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袁世凯在北京就职后，就开始为实行自己的独裁专制做准备。南京临时参议院为了限制袁世凯的权力，搞了一个责任内阁制，即大总统发布命令时，须有国务总理副署。袁世凯觉得责任内阁制碍手碍脚，便想法破坏它。凡是内阁总理任命的人员，他千方百计阻挠，弄得内阁总理干不下去。他先后换掉了唐绍仪、陆徵祥，直到换上了他的亲信赵秉钧，内阁完全被他控制才算了事。
为了稳定政局，袁世凯邀请孙中山、黄兴二人北上会谈。8月下旬，他先把孙中山请到北京，待以上宾之礼，共商国家大计。孙中山表示希望袁世凯做10年大总统，而自己将全力从事铁路建设。袁世凯封了孙中山一个“全国铁路督办”的官名。黄兴到北京后，主要是与袁世凯谈建立政党内阁，袁满口答应。孙中山、黄兴前脚刚走，袁世凯后脚就找人编造孙、黄二人的所谓“隐私”，印成小册子，在各处散发，诋毁他们。
1912年12月到1913年2月，第一届国会选举在全国范围内进行。同盟会的领袖之一宋教仁，特别醉心于资产阶级的议会组织，主张改组同盟会，扩大其组织，以求在国会中占多数议席，从而能自己组成内阁。他的主张得到了黄兴的支持。1912年8月间，宋教仁将同盟会改组成国民党，仍以孙中山为领袖。果然，国民党在国会议席选举中获得了大多数。宋教仁踌躇满志，认为大局已定，成立以他为首的国民党内阁指日可待。他从湖南转道上海、南京回北京，一路宣传政见。1913年3月20日，宋教仁在上海火车站遭到暗杀，重伤而死。袁世凯电令江苏地方官吏“速缉凶犯，穷究主名，务得确情，按法严办”。然而，“穷究”的结果，是查出主使行刺的正是袁世凯，直接布置暗杀的是国务院总理赵秉钧。
宋教仁（1882—1913），湖南桃源人。中国民主革命家
宋案真相大白，举国哗然。孙中山从宋教仁的鲜血教训中猛然醒悟，主张立即讨伐袁世凯。然而，国民党人却意见不一，黄兴主张法律解决；广东都督胡汉民正与陈炯明争夺广东地盘，对于是否讨袁漠不关心；安徽都督柏文蔚准备与袁世凯妥协；湖南都督谭延闿持观望态度。只有江西都督李烈钧拥护孙中山的主张。
刺杀宋教仁后，袁世凯立即准备用武力镇压国民党人。打仗需要钱，4月26日，袁世凯指派赵秉钧等同英、法、德、日、俄五国银行团谈判，签订了2500万英镑的善后大借款合同。国民党议员以国会为武器，反对袁世凯签订善后大借款合同，表示未经国会同意，此项借款不合法，不能承认。袁世凯立即指使民主党、共和党、统一党合并，组成进步党，与国民党抗衡；同时授意听他命令的北方各省都督通电斥责国会反对借款就是“无理取闹”。这些都督们都手握枪杆子，于是，国民党议员们噤若寒蝉，不敢再吭声了。
得到帝国主义的支持，又压服了国民党议员们，袁世凯口气硬了，攻击孙中山、黄兴除了“捣乱”没有别的本事，声称自己承担受四万万人民之托的重任，不能听任捣乱，谁要捣乱另组政府，即举兵讨伐。6月，袁世凯借口李烈钧、胡汉民、柏文蔚通电反对善后大借款，下令免他们的职，并派兵南下，进入江西，讨伐反对他最坚决的李烈钧。
7月12日，李烈钧在江西湖口誓师，组织讨袁军，发表讨袁通电。黄兴在南京逼使江苏都督程德全宣布讨袁。上海、安徽、湖南、广东、福建等省和重庆先后宣布独立。此即国民党的“二次革命”。国民党人的讨袁行动一开始就不统一，处于被动挨打局面。8月18日，北洋军攻陷南昌，占领江西。南京方面，由于部分讨袁军被袁世凯收买，发生内变，国民党军队被迫退守临淮关。黄兴于7月29日离开南京，被迫反袁的程德全便宣布取消讨袁。9月1日，袁军张勋部攻占南京。与此同时，上海、安徽的讨袁军也被袁军击败。接着，其他各地相继取消独立。不到两个月，南方各省国民党军队的讨袁行动全被袁军打垮，“二次革命”遭到失败。建立民国的元勋孙中山、黄兴被袁世凯加上“乱党”的罪名，严令通缉，被迫再次逃亡日本。
镇压“二次革命”后，袁世凯为了把临时大总统的帽子换成正式的，拉拢在国会中占多数的国民党议员，假惺惺地说要尊重议员的权利。这批留在北京的国民党议员与进步党议员合作，成立了宪法起草委员会，共同制定宪法草案。袁世凯不想等这些议员们慢吞吞地制定宪法，然后再按照宪法规定的程序选举总统，于是指使梁士诒收买一些议员，于9月18日成立公民党，在国会内大肆活动，要求先选举总统，后制定宪法。同时，他又示意各省都督通电提出相同的要求，给国会施加压力。宪法会议扛不住了，于10月4日违反法定程序，在宪法制定前草草公布了《大总统选举法》，定于6日进行选举。
选举这天，袁世凯派便衣军警与地痞流氓组成了数千人的“公民团”，严密包围会场，叫嚷：“今日非将公民所属望的总统选出，不许选举人出议场一步。”议员们开始不那么听话，袁世凯不够法定票数，怎奈选不出总统不让吃饭，直到第三次投票之后，袁世凯才当选为总统。投票结果宣布后，会场外的“公民团”才在一片“袁大总统万岁”的呼喊声中撤走。已经饿了14个小时、饥肠辘辘的议员们终于可以去填饱肚子了。
10月10日，袁世凯特意在故宫太和殿举行就职仪式，俨然皇帝登基。这是袁世凯为恢复帝制放出的第一只试探气球。
当选了大总统，政党和国会对袁世凯已经没有用了，而且还碍手碍脚的。10月25日，也就是就职才半个月，袁世凯便通电各省军政长官，要求一致反对宪法草案，给国会议员扣上了“国会专制”的帽子。11月4日，他以国民党议员和李烈钧有联系为借口，下令解散国民党，撤销国民党议员的资格。国民党议员在国会中占多数，这样一来，国会就不足法定人数，无法开会，名存实亡。1914年1月10日，袁世凯一不做二不休，干脆下令取消国会。各地方的自治会和省议会随即通令取消。
取消国会后，袁世凯于3月召开了他一手操纵的约法会议，在5月1日炮制了一部《中华民国约法》。这个打着袁氏印记的约法把总统的权力扩大到与皇帝形似的程度：改责任内阁制为总统制；撤销国务院，在总统府内设政事堂作为办事机构，政事堂以国务卿为首脑，首任国务卿是袁世凯的把兄弟徐世昌；成立代行立法机关的参政院，由袁世凯任命70多人组成。参政院为袁世凯修改了《大总统选举法》，其中规定：总统任期改为10年，连选连任无限制；总统任期届满时，若认为政治上有必要，不必改选，即可连任；总统继任人由现任总统推荐，被推荐者并无限制。这样，袁世凯不仅成为终身总统，而且可以传子孙，除了不叫皇帝，其他和皇帝是一模一样。这是袁世凯为恢复帝制放出的第二只试探气球。
这时的民国，被袁世凯祸害得只剩下一块招牌，其他已经荡然无存。然而，袁世凯就连这块招牌也觉得刺眼，恨不得马上把它换下，恢复帝制，戴上皇冠，穿上黄袍，坐上太和殿的龙椅。
袁世凯的心思，各帝国主义国家自然看得透透的。它们希望袁世凯能够加强对国内的控制，以便通过他来扩大它们在华的侵略势力。1914年前后，德、英、美等国先后怂恿袁世凯称帝。日本也以支持袁世凯称帝为交换条件，借以夺取大量权益。
7月，第一次世界大战爆发，欧洲几个帝国主义国家都卷了进去，无力顾及东方。日本一看机会来了，企图独占中国。8月23日，日本对德国宣战，派军队在山东半岛登陆，向德军侵占下的青岛和胶济铁路沿线进兵，夺取德国在山东的侵略地位。袁世凯不敢得罪日本，宣布“中立”，并划出战区以供日本作战，听任日本武装占领青岛及胶济铁路全线。
1915年1月，日本驻华公使日置益向袁世凯提出“二十一条”，作为支持袁世凯称帝的交换条件。袁世凯看到西方列强正忙于欧战，在华势力相对减弱，而日本势力迅速扩张，认为只有取得日本的支持，才可以恢复帝制，于是派外交总长陆徵祥、次长曹汝霖与日本代表秘密谈判。5月9日，袁世凯接受了“二十一条”的无礼要求。
接受了“二十一条”后，袁世凯加紧了恢复帝制的活动。8月，袁世凯的宪法顾问美国人古德诺在上海《亚细亚报》上发表一篇《共和与君主论》，说什么中国“大多数人民智识不甚高尚”“无研究政治之能力”；辛亥革命“由专制一变而为共和，此诚太骤之举动，难望有良好之结果”。由此，古德诺得出了“中国如用君主制，较共和制为宜”的结论。袁世凯另一个法律顾问日本人有贺长雄发表了《共和宪法持久策》，更露骨地鼓吹中国须由袁世凯做皇帝。两个洋法律顾问大造中国必须实行帝制舆论，是袁世凯放出的第三只试探气球。
袁世凯想称帝，一些“抬轿子”的人便蜂拥而出。就在古德诺发表《共和与君主论》不久，杨度
、孙毓筠、刘师培、严复、李燮和、胡瑛等6人，组织了“筹安会”，公开鼓吹恢复帝制。世人称他们为筹安会“六君子”。筹安会通电各省军政长官及各地商会、教育会、尊孔团体，要他们派代表进京讨论国体问题。袁世凯在各地的走狗喽啰们也进行配合，函电响应。由于参政会召开在即，筹安会决定改讨论为投票。然而，各地代表到京需要一定时间。筹安会等不及了，就以各省旅京人士名义，分别组成各省公民请愿团。不仅如此，为袁世凯称帝摇旗呐喊的人们，还组织了“乞丐请愿团”“妓女请愿团”，真是乌烟瘴气。
9月6日，袁世凯示意国体问题应“征求多数国民之公意”。袁世凯心腹梁士诒在9月19日成立“全国请愿联合会”，向参政院请愿，要求以国民会议为解决国体问题的机关。次日，参政院议决在11月21日召集国民会议。梁士诒等为早日把袁世凯抬上龙椅，再次请愿。10月2日，参政院制定《国民代表大会组织法》，决定由国民大会来解决国体。10月8日，袁世凯公布了《国民大会组织法》。
为了确保国民大会的代表是帝制派，代表选举都是在各省军政长官的监督下选的，并在当地进行所谓国体投票。在11月20日前，全国各区投票全部完毕。12月11日，参政院汇集了全国国民代表共1993人所投的票，全部都是拥护君主制的，并附有同样文字的“推戴书”，一致委托参政院，“恭戴今大总统袁世凯为中华帝国皇帝，并以国家最上完全主权奉之于皇帝，承天建极，传之万世”。参政院于当日以最快的速度，用“国民代表”的名义上书劝进。这本来是袁世凯授意安排的，但他却表现得似乎自己不愿当皇帝，将劝进书退回，并假惺惺地说：“今若帝制自为，则是背弃誓词，此于信义无可自解者也。”参政院当然会想到袁世凯把劝进书退回，立刻心领神会地在当日召开会议，决定再劝进，在15分钟内便草拟了长达2000字的第二次劝进书，并宣读通过，立即呈进。
袁世凯急于当皇帝，这次没有推辞，装作不得已的样子收下了劝进书。12日，袁世凯发布命令，承认帝制。13日，他在居仁堂接受百官朝贺，封黎元洪为武义亲王。31日，袁下令1916年改为“中华帝国洪宪元年”，准备于元旦正式登上皇帝宝座。
袁世凯低估了人民的力量，也没有想到共和制已经深入人心。就在他满心欢喜准备登上皇帝宝座时，人民积压了两年的反袁烈火燃烧起来了！12月25日，云南已宣布独立，组成讨袁的“护国军”。1916年元旦这天，袁世凯在新华宫受百官朝贺时，云南军政府宣告成立，发布讨袁檄文。1月27日，贵州宣布独立。继贵州之后，广西、陕西、浙江等省先后宣布独立。在孙中山领导的中华革命党压力下，广东被迫独立。其他如福建、湖北、四川、安徽、奉天等地，也都有中华革命党人的活动。
看到中国反袁烈火越烧越旺，帝国主义也来了个向后转，拒绝继续支持袁世凯称帝。袁世凯手下心腹大将段祺瑞和冯国璋，原本盼望能继袁之后出任大总统，袁世凯复辟帝制，断了他们的盼头，因而他们对袁世凯建立世袭王朝一开始就很消极。在袁世凯积极策划复辟帝制期间，段祺瑞离开长期担任的陆军总长之职，托病隐居到北京西山；冯国璋以江苏将军的身份，在南京拥兵观望。当看到反袁形势发展迅猛、袁世凯的统治大厦有倒塌危险时，冯国璋意图以自己为中心来维护北洋军阀的传统势力，于是便同江西、浙江、山东、湖南等省将军共同施压袁世凯，迫使其取消帝制，并密电其他各省将军以求同意。直隶将军朱家宝把冯国璋的密电转给了袁世凯。心腹大将背后给他捅刀子，袁世凯不由得脊背阵阵发凉。3月22日，袁世凯灰溜溜地撤销帝制，次日废除“洪宪”年号。4月21日，他请段祺瑞出山，出任国务卿，组织责任内阁。袁世凯此举是想借用段祺瑞的力量渡过暂时的难关，即便皇帝当不成，仍然能够赖在大总统的位置上。而段祺瑞则想利用这个机会从袁世凯手中接管政权。
5月8日，独立各省军人在广东肇庆成立军务院，宣布由他们来指挥全国军政。这时，全国舆论纷纷声讨袁世凯，认为“袁逆不死，大祸不止”，号召“扑杀此獠，以绝乱种”。海外华侨也发出通电，要求将袁世凯执行国法。5月9日，孙中山发表《讨袁宣言》，号召不仅要打倒袁世凯，而且要将同袁世凯一样的人都打倒。袁世凯成了过街老鼠，人人喊打。
袁世凯不甘心束手就擒，要做最后挣扎，于5月29日发表“宣布帝制案始末”的申令，把帝制罪责全部推给别人，同时策划军队由川、湘向西南护国军反攻。四川将军陈宧和湖南将军汤芗铭，都是袁世凯的心腹爪牙，但他们迫于形势，也在5月下旬先后宣布独立。他们的独立，使袁世凯的军事挣扎计划落空，成为压倒袁的最后一根稻草。6月6日，袁世凯在全国人民的唾骂声中可耻地死去。
袁世凯的皇帝梦做了83天便结束了。事实证明，当历史车轮滚滚向前时，任何人想开倒车，都是注定要失败的。
袁世凯死后，黎元洪继任大总统，段祺瑞任国务总理。这时，段祺瑞和冯国璋的争斗激烈起来。以段祺瑞为首的皖系，得到日本帝国主义的支持，随着日本侵华势力在第一次世界大战中的扩大，皖系势力迅速膨胀起来。段祺瑞利用掌握的中央大权，控制了皖、鲁、浙、闽、陕等省广大地盘，俨然以袁世凯的继承人自居。以冯国璋为首的直系以英、美帝国主义为靠山，控制着苏、赣、鄂等省长江流域最富庶的地区。1916年10月他被国会选为副总统后，为保存自己的实力和地位，仍不肯离开自己的老巢南京去北京。
黎元洪虽然是大总统，但是个空架子，实际权力掌握在段祺瑞手中。黎元洪不甘心当一个傀儡，想利用冯国璋与段祺瑞之间的矛盾，来同段祺瑞争斗。此即后来史书上说的“府院之争”。
1917年2月，德国宣布将以潜艇无限制封锁海面。美国宣布对德绝交，准备参战，要求中国采取与它一致的行动，并提议借款给中国做参战军费。美国这一主张获得亲美的黎元洪的同意，国会也通过了与德国绝交案。日本唯恐落在美国后边，积极怂恿段祺瑞参战，并许诺借款给他训练参战军。段祺瑞一听，觉得借参战为名可以用借款扩充自己的军事实力，对自己在内争中有利，便积极主张参战。
看到段祺瑞倒向日本一边，原本主张中国参战的美国又改变了主意，指使黎元洪等进行抵制。段祺瑞的参战主张在国会得到了研究系议员的支持，而黎元洪则得到了非研究系的多数议员支持。段祺瑞借参战为名扩充武力的企图，被冯国璋看得清清楚楚，于是冯国璋明确表示反对参战。其他地方的督军也多数持反对态度。有了冯国璋以及地方督军们反对段祺瑞，黎元洪胆子壮起来了，于5月份下令将段祺瑞免职。
段祺瑞下台后到天津，指使安徽、奉天、山东、福建等八省军阀宣布脱离中央，并在天津设立独立各省总参谋部，要以武力反对黎元洪。以冯国璋为首的江苏、江西、湖北等省军阀虽然反对段祺瑞的参战主张，却没有积极表示以武力支持黎元洪。没有硬实力支撑的黎元洪这下慌了，求助于驻在徐州的军阀张勋。张勋表示愿意带兵入京调停。
张勋原名和，字少轩、绍轩，号松寿老人，江西奉新人。1884年在长沙参加清军，随军进入广西参加中法战争。曾为广西提督苏元春部参将。中日甲午战争爆发，他随四川提督宋庆调驻奉天。1895年，他隶属袁世凯，任新建陆军工程营管带、行营中军。他1899年升总兵，1901年调北京，多次担任慈禧、光绪的扈从。1909年宣统即位后，他任江南提督，率巡防营驻南京。辛亥革命时，他被清廷任命为江苏巡抚兼署两江总督、南洋大臣。
张勋死心塌地忠于清朝，在辛亥革命后，仍要求其部属保留辫子，因此，他的军队被称为“辫子军”。袁世凯当政时，张勋因镇压“二次革命”有功，被袁封为“上将军”。他以徐州、兖州为地盘，全力扩充“辫子军”。在四五年内，“辫子军”扩充到2万人，为复辟清朝准备了资本。1916年6月，袁世凯死后，张勋在徐州召开过两次北方各省代表会议，成立“省区联合会”，自任盟主，作为复辟清朝活动的基础。
张勋愿意调停“府院之争”，是想进京借机拥戴溥仪复辟。1917年6月，他率领3000名“辫子军”北上到达天津后，与段祺瑞进行会谈。段祺瑞知道张勋北上的目的，想借张之手解散国会，把黎元洪赶下台，然后自己来享受成果，因而表示愿与之“合作”，极力怂恿张勋入京。张勋被段祺瑞玩弄于股掌之间，颇有螳螂捕蝉、黄雀在后的味道。
于是，张勋电告黎元洪，必须解散国会，否则无法调停。黎元洪一直以遵守《临时约法》自我标榜，接到张勋电报，这才如梦方醒，知道落入圈套。但手里无兵的他，已经无力挽救，只好在6月12日下令解散国会。14日，张勋率领辫子军趾高气扬地进了北京。
张勋入京后的第一件事，就是跑到故宫向废帝溥仪叩头请安。清朝皇室、王公贵族和那些遗老遗少们早就盼望着复辟，张勋这一举动立刻让他们兴奋起来。一时间，“恢复祖业”“光复旧物”“还政于清”的声音甚嚣尘上。
维新变法时的风云人物康有为，在辛亥革命后已经完全沦为清朝余孽。他与劳乃宣、胡思敬等在南北各大城市成立“孔教会”“孔道会”“经学会”“读经会”等团体，著书立说，反对民主共和，为清室复辟大造舆论。康有为曾积极参加反袁运动，目的是复辟清室，实行他朝思暮想的“虚君立宪”。护国运动结束时，康有为撰写《为国家筹安定策者》一文，高唱复辟论。梁启超立即写《辟复辟论》驳斥康有为，师徒二人反目。风闻张勋入京复辟清室，康有为急忙化装潜入北京，为张勋出谋献计。6月下旬，复辟活动进入高潮。
7月1日，经过一番仓促准备，张勋正式宣布溥仪复辟，恢复清朝旧制，改年号为宣统九年。张勋自任所谓首席内阁议政大臣，大权独揽。康有为被封为“弼德院”副院长，溥仪复辟的“上谕”由他修改并宣布。这天，北京街头挂出了龙旗，那些曾经被迫剪去辫子的遗老遗少，戴着假辫子，穿上清朝袍服，摇头晃脑，招摇过市，庆贺大清“一统重建”。整个北京城光怪陆离，乌烟瘴气。
张勋宣布复辟后，黎元洪逃到东交民巷日本使馆，一面通电由冯国璋代行总统职务，一面重新任命段祺瑞为国务总理。
复辟消息传出后，全国民情激愤，痛斥张勋叛国。北京有十几家报纸停刊，以示抗议。上海、天津、武汉等处报纸，纷纷刊登声讨复辟通电。参与复辟的人物，其家乡亲属也遭到人们的唾骂。孙中山在上海发表了《讨逆宣言》，表示坚决反对清室复辟，反对军阀统治，维护民主共和制度。
1917年7月1日，张勋进京后，解散国会，公然复辟。7月2日，段祺瑞在天津组织“讨逆军”，进京讨伐张勋。图为“讨逆军”进攻紫禁城
段祺瑞看到借张勋之手解散国会和驱逐黎元洪的目的已经达到，便与冯国璋联合宣布张勋“祸乱民国，复辟帝制”的罪行，组织“讨逆军”，自任总司令。7月2日，段祺瑞在天津马厂誓师，进军北京。张勋入京时只带了3000“辫子军”，留在徐州的“辫子军”因山东军阀隔断交通而无法北上，无力抵抗段祺瑞的“讨逆军”。7月12日，“讨逆军”攻入北京，张勋逃入东交民巷荷兰使馆；康有为逃入美国使馆，后又化装逃出北京；溥仪再次宣布退位；其他复辟参与者也作鸟兽散。这时，北京满大街都是“辫子军”逃命时剪下的辫子，成为一大奇观。
逆历史潮流而动的人，必然会遭到历史的嘲弄，张勋复辟丑剧上演了仅12天便草草收场。
段祺瑞重返北京后，以“再造共和”的大功臣自居，得意扬扬，以国务总理的身份把持中央政府。
随着国会的解散和黎元洪被赶走，对德参战的绊脚石已被搬开，段祺瑞政府于1917年8月14日对德宣战。段祺瑞是日本帝国主义的走狗，此举明显对日本有利。
这时，美国已经参加世界大战，愿意与日本在中国问题上暂时妥协。11月2日，美国国务卿蓝辛与日本外务相石井菊次郎在华盛顿签订《蓝辛—石井协定》。其中，美国承认日本在中国有“特殊利益”，日本再次承认美国的“门户开放”政策。这个协定表明，美日两国在中国问题上相斗，美国输了一招，日本取得独占中国的有利条件。在日本的支持下，段祺瑞政府以“参战”为名，向日本进行大宗借款，组成所谓“参战军”，扩充皖系势力，推行“武力统一”的政策。从1917年1月至1918年9月，日本内阁首相寺内正毅的谋士西原龟三以“私人身份”六次来华，经手八笔借款，合计1.45亿日元。这些借款通常被称为“西原借款”。
日本借这么多款给段祺瑞，自然要拿更多的回报。段祺瑞在拿到这些借款的同时，把中国的权益大量出卖给日本。如他以“铁路借款”“矿山借款”等名目，将东北吉长、吉会铁路和所谓满蒙五铁路以及吉林、黑龙江两省的森林、金矿都抵押给日本；以“无线电台借款”“有线电报借款”“电话借款”等名目，把中国的电讯事业交给日本控制；通过“参战借款”“军械军火借款”，日本为段祺瑞训练和装备了3个师、4个旅的“参战军”，让日本掌握对“参战军”的指挥权；“军械借款”规定，将中国军队所使用的枪炮的口径、必要的机要部分及子弹的规格，均按照日本规格实行统一；段祺瑞答应将中国的兵工厂及各省煤铁大矿归日本控制和垄断，作为借款抵押。在段祺瑞的政府和军队中，有大量日本“顾问”“教官”。这些人其实是间谍、军国主义分子，日本通过他们加强了对中国政治、军事、经济等方面的控制。
1918年，日本提出霸占山东各项权利的要求后，段祺瑞政府为换取日本的支持，竟然表示“欣然同意”。这成为日本赖在山东，不肯将其交还中国的口实。
俄国十月革命爆发后，段祺瑞政府于1918年5月与日本订立了《中日陆军共同防敌军事协定》和《中日海军共同防敌军事协定》。通过这两个协定，日本取得了在中国驻军和军队自由出入中国东北与蒙古的特权。协定签订后，七八万日军开进东北，把侵略势力进一步扩张到东北三省的北部，迅速代替了沙俄在东北的侵略地位，为日后日本侵占整个东北三省埋下了伏笔。
日本通过支持段祺瑞政府获取了巨大利益。内阁首相寺内正毅在下台后曾十分得意地说：本人在任期间，借与中国之款，三倍于此前之数，实际扶植日本对于中国之权利，何止十倍于二十一条。寺内的话，从另外一个方面证明段祺瑞卖国已经超越了他的老上司袁世凯。
段祺瑞大肆卖国，遭到全国人民的坚决反对。在日本留学的中国学生最早得到了段祺瑞与日本签订军事协定的消息，他们在东京举行游行，抗议协定的签订。日本政府出动军警殴打和逮捕中国留学生。留日学生纷纷罢课回国，组织救国团体，进行爱国宣传。北京、天津、上海、福州等地学生积极开展斗争，要求废除中日间的军事协定。
段祺瑞“武力统一”政策，威胁到南方一些小军阀，于是广西的陆荣廷和云南的唐继尧联合谴责北洋军阀解散民元国会
，破坏《临时约法》，否认段祺瑞政府的合法性。而段祺瑞为了实行个人独裁，拒绝恢复国会和《临时约法》，并与研究系政客勾结，准备召集由各省军阀指派代表的临时参议院。
1917年7月，寓居上海的孙中山到达广州。海军总长程璧光这时也率海军第一舰队由上海开赴广州，向北京政府宣告独立，追随孙中山“护法”。在孙中山“护法”的号召之下，原国会的一部分议员也南下来到广州。8月间，孙中山召集到达广州的原国会议员150多人讨论国会开会问题。因不足法定人数，称“非常国会”。会议决定成立军政府，通过军政府组织大纲，宣布在《临时约法》未恢复以前，中华民国之行政权，由大元帅行使。9月1日，非常国会选举孙中山为大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅，与北京段祺瑞政府相对立。孙中山宣布段祺瑞为民国叛逆，出兵北伐，开始了“护法”战争。段祺瑞下令通缉孙中山等人。这样，南北分裂的局面形成了。
随着“护法”战争的爆发，北洋军阀政府内部又发生了新的“府院之争”，即代理总统冯国璋同段祺瑞之间的争斗。与旧“府院之争”不同的是，黎元洪没有自己的军队，冯国璋有自己的军队。这是北洋军阀直系同皖系之间的斗争。
段祺瑞任命他的心腹大将傅良佐为湖南督军，准备取湖南为进攻两广的基地。但他调直系军队去打先锋，让直系军队为他卖命，削弱其实力，他好在后面享受果实，此举加深了直、皖两派系之间已有的矛盾。因此，段祺瑞高唱“武力统一”，冯国璋则高唱“和平统一”，并指示湖南前线的直系军队消极怠战。
11月，直系军队自动退兵，要求停战。属于直系的直隶、江苏、江西、湖北督军们联合通电，主张和平解决南北问题。
段祺瑞武力统一南方的政策遭到直系反对，于是段辞职，采取以退为进的策略。在日本的支持下，段祺瑞又被任命为“参战督办”。他施展手段，以两湖地盘和副总统宝座为诱饵，诱使属于直系的直隶督军曹锟率兵南下。1918年2月，冯国璋以“巡视”为名出京，实际是要回到老巢南京去，纠集力量反段。冯国璋要干什么，段祺瑞当然清楚。冯国璋行至安徽蚌埠时，即被段祺瑞的心腹爪牙安徽督军倪嗣冲控制，逼迫他下令向南方出兵。冯国璋无奈只得返回北京，命令曹锟等进攻湖南。
3月，段祺瑞为了拉拢奉系军阀张作霖，给张一批军火。拿人家的手短，张作霖便站到段祺瑞一边，派兵进山海关内对冯国璋施加压力。皖系各省督军也同时要求恢复段祺瑞职务。此时，冯国璋处于不利地位，被迫任命段祺瑞为国务总理。
重新拿到国务总理大印后，段祺瑞气更粗了，雄心勃勃地要实现武力统一南方的计划。吴佩孚是曹锟部下一员悍将，攻下了长沙，但段祺瑞食言，任命皖系张敬尧为湖南督军。这下子可惹恼了曹锟、吴佩孚。吴佩孚到达衡阳后，便按兵不动，暗中与“护法”阵营中的西南军阀勾结，共同对抗皖系。
西南军阀本来就不真正支持孙中山的“护法”主张，他们只是想在自身力量不足的情况下，利用孙中山的名义与段祺瑞抗衡。他们与直系军阀勾结后，不但不听孙中山的号令派兵北伐，反而认为孙中山成了他们政治活动上的障碍，开始排挤孙中山。1918年1月，两广和滇、黔等省军阀在广州成立“西南自主各省护法联合会”，与孙中山的护法军政府相对抗。5月，非常国会决定修改军政府组织法，取消大元帅制，改为七总裁制，推举岑春煊、孙中山、唐继尧、陆荣廷、伍廷芳、唐绍仪、林葆怿等7人为总裁，岑春煊为主席总裁。这样，护法军政府的实权操在了西南军阀手中。
孙中山没有就职，不久辞去总裁这个空名。5月21日，孙中山离开广州去上海。在离开广州前他发表宣言，愤懑地指出：“南与北如一丘之貉。”至此，护法运动失败。
辛亥革命后，在北洋军阀黑暗的统治下，人民生活十分痛苦，正如毛泽东指出的：“国家的情况一天一天坏，环境迫使人们活不下去。怀疑产生了，增长了，发展了。”
先进的中国人，已经开始认识到“从前的革命老办法非改变不可，我们要从头做起。”
依靠什么力量，怎样才能挽救国家的危亡，是当时先进的中国人在思考的问题。