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1835年10月17日，马克思怀着探索真理、掌握科学和艺术的理想与愿望，进入波恩大学法律系。
大学第一年，马克思学习很用功，读了不少科学专著，听了十门课程，得到“勤勉和用心”、“十分勤勉和经常用心”的好评语，知识领域大为扩展。课余时间，他热情奔放地参加大学生的各种活动，饶有兴趣地创作诗歌，参加诗歌比赛。他与同学关系很好，第二学期被选为特利尔学生同乡会主席。
马克思在勤奋学习的同时，也像当时许多年轻大学生一样，生活散漫，缺乏条理，有一次甚至准备与人决斗。这种不负责任的想法，遭到父亲极其严厉的批评和指责。父亲在给马克思的一封信中愤慨地写道：“难道决斗也与哲学密切有关吗？要知道这是对舆论的迁就，甚至是对它的恐惧。而那是谁的舆论呢？决不总是正经人的，可你还是！！！……你得设法不让这种爱好——即使不是爱好，也是欲望——在你的心里扎下根。否则，你终究会使你自己和你父母的最美好的愿望遭到毁灭的。我相信，一个有理智的人，是能够很容易地面对这一套不予理睬的，让人尊重自己。” [25]
1836年10月22日，马克思转学到柏林大学。
柏林大学是德国学术活动的中心，是在政治方面和宗教方面争夺德国舆论统治权，因而也是争夺德国本身统治权的舞台。学校里有许多著名学者，代表各种不同的政治和学术派别，思想政治争论很激烈，学术研究的气氛也较浓厚。马克思入学前，德国古典哲学大师黑格尔曾在这里讲学。
马克思进入柏林大学后，按照父亲意见继续研究法律。但他对法律的兴趣不大。他最喜欢哲学，其次是历史，而把法律当做附属修业。
马克思“专攻哲学”并不是偶然的。那个时候，德国处在威廉三世的反动统治下，革命群众运动遭到残酷镇压；反对专制制度的斗争，主要在哲学领域中进行。正如18世纪的法国一样，在19世纪的德国，“哲学革命也做了政治变革的前导”。马克思“专攻哲学”，正是适应当时革命斗争的需要。同时，哲学是其他科学的理论基础，没有正确的世界观和方法论，就不可能深入研究法律和其他科学。马克思写信对父亲说：“没有哲学我就不能前进。”
在柏林，马克思过着非常紧张和刻苦的学习生活，专心致志于科学和艺术。与同时代的一般大学生不同，他厌恶庸俗的礼节和应酬，不愿为了生活琐事而大费精神，不愿碌碌无为、虚度时光。他决心把全部精力用来占有人类所创造的一切有用知识，“专心致志于科学和艺术” [27] 。像一位出征的勇士，他发出了铿锵的誓言：
我在打破所有的锁链，
我要向万里长空飞翔，
我燃烧着烈焰般激情，
要把全世界紧紧拥抱。 [28]
在学校里，马克思听了一些著名教授的课。其中对他影响较大的是爱德华·甘斯教授。甘斯是黑格尔的学生，在政治上具有进步的倾向，常常利用课堂发出要求自由的呼声；他也赞同空想社会主义者的学说，同情工人阶级的疾苦，指责资本主义是原封未动的奴隶制。马克思认真地听甘斯的刑法课，研读甘斯刚刚出版的《人物与事件的回顾》，十分欣赏甘斯下面这个思想：“正如先前是主人和奴隶，稍后是贵族和平民，后来又是领主和家仆相互对立一样，目前则是游手好闲的人和劳动者的对立。” [29]
除甘斯外，学校里主持各种科学讲座的教授，大多是一些政治保守、思想僵化、徒有虚名的人物，在他们迂腐隐晦的思想和笨拙枯燥的言论中，很难找到新鲜的、富有创造性的东西。马克思对这种学究式的课很不满意，特别讨厌那个“以昨天的卑鄙行为来为今天的卑鄙行为进行辩护” [30] 的法的历史学派的代表人物萨维尼讲授的课程。在9个学期中，他只注册选读了12门功课，其中多数是法律系必修课。即使是这些课程，他也没有经常去听讲。
自学是马克思的主要学习方式。他自学的范围很广，涉及哲学、历史、法学、文学、艺术和外语。他读书非常用心，每本书都做提要和摘录，写上自己的心得和体会。过了一些日子，还要翻阅笔记，写上新的评语。他学习非常刻苦，工作时间很长，有时甚至彻夜不眠。
这个时期，马克思已显示出具有独立工作的惊人才能。他一边学习，一边进行创作，打算先在哲学方面试一试自己的力量。为此，他深入研究德国古典哲学家康德、费希特、黑格尔的著作，写了一系列专题论文。
马克思认为，哲学和法学这两门科学是彼此交织在一起的。他在研究哲学的同时，也读了大量法学著作。其中有海涅克茨的《民法基础》、蒂保的《罗马法体系》、萨维尼的《所有权》、温林格—茵根海姆的《罗马法体系》、米伦布鲁赫的《关于罗马法全书的学说》、克拉茨安的《互相矛盾的法规的一致性》、郎捷洛蒂的《法典》、培根的《论科学的进步》以及其他学术文献。他深入研究法学与哲学的关系，力图建立一个新的法哲学体系，用新的哲学体系贯穿整个法的领域。
1837年初，马克思计划写作一部包括《法形而上学》和《法哲学》的巨著。他打算在这部著作中叙述若干哲学原理，确立一系列原则、思维、概念的定义，发表自己关于法哲学的见解。经过几个月的紧张劳动，写了约300印刷页，但是发现自己的观点并不正确，便没有继续写下去。
第一次尝试虽然没有成功，马克思并不气馁，决心“再钻到大海里”，以便通过概念、宗教、自然、历史这些具体形式揭示哲学的本质。为此，他又夜以继日地工作，不仅研究哲学、历史和法学，还研究各种自然科学，写了一部对话体的长篇哲学著作：《克莱安泰斯，或论哲学的起点和必然的发展》，但这部没有保留下来的著作也写得不成功。
不久，马克思在给父亲的信中，对自己最初的写作尝试作了严格的自我批评，指出这些作品的内容并不充实，文字也不够通俗。很显然，这个时候马克思认识社会还不深，知识积累还不够，并且缺乏革命实践，因而，还不具备建立一个新的法哲学体系的条件。但是，他那种敢于创新的精神是十分可贵的。正如他自己所说，这些不成熟的作品，在某种程度上则是新的伟大诗篇的序曲。
马克思多半利用休息时间，大量阅读各种文艺作品，研究艺术和艺术史，欣赏“缪斯的舞蹈和萨蒂尔的音乐”。他兴趣盎然地研究黑格尔的《美学》、莱辛的《拉奥孔》、左尔格尔的《叶尔文》、辛克尔曼的《艺术史》，听了一些著名艺术史教授关于希腊罗马神话、关于荷马和普罗波士的哀歌、关于新艺术史等专题讲座。
同时，马克思还借助语法课本，自修英语和意大利语，将巴塔西佗的《日耳曼尼亚志》、奥维德的《哀歌》、亚里士多德的《修辞学》翻译成德文。
马克思这位“不知疲倦的旅行者”，熬过了许多不眠之夜，经历了不少斗争，体验了许多内心和外在的冲动，在短短一年中通过自修得来的知识，也许比大学课堂上几年所得的知识还要多。
紧张的工作，过度的用功，严重损害了马克思的健康。1836年底，他的健康状况已经不好。1837年4月，在医生的坚持下，他不得不放下工作，到柏林郊外一个小村子休养。当健康稍微恢复，他就回到柏林，重新投入紧张的学习和工作之中。