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从2001年到2010年，金蝶历时10年从财务管理软件企业转型成为国内本土ERP软件领导企业，在战略方向和业务模式上完成了第一次转型。在第二个成长阶段，金蝶在外部环境的动态性方面面临诸多挑战，主要包括互联网经济泡沫破灭与金融危机、国家宏观调控、外资软件企业的竞争优势、国内ERP企业竞争激烈等。
2000年3月，以科技股为主的纳斯达克综合指数攀升到5048点，网络经济泡沫达到最高点，不久之后互联网经济泡沫开始破裂，大量科技公司的股票开始下跌，尤其是互联网科技公司损失惨重。资本市场的寒冬一直延续到2001年，这也对金蝶的资本市场战略产生了负面影响。从1997年开始，金蝶就开始筹划上市，先后论证过在国内A股市场、美国纳斯达克市场上市的可行性，最终金蝶选择在香港上市。2001年2月15日，金蝶在香港联交所创业板挂牌上市，以配售的方式发售8750万股，成为国内第一家在海外上市、登陆国际资本市场的独立软件厂商。后来，在2005年，金蝶转到香港联交所主板上市。成功登陆资本市场，拓展了金蝶的融资渠道，为达成第二成长阶段的战略目标和实施并购提供了资本保障。
在宏观发展环境方面，金蝶在第二个成长阶段开局的2001年，正好迎来了中国正式加入WTO（世界贸易组织），这对金蝶的发展既是机遇又是挑战。随着中国经济逐步融入全球经济体系之中，金蝶也借助中国加入WTO之际开启了国际化战略，开始在东南亚国家拓展业务，但同时，更多的跨国软件企业开始进入中国市场，国内ERP软件市场竞争更加激烈。跨国软件企业凭借长期积累的技术优势、产品优势和客户优势，基本上占领了利润相对丰厚的国内大型企业ERP高端市场，这给尚处于发展阶段的金蝶等国内ERP软件企业进入大企业市场带来了竞争壁垒，将利润不高的中小型企业ERP市场留给了国内本土软件企业。在一个低利润市场中，国内本土企业的产品同质化非常严重，为了获得客户，企业之间采取“价格战”互相残杀，导致整体利润下滑。更具挑战的是，在2004年，我国新一轮宏观调控开始，这次政策的调整旨在控制投资过热，这让那些对风险缺乏防范经验的企业付出了很大的代价，不少曾经风光一时的民营企业遭遇生存危机，甚至破产、倒闭。再加上2008年的全球金融危机对资本市场造成的负面影响，企业融资更加困难，这导致企业对于信息化投入更加谨慎，甚至关停了一些ERP项目，这都给金蝶的变革与增长带来了极大的不确定性。
在内部系统复杂性方面，金蝶在变革中面临着战略目标与能力的冲突、树立产品的差异化优势、管理机制的优化与升级、新业务生态及SaaS业务的探索等挑战。
2001年5月，金蝶提出了“打造中国软件产业航空母舰”的五年战略规划，其战略目标是要在五年内成为中国最强大的国际性软件厂商。在这一战略的指引下，金蝶在业务布局上开始从ERP产品厂商转型升级为企业信息系统解决方案供应商。按照新的战略规划，未来金蝶不仅仅是一家管理软件公司，而是一家企业管理解决方案公司，这不是一次简单的产品升级，而是商业模式的升级，这次宏大的战略规划实际上给金蝶的组织能力带来了全面挑战。2002年3月，金蝶发布了企业信息整体解决方案V1.0，其应用架构包括供应链、客户价值、知识市场、价值管理、财务管理、物流管理、OA（办公自动化）、HR（人力资源）、CRM（客户关系管理）等，但由于在短时间内快速拓展了多条产品线，导致能力与目标脱节，金蝶的这一战略执行得并不彻底。
2003年至2004年，金蝶调整了战略布局，重新把竞争优势聚焦在产品上，并制定了“产品领先，伙伴至上”的发展战略，这一战略的初心是金蝶自身成为产品型企业，与生态伙伴联合向客户提供整体解决方案。金蝶的战略意图是“整合聚焦、重点突破”，通过聚焦资源，以领先的产品占领应用软件市场，和合作伙伴一道打造管理软件产业的生态链。“产品领先”战略所取得的一个成果是EAS产品的诞生。EAS整体信息化解决方案主要面对大中型客户，为了提高EAS的影响力，徐少春邀请了微软创始人比尔·盖茨现场见证由工程师演示的金蝶EAS的短信息审批功能。后来的事实证明，EAS是一款非常具有战略意义的产品，直到20年后，EAS依然在金蝶的产品结构中占有重要地位。2004年6月，金蝶发布了面向小型企业的信息化管理解决方案——KIS（keep it simple）。至此，在产品布局上，金蝶拥有了涵盖大、中、小三类企业的整体信息化管理解决方案。
为了适应ERP市场愈演愈烈的竞争优势，金蝶借鉴蓝海战略的理念来塑造现有“产品—市场”的竞争优势，于2005年至2007年期间推出了“让ERP个性化”的差异化策略，并选择IBM作为重要的战略合作伙伴。2006年4月，由金蝶与IBM联手打造的金蝶企业信息化联合实验室在深圳揭幕，时任金蝶国际软件集团副总裁兼COO（首席运营官）的章勇在揭幕仪式上表示：
作为金蝶未来五年战略——让ERP个性化计划——的重要组成部分，“金蝶—IBM企业信息化联合实验室”顺应了体验经济时代要求，它与以往的实验室有很大不同，其最大的优点是快速量身定做，按照客户的个性化需求通过金蝶全线产品的快速配置，搭载IBM高性能的配套设施，即时呈现给客户未来信息化项目的成果，让客户体验到轻松高效的信息化管理以及信息化给企业带来的个性化价值。
为了整合伙伴的力量应对竞争，在此阶段，金蝶还开始探索生态战略，发布了BOS（business operating system）平台，这是一个软件业务的基础平台。合作伙伴可以在BOS平台上开发具有自己品牌的管理软件，这让生态链的合作伙伴既能担当服务者，又能扮演产品制造者的角色。对最终的企业用户而言，BOS平台也为他们自己进行应用系统的定制、开发与集成提供了可能，他们不再只是被动接受管理软件提供商的通用产品。
2008年，金蝶将塑造竞争优势的视角从“产品”转向“服务”，提出了从软件产品型企业向服务型企业转变的战略，将其定位调整为“金蝶，企业管理专家”，并于2009年正式提出了“新四年战略”，这一战略的目标是在2010—2013年实现从产品型企业向服务型企业的转型。在此期间，金蝶在商业模式上同步开始了SaaS业务模式的探索；在管理模式上，持续优化组织机制和组织能力，并开始探索中国管理模式。应当说，金蝶的“新四年战略”是一次逆势转型，由于受金融危机的影响，许多企业在当时减少了对信息化的投资，行业大势并不好，但逆势并没有放缓金蝶转型的步伐，金蝶反而加速前行。徐少春认为“萧条是成长的机会”，在公司内部会议上，他多次强调“超越往往不是在顺境中发生，而是在逆境中诞生”。