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章太炎抵达台北后，经上海《亚东时报》的日本友人山根虎雄、安藤阳洲的介绍，前往《台湾日日新报》当记者。
《台湾日日新报》是台湾日治时期第一大报，创办于1889年4月，社长为日人守屋善兵卫，主笔为木下新三郎，中文部主任编辑韧三衣州。这个刊物带有很强的官方背景，也是从先前几份各方报纸整合而来，获得了台湾总督儿玉源太郎和民政长官后藤新平的大力支持，因而需要有文采、有思想的编辑和记者。大约正是这样一种背景，章太炎才来到台湾，出任该报记者。
在台湾，章太炎寓居在报社提供的宿舍中，并不常去报社，主要在家写稿，同时帮助日人馆森鸿修订诗文。章太炎还通过馆森鸿和台湾的许多名流雅士交往，这些名流雅士中也有一些日本人，这也为章太炎后来前往日本提供了条件。
章太炎滞留台湾时，为《台湾日日新报》撰写了一批文章和诗词，这些诗文展现了章太炎的才华和思想，也为他赢得了巨大的声誉，使他从先前囿于东南一隅的地方闻人很快窜升为全国性的政治人物。
如果就思想发展的脉络看，章太炎在1898年秋天政治大逆转之前，对于康有为的政治变革思想其实还有很大的保留。他虽然接受谭献、孙诒让等人的建议，暂时放弃了从学术上痛骂康有为，但决不意味着他能够认同康有为的那些主张。张之洞之所以看上他、邀请他前往武昌创办主持《正学报》，其实就是因为张之洞发现，或者是经过其幕僚钱恂发现，章太炎的思想与康有为有着很大区别，可以在某种程度上利用章太炎去反制康有为。即便章太炎在张之洞那里扫兴而归，他们也没有在对待康有为的立场上有什么分别，他们的分手别有原因。
到了上海，章太炎加盟汪康年主持的《昌言报》。不仅《昌言报》的背景是张之洞，而且《昌言报》之所以得以创办，也是因为汪康年与康有为、梁启超决裂，所以章太炎在《昌言报》的那些日子，应该说依然无法认同康有为、梁启超的学术主张和政治主张，尽管康梁师徒在北京很火，很得势，毕竟汪康年此时与他们闹得不可开交，而章太炎此时又是汪康年的同盟者。所以，可以肯定的是，在北京1898年9月下旬发生政治大逆转之前，章太炎即便不是康有为、梁启超的死对头，也算不上同盟者。
至于在北京政治变动中被处死的那几位，据我们现在所知道的资料，章太炎与他们毫无联系、毫无瓜葛，与他有联系或者说有间接联系的也只是北京政界相当边缘化的人物，像浙江籍的翰林院侍读学士黄绍箕等人。然而就在这场变动发生后，章太炎的思想发生了大逆转，他不仅相信民间那些攻击朝廷的传言，不相信朝廷的正规说法，反而很快写出感情真挚的《祭维新六贤文》，而且主动放弃与康、梁的争执，对康有为、梁启超寄予无限的同情，他的《书汉以来革政之狱》，就是以影射的史学笔法表示“其事虽不获平反于当时，而未尝不平反于后世。”断定北京政治上的大逆转只是历史的暂时倒退，康、梁所开创的维新事业一定还会继续下去。
仔细体会章太炎对康、梁的同情，很容易发现其缘由主要是他不相信朝廷的解释，朝廷对六君子的残忍杀害，大约是章太炎那时转而同情康、梁的根本原因。而且从话语传播层面说，政府的处理结束了就结束了，不可能一而再再而三反复唠叨，而受到迫害的康、梁反而利用手中的舆论工具不断强化受迫害的形象，赢得各方面道义上的同情。
1898年12月23日，梁启超主编的《清议报》在日本横滨创刊，这个刊物在此后很长时间反复宣传、反复强化维新势力受压迫、受迫害的形象，凡此，也是章太炎不计前嫌，山康有为、梁启超的反对者转变为同情者的根本原因。
章太炎同情康有为、梁启超，也就同情了康有为、梁启超所塑造的光绪帝，也就变成了一个保皇的政治人物，相信康、梁建构的1898年政治故事框架，以为政治变革的失败主要是因为以慈禧太后为首的保守派的反对，并由此撰写《书清慈禧太后事》追溯其历史上诸多罪状，这虽然貌似历史真实，其实不过是捕风捉影，野史传闻而已。
对康有为、梁启超师徒二人建构的戊戌故事，章太炎几乎是照单全收，不加怀疑。其实从严格历史学的眼光看，章太炎当年的许多看法真的很有问题，至少不是那么严谨，是以讹传讹。比如他在1898年12月28日发表在《台湾日日新报》上的《俳谐录》中，以非洲沙漠鸵鸟为比喻，指责袁世凯甘为人服乘，载重而不怒，出胯下而不耻，以为正是袁世凯的出卖，导致了慈禧太后反手镇压了维新运动。这显然都不是历史主义的态度，而是一种情绪宣泄，是一种非理性的鼓掌。
基于对康、梁的政治同情，章太炎忘记了先前与康、梁之间的所有不愉快，他不仅密切关注着康、梁的动态，也设法与康、梁取得了联系。康、梁告诉章太炎，他们正在运动日本政府，希望日本政府帮助他们继续从事中国的政治变革，而章太炎回信表示，估计日本政府不一定会接受这样的建议。至于康、梁的政治遭遇和流亡生涯，章太炎寄予无限同情，他在《台北旅馆书怀寄呈南海先生》中，深情回忆过去交往中的点点滴滴，发白内心觉得一切都是那样的美好，“老泪长门掬，深情故剑知。”过去一切的不愉快，过去对康有为今文经学的不满与批评，章太炎在这里都忘得一干二净。
章太炎的深情使流亡中的康有为、梁启超非常感动，他们除了将章太炎的这些书信、诗文在《清议报》上发表外，对章太炎的“拳拳正义”给予很高评价，以为章太炎的识见绝出寻常而爱之深、真诚期待能够与章太炎携手合作，得尽怀抱，驰骋欧美，救此沦胥。
康有为的名头此时可是全球皆知，高傲的章太炎收到康有为的亲笔回复后也未能免俗，眉宇盱扬，阳气顿发，以为康有为的主张不啻“白金良药”，是拯救中国的最佳方案。
对于章太炎这种不计前嫌热衷吹捧康有为的姿态，也有人提出批评，强调你章太炎与康有为的学术殊途，往者你评议康有为的经学，其激烈其愤怒不亚于东汉范升与陈元之间的殊死争论，现在你怎么突然又变得这样护着康有为呢？
对于这样的指责与嘲弄，章太炎并不觉得尴尬，他坦然答道：你不知道南宋大哲学家叶适与朱熹之间的故事吗？他们在经学上判若冰炭，视若水火，互不相容，互相攻击，但当有人以伪学、朋党攻击朱熹时，叶适在朝，乃痛言小人诬罔，以斥其荒谬。知道这是为什么吗？道理很简单，他们可以在学术上有争论，但在政治上的看法并不一定就相互对立。章太炎说，他和康有为之间的关系，大约就是这个样子。
即便在学术上，章太炎此时也较先前有很大退让。他说，真正对康有为学术构成重大批评的，还是朱一新，而不是他章炳麟。朱一新曾因弹劾李莲英罢官，由此可知假如朱一新现在依然职掌朝政，依然有权建言，相信他也会转而支持康有为。至于我章炳麟的学问倾向，好像还没有像朱一新那样刻意推崇宋学，我与康有为之间的争论，也只是就《左传》、《公羊春秋》的门户师法之间的问题，至于黜周王鲁，改制革命等，我章炳麟的看法与康先生的看法其实并没有多大的差别。何况旋乾转坤，以成振兴国家这样的盛事伟业呢？总而言之，一切理由都被章太炎说光，人们也就不好怎样指责他为什么改变了学术宗旨。
显而易见，章太炎此时对康有为的同情，在学术上刻意放他一马，主要的还是因为他认为康有为所做的政治活动是一项正义的事业，不明不白因卷入了慈禧太后与光绪帝之间的权力冲突而受到政治迫害，这是章太炎的理由。至于康有为的那些陈说那些解释，究竟是不是历史真实，章太炎在那个特殊的时候，当然无法也没有条件深究。他的良知迫使他必须这样做。
康有为出逃之后，一直宣称自己手里拥有皇上赐下的密诏，责成他和他的同志救中国保大清。这里面的故事柑当复杂，因为从今天所知道的历史事实来说，当然不能说康有为造假，他确实知道皇上有个密诏，确实是让他们为改革想办法，只是这个密诏是皇上赐给杨锐的，而康有为是通过林旭传达的口谕获知的。由于当时特殊的历史背景使康有为无法说出密诏的来龙去脉，或者因杨锐、林旭等当事人都不在了，而康有为真的不知道全部真相，所以康有为在海外一再宣称自己手里拥有密诏，也就一再受到另外一些人的质疑，认为康有为是胡说八道。
对于密诏的真相，章太炎也不愿仔细探究，但他依然出于道义上的同情，出于同党意气，义无反顾地站在康有为一边，为康有为声援，为康有为打气，奋力驳斥那些质疑者。他于1899年1月22日在《台湾日日新报》发表《答学究》一文，认为康有为所发布的密诏不容怀疑，因为从逻辑上说符合政治演变的情形。他指出，1898年秋天的政治大逆转，就是慈禧太后的大阴谋大夺权。由此也可证明康有为发布的密诏具有真实性可信性。不然，慈禧太后捉拿康有为，居杀六君子，足以解除康有为等人谋围颐和园，劫持皇太后的阴谋，足以化解全部危机，然而，老太后却没有到此而止，反而将皇上囚禁于瀛台。
章太炎当然不知道皇上移居瀛台的真相，康有为当然也不知道朝廷政治运作的内幕。康有为确实不是有心造假，章太炎也不是曲意辩护，只是这个问题实在太过复杂。政治上的简单同情并不能代表历史真实，所以章太炎的辩护也就显得并不是那么有力量，那么有说服力。