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金蝶正式创立于1993年，它既是公司的名称，也是公司首个财务管理软件产品的名称。据公司创始人徐少春回忆，他为产品和公司取名“金蝶”受《思念》这首歌中“你从哪里来，我的朋友，好像一只蝴蝶，飞进我的窗口”这句歌词的启发。“金蝶”这个名字不仅给人感觉非常浪漫，而且寄托着徐少春创业的初心，他希望自己公司的财务管理软件能够减轻财务人员工作的辛苦程度。在当时，许多财务人员甚至还在使用算盘这种古老的工具来处理财会业务。徐少春回忆说：“我希望自己开发的财务管理软件能够像一只金色的蝴蝶一样，飞进当时全国大约1200万名财务工作者的窗口，帮助他们甩掉算盘。”后来，徐少春的这个理念也演变成了金蝶历史上非常著名的一句广告语：用金蝶软件，打天下算盘。
从当时外部环境的动态性来看，中国的软件企业刚刚起步，规模都很小。国内的软件市场基本上被国外的大型软件企业所控制和主导。面对强大的竞争对手，金蝶在创业之初选择了财务管理软件这一细分市场，试图从财务管理软件寻找突破口，并站稳脚跟。这一战略选择既与徐少春的财务和计算机的专业背景有关，也恰逢1993年我国开始推动财务管理会计制度改革，激发了企业对财务管理软件的需求。市场对财务管理软件需求的增加，催生了一大批国内财务管理软件企业，导致市场竞争非常激烈。为了能够找到独特的竞争优势，1994年金蝶在产品开发上提出了“突破传统会计核算，跨进全新财务管理”的思路，率先将财务管理软件的聚焦点从财务核算转移到财务管理。在差异化竞争上，徐少春将金蝶的竞争优势聚焦为三点：性能优异、契合用户需求的软件产品、优秀的售后服务以及良好的客户反馈，并要求所有员工的工作都要围绕这三点进行大胆创新。
在创业初期，金蝶还面临着软件技术方向不确定的挑战。当时的财务管理软件都是基于DOS系统，从技术层面来看，各家竞争对手之间的差距并不大，不同的软件公司都是在用户使用功能上着力开发，底层的技术系统则几乎完全相同。徐少春希望金蝶能够在技术上与竞争对手拉开差距，通过融合最新技术为金蝶财务管理软件构建竞争壁垒，获得竞争优势。1994年，微软公司推出了第一个简体中文版本的Windows操作平台——Windows 3.2，但在当时，大部分企业的计算机所使用的操作系统仍然是DOS系统，基于Windows平台的财务管理软件使用率并不普及，而且企业的硬件配置在短时间内无法跟上最新的Windows系统。徐少春敏锐地意识到Windows系统未来可能会代替DOS系统，坚定地支持研发团队开发基于Windows系统的软件产品。1995年年初，金蝶推出了当时国内第一款基于Windows操作平台的财务管理软件——“金蝶财务软件For Windows 1.0版”。1996年，金蝶财务管理软件被中国软件评测中心确认为中国首家优秀级Windows版财务软件。金蝶基于Windows操作平台的软件系统带动了整个软件行业的升级，促成了国内财务管理软件由DOS系统向Windows系统的迅速转移，也奠定了金蝶在国内财务管理软件行业未来的领导地位。
在内部系统的复杂性方面，金蝶面临资金短缺、人才匮乏、探索新业务等一系列挑战。和大多数创业企业一样，金蝶在创业早期也面临资金短缺的压力。尤其是1996年至1998年，金蝶基于“产品—市场”的竞争优势，成长进入了快车道，每年业绩增速高达300%。业务的急速扩张，再加上融资渠道不畅，给金蝶带来了资金上的压力。金蝶先后通过两次股改，既解决了资金的部分压力，也通过股权激励吸引并留下了一批早期的创业者。同时，金蝶选择了与国际资本巨头合作。1998年5月，IDG（国际数据集团）投资2000万元人民币，认购金蝶软件25%的股权，这让金蝶成为国内第一家引入风险投资的独立软件厂商。创业公司由于规模小，知名度不高，而且也无法给人才提供较高的薪酬，增加了吸引人才的难度。金蝶为了应对这些挑战，在创业初期就开始设计并实施了股权激励机制，通过长期激励机制吸引和留住人才。同时，徐少春还不断推动组织变革，从“一个人的组织”变革为“组织的组织”，通过建立授权体系，激发人才的责任感、参与感和主人翁精神。这些措施有效地避免了金蝶在高速成长过程中陷入人才短缺的困境。在1999年至2000年期间，金蝶先后从多家国际软件企业引入一些高管加盟，这些“空降兵”极大地完善了金蝶的人才结构。
金蝶在财务管理软件市场上站稳脚跟、取得优势地位之后，便开始探索进入业务管理软件市场。1997年前后是中国ERP行业的分化期，也是转折点，在此之前，国内ERP市场主要由国外的跨国企业垄断。1999年，金蝶对外发布了面向企业的全面信息管理系统的解决方案，并推出了K/3 ERP软件产品，这是金蝶推出的第一个ERP管理系统。到2000年年底，K/3 ERP成为金蝶公司重要的收入来源。金蝶在国内财务管理软件公司中率先实现了从财务管理软件向企业管理软件的战略转型，也成功地实现了第一次产品转型，并在国内中小型企业ERP市场上取得了优势地位。