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面对改革的迫切需求，“巴斯德模式”成了我国科研机构改革的主要选择之一。“巴斯德模式”的核心观点是，以应用激发的基础研究既能产生突破性科学成果，又可以随即进入产业化过程，使科学知识和商业价值合二为一，因此，研发活动的主体和组织机制需要相应的变革。经过多年的改革和摸索，我国已经涌现出一批具有影响力的新型科研机构，也探索出了具有中国特色的新型科研机构发展模式，包括高校和地方政府合作模式、高校主导模式、政府主导模式及企业主导的民办官助模式等类型。
（1）深圳清华大学研究院概况
1996年12月，深圳市政府与清华大学共建了深圳清华大学研究院，研究院是采用企业化方式运作的事业单位，深圳市政府与清华大学各占一半股份。研究院定位于充当清华大学推进区域科技经济社会发展的典范、珠三角高科技上市公司的摇篮和华南地区人才培养的重要基地，旨在推出一大批拥有自主知识产权、面向市场的科技成果，加速科技成果转化，培育高科技创业企业，培养高层次人才。
自成立以来，研究院结合深圳市政府规划战略、科技与产业发展趋势、高新技术企业发展需求组建了多个研究所，下设26个实验室和研发中心，从事研发服务。研究院积极打造“科技孵化器”，结合金融资本的创投服务，逐步探索出集研发、孵化、创投于一体的“科技创新孵化器”经营发展模式，建立了完善的“科技创新孵化体系”，促进了“科技+金融”的深度融合，实现了以金融体制创新助力科技成果转化，成为华南地区“官、产、学、研、资”相结合的区域科技创新基地，在科技研发方面取得一系列成果。
（2）深圳清华大学研究院的管理模式及特点
第一，建立多位一体的综合型科技企业孵化器模式。深圳清华大学研究院在协同机制上平衡各种角色安排，实施“科技创新孵化器”的发展模式，借助科技与金融融合发展的体制创新，将平台打造成集研发平台、人才培养、教育培训、投资孵化、科技金融、创新基地、国际合作于一体的自主创新孵化体系。研究院通过创新体制和机制，建立了科技成果产业化的孵化链，先后发起、投资、孵化了拓邦电子、安泰科技、和而泰、达实智能、数码视讯等20多家在中小板和创业板上市的公司。
第二，积极对接区域发展需求。校地共建的协同创新平台必须要在目标定位和战略规划上，以国家和区域发展战略为导向、以企业和行业发展需求为出发点，长远布局。研究院积极高度重视与区域内部主体、外部主体、金融资本的合作，对接深圳发展需求，为深圳引进清华等若干国家级重点实验室，为深圳虚拟大学园的成立起到一定的推动作用，实现了自身发展与区域发展的同轨道化。
第三，构建企业化管理和市场化运作的体制机制。体制和制度创新是产学研创新平台可持续发展的内在动力，企业化、现代化的组织架构模式和市场化导向的运作机制是协同创新平台有效治理的基本保障。深圳清华大学研究院正是在体制改革的背景下产生的，将“创新”应用于研究院的体制机制安排上，形成对内“企业化管理”，对外“市场化运作”的体制创新范式，是典型的融合传统教学机构（高校）、科研机构（科研院所）、企事业单位的优势于一身，融合传统社会政府组织、企业组织、社会组织的功能于一体，融科技、产业、服务于一线，链接高校、政府、市场三重领域的“四不像”综合创新体，最终实现了研究院、企业、政府等主体的多赢，取得了良好的社会效益和经济效益。深圳清华大学研究院科技创新孵化体系如图2-1所示。
图2-1 深圳清华大学研究院科技创新孵化体系
资料来源：深圳清华大学研究院官网。
（1）浙江大学创新技术研究院概况
浙江大学创新技术研究院（有限公司）/杭州市工业技术研究院是由浙江大学控股，国内多家知名上市公司和实力型民营企业、金融投资公司等参股组建的。研究院于2012年9月29日注册成立，是按照现代企业制度设立的创新型企业。浙江大学创新技术研究院根据浙江省、杭州市战略性新兴产业的发展要求，结合浙江大学“双一流”建设发展规划，聚焦医疗大健康、节能环保、智能制造、军民融合等领域，旨在培育一批有影响的高技术公司，成为杭州市和浙江省高技术产业的源泉和高科技公司的孵化基地。浙江大学创新技术研究院研发基地面积约25万平方米，总投资约15亿元。在《2021杭州独角兽&准独角兽企业榜单》中，浙江大学创新技术研究院参与投资的11家企业入选榜单。浙江大学创新技术研究院股东结构如图2-2所示。
图2-2 浙江大学创新技术研究院股东结构
资料来源：浙江大学创新技术研究院官网。
（2）浙江大学创新技术研究院管理模式及特点
第一，建立院长负责制的组织架构。校企协同创新平台是我国经济社会发展到一定阶段产生的“四不像”机构，产权明晰、权责明确、企业化治理模式对提高平台治理效率和产出效能至关重要。浙江大学创新研究院实行股东会、董事会领导下的院长负责制，并创造性地设立了职能、职权相对独立的专家咨询委员会和立项论证委员会，并根据区域和产业发展需求、研究院的规划，下设产业研究中心，并根据高新技术研发、项目开发、产业化发展和资本运作服务等设置管理机构，实现从创新链源头到产业化发展、资本化增值的一体化。
第二，实施成果转化全流程科学治理。浙江大学创新技术研究院在依据区域产业发展或重大科研领域的前提下，遵循科学的科研成果转化链条，按照技术引进—产品研发—市场化—产业化的运行机制循序渐进，相对独立、全力开展产业化的研发，待项目相对成熟后，再孵化分离出高新技术企业。在这个过程中，创新院的技术和管理团队对孵化高新科技公司的发展提供持续支持，这种运行机制形成了技术产出—项目制管理—企业化运行—产业化发展从源头到结果的全流程科学治理。
第三，构建现代化的人力资源管理制度。建立和实行现代化的人力资源管理制度，保证创新团队、项目管理团队和企业高层管理团队的先行性、专业性及稳定性至关重要。创新院制定了完善的人才梯队建设体系，充分利用浙江大学丰富的人才资源优势，并实行灵活的人才引进扶持政策和多元化的聘任渠道，从而形成了专业技能扎实、工作经验丰富的创业团队。
（1）广东华南新药创制中心概况
2008年10月，在广东省政府主导下，多所区域内著名高校和科研机构、著名企业等联合组建了广东华南新药创制有限公司。公司成立了从事新药创制和公共服务的科技类民办非企业机构——广东华南新药创制中心，该中心开创了政府主导、企业与高等院校和研究机构协同创新的全新体制。
广东华南新药创制中心成立之后，成为国家“十一五”重大新药创制科技重大专项中“华南综合性新药研究开发技术大平台”独立承担单位，入选国务院批准的《2008—2020珠三角改革发展规划纲要》中重点建设的三大创新平台之一，承担国家科技重大专项“华南综合性新药研究开发技术大平台”建设，并与多家专业科研院所、高校、医药企业联合设立研究中心、实验室、新药项目，推动了新药研发项目落地，带动了区域企业发展，促进了医药技术转化和产业化。广东华南新药创制中心理事单位见表2-1。
表2-1 广东华南新药创制中心理事单位
续表
（2）广东华南新药创制中心管理模式及特点
第一，构建多个政府部门共同参与的理事会。在当前推动政产学研用相结合的科技体制改革导向下，政府搭好平台并做好政策、制度供给，新型协同创新平台紧密依托政府部门，响应政府宏观政策导向，积极回应区域发展需求，与政府部门保持良好的合作关系，密切沟通。广东华南新药创制中心体制创新的突出特点是其本身在政府主导下建立，且广东省涉及不同领域政府主管机构都成为中心的理事单位，这种体制机制安排保障了多元主体在协同创新的目标、组织、文化和风险控制等方面的协同。
第二，实施中心主任负责管理制。理事会领导下的中心主任负责制是新型协同创新平台通常采用的管理架构，对该中心而言，政府的强有力支持和体制的创新尤其体现在政府部门被纳入平台的治理架构中，而且理事会成员中除了政府系统的利益代表方，骨干企业、高校和科研院所均成为理事单位，这就形成了代表政府系统、企业系统、科研系统“三方系统”的治理格局，这种治理架构有利于充分发挥政府的支持动能、科研系统的研发动能、企业的产业化动能，集聚各方系统的优势要素，形成覆盖药物研发到专业服务的全产业链条。
第三，实行紧扣企业需求的科研攻关模式。在运作机制方面，各主体“各司其职”，政府通过有效的协同机制安排，保持了良好的合作伙伴关系。医药研发机构和医药企业是具备优势资源、医药项目研发的合作伙伴，该中心通过与合作伙伴有效协作实现资源的整合和医药项目的集聚。项目合作和技术平台是双方合作的依托，项目合作带动了平台发展，平台设立服务于项目合作，在良好的合作伙伴关系中加速新药开发。企业化运作保证了项目资金稳定化、医药项目的顺利转化。该中心以华南新药创制公司为成果转化“最后一公里”的助力器，华南新药创制公司与该中心各为独立法人单位，财务独立核算，公司为其提供资金支持，促进其研发成果转化。
（1）深圳光启高等理工研究院基本概况
深圳光启高等理工研究院是一家民办非企业性质的新型科研机构，是由深圳大鹏光启科技有限公司全资投入建设的。光启高等理工研究院采用民办官助的体制，建立了创新的管理运行模式和灵活的组织架构，使得研究院具有高度的自主性。光启高等理工研究院所研发的超材料技术融合了电子信息领域、生物光子领域、数理统计领域等多学科的各种先进的创新技术，形成了高度学科交叉性创新的研究风格。
光启高等理工研究院所开展的研究是根本性的源头创新，主要集中在超材料这一新兴交叉学科开展创新工作，致力于在超材料学科取得突破，并将其创新成果进行产业化。光启高等理工研究院的发展战略是深入开展超材料基础理论研究，其面向产业发展需求开展应用研究和超材料技术攻关，加快了超材料产业的发展，促进了战略性新兴产业整体突破、推动了工业经济转型升级、推动了技术创新与进步。光启高等理工研究院的研究内容包括超材料技术、电磁调制技术、智能光子技术和WLAN无线覆盖解决方案等。超材料电磁调制技术国家重点实验室组织架构如图2-3所示。
图2-3 超材料电磁调制技术国家重点实验室组织架构
资料来源：超材料电磁调制技术国家重点实验室官网。
（2）深圳光启高等理工研究院管理模式及特点
第一，采用扁平化组织管理架构。光启高等理工研究院通过扁平化层次、关联价值网络和其他各种关系创建了一个完整且能够不断成长的去中心化的有机组织，创新了机构的活力与优势、提高了员工的工作效率，从而达到提高研发机构绩效的目的。光启高等理工研究院的有机组织没有统一和标准的工作规则和相关条例，相比于大企业庞大复杂的组织架构，其所采用的这种分布式网络的管理结构具有分权化和更高的自主性。
第二，实施项目负责人管理机制。在项目管理机制方面，光启高等理工研究院实行项目负责人制度，项目负责人负责组织项目组成员根据立项合同书的要求，制定具体的项目研究计划、实施方案，确定技术途径、进度和经费预算，并且定期组织开展学术研讨。同时，在项目资金的使用和管理上，光启高等理工研究院实行专款专用、独立核算、合理开支的形式，有效提高了其科研资金的使用效率。
第三，制定以客户需求为导向的对称动机资源配置原则。光启高等理工研究院制定了对称动机资源配置原则，包括三个方面：轨道探索、客户需求和阶段需求。针对不同的需求，光启高等理工研究院所启用的资源配置也有很大的不同。产品市场共生需求方面，在资源配置过程中，光启高等理工研究院会投入相对长期的资源来探索前期市场的不确定性，以此尽量降低风险。在客户的需求方面，光启高等理工研究院主要遵循的是以用户需求为中心的资源分配和决策原则。对于当前阶段的产品需求，光启高等理工研究院采用“对称动机”的原则来合理地进行资源的配置，针对不同的业务和产值配备不同的资源。
第四，构建有吸引力和市场竞争力的薪资福利体系。光启高等理工研究院根据每个员工的工作任务、职位责任、技术含量等要素确定薪酬，各岗位相应职责对应相应的薪酬范围。针对地区和行业两大要素，光启高等理工研究院以市场为导向，其薪资已经达到具有相当竞争力的水平。
第五，搭建国际化合作平台。光启高等理工研究院在创立之初就是由一批高水平的海外留学人员通过智力研发，获得源头创新突破而发展起来的。光启高等理工研究院在发展过程中更注重引进大批量的海归人员，包括美国、德国、法国等国家和地区的人员。同时，在国际合作上，光启高等理工研究院分别与加拿大、新加坡、以色列等多个国家的大学与研究机构签署合作协议，是我国国际科研活动的领先者。