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应该指出的是，上述世纪末的恐慌虽然是19世纪最后几年的一种“集体无意识”，具有较为普遍的意义，但它毕竟在最初的几年尚不足以成为时代的主流思潮，更不足以影响清政府的决策。因此，中国的未来与发展在某种程度上说仍以清政府居于主导作用，清政府如果能够正确地吸取在甲午战争中的教训，并以此为契机，推动中国的进步与发展，那么，不仅19世纪的最后几年将平安度过，而且势必为20世纪的中国发展创造一个良好的条件。
然而，遗憾的是，清政府内部由于派系的冲突，不仅无法对甲午战争的教训与后果达成共识，而且对中国的未来发展也缺少一种总体把握，遂陷入无休止的内耗之中，使中国再一次丧失了发展的良机。
清政府的内耗不始于甲午战争之后，而是由来已久。这一点倒应归咎为中国传统的旧体制。在传统体制下，中国政府从来都是皇帝的御用工具，而政府内部也缺乏一致的观念和起码的共识。表面上，他们都对皇权中心负责，从不同方面服务于皇权利益；而实际上，他们只是利益的组合，是皇权中心出于自身利益的考虑而采取的相互牵制策略。在这种状况下，如果皇权中心具有高度的哲学智慧和政治智慧，如果具有应有的权威和足够的胆略，那么，政府内部的相互牵制无疑有助于保障皇权中心决策的正确性，反之，则不仅容易导致决策的失误，而且容易造成互相推诿，谁都不愿负责的局面。
由此反观清政府在甲午战争中的表现，我们便很容易地看到，中国的失败完全可以归咎为政府决策的失误，而政府决策的失误则又导源于政府内部的派系之争。所谓帝、后两党的争执，所谓清流派的攻击，他们在本质上并不是以国家利益为最高原则，而是以小集团的利益为价值取向。这样做的结果，势必削弱中方统帅部的权力，使中方主帅处处受到掣肘。明晰内情的美国人毕德格说：“李中堂（鸿章）未有尽其力之所能为而已。中国素不以与外国战争为事，其兵皆散布各省，由各督抚主政，兵部堂官并无调度会合之权。兵散则力分，故不能与外国争锋。日本改用西法，陆军、海军皆归部臣节制，故能通力合作，积健为雄。此中东之所以异也。言官见东胜而中负，乃尽情诬罔，归咎于李中堂一人，此等言官以捕风捉影之谈，冀动朝廷之听，而思自坏其长城，其害较中国之敌人而更甚，殊为可哀之至。”
这样说，并不否认李鸿章等人对战争中的惨败应该承担极大的责任，而是说中国的失败有许多复杂的背景和原因，应该超越派系之争进行冷静分析，找出问题的症结，避免今后再犯类似的错误。正如当时许多有识之士所指出的那样，中日战争背景极为复杂，李鸿章也只是勉力而为，除李之外，恐怕也没有更为合适的人选。袁昶说：“韩事之可为，不自今日始。中外所倚仗以了事者，西平（李鸿章）而外，无人能任……平日之文衎武嬖，盘乐怠傲，误国者多矣。临变则责之西平一人，西平能禁任其咎哉？”
也就是说，李鸿章虽然应该对甲午战争的后果承担相当大的责任，但并不应该承担全部责任。
道理虽如此，事实却是另外一回事。《马关条约》签订之后，国内群情激昂，不仅康梁等知识分子上书要求拒和、迁都、练兵，与日本决一死战，而且清朝统治层也“莫不交章谏阻”，将一腔愤怒几乎都倾洒在李鸿章一人身上，李鸿章以一己之身承担了战争失败的全部责任。
如果罢免了李鸿章，清政府内部真能团结一心，刷新政治，发愤有为，那么李鸿章个人的冤屈也算不了什么。问题在于，李鸿章的倒台不但无助于问题的解决，反而使清政府内部的势力均衡受到了破坏，政府的效率更为下降。
接替李鸿章相当部分职权而主持朝政的是恭亲王奕。此公虽然思想开明，被誉为“中国第一次近代化运动的倡导者”，
无奈赋闲十年，如同老朽，早已丧失当年的锐气和心力，在某种程度上说已是清政府可有可无的人物。因而，指望奕这样的人来刷新朝政，发愤有为，恐怕只是一种天真的幻想。
除奕外，在当时清政府高层值得一提的是翁同龢。作为“两朝师傅，十载枢臣”，翁同龢在后来的“戊戌变法”过程中落得一个美名，然而如实说来，此公不仅人格不高，好作清誉，善保自身，而且在很长一段时间里对外界一无所知，思想保守，拒绝接受外来的新事物。更为重要的是，翁同龢作为光绪皇帝的师傅，不是积极主动协调好帝后之间的关系，保持皇权中心的统一，而是长时期介入帝后之间的斗争，以帝党领袖自居，结党营私，并最终导致帝后的决裂。因此，靠翁同龢这样的人作为李鸿章之后的政府主脑，显然也无助于政府高层共识的确立，反而更容易导致清政府内部的派系冲突。
再看皇权中心的两个关键人物——西太后和光绪皇帝。后者作为名义上的一国之君，理所当然地要对国家利益负责。然而他的上台与亲政毕竟有着复杂的历史原因和背景，因而西太后对他存有某些不满与不放心似乎也在情理之中。问题在于，作为皇权中心的关键人物，光绪皇帝的职责在于确立皇权的绝对权威，协调各个利益集团之间的冲突，以皇权的至上性对各种发展方案进行优化选择与裁决，以便确立朝廷内部乃至国人的共识。然而我们看到，光绪皇帝似乎从一开始就不具备这样的品质。一方面，他生性柔弱，且具有极强的自卑感，凡事并无一定之见，“慑于积威，见太后辄战栗，虽亲政不敢自主。戊戌变法，也事事请慈旨”。
另一方面，基于自卑，他又具有极强的自尊意识和自主心理，对西太后的不满与不放心无法从善意的角度去理解，反而以为西太后是在处处与他为难，因而在本能上又对西太后有一种抗拒和逆反的心态。
光绪皇帝年轻、幼稚、不成熟，似乎也情有可原。而西太后作为清政府的实际最高统治者，又有长时期的统治经历与经验，按理说应该能够理解和容忍光绪皇帝的这些弱点与毛病，尤其是他们之间并无根本的政见分歧与利益冲突的时候，更应携手合作，刷新政治，建设国家。而且，西太后个人不能不清楚地知道，皇权中心的两个关键人物意气用事，其后果不只在于贻误大事，而是在统治层内部制造了大分裂，使上上下下大小官僚都在费尽心思地考虑自己的选择。“按照康（有为）的说法，西太后与光绪之间没有别的，而只是僵持不让而已。西太后恨光绪企图掌握政权，光绪则深感自己地位的卑微与从属，迄至现在（指戊戌政变后），他仍受制于西太后。在光绪热心变法以前，这期间他们之间的争斗，似乎主要的是为争政权，至于所争的是何种政权，彼此的目的并无显著的区别。而一般高级官吏，不论是倒向西太后这边，或倒向光绪那边，全凭他们猜测谁可得势，并非由于他们认为政治需要改革，或者他们决心守旧。换言之，西太后与光绪之间的冲突，并未涉及政见的不同。”
就此而言，皇权中心的分裂，其后果是相当严重的，它既加速、加重了清政府内部本已存在的严重内耗，更使清政府内部乃至国人无法在甲午战争之后建立起起码的共识，确认中国发展应该走的道路。