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马克思认为，报刊应该是人民日常思想和感情的表达者。它必须生活在人民之中，“真诚地和人民共患难、同甘苦、齐爱憎” [58] 。他参加《莱茵报》的工作，尤其是担任该报主编以后，始终坚持这个办报原则。报纸有计划地发表一系列文章，揭露普鲁士专制制度对人民的剥削和压迫，引导人民群众关心国家的前途，为民主革命运动制造舆论，积蓄力量。
报纸是一个复杂的有机体。办报工作既需要坚定的立场，又需要高度的组织能力。马克思担任《莱茵报》主编时，把报纸的编辑工作组织得井井有条。每个编辑和记者，都是这个复杂有机体的一部分，都在这个人数众多的团体中担任一定的工作。比如说，在报道农民状况时，“一个人多描写些他和人民来往时人民的贫困状况所给他的直接印象；另一个人，譬如历史学家，就研究造成这种情况的历史；感情丰富的人就描写贫困状况本身；经济学家就研究消灭贫困所必须采取的办法……” [59] 由于进行了严密的分工协作，报纸就能把各种材料集中起来，完整地报道事实的真相。
作为《莱茵报》主编，马克思努力发动各界进步人士为报纸写稿，支持报纸的工作。著名民主派诗人海尔维格就曾经在《莱茵报》上发表过许多作品，反对专制统治，歌颂光明和自由。
马克思坚持由编辑部领导撰稿人，而不是由撰稿人领导编辑部。对于那些不符合编辑方针的文章，他毫不犹豫地加以淘汰。当时爱·梅林等“自由人”集团曾经给编辑部寄来大量稿件。这些稿件写得极其草率，调子唱得很高，内容空洞无物，他便不客气地把稿子退了回去。虽然为此引起一些熟人的不满，他也决不妥协。
在普鲁士这个没有警察局发的牌号连狗也不能生存的地方，要把《莱茵报》这样的政治机关报办下去，“需要最坚强的毅力” [60] 。报纸从早到晚都要忍受最可怕的书报检查的折磨，对付总督的指控、省议会的责难和股东的埋怨。为了不给书报检查机关找到查封报纸的借口，不让暴力破坏自己的计划，马克思十分重视斗争策略，尽量避免在报上发表一些没有实际意义的“过激”言论。他认为，“正确的理论必须结合具体情况并根据现存条件加以阐明和发挥” [61] 。他反对离开具体情况，不顾现存条件而大唱高调。为此，他一再警告“自由人”集团：“宣布自己忠于解放事业是一回事，这是正大光明的；但事先就作为宣传而大嚷大叫，则是另外一回事，这就有点吹牛的味道，就会激怒庸人。” [62] 他坚决表示，为了保障《莱茵报》的生存，不惜与几个柏林吹牛家决裂。
同书报检查官的斗争，耗费了马克思大量精力。政府为了对付《莱茵报》，对它实行严格检查。除了检查官以外，报纸每天付印前还要由行政区长官亲自审定。政府以为这样一来，《莱茵报》发表的文章就不至于超出官方允许的范围。但这不过是反动派的如意算盘。为了冲破书报检查制度的束缚，马克思施展了巧妙的斗争手腕，使那些不学无术的检查官束手无策。后来，马克思曾以愉快的心情回忆他当年捉弄检查官的情形。
普鲁士政府早已对《莱茵报》的革命民主倾向表示不满。1842年秋天，在当局强烈的要求下，《莱茵报》解除了鲁滕堡的编辑职务。但鲁滕堡既不是一位真正的革命者，也不是决定报纸方向的重要角色。只是由于普鲁士国王的极度昏庸，他才“有幸被认为是一个危险人物，尽管除了《莱茵报》和他本人以外，他对谁都不危险” [63] 。不久当局看出，整个报纸的“灵魂”和“报纸理论的活的源泉”是年轻的主编马克思。在马克思的主持下，报纸影响不断扩大，当局的不满也随之增长。
1842年10月20日，《莱茵报》刊载普鲁士政府秘密制定的《离婚法草案》，在人民群众中引起了强烈反响。许多报刊就此问题展开讨论，使政府的处境十分狼狈。《莱茵报》还发表马克思的专文，对离婚问题作了全面论述，指出：几乎任何离婚都是家庭的离散，对子女有着重大的影响，因而不能采取轻率的态度，不能听从夫妻的任性。但婚姻也是可以离异的，当这婚姻关系实际已经死亡时，离婚就是必然的。“离婚仅仅是对下面这一事实的确定：某一婚姻已经死亡，它的存在仅仅是一种外表和骗局。” [64] 对于政府的《离婚法草案》，马克思马上采取批判的态度，指出：“（1）草案只是以简单的修正代替了改革，因而普鲁士法就被当作根本法保留了下来，这样便表现出非常显著的不彻底和不稳固；（2）立法不是把婚姻看作一种合乎伦理的制度，而是看作一种宗教的和教会的制度，因此，婚姻的世俗本质被忽略了；（3）草案所提出的程序缺点很多，而且是互相矛盾的各种因素的缀合；（4）应该承认，草案一方面存在着和婚姻概念相抵触的警政一样的严峻性，而另一方面，对所谓的公正的见解却又表现出过分的软弱；（5）整个草案的逻辑性很差，论点也不够明确，不够确凿有力。” [65] 由于《莱茵报》公布了政府秘密制定的《离婚法草案》，又拒绝向政府提供草案投稿人姓名，并对草案作了批判，使政府十分恼火。
1843年1月初，《莱茵报》连续发表马克思的专文，指责政府查封《莱比锡总汇报》事件。马克思指出，《莱比锡总汇报》是由于讨论德国内部事务而被查封的，这就说明，在书报检查制度下，报刊不可能自由地讨论国家内部的问题，由此也“足以打破轻信者对行将来临的巨大让步所抱的各种洋洋自得的幻想” [66] 。政府对《莱比锡总汇报》的责难，实际上是对一切真正的人民报刊的攻击。因此，查封《莱比锡总汇报》的做法，预示着人民报刊将不断遭受非难和摧残。为了保卫人民报刊存在的权利，就必须进行斗争。由于这篇文章用实际事例揭穿了书报检查令的骗局，反击了当局对人民报刊的迫害，又一次触怒了普鲁士反动政府。
《莱茵报》发表的关于摩塞尔河地区农民状况的文章，特别是马克思的《摩塞尔记者的辩护》，深刻地批判了普鲁士的社会政治制度。这篇文章仅仅发表了两个部分，政府就已无法容忍。文章的其余部分：《摩塞尔河沿岸地区的毒疮》、《摩塞尔河沿岸地区的吸血鬼》、《有关改善这种状况的办法的建议》被禁止发表。《莱茵报》与政府的对立公开化了，政府容许《莱茵报》存在的时间已经屈指可数。
1843年1月19日，普鲁士内阁会议指责《莱茵报》是一家倾向极坏的报纸；认为它的“倾向显然是散布对教会和国家的现存秩序的仇恨，破坏它们，煽动不满情绪，恶意诽谤国家行政机关，侮辱友好国家”；决定从1843年4月1日起禁止该报出版。在停刊以前，对它实行双重检查，除原来的检查官外，政府还直接从柏林派来一名检查官。每天“报纸编好以后必须送到警察局去，让他们统统嗅一遍，只要警察的鼻子嗅出一点非基督教的、非普鲁士的东西——报纸就不能出版” [67] 。
查封《莱茵报》的决定在莱茵省以至整个普鲁士引起强烈的反对。一些进步报刊正确指出，这个决定是对出版物讨论国家迫切的社会问题的最低限度权利的公然侵犯。几千人签名上书国王，要求撤销决定。摩塞尔河农民的请愿书写道：“《莱茵报》确实写过关于我们的家园和我们的状况，关于我们的权利和我们的命运的真实情况”，表达了对曾经捍卫他们利益的《莱茵报》的感激心情。
面对反动政府的迫害，《莱茵报》的股东表现出德国资产阶级的软弱性。他们不去同反动派作斗争，却抱怨马克思的革命民主倾向，指责在马克思担任主编以后，才发生了报纸与政府的冲突，“引起了目前这场没有预料到的灾难”。他们以为只要把报纸的态度放温和些，就有可能换取政府撤销对报纸的“死刑判决”。
政府的迫害和股东的软弱，并没有使马克思感到惊奇。他对普鲁士政府和书报检查制度的反动性早有深刻认识，查封《莱茵报》进一步表明，在书报检查制度下，自由只是存在于幻想之中。查禁、封闭就是为了对付敢于自由发表意见的报刊的。他对德国资产阶级的软弱性也早已透彻了解。因此他决定退出《莱茵报》编辑部。1843年1月25日，他写信对卢格说：“我从《莱茵报》被查封一事看到了政治觉悟的某些进步，因此我决定不干了。而且，在这种气氛下我也感到窒息。即使是为了自由，这种桎梏下的生活也是令人厌恶的，我讨厌这种小手小脚而不是大刀阔斧的做法。伪善、愚昧、赤裸裸的专横以及我们的曲意奉承、委曲求全、忍气吞声、谨小慎微使我感到厌倦。总之，政府把自由还给我了。” [68]
1843年3月17日，马克思发表声明：“本人因现行书报检查制度的关系，自即日起，退出《莱茵报》编辑部。” [69] 次日，《莱茵报》刊登了这个声明。同一天，检查官圣保尔向柏林报告：“整个报纸的精神领导者马克思博士昨天终于离开了编辑部……我对这种情况感到十分高兴，因为现在我在这份报纸上所花费的时间还不到先前的四分之一。”
马克思在《莱茵报》工作虽然仅仅一年，其中担任主编仅仅五个月，但对他今后的生活和思想却发生了重要的影响。
在大学读书的时候，马克思只是研究哲学和历史，对经济学一无所知。报纸的编辑工作使他接触到德国现实生活的各个方面，了解到许多从书本上无法了解的实际情况，推动着他去研究以前没有研究过的问题。这个时期的实际工作，使他越来越深刻地认识到：“人们奋斗所争取的一切，都同他们的利益有关。” [70] 即使像出版自由这样的问题，表面上好像与物质利益的关系不大，实际上也是由物质利益所决定；如果不从物质利益关系的角度进行考察，就不能正确了解为什么不同等级的人对这个共同问题的态度竟然如此不同；至于林木“盗伐”和农民状况的问题，更是直接涉及人们的物质利益。正是为了解答这些问题，推动着他去研究经济学。后来恩格斯回忆道：他曾“不止一次地听到马克思说，正是他对林木盗窃和摩塞尔河地区农民处境的研究，推动他由纯政治转向研究经济关系，并从而走向社会主义” [71] 。