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中华人民共和国成立以来，我国科学研究基本沿用了布什的科研三段式范式理论，
从基础研究到应用研究再到开发研究是一个单向的线性过程，虽然增强了基础研究的作用，但前期并未将市场因素考虑进去，研究成果难以实现转化。改革开放后，科研与市场脱节的现象日渐明显，加强科技成果转化已成为科技管理的重要内容。我国政府在20世纪末加大了推动科技成果转化的力度，陆续出台了一系列政策。如1999年3月，国务院办公厅转发科技部等部门《关于促进科技成果转化若干规定》的通知，鼓励科研机构、高等学校及科技人员转化科技成果。同年8月，国务院印发了《关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》，就实现产业化的政策环境做了重要部署。但由于原有体制惯性、改革的艰巨性等原因，科研机构在科技成果转化过程中仍存在很多突出的共性问题，包括行政化管理、产学研协同创新不足等，严重影响科研成果转化。
科研机构投资主体单一，多为政府部门，管理模式为传统事业单位管理，由此导致行政化问题，影响科研机构发展。改革开放以来，虽然部分科研机构开始探索“去行政化”，但仍面临重重困难。
（1）科研机构的“行政化”本质
科研机构“行政化”是指公立科研机构的组织架构及运作方式与行政机关类似，按照行政手段和方式来管理科研机构，在一定程度上可以将科研机构看作行政机构。
一方面，政府对科研机构的行政化管理过于严格。我国科研体制是计划经济时期模仿苏联建立的，科研单位分为各种行政级别，如省级、部级、厅级等，相应级别对应着相应的科研人员待遇和地位。大多科研事业单位几乎等同于政府附属机构，领导的选拔权、任命权、考核权均为政府负责，这也是为了更好贯彻“党管干部”的原则。如中科院研究所级别多为正厅级，任命方式也多为行政任命。
另一方面，科研机构内部管理存在较为严重的行政化。从内部人事安排到项目审批，大多数科研机构实行自上而下的行政化，整体运作机制和行政机构类似。科研经费申请、业绩考核在很多科研机构也由院长、所长负责，内部缺少自由开放的学术研究氛围。科研机构的“重立项、轻研究”以及评奖“过多过滥、跑奖要奖”等问题，容易滋生科研腐败，已经引起国家的高度关注。部分科研机构的研究人员在申请到课题资助后，尚未开展研究，就因申请到课题而功成名就，便不再进行研究。
（2）科研机构“去行政化”面临的困难
1996年，中央机构编制委员会办公室发文指出要公立科研机构“去行政化”，逐步取消事业单位的行政级别。“去行政化”就是破除科研机构内部的行政化管理体制和运作模式，建立与科研活动规律匹配的管理模式。但政府与科研机构关系错位，科研机构自主治理权异化与缺失，科层制下官僚文化衍变的制度惯性，都导致“去行政化”非常困难。
在国家积极推动取消事业单位行政级别和行政化管理的同时，部分科研机构新入职员工仍具有行政级别。有些单位本身没有行政职能，但属于参照公务员管理的机构，双重属性使得“去行政化”更加困难。如上海科学研究所自2010年开始积极推动事业单位改革，但在改革进程中遇到了诸多瓶颈。南方科技大学一直探索“去行政化”、以追求学术卓越为主的管理模式，但很难实现。其前任校长朱清时接受采访时指出，去掉行政级别之后，政府和相关教育部门面对没有级别的南方科技大学，会觉得凡是可以管的事情都要来管，还会按照行政部门对教育的理解来管。
2009年9月10日，历时一年多的南方科技大学校长全球遴选落幕，中国科学技术大学前校长、中国科学院院士朱清时从全球200多名候选人当中脱颖而出，成为该校的创校校长，这也标志着南方科技大学的创校正式拉开帷幕。
“教育体制行政化”，从1994年到大学工作，再到2009年接受南方科技大学校长一职，朱清时用了10多年才思考清楚中国大学教育弊端的根本所在，并力图革新。但此时的南方科技大学尚未拿到“出生证”，为此，朱清时不停地接受全国大小媒体的采访，并提倡大学“去官化”“去行政化”“教授治校”。香港科技大学丁学良教授评价说，朱清时在向社会传达他的思想。
朱清时和他背靠的深圳力图在短期内将南方科技大学建成一所实力雄厚的研究型大学，但这样的奇迹，世界教育史上只出现过一次——不到15年时间就办成世界一流研究型大学的香港科技大学。朱清时非常想参照香港科技大学的成功经验，但香港科技大学创校校长吴家玮却说，不可能，但可以想象。
“大学教授们没有话语权，只能去迎合权力，或者主动去做官。特别是最近这十多年，大学行政化越来越严重，学术精神萎缩得很快。”朱清时说，十多年前，给教授一个行政职务，他还会犹豫，怕耽误了学术。现在呢，一个副处长、处长的职位都会有好多教授去竞争。在行政化的教育体制下，大学里追求卓越的风气变成了追求官位，崇尚学术变成了崇尚权力，权力变成学校运转的中心了。
从这时起，朱清时开始树起“去行政化”的大旗，试图让大学重新恢复大学的本来面目。朱清时说，大学需要自治，在他看来，大学被行政化，最重要的原因就是外界行政权力干预学校，症结在于大学的领导干部任命制度。“我们筹办南方科技大学，首先就是认认真真制定章程。我到处请专家帮我们来制定章程，而且将由深圳人大会议通过这个章程。深圳是特区，有立法权。这样我们将来就可以依法治校，行政权力在大学章程面前要止步，因为这部章程是有威慑力的，是有惩处力的。大学要自治必须要有法律依据。在政府出资办学的背景下，大学自治一定要有法律依据，才能保护自治权利。”
朱清时还设想，行政人员在南方科技大学将还原他们本来的定位——他们是为学校、为教授服务的。所以南方科技大学的行政人员将没有任何行政级别，他们都是像秘书一样的办事员。
包括深圳市政府在内的许多人对还在筹备中的南方科技大学充满期待，但有了深圳大学不太成功的先例，一些人也格外冷静。在深港产学研基地副主任张克科看来，未来的南方科技大学面临着许多类似的问题，“第一，南方科技大学的创新和当初深圳大学的改革创新不是一样的吗？二十年之后深圳大学走过的怪圈，如今的南方科技大学能不能走出去？第二，现有教育体制的限制在深圳大学和南方科技大学身上会不一样吗？南方科技大学能不能跳出教育部的规章？第三，南方科技大学用的是深圳纳税人的钱，在招生过程中，好学生能不能来，深圳的学生还要不要兜底？”张克科说，要是能突破，为何不让深大去突破。
张克科认为，“南方科技大学要高起点地走向成功，一是要跟国内外最好的学校、最好的专业做短、平、快的嫁接，请你的老师做我的客座教师，我的学生放到你那里去培训，将来回来就成我的新老师；二是每一个领域都在国际上选最好的，通过嫁接的方式，形成各具特色的新枝。但这一定要让深圳市政府给空间，要办成在深圳的国际性大学，而不是深圳人的大学。”
由于科研机构目标定位不明、部分科研项目经费存在腐败现象以及各部门项目经费协调存在弊端等原因，科研机构的运行模式存在瓶颈，导致科研机构改革进展缓慢，尤其是部分技术研究型和社会公益类科研机构发展受到较大限制。
（1）科研机构目标定位不明
我国科研机构主要分基础研究、前沿技术研究和社会公益研究三类，但很多科研机构存在职责定位不清、力量分散、创新能力不强等问题。针对这些问题，国务院2006年发布了《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020年）》，文件指出，社会公益类科研机构要发挥行业技术优势，提高科技创新和服务能力，解决社会发展重大科技问题；基础科研和前沿技术科研机构要发挥学科优势，提高研究水平，取得理论创新和技术突破，解决重大科学技术问题。
在多项政策推动下，前沿技术研究类和社会公益研究类科研机构转制改革，但出现了一些新的问题。大量技术研究类科研机构在转企改制过程中，背离自身属性和特点，存在过度市场化、盲目转企等现象。部分已经不具有公益性的技术研究型科研机构仍属于社会公益类，造成了管理混乱的现象。部分社会公益类科研机构既承担着政府职能和相应的科研任务，履行公益服务职能，又需要承担成果转化的职能，目标定位有待明确。
2001年黑龙江省科技厅牵头8厅局联合发文，省属24个科研单位将改革转制为企业，并在5年内完成企业法人登记。2016年黑龙江省科学院专家在研究这些科研机构的转企效果后指出，这些科研机构转企失大于得，24家科研机构身份未定，既非事业单位，又非企业法人，管理归口难，社会角色定位不准，而且，这些科研机构放弃了擅长的基础性研究和技术集成再创新，和相关企业关系发生了变化，由技术成果的输出者变成竞争者。
（2）科研项目经费预算不科学
根据经费来源，科研机构的项目分为纵向项目和横向项目。纵向项目是指科研机构从政府获得的科研项目，包括国家级、省部级、市级等层面的项目；横向项目是指科研机构从企业等市场化渠道获得的项目。
科研项目经费分为直接费用和间接费用。直接费用包括资料费、数据采集费、会议费、差旅费、国际合作交流费等支出。间接费用是指承担单位在组织实施项目过程中发生的无法在直接费用中列支的相关费用，主要用于补偿承担单位为项目研究提供的现有仪器设备及房屋、水、电、气、暖消耗等间接成本，有关管理费用，以及激励科研及相关人员的绩效支出等。
在现有科研经费管理体制下，经费报销流程烦琐，存在很大困难，科研人员陷入财务和管理的双重困境，很多科研人员为报销经费几乎变成了专业会计。科研机构在开展科研项目经费预算过程中存在严重的目标性不强问题，不能全面反映科研成本，很多科研机构没有将预算纳入经费管理体系中，使得预算改革遇到了严重的瓶颈。
国家级纵向项目对劳务费、会议费等费用有一定的额度限制，预算科目有待优化。同时，很多横向合作项目基本由课题负责人决定，导致部分科研经费成为变相收入补贴。2013年10月，新华网在《部长因何而怒？——从39份审计报告看科研腐败“黑洞”》报道中梳理了2010—2012年的审计机关对国家各部委、各省份预算执行和其他财政收支情况发布的数百份年度审计报告，发现了涉及“问题科研经费”的诸多问题。如部分科研机构将科研经费用于发工资奖金、办公经费、无关人员的会议费等。2009—2011年，中科院生物物理所在科研经费中列支工资福利费等1278.1万元，其中2011年发生532.3万元。2011年，中科院地理科学与资源研究所在碳专项项目中列支无关人员会议费、考察费等69.18万元。
（3）项目经费部门间协调存在弊端
大部分科研机构都有多个部门共同参与的大型科研项目，对于属于打包项目的资助项目而言，这些项目的经费预算存在项目之间分配不合理现象。一些项目经费严重不足，同时又有一些项目经费存在剩余，项目执行过程中需要多次对预算进行调整，大大降低了经费执行率。
项目经费在争取、下达和执行过程中各部门之间的协调存在弊端。课题组、财务部门和科研管理部门之间缺乏有效的配合，课题组重视项目经费的争取，忽视了项目经费使用的合理性；财务部门在不了解科研项目背景和进展的情况下，无法对经费使用情况进行有效监督管理；科研管理部门注重项目的申报和立项等工作，同样忽视了对项目经费使用的管理。
在存在多个部门共同执行的重大项目中，会存在各部门争取自己部门利益最大化的情况，使得科研机构的整体效益不能得到有效的兼顾。部分大型科研机构总部与下属科研院所之间相对独立性更强，双方都是独立法人，也都设有自己的财务管理机构，财务组织架构不合理也容易使得项目经费协调存在困难。我国亟须推动“放管服”，改革和创新科研经费的使用和管理，改进部门间的协作问题。
产学研协同创新是国家创新体系的重要内容，科技成果转化的最终目的是和市场对接，进行产业化和市场化，但高校、科研机构和市场对接动力相对不足，产学研深度融合较为困难，科技成果转化专业人才、政策激励有待加强，科研机构和市场对接力度整体有待提高。
（1）高校、科研机构和市场对接动力不足
科研机构和高校是科技创新的主力军，培养高水平科研人才队伍和提高自身科研能力，是高校和科研机构的重要使命。但高校和科研机构存在严重的“重论文、轻应用”“重申报、轻成果”问题，导致与市场对接的动力不足，可转化的科技成果产出不足。
科研机构论文导向现象严重，减少了科研人员的市场化动力。很多科研机构在内部考核和职称评审中，都将论文和科研项目作为评选的主要指标，自然基金等国家级纵向项目已成为很多科研人员评定人才政策和职称晋升的必备项目，很多科研人员一年中有几个月的时间都用在申请基金、写本子、参与评审上。论文和项目申报挤占了科研人员的大量科研时间，而和市场需求关系密切的横向项目价值很难得到体现，科研机构支撑经济社会发展的重要功能没有得到充分体现。
《全国科技工作者状况调查报告（2003年）》显示，科研成果转化为产品或者应用于生产的项目数，人均为0.78件，其中成果转化为产品或者应用于生产的项目数为零的占74.5%。科技工作者认为科技成果转化为现实生产力的成效一般，从事基础研究和教学的科研人员大多认为成果转化的成效一般，科研机构缺少和市场对接的动力。
（2）产学研深度融合相对困难
近年来，我国全面实施创新驱动发展战略。从党的十八大以来，产学研协同创新越发重要，已成为国家创新体系建设的重要组成部分。2013年党的十八届三中全会指出，深化科技体制改革，建立健全鼓励原始创新、集成创新、引进消化吸收再创新的体制机制，建立产学研协同创新机制。产学研深度融合需要依托协同创新联盟或共同体，政府要搭建产学研协同创新的服务平台。我国产学研合作规模不断扩大，但产学研协同创新方面仍存在各方动力和能力难以对接的问题。
科技成果转化供需不对称。高校和科研机构的大部分科研人员更注重科技成果的学术价值，主要是以形成理论成果、发表高水平论文和申请专利作为开展科研工作的主要任务。大量科研工作从立项之初就没有将市场因素和产业化作为主要考量因素，也导致大部分科研成果仍停留在理论层面，无法和企业及市场需求对接。科技成果供需之间存在信息不对称，导致科技成果走不出实验室，很多科技成果只能做到样机或初级产品阶段，大多不能“即时转化”；需要科技成果的企业找不到实验室，企业对科技成果“接不住、用不了”。
传统科研机构学科单一，很难对接市场多学科合作的需求。随着全球科技竞争的日益加剧，科技成果的综合性和复杂性越来越高，科研机构面临多学科交叉和多种知识融合的复杂技术问题。统计数据表明，在近100年的300多项诺贝尔自然科学奖中，有近半内容是跨学科交叉研究的成果。科研体制改革也推动了学科交叉，科研机构只有加大跨学科研究，才能对接科技和市场需求。
（3）科技成果转化专业人才、政策激励有待加强
“重学术、轻转化”现象严重。大量科研机构缺少既懂得成果转化，又具有市场和法律等专业知识的综合人才。同时，绝大多数科研机构没有将科技成果转化纳入考核体系，仍然以论文和纵向项目为主，高校和科研机构仍存在“重学术、轻转化”现象。
科技成果转化制度性激励缺位。科技成果转化的制度性激励动力机制仍未建立，一方面，政策建设与政策执行错位，相关政策执行的实施细则没有明确操作指引；另一方面，科技成果转化政策体系已较为完善，但相关制度的配套性仍有待加强，包括财税和人事等政策。
科技中介服务体系不完善。科技咨询培训、科技孵化服务体系、技术创新服务体系、投融资服务体系等科技中介服务体系，在推动企业科技进步和提高科研机构创新能力方面具有重要作用。目前，科技中介服务机构大多存在服务功能较为单一和服务水平较低等问题，缺少较为权威的科技成果评估机构和信用评价机构，科技中介服务不成体系也使得其为科研机构的科技成果服务力度有限，严重限制了科技成果的转移转化效率。此外，科技中介机构市场导向性差，政府依附性强，导致大量科技中介资源浪费。
要建成一流的世界级科研机构，推动科研机构在国家创新体系中发挥重要作用，仍需进一步探索科研机构的改革之路，从体制机制上进一步深化改革。