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1841年春，马克思经过9个学期的学习，读完全部大学课程，写成毕业论文《德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的差别》，于3月30日毕业于柏林大学。
当时柏林大学被一些反动学者所把持。马克思不愿把论文提交柏林大学，不愿“跟那些精神的臭鼬，那些只是为了到处寻找新的死胡同而学习的家伙打交道” [62] 。因此，他把论文寄给耶拿大学。耶拿大学哲学系主任巴赫曼教授对论文评价极高，认为它证明作者“兼备智慧聪敏的思想和渊博的知识”，授给他哲学博士学位。4月15日，马克思收到耶拿大学哲学博士证书。
《博士论文》是马克思青年时期理论研究的重要成果。这篇论文的准备工作于1839年初就已经开始。他原来计划写作一部关于古代希腊的伊壁鸠鲁哲学、斯多葛哲学和怀疑论哲学的巨著，《博士论文》是其中的一部分。
马克思研究古希腊哲学，不是为了远离现实斗争，恰恰相反，而是为了解决实际斗争中提出的问题。我们知道，伊壁鸠鲁哲学和怀疑论哲学，是古希腊奴隶制解体时期主要的哲学派别，曾经对当时的社会生活和政治斗争发生过重大影响，在一定程度上为基督教的产生做了思想准备。马克思研究这些哲学派别，首先是为了探讨哲学和现实的关系，研究哲学在改造社会中的作用；其次是为了透彻了解基督教产生的历史，以便对宗教进行更深入的批判；最后是为了发扬古希腊唯物主义思想家的战斗精神，把理论批判与现实斗争结合起来。
为了研究古希腊哲学，马克思以严肃认真的态度，进行了长期的工作。他收集了大量古代史料、古典文献、古代和现代作家的有关论著。例如，他读了亚里士多德、塞克斯都·恩披里柯、第欧根尼·拉尔修、欧瑟比等古代作家的著作，利用了辛普利修、约翰·斯托贝、约翰·菲洛朋的注释，研究了伽桑狄、斯宾诺莎、莱布尼茨、霍尔巴赫、谢林和黑格尔的有关论著。尽管这个问题以前研究的人不多，材料既不足又分散，但经过长期的收集、整理、研究，马克思还是取得了很大成就，“根据一些残篇阐述了整个体系” [63] 。现在遗留下来的，除《博士论文》外，还有一份内容丰富的《伊壁鸠鲁派、斯多葛派和怀疑论派哲学史笔记》。
在《博士论文》中，马克思研究了德谟克利特和伊壁鸠鲁自然哲学的差别，对它们作了深刻的论述和评价。
德谟克利特（约公元前460—前370）是古希腊伟大的唯物主义者，“经验的自然科学家和希腊人中第一个百科全书式的学者” [64] 。他认为自然界的变化是由本身的规律所支配，而不是由什么“神”的意志所决定。他说，一切事物的原始基础是原子和虚空。原子是永恒存在的、本质上相同的微小物体，虚空是某种场所。世界万物都由原子构成。原子在虚空中不断做直线降落和互相冲击的运动，在运动中互相结合，使自然界千变万化。这是一种朴素的唯物主义观点。但是，按照他的观点，事物的变化，都是由特定的原则所造成，都是必然的，没有任何偶然的因素。这是一种宿命论观点。
伊壁鸠鲁（公元前341—前270）是“最伟大的希腊启蒙思想家” [65] ，他赞同德谟克利特的原子论，认为在虚空中不断运动着的原子是万物的基础，一切自然现象都可以用原子的各种结合来解释。但是他认为，原子不仅具有物质属性，而且具有精神本质。原子在虚空的运动，不仅有直线降落和互相冲击两种形式，还有脱离直线偏斜的形式。这种偏斜运动表明原子具有独立的性质，可以脱离必然性，自由地进行活动。他不同意德谟克利特的宿命论，认为自然规律的必然性决不意味着人们在自然面前无能为力。伊壁鸠鲁说：我们所以服从自然界，是为了实现必要的愿望，也是为了实现自然的愿望，只要它们不是有害的；如果它们是有害的，那就要严加制止。
马克思对古代哲学家的原子论中所包含的唯物主义思想作了肯定的评价。虽然从物理学上说，伊壁鸠鲁关于原子脱离直线的偏斜运动是没有根据的；但从哲学上说，它是有意义的。马克思说：“……卢克莱修很正确地断言，偏斜运动打破了‘命运的束缚’。” [66] 这个理论强调人们具有自由的意志和反抗命运的能力，在古代反对暴政统治和神灵崇拜中有着重大意义，而在当时则是反对封建专制统治和宗教的有力武器。
马克思也批判了伊壁鸠鲁哲学的错误。按照原子脱离直线进行偏斜运动的理论，伊壁鸠鲁强调个性的绝对自由，认为人们只有脱离世界，脱离集体，才能得到自由和幸福。对于伊壁鸠鲁及其信徒来说：他自己的声音压倒了天上的雷声轰鸣，使闪电黯然无光。
马克思指出，人们不能脱离世界、脱离周围环境而孤立存在；人们只有在社会中，通过相互作用，发生一定关系，才能得到自由。也就是说，只有在集体中，个人才能获得全面发展其才能的手段；只有在集体中，才能有个人的自由。
马克思说：“哲学研究的首要基础是大胆的自由精神。”这种精神要求否定任何宗教迷信和教义束缚。宗教妨碍自由的研究，妨碍人们对真理的探求和认识。宗教宣传的东西，不是空洞的同义语反复，就是毫无根据的谬论。一切证明神灵存在的理由，都可以用来证明神灵并不存在，都可以用来驳斥一切关于神灵的概念。“要是你把你所信仰的神带到信仰另一些神的国家去，人们就会向你证明，你是受到幻想和抽象概念的支配。这是公正的。” [67]
在《博士论文》中，马克思援引卢克莱修的《物性论》，热烈赞扬伊壁鸠鲁反对宗教黑暗势力的无畏精神：
当大地满目悲凉，
人类在宗教的重压下备受煎熬，
而宗教则在天际昂然露出头来，
凶相毕露地威迫着人们的时候，
是一个希腊人首先敢于抬起凡人的目光
挺身而出，与之抗争。
任是神道，任是闪电，或者天空
吓人的雷霆都不能使他畏惧……
……
如今轮到宗教被我们踩在脚下，
而我们，我们则被胜利高举入云。 [68]
马克思号召人们，像古希腊唯物主义者一样，坚决反对宗教迷信，把无神论贯彻到底。
从古代哲学对社会生活的影响中，马克思深刻地认识到，哲学与现实世界之间的关系，不是绝对对立，而是互相作用。哲学是现实世界的反映，又会变成改造世界的“实践的力量”。哲学与现实世界这种相互关系，并不是自发实现的，而是通过对立、冲突、斗争实现的。这种对立、冲突和斗争，又必然反映到哲学内部，产生对立的哲学派别。其中一个派别要批判现存世界，改变现存世界；另一个派别则要替现存世界辩护，用“哲学思考”来转移对现存世界的革命斗争。很显然，前一派是进步的；后一派是保守的，只有自由派这个概念的一派，能够带来真正的进步。
当然，马克思这时还不可能彻底解决哲学与现实斗争的关系问题。但是，仅仅提出这个问题，就是难能可贵的。
在写作《博士论文》过程中，马克思深入研究了黑格尔的辩证法，了解了辩证法的革命意义，强调指出：辩证法也是湍急的洪流，它把无数的和有限的事物击破，把独立的形式推翻，把一切都沉没于一个永恒的大海中。他从这一点出发，论证了革命对改造现实的作用。他在《博士论文》中“熟练地运用着辩证法，他的语言表现出那种为黑格尔所特有而他的学生们早已失去了的活力” [69] 。
但是，马克思并没有被黑格尔唯心主义哲学体系所束缚。他根据自己的独立研究，在许多问题上与黑格尔发生分歧。例如，黑格尔对古代唯物主义者采取轻蔑的态度，指责德谟克利特是“坏的”唯心主义者，认为伊壁鸠鲁哲学“没有思想”、“武断和无聊”。同黑格尔哲学相反，马克思高度评价这些伟大的唯物主义者，认为他们的哲学“是理解希腊哲学的真正历史的钥匙”。马克思选择他们作为研究对象，并对他们大加赞扬，同黑格尔的态度形成鲜明对照。
《博士论文》表明马克思对黑格尔哲学有着精湛的研究，是“这位黑格尔的学生授给自己的毕业证书” [70] ，但也表明马克思已经比黑格尔哲学和青年黑格尔派大大前进了。
马克思这个时期在科学、艺术、个人生活中全面地展示出来的精神活动，使我们清楚地看到，早在学生时代，他“就已经是一个了不起的人，他把自己的全部身心献给了争取真理的斗争。他表现出如饥似渴的求知欲，无穷无尽的精力，无情的自我批评精神和那种只要情感迷失方向就能压倒情感的战斗精神” [71] 。这对于他后来所走的革命道路，有着重大的影响。
追求真理和坚持真理的道路是艰难的。这一点，青年马克思在研究古希腊哲学中已经十分深刻地意识到。但他并不畏缩和气馁，而是用大无畏的精神迎接未来的挑战。他说：“对于那些以为哲学在社会中的地位似乎已经恶化因而感到欢欣鼓舞的懦夫们，哲学再度以普罗米修斯对众神的侍者所说的话来回答他们：
你好好听着，我决不会用自己的痛苦
去换取奴隶的服役：
我宁肯被缚在崖石上，
也不愿作宙斯的忠顺奴仆。” [72]