波之双屿”，这里才渐成气候。金子老招来同乡李光头和徽州人许栋、王直等人共同经营双屿，并相继引来日本私商和葡萄牙商人，双屿才逐步发展成为东亚海域最大的海上贸易中心和中外私商、海寇最大的据点。
所以，德国学者弗兰克对明朝自郑和下西洋之后实行“闭关锁国”的看法表示质疑，“东南部的海上贸易活动从来没有停止过。非法贸易很快就与‘日本人’（其实更多的是中国人）的海盗活动交织在一起，发展得十分兴旺，其交易量远远超过官方的‘朝贡’贸易”
。
当“番舶以禁严而不至”，而“私舶以禁弛而转多”之时，政府控制的朝贡贸易慢慢让位于海上私人走私贸易。之后，许氏兄弟、李光头两大海商集团逐渐形成，成为双屿港发展史上的转折点。
1544年，王直与同乡徐惟学、叶宗满等人一同投靠在许栋门下。他“少落魄，有任侠气。及壮，多智略，善施与，以故人宗信之”
，成年后，先与徐惟学等人贩盐，后和叶宗满等人南下广东，收带硝黄、丝绵等违禁之物到达日本、暹罗等国，往来互市。1542年，他首航日本成功，并在次年为日本商人效力。在许氏集团内，他先由“管库”而至“管哨”，成为手握军权的实力派人物。
1540年，葡萄牙人就在双屿（今浙江舟山市双屿港）和浯屿（今福建龙海市东南浯屿岛）建立了比较固定的“临时居留地”，搭棚交易、存货，并建有堡垒房屋。当时在双屿驻有1200多葡萄牙人，浯屿则有500多人，直到1549年被逐出。
除葡萄牙人、华人外，双屿港居住的至少还有日本人、马来人、琉球人与暹罗人，甚至还有远至东非、印度的人。
1543年，葡萄牙人到达日本九州，尔后开辟了对日直接贸易。在马六甲与日本之间，双屿成为他们理想的临时停驻和补给点，从而形成日本、闽浙、马六甲之间的一个三角贸易区。在这个链条中，他们从马六甲等地购买胡椒、香料等东南亚商品，在双屿或者月港与当地商人交换丝绸、棉布，然后运往日本销售，换回白银，再到中国贩丝或布，卖到马六甲。葡萄牙人甚至通过果阿交流到了欧洲，这成为澳葡获利最丰的黄金航线。1636年，澳葡与日贸易仍处于历史的最高点，达到314万日本银两。
日本白银的大量开采和出口是在16世纪40年代以后，也就是晚明嘉靖年间。经过陕西、江南、山西等地以周忱、李敏、叶淇为代表的纳粮、租税、盐税、开中折银之后，中国白银货币化进程已经由税赋纳银演变到徭役纳银阶段，市场迫切需要更多白银以支付流通。因此，日本银矿出产的突然急剧增长应该说不是孤立存在的，日本对中国丝与丝织品的巨大需求构成了日本银产量激增的动力。
就这样，在供求关系的作用下，日本成为以中国为轴心的世界白银贸易中的重要一翼，处于海盗身份背景下的海商与澳葡商人一起搭起了这一黄金通道。
葡萄牙人是1542年在漳州人领航下，从澳门转泊漳州，沿闽南经琉球到达日本的。同年，宁波知府曹浩以“通番船招致海寇”为名，逮捕了一些通番商人。
地方士绅因获利丰厚，为之说情解脱；豪门权贵因贪恋海外奢侈之物，为之庇护；狡吏黠史也奔走引线，以至于曹浩说：“今日也说通番，明日也说通番，通得血流满地方止。”
因为惧怕倭番，官兵前去剿灭，反为所败。即便如此，在明朝朝野也无甚波澜。反倒在1547年，海商内部一次带有黑恶性质的杀人放火被县令以“倭贼入寇”为名仓促上报，震惊朝野，引发连锁反应。
故事的主角并非倭贼，而是宁波参与走私贸易的望族“余姚谢氏某者”和明朝走私商。对此，《嘉靖实录》记载，“余姚谢氏”某者与王直、徐海等走私商有着合作，习惯拖欠货款，遭到走私商的逼催，就恐吓对方“吾将首汝于官”。走私商不甘受到要挟，一不做二不休，就纠集一干人马和“番客”，夜攻谢家，杀人放火，掠财而去。
这一事件直接成为嘉靖皇帝决意抗倭的导火索。随后，副都御史朱纨被授予“巡抚浙江兼制福（州）、兴（化）、漳（州）、泉（州）、建（宁）五府军事”的身份，前去抗倭。
朱纨，苏州人，在嘉靖帝登基的当年中了进士，此时被赋予两省抗倭之职，旨在“通摄”各处，以对付“出没无常”的海寇。且他握有“王命旗牌”，具有因地制宜的行事大权，文官五品以下，武官四品以下，可以自裁军法从事，从此到1566年近20年间，海盗商人遭遇灭顶之灾。
换句话说，1548年朱纨平定舟山双屿港以前的26年间，是舟山海域基本无寇乱的时期，但这时的双屿被抗倭派称作“根抵窟穴”。在朱纨看来，抗倭至少可以剿除通倭的内鬼。当朱纨暗中调兵遣将之时，在双屿岛上的海盗商人们尚不知覆巢之危将至。
因为海盗具有武装，双方在九山洋发生激战，许栋被擒杀，武装走私商人及葡萄牙人在双屿的据点被拔掉。朱纨下令，以木石筑填通往双屿港的南北各水口，使所有船只无法进入内港，中外私商苦心经营多年的双屿岛遂成废墟。
之后，经过大小数十战，这些私商被赶出浙江海域，部分残余逃往福建浯屿。没有死心的葡萄牙人纠集大量中国海盗南下福建，进犯漳州、月港、招安、走马溪，浙江最早的军事长官卢镗与巡海副使林乔率领明朝官军迎击葡萄牙人的进犯。
在走马溪之役中，明军生擒葡萄牙人16名，并便宜行事将96名明朝海盗就地问斩，拔除了倭寇在福建的侵略据点。朱纨在报捷奏折中写下了“全闽海防，千里肃清”八字，宣告福建抗倭斗争取得胜利。但在北京政坛，主张通番与反对通番上升为一场政治斗争。
1547年，伴随抗倭还发生一件事情，日本以周良为代表的使团提前近一年前来朝贡，所来人数和贡船数量都超过限制，即便据理力争，仍被阻隔在舟山群岛停泊10个月，直至次年春天贡期到后，始准入贡。在处置日本贡使问题上，朱纨与专门掌宾礼及接待外宾事务的主客司、福建籍的林懋和发生矛盾，招致闽籍官僚的系列弹劾。
1548年，福建籍御史周亮及负责监察六部诸司、弹劾百官的给事中叶镗率先发声。吏部根据他们的上奏建议，将朱纨由巡抚改为巡视，以弱其权。
1549年初，另一名福建籍御史陈九德对于96名涉嫌走私的福建百姓未经朝廷批准便被杀死，上奏朝廷，弹劾朱纨擅杀。兵部侍郎詹荣、兵部尚书翁万达等，相继如此。
对于众人的指责，朱纨先后上章辩解：“臣看得闽中衣食父母尽在此中，一时奸宄切齿，稍迟必贻后悔”
“浙闽大姓素为倭内主者，因失利而怨声四起”
。尤为要害的，朱纨公开上奏通倭的官宦之家，点名批评林希元等地方官绅，“不惜名检，招亡纳叛，广布爪牙，武断乡曲，把持官府。下海通番之人借其赀本，籍其人船，动称某府，出入无忌，船货回还，先除原借本利，相对其余赃物平分”
。
在市舶司废除之后，对于海盗的管理、缉拿之松紧全在地方官绅的把握，当地官僚睁一只眼闭一只眼也是实情。当地绅商望族交结官僚，向海商借本或者转用船只，利益共享，这种情况也并非无中生有。
林希元比朱纨长11岁，是早在1542年就已经被黜归家的一介闲人。他在1530年升任南京大理寺丞，次年辽东兵变，他上书说“兵变起于姑息政策”，与权臣夏言意见相左，被贬为钦州知州，之后他仍屡次上疏，对主抚派大加抨击，直到被夏言罢官而返乡精研理学。1558年倭寇进犯同安时，他以78岁高龄之身仍上书提出抗倭保境之策。
对于朱纨的批评，林希元申述说：“佛郎机
之来，皆以其地胡椒、苏木、象牙、苏油，沉、束、檀、乳诸香，与边民交易，其价尤平，其日用饮食之资于吾民者，如米、面、猪、鸡之属，其价皆倍于常，故边民乐于为市，未尝侵累我边疆，杀戮我人民，劫掠我财物。”
林希元不是一般的主战派，他坚决反对外敌入侵和官方的绥靖政策，但对子民被杀，他同样怀有同仇敌忾之愤。他虽主张用兵，但在海禁与通商政策的选择上又是积极的通商主义者。他的观点也并非没有局限，甚至为佛郎机辩解，说他们初来时也曾担心海盗掠夺自己，为此也曾驱逐横行海上、连官府也不能治的强盗林剪。
据此，林希元认为，“佛郎机未尝为盗，且为御盗，未尝害吾民，且有利于吾民也。”他也坦承，佛郎机收买华人子女有罪，但在他看来，“罪未至于强盗。边民略诱卖与，尤为可恶，其罪不专在彼”
。
对于朱纨和林希元，曾有文章这样评论：
与朱纨只管埋头做官不同，林希元十分关注国计民生。他自幼生长在福建海滨，对家乡百姓泛海求生的艰辛深有体会，因而对求食海上的走私贸易有着深切的理解与同情。在他看来，保护和资助当地百姓下海通番，甚至从中获利虽不合于天朝法度，但绝不是什么伤天害理的事情。
面对福建官僚的群起弹劾，朱纨被暂行解职，回原籍听候处理，同时朝廷派两位非闽浙籍官僚杜汝祯（兵部给事中）和陈宗夔（福建巡按御史）调查事情真相。勘查的结论是：所谓葡萄牙人其实是马六甲国商人，每年私招沿海无赖之徒，往来海中贩卖外国货物，未尝有僭号流劫之事。之后，被俘虏的葡萄牙人都被认为是满剌加夷来市者，而非佛郎机行劫者，被流放到广西桂林。
嘉靖皇帝遂下诏，要拘捕朱纨到北京询问。朱纨得讯，悲愤交加，上书说：“纵天子不欲死我，闽浙人必杀我”
“去外夷之盗易，去中国之盗难；去中国之盗易，去中国衣冠之盗难”
。
1549年1月底，他写好《都察院右副都御史秋厓朱公纨圹志》，服药而死，终年57岁。明末著名史学家谈迁在《国榷》中写到朱纨，说他作为十年中丞，“田不亩辟，家徒壁立”。
朱纨死得刚烈、死得傲气，他在《圹志》中发明心迹说，一不负天子，二不负君子。“命如之何？丹心青史。”朱纨用服药自杀的方式了结自己，对皇廷的忠诚天地可鉴，但他没有兼顾到朝廷上下闽浙官僚及其身后以海洋为生的居民情绪。
在宦官集团和文官集团之间，那些既能把握皇廷（在某种程度上是宦官）意图，又能号准民间舆情脉搏的文官，才能博得民间好评而在官位上行之既远。明朝的舆论氛围有参政群体扩大化和舆论控制民间化之势。从这种意义上看，与其说朱纨是被闽浙人逼死，不如说他是逆了一种趋势而死。
在葡萄牙人克路士的笔下，企图私吞船上货物的抗倭将领卢镗以及朱的另一位副手柯乔也被定死罪，关在按察司狱里，直到另一位苏州人王忬就任浙闽巡抚后，才得赦出。而此时，浙闽巡抚一职已经空闲四年。
卢镗出狱后，随后亮相的戚继光、俞大猷等所面对的对手，就是在上述战役中侥幸逃过的王直。
王直是安徽歙县人，生于富有家族，因与人合伙业盐触犯政府禁令，逐渐走上违法贩运禁物之路，并从广东转战到浙江沿海。在双屿战役后，他率余部北上定海的烈港，也就是烈表山，距舟山县城30公里。1549年，因官方遣散剿杀双屿港的福清捕盗船时，不支粮饷，导致大半兵船投奔王直麾下，使王直集团成为舟山海域独一无二的大势力，名声大噪，并逐步成为继李光头、许栋之后独霸江湖的走私商人集团首领。
1550年，卢七集团抢劫战船，攻击杭州江头西兴坝堰，劫掠妇女、财货。浙江的海道副使丁湛以“拿贼投献，始容海市”
为条件，要王直前去剿灭卢七集团，王直遂打垮卢七、沈九等海盗，缴获船只十余艘，消灭千余人。
1551年，海道副使李文进命令负责宁波府监察之职的通判唐时雍、把总张四维（此四维非彼四维）前去和王直商议，希望合力消灭陈思盼海盗集团。陈思盼曾将带船前来投奔他的海商王丹杀死，吞并其船队，王直就与原来属于王丹的陈部取得联系，以海道官兵以及宁波慈溪县柴美德家丁数百人为外援，里应外合，斩杀陈思盼，并将其侄子陈四及属下400多人押送海道。
此数役后，王直确立了自己的海上霸主地位。他自号“五峰船主”，海上船只只有插上“五峰旗”方能进退。在实力最为鼎盛时，他拥众20万人，巨舰百余艘，并将船只让毛海峰、徐碧溪等分领，往来日本、暹罗诸国，自称徽王。
朱纨捣毁国际走私基地双屿港后，舟山的走私海商分裂成互市派与寇掠派。王直便是主张通商的互市派，尽管海上快意纵横，但他始终没有放弃“开放海禁”的要求，以谋取“合法经商”的地位。在捕杀陈思盼时，他以此为功，再次向朝廷提出开放海禁的要求，但只得到百石米的馈赠，互市之求被搁置一旁。1552年，王直公然在舟山开市贸易。王直曾言：“倭国缺丝棉，必须开市，海患乃平”
，但这仅是王直的一厢情愿。1552年，王忬抵达浙东之时，标志着王直与官府“合作”的短暂“蜜月期”的结束，一场新的血雨腥风马上到来。
之后，王忬派遣俞大猷等人率兵夜袭烈港。王直猝不及防，于慌乱中乘船突围而出。有人说王直在日本一避就是四年，有人说王直勾结日本浪人，派部属回来进行了极端报复，导致1553年的“壬子之变”。史书称海寇“蔽海而至。浙东、西，江南、北，滨海数千里，同时告警”
。
海盗来势汹汹，势不可当，往来闽浙海道，由暗中走私恶化为公开武装对抗，并另行开辟了日本—台湾—澎湖—福建大金、浯屿和粤东南澳的海上通道。在明朝官方眼中，他们的做法已经不是一般的出格。
相反，学得乖巧的葡萄牙人在1553年取得在澳门的居住权，这也是明朝官方化解倭乱的一大举措。四年后，葡萄牙人以租借澳门的方式，独享了之后百余年间作为广州外港的独特优势。在倭乱期间，葡萄牙人通过澳门和日本平户等港口直接贸易，这条航线在东海海域唯一不受海禁影响。
在荷兰霸占马六甲的1641年以前，澳门逐渐发展成为世界贸易体系中的重要一环。葡萄牙史学家徐萨斯记载了这种贸易的链条：
欧洲与东洋的贸易，全行至里斯本，满载毛织物、绯衣、玻璃精制品、英国及富朗德儿出的钟表以及葡萄牙的葡萄酒而到各地的海港换取其他的物品。船从哥亚航行至爱琴得到香料与宝石，又从爱琴至嘛喇甲更得香料与宋大岛的白檀。其次，再把此等物品，在澳门换取绢加入为船货。最后，又把以上的货物到日本换取金银块，可得到投下资本的二三倍利润。然后，再在澳门滞留数月，则又可满载金、绢、麝香、珍珠、象牙精制品，细工木归我国（葡萄牙）独占。我们每年以大帆船与圆形船结成舰队而航器、漆器以及陶器而返回欧洲。
从王忬到继任者徐州兵备副使李天宠、杨宜，数名封疆大吏先后在浙江剿倭战事中被调离。即便如此，浙江倭患还是没有任何得以被收拾的迹象。闽浙总督张经、浙江巡抚李天宠、苏松副总兵汤克宽等人先后因不服领导、贻误战机等存在争议的原因被处决，参将汤克宽坐牢。兵部员外郎杨继盛因弹劾严嵩“五奸十大罪”，惨遭毒手。
徽州人胡宗宪接替任职不过半年，同是徽人的杨宜出任浙江、南直隶总督。经过陶宅之败，胡宗宪及权臣赵文华认识到，单靠明军脆弱的武力难以剿灭飘忽不定的倭寇。在这种判断下，1555年，赵文华与胡宗宪在“当事诸君与之筹划不敢出一语”的情况下，派辩士蒋州、陈可愿等前往日本招抚倭首王直。
此时，胡宗宪已经将王直的母亲与妻儿接到杭州作为人质。
王直让其养子毛海峰答复说，“愿意听从胡公的命令，但要开放海禁。”胡宗宪一口答应。1556年，王直将胡宗宪手下的指挥夏正扣下，部队交给毛海峰，自己孤身一人于嘉靖三十五年（1556年）11月入胡宗宪府邸。
胡对王直有收归己用之心，请皇帝饶其死罪，令其戍守海上，但浙江巡按御史王本固（河北邢台人）坚持要杀王直，双方争执不下。不久，朝廷有人怀疑胡宗宪收受了贿赂，群情激愤。胡宗宪为替自己辩白，将王直交给王本固，王直遂入狱。王直在死前于狱中以带罪犯人的口气曾有这样一份上疏：
连年倭贼犯边……劫掠满载，致使来贼闻风仿效，纷至沓来，致成中国大患。……此臣拊心刻骨，欲插翅上达愚衷，请为说客游说诸国，自相禁治。日本虽统于一君，……其国尚有六十六国，互相雄长。其犯中国之贼，大致出于沿海九州，其他十有二岛，臣已遍历，劝自约束，……经臣抚谕，必不敢仍请攻犯。臣当自五岛征兵剿灭，以夷攻夷，此臣之素志，事犹反掌也。如皇上慈仁恩宥，赦臣之罪，得效犬马之微劳驰驱，浙江定海外港，仍如粤中事例，通关纳税，又使不失贡期；宣谕诸岛，其主各为禁制，倭奴不得复为跋扈，所谓不战而屈人兵者也。敢不捐躯报效，赎万死之罪。
在迟疑两年多后，明政府在1559年下达诏命，斩首王直，等于宣判王直死刑，缓期两年执行。
那天，王直被一顶小轿抬到杭州官巷口法场。临刑前，他提出要求：与儿子见最后一面。王直把束发金簪交给儿子，父子相拥而泣。然后，他拭去眼泪，不发一言，伸颈受刀，就此毙命。
海盗或走私商多出自沿海，王直之死代表着地处内陆的徽州商人试图用跨越地缘关系的方式打通海上贸易通道的失败。进入清朝后，以晋商为代表的北部外贸商人在陆路以恰克图为中心，以福建商人为核心的广州十三行商人在南部海路以广州为枢纽，建立起了一南一北两大贸易黄金大通道，并大展宏图。不应忘记的，是徽商曾经做出的这次悲壮的尝试。
在整个抗倭斗争中，朱纨不是唯一的死难者。同时代的主战派官员，譬如提携朱纨的首辅大臣夏言，以及王忬、曾铣等，被杀的杀，被免的免，好不惨烈。
夏言是江西人，尽管他是先后四次出任首辅的老臣，也没能逃脱被诬杀的命运。夏言在1538年首次出任首辅，在之后到1548年间，明朝换过7次首辅，夏言得任4次。
16世纪40年代，夏言是主战蒙古、收复河套和抗倭的灵魂人物。1547年，夏言最后一次任首辅的第三年，在他的组织下，中国南北同时兴兵。
在北方，明朝发动了驱逐蒙古、收复河套的战役，这场战役由三边总督曾铣上书而提上日程，他一度将蒙古人赶出河套。在南方，夏言推荐朱纨前去闽浙平倭，主张要像对待“北虏”那样以强硬手段加以剿灭。朱纨不负众望，以强悍之态，肃清了盘踞在浙闽多处的中外私商乃至海盗。
但随后发生的事情扭转了全局。1548年，北边鞑靼首领阿勒坦汗又入境侵扰。对此，魏斐德写道：“人们对夏言的进攻之策丧失了信心。”
嘉靖帝的态度也发生了很大转变，他下诏对驱逐蒙古提出质疑，“今逐套贼，师果有名乎？兵食果有余，成功可必否？一铣何足言，如生民荼毒何？”
或许是夏言也认识到战争并不能解决北部边疆的安宁问题，湖北专业作家熊召政曾在演讲中指出，在晚年，夏言也曾提出和蒙古人改善边关贸易，但被严嵩借题发挥说破坏了祖制，并污夏言收受了蒙古王的贿赂，要里通外国。
夏言与严嵩是同乡，且对严嵩有引荐之恩，但两人关系处得很僵。夏言对严嵩傲慢无礼，以门客视之，是两人关系恶化的重要原因。夏言不近女色，不贪不占，不畏权贵，早在入阁前就参过弘治皇帝的小舅子张延龄。
得势的时间一长，夏言也多少有些骄横气盛。他答应了严嵩的宴请，却刻意不到，借此羞辱严嵩。他视太监为奴才，严嵩看到太监甚至会让座，走前必给红包，见者有份。
因拒服道冠法服等事，夏言招致嘉靖不满，严嵩则以谦恭之姿维持着嘉靖的恩宠。皇帝不满、做人傲慢、与蒙古关系紧张，让夏言在1548年被严嵩置于死地，妻子被流放。之后，严嵩第二次出任首辅，受宠22年不衰。
在夏言被斩的第二年（1549年），朱纨失去庇护，以“擅杀罪”被群起弹劾，最终没等到对其的追究就自杀而去。1559年，王忬在与蒙古作战中失利，次年被严嵩构言杀害。1449年，土木堡之变后，于谦掀起北京保卫战。100年后的1550年，蒙古再次兵临北京城下，王忬就是在这时临危受命，调任大同巡抚，后加兵部右侍郎，来到抗击蒙古侵扰第一线的。此前，王忬在抗倭中任用俞大猷、汤克宽等人，战功卓著。
王忬有两个做官的儿子，在王忬被杀前，他的大儿子王世贞解官赶到京师，与其弟王世懋每天在严嵩门外自罚，请求宽免，但没有如愿。后王世贞累官至刑部尚书，王世懋则担任南京太常寺少卿。1567年，王氏兄弟终为父平反。
魏斐德说，嘉靖朝臭名昭著的大臣严嵩在置夏言于死地后改取守势。
与夏言不同，严嵩对攻守并没有鲜明的直接态度，他更多通过他的代理人赵文华以体现其意图。赵文华是宁波慈溪人，是严嵩的学生兼义子，他生活作风奢靡，为人诟病，但也颇有些才干。
早在朱纨全权总督闽浙军务时，赵文华就建议朱纨应审时度势，不要危害海外贸易。1554年，赵文华请开市舶，因户部阻挠而未果。到达江南后，赵文华又结合实地考察的情况，向朝廷上奏《陈海防事宜六事》，明确提出“弛海禁”的主张，“宜令督抚等官，止禁通番大船，其余各听海盗官编成排甲稽检出入，照旧捕采”
。
历史上严嵩、赵文华的形象是“权奸”，只知贪权纳贿、陷害忠良，而严嵩当政多年，政绩并不突出，其作为主要体现在对待“南倭北虏”的民族政策上。赵文华主张弛海禁、开市舶、轻民赋，他与严嵩在对倭寇的起因、成分的认识及其对策上是基本一致的。
对于倭寇，严嵩有较为清醒的认识，他认为，“倭寇之起，因闽浙人下海通番得利，聚徒众盛，遂起狂谋。去岁只在沿海侵犯，今则各地深入。据报，真倭数不满千，皆系漳温近海贼徒结伙导引，一如北虏我逆之导也。”
在赵文华保荐下，胡宗宪当上直浙（南直隶、浙江）总督，招抚开市之事就是胡宗宪的主意。在胡的幕僚郑若曾执笔的《筹海图编》中，他曾提到嘉靖时的主事唐枢对商寇的认识：“寇与商同是人也，市通则寇转而为商，市禁则商转而为寇；始之禁禁商，后之禁禁寇。”
显然，胡、赵等人对唐的话深表认同。严嵩不主战的思想背后，已经初步具有推动通商互市的倾向，只是这种思想更多以赵文华出面来主张。严嵩在文官中的名声不佳，似乎让这种倾向缺少落地生根的外在环境，赵文华虽是其代言人，但其本身的分量不足。
王直在临刑前的公开遗言中曾长叹：“吾何罪，吾何罪，死吾一人，恐苦两浙百姓！”
死后，他的话很快得到应验。倭寇的活动并没有如明政府一些官吏们所想象的那样，因为王直这个“倭寇”头目的被杀而消弭下去，而是在王直死后达到高峰。
1562年冬天，倭寇猖獗达到极点。以前倭寇充其量攻陷一座县城，这次动静大到直接攻陷了兴化府。曾被胡宗宪陷害入狱的俞大猷，这时升任浙江总兵，戚继光副之。早些时候，俞大猷有赖陆炳贿赂严世蕃并取得大学士徐阶的担保才得以脱身。
此时，徐阶已取代严嵩而位居首辅之位。当年，张璁为斗倒夏言，开启了明代党争时代。这时，没有太多资历的翰林徐阶在他27岁那年违逆张璁，说其出身不正，被张璁扬言要将其正法。逃过一劫的徐阶最终被发配福建为官。夏言斗倒张璁之后，举荐、提携了徐阶。有“明代第一奸臣”之称的严嵩把夏言整死后，徐阶又将严嵩扳倒。后来，三起三落的高拱又将曾有举荐之恩的徐阶斗了下去，但没承想，高拱又被徐阶提拔的张居正给赶下了台。
在俞大猷被委以重任的同年，胡宗宪以“严党”之流被捕下狱，其被弹劾至少有两处：一是倭乱，二是阿谀严嵩。胡宗宪曾多次写信乞求罗小华在严世蕃面前为自己说好话，而这罗小华（又称龙文）可不是一般人，否则犯不着胡宗宪来求他。
罗的身份是徽州墨商，他善用桐油烟制造上品墨，早在年轻时就取得了在制墨业的执牛耳地位。但他拜严嵩做干爹，还是王直的亲戚，与严嵩的儿子严世蕃关系紧密。
在惩处“严党”时，严世蕃先是发戍，后以通倭罪被杀。因为一连串的关系，罗小华以同样的罪名被抄家。明代小说《金瓶梅》中的“西门庆”，据说就是以严世蕃为原型，而胡宗宪在强大的政治压力之下万念俱灰，于1565年横刀在狱中自杀。1572年，他的死得到昭雪，并被国史录入平倭功勋名单中。
1566年，勾结倭寇多年的大海盗吴平从海路窜逃安南途中被闽、粤官军全歼。至此，中国沿海倭寇巢穴被全部荡平，大股倭寇基本肃清。
但舟山民间走私或海盗贸易对于明朝对外贸易政策转向的作用，也不容忽视：
纠番与诱倭私市贸易是明代中叶民间海外贸易活动发展的两大进程。……在纠番私市贸易活动中有以许氏兄弟为首的双屿港私市贸易活动，在诱倭私市贸易中则有以王直为首的烈港私市贸易活动，并进而发展到以日本平户为根据地的海外贸易集团，从而把舟山海商的海外贸易活动推进到一个前所未有的鼎盛阶段，这在中国民间海外贸易史上有其重要的一席之位。值得一提的是，以王直为首的诱倭私市贸易活动的开发，加速了明代中日官方贸易向民间贸易的演变。自王直以后，日本的平户港一直是明末清初中国民间海商往来日本的一个主要据点。
同年，新任皇帝隆庆上任，日本战国时代结束。之后，真正在政府的战略及执行层面具有毫无掩盖的通商互市倾向的，是高拱、张居正内阁。
整个明朝，把政治权威与民意传达拿捏得最为到位的年代，当数高张内阁时代。1570年，张居正以封王和开放边市贸易为手段，重新恢复了对北方边疆游牧民族的和谈绥靖政策，并在1571年削减了三分之二以上的军队，从此基本结束了明朝与蒙古鞑靼各部近200年兵戈相见的局面。而之前，每次俺答长驱直入，都让晋中汾阳、介休、太原、祁县、太谷等地生灵涂炭，蒙受很大生命财产损失。也是在这期间，明蒙边境出现了很多明朝在塞外的固定村落“板升城”，最大的“板升城”呼和浩特就在1566年修成。
与夏言、朱纨等主战官员因被弹劾而死不同，1571年前后就明蒙关系及官商关系交织引发的对张四维、王崇古家族的弹劾，触动的是被弹劾一方的政治大地震。两次弹劾，胜利的一方延续和凸显了一种影响的存在，那就是主张通商开市。
高张内阁时期，南方海疆祥和，海商获得合法身份，与大明社稷、舆论两相无事，迎来了一段难得的发展机会，中国海商获得史无前例的发展。