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在许多人眼里，李治是个昏君，但从上述史实可以看出，他非但不是什么昏君，还是个虚心纳谏、体恤下情的明君。还有一个观念深入人心，说李治刚登基没有权力，是长孙无忌手中的傀儡，永徽之治不是李治的功劳，都是褚遂良、长孙无忌他们干的。这怎么可能呢？李治能够决定官员的生死，也可以任免、处罚他们，这哪里是傀儡能够做的？身为统治者，手上有没有实权，一个重要的指标是：他手上有没有兵权。此时的大唐，军队掌握在谁手里呢？明显是皇帝。唐玄宗以前，李唐王朝实行府兵制，这种兵制有一个特点：兵农合一。府兵卫士日常忙于耕作，有需要时才训练、上番，过军事生活。皇帝派将领出征，命令下达前，将领自己都不知道会统帅哪里的府兵出征，起到“兵不识将，将不识兵”的作用。征调的士兵，来自不同区域，相互之间也能制约。仗打完，将领回朝，府兵回府，双方没有什么关系了。
将领是没有调遣军队的权力的，如果要调动府兵，首先需要有皇帝的敕命，然后兵部传达到地方一级，州刺史、折冲府共同核对，确认无误才能发兵，刺史来自行政系统，折冲府属于军事系统，彼此牵制。除了府兵，唐朝还有募兵，可是募集士兵也需要皇帝的命令，没有旨意，私自募兵达到一定数量，会被治以重罪。
当御史弹劾梁建方，李治可以“释不问”，说明他有处分将领的权力；百济朝贡，李治说：“不然，吾将发兵讨汝矣。”若没兵权，岂能说出这样的狠话？长孙无忌是宰相之首，他拥有的是行政权，作为皇帝的舅舅、托孤大臣，他的权力可以对皇帝形成牵制，但盖不过皇帝，因为他没有军队的支撑。这一点从长孙无忌的结局就能看出来。当李治连下诏书，长孙无忌的党羽贬的贬、死的死，没有一点反抗的能力，后来诬陷他谋反，连申诉的机会都不给，最终长孙无忌惨死黔州。如果长孙无忌手握兵权，李治没有兵权，后者如何能扳倒前者？过程又怎能如此轻松？未动一刀一枪，连场政变都没有发生。长孙党除了劝谏、上奏、哀求，一点像样的反抗都没有，几乎是任人宰割。
那李勣手里有没有兵权呢？当然也没有，李将军虽然长期为将，且立有赫赫战功，但这个时期，他的职务是开府仪同三司、同中书门下三品（左仆射他自己要求解除了），文职，并没有兵权。这是唐朝对待武将的一种方法，叫“出将入相”，你立了战功，就任命你为宰相，既可以起到激励作用，又可以解除兵权，一举两得。所以说，李在军中有威望是真的，但要说兵权，他真没有。兵权一直掌握在李治手中，大权也是一样，许多决策看似与他无关，实际上没有他点头，是不可能完成的。十几年后，李治任命李勣为行军总管，率领薛仁贵等人讨伐高句丽，因为有皇帝的任命，李勣才获得临时的兵权，最终荡平朝鲜半岛。其实在当太子的时候，李世民就已经让李治抓军队了，比如这篇《命皇太子知左右屯营兵马事诏》：
皇太子治，忠孝成德，志业光茂；地惟储副，寄深监抚；兼统禁旅，实允旧章。宜知左右屯营兵马事，其大将以下，并受处分。
唐太宗是靠玄武门之变上台的，玄武门屯营，可以说关系到皇帝的身家性命。他让李治掌管左右屯营军务，是为了锻炼他的军事能力，也是为了太子即位后，能够牢牢地掌握这支部队，防止野心家策反。要是太子登基之前从来没接触过，那危险系数就比较高了。除了军队，在李治监国期间，李世民曾让他处理所有军国大事。比如，征讨高句丽时，唐太宗御驾亲征，前线军务繁忙，国内大小政务不可能全部由皇帝处理，故出发前，他交权给了李治，《命皇太子监国诏》说：“其宗庙社稷百神，咸令主祭；军国事务，并取决断。”战争结束后，太宗归来，想要专心养病。李治又一次得到监国机会，这次的职权说得更清楚了：“而皇太子治令德远彰，所有机务，可令决断；百辟卿士，咸宜受其节度。朕当亲调五药，暂屏万机。”我好好养病，军国大事，全部交给太子决断。
为什么让李治处理所有国家大事？因为当皇帝以后，工作就是这样，不可能永远只是处理部分朝政的。提前练练手，积累经验，以后就不会手忙脚乱。既然掌握兵权，监国期间，李世民又已经让他管理所有朝政，李治不可能是傀儡。
正当李治带领群臣开创永徽之治，一场谋反案突然爆发，牵扯出大量高官和皇室成员，让整个长安都动荡不已。这又是怎么回事呢？