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在不来梅期间，恩格斯经历了深刻的思想斗争，摆脱从家庭、学校和社会所受到的宗教影响，逐渐成为无神论者，并对圣经和宗教进行了批判。
在家乡乌培河谷的时候，恩格斯受到严格的宗教教育。在幼小的心灵中，装了不少上帝赐福、基督救难之类的东西。17岁时，他按照当时的习俗在教堂行了坚信礼，还写了一首赞美诗，颂扬那个“驱走了邪恶”、“捍卫了幸福”的虚无的上帝！但是，他从来就不是一个虔诚主义者，不盲从圣经和传教士的说教。
到不来梅后，恩格斯开始对乌培河谷时期的信仰产生怀疑。在科学与宗教的尖锐矛盾中，他相信科学，为摆脱宗教的束缚进行了十分激烈的内心斗争。1839年7月，他写信给当时在柏林研究神学的朋友格雷培，在反驳格雷培对信仰宗教的辩护时写道：“当然，你在你的信仰中就像躺在温暖的被窝里那么舒适，你不了解我们这些人为了解决有无上帝这个问题而不得不进行的斗争；你不了解一个人随着最初的怀疑而开始感觉到的那种负担即旧信仰的负担是何等沉重，当时他必须决定对旧信仰是维护还是反对，是承担它还是将它抛弃。” [42] 经过一段思想斗争和探索，他最终抛弃了旧的信仰。
首先，促使恩格斯抛弃乌培河谷信仰的原因，是现实生活的教育。无论乌培河谷还是不来梅，到处盛行着虔诚主义。那些有钱有势的达官巨贾，都以拯救世人的上帝的奴仆、真正的虔诚主义者的面目出现，但这并不妨碍他们对广大人民群众进行残酷的剥削和压迫。乌培河谷的工厂主，一方面每周两次风雨无阻地上教堂，表明自己多么虔诚；一方面却肆无忌惮地榨取工人的血汗，连年幼的孩童也不放过。虔诚主义成了他们掩盖剥削罪恶的假面具。这些活生生的事实，引起恩格斯的愤怒和深思。他逐渐认识到，基督教本质上就是为少数人的利益服务的，所谓拯救人类的说教，完全是欺人之谈。他对准备当牧师的朋友格雷培说：“当人们把正统的福音基督教称作爱的宗教时，我觉得这是莫大的讽刺。按照你们基督教的说法，人类有十分之九是会永远不幸的，只有十分之一会得到幸福。弗里茨，难道这一点能表明上帝的无穷无尽的爱吗？你想想，要是上帝的爱仅此而已，他会显得多么渺小啊？”正是现实生活的教育，使恩格斯逐渐对宗教发生怀疑，以致最终与宗教决裂。
其次，恩格斯抛弃乌培河谷信仰，是反对封建专制斗争的需要。当时宗教是德国反动统治制度的精神支柱，封建暴君为了维护专制制度，便利用宗教，“使大多数人处于愚昧状态” [43] ；因此，要反对世俗的上帝，就必须剥去他们头上的灵光圈；要摆脱警察女神的怀抱，就必须抛弃圣经和传教士的说教。德国革命民主派哲学家，已经为此作出了榜样。恩格斯已看出德国被封建专制的锁链紧紧捆住，他对这个绞杀自由的黑暗制度痛恨万分。只有戳穿宗教迷信的骗局，才能撕掉统治阶级的伪善面纱，还其狰狞凶恶的本来面目。因此，随着恩格斯在政治上走向革命民主主义，与宗教决裂是不可避免的。
最后，在探求真理的道路上不断前进，使恩格斯完全抛弃乌培河谷信仰。在不来梅，恩格斯大量阅读科学著作，孜孜不倦地寻求真理。虽然他自幼受到教堂、主日学和家庭灌输要永远最盲目地、无条件地相信圣经，相信圣经教义和教会教义的思想，但他获得的科学知识越多，越感到由许多作者写的许多片断组成的圣经内容矛盾重重，“圣经的作者有多少，矛盾就有多少”。因此，决不能对圣经盲目信仰。他对科学服从宗教甚至为维护宗教而牺牲科学的言行十分气愤。他说：“如果某个地质学家讲，地球和化石证明了曾经发过一次洪水，这就会被引用；但是如果另一个地质学家发现这些化石属于不同龄期，并证明在不同时期和不同地区都发过洪水，那么，地质学就会遭到谴责。这样做难道正当吗？” [44] 当他听到有个传教士还在宣传地球是不动的，太阳围绕地球旋转这个早已被科学驳倒的谬论时，怒不可遏地指出，宣扬这类货色，简直是可耻！ [45] 为了驳斥这种愚昧的谬论，他于1840年翻译发表了西班牙诗人曼努埃尔的《咏印刷术的发明》，歌颂为真理而献身的科学巨人哥白尼、伽利略和牛顿，指出人类的智慧早已冲破宗教的禁锢，环绕宇宙展翅飞翔：
哥白尼飞上星光灿烂的苍穹，
那儿曾一度充满稠密的以太，
他透过无垠的太空，
观察那把光明带给我们的最耀眼的星球。
伽利略感觉到地球在脚下转动，
惊慌失措的罗马，
却把他投入牢笼。
但地球一如既往地飞行，不知疲劳，
在无边的宇宙大海中漂浮，
光辉灿烂的诸天体同它一起，
在火光中不停地飞翔。
这时又来了牛顿的敏捷精灵，
紧跟着它们，
他指出他描绘的运动永远循环不停。 [46]
恩格斯越来越认识到，凡被科学推翻了的东西，在生活中不应该继续存在。既然摩西创世史和上帝的存在都不能在任何地方得到证实，那么，就不应该继续相信圣经的字面意义和维护上帝的直接影响。
在恩格斯批判宗教、抛弃乌培河谷的信仰中，大卫·施特劳斯的《耶稣传》起了重大作用。当恩格斯内心正在为摆脱宗教的束缚而苦闷时，读到施特劳斯于1835年发表的《耶稣传》，十分欣喜地从这部著作中吸取了批判宗教、揭示圣经真正来源的深刻思想，解决了长期苦苦思索的有无上帝的问题，从而根本上动摇了乌培河谷的信仰。他以胜利者的喜悦心情写信告诉在宗教问题上与他进行激烈辩论的格雷培说：“小伙子，你现在就听我说，我目前是一个热心的施特劳斯主义者了。你们这就来吧，现在我可有了武器，有了盾牌和盔甲，现在我有把握了；你们就来吧，别看你们有神学，我也能把你们打得落花流水，使你们不知该往哪儿逃。真的，威廉……大卫·施特劳斯像一位年轻的神一样出现了……他把乱七八糟的东西都暴露在光天化日之下——Adios宗教信仰！——它原来就像海绵一样漏洞百出。” [47] 从此，恩格斯抛弃了乌培河谷的信仰，挣脱了宗教这个禁锢人们精神发展的锁链。