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黄巾原本不是盗匪，而是以济世为号召的宗教——太平教，由张角创立。
张角是个不第秀才，他入山采药，遇一老人，碧眼童颜。老人唤张角到洞中，传授天书三卷，说：“此书为《太平要术》，如今你得到了，要用来济世救人，若萌异心，必获恶报。”张角于是创立太平教，教授门徒。
当时瘟疫流行，张角宣称他能治病。他为人治病时，叫病人下跪，说出自己的过失，然后喝下符水。病人偶有痊愈，于是人们口耳相传，拿他当神明崇拜。
十余年间，太平教发展出数十万信徒。遍布全国十三州中的八个州。徒众甚至变卖家财投奔张角，道路因之阻塞，途中病死的就有上万人。
拥护者数量庞大，张角必须建立组织管理。他设了“三十六方”（分区），大方万余人，小方六七千人，各立将军统御之，同时制造耳语“苍天已死，黄天当立”，又说“岁在甲子，天下大吉”。八州境内，包括京师洛阳，家家户户用白石灰在大门上写“甲子”二字。
大“方”马元义与中常侍封谞、徐奉暗中勾结，由封、徐二人为内应，约定明年（甲子年，公元184年）三月初五起事。张角与两个弟弟张宝、张梁开始部署起义，并派弟子唐周去洛阳，告知封谞情况，没想到唐周却向官府举发此事。东汉政府立即收捕马元义，处以车裂酷刑，在京畿大肆搜捕太平教徒，诛杀千余人；可是封谞等太监只有下狱，没有立即处决。
张角闻知事情泄露，星夜举兵，三十六方同时发动，自称天公将军，张宝称地公将军，张梁称人公将军。所有徒众都头裹黄巾作为标帜，官府称之为“黄巾贼”。
人心思变，响应者迅速膨胀到四五十万，许多郡守、县令弃职逃命，官军闻风披靡，不到一个月，天下响应，京师震动。
汉灵帝擢升大舅子何进为大将军，护卫京师，另派中郎将卢植、皇甫嵩、朱儁（jùn）各引精兵，三路进讨。
民变已不可收拾，朝廷中却忙于内斗，郎中张钧上书：“人民乐意归附张角作乱，祸根都在十常侍。他们的父兄子弟亲戚都派任刺史、太守，鱼肉人民，人民的苦痛无处申诉，才被逼作贼。如今只要将十常侍处死，将他们的人头悬挂南郊，向全国人民谢罪，黄巾巨寇自会消退，不必采取军事行动。”
事实上，当时受宠信并封侯的中常侍（可以进入皇帝寝殿的宦官）有十二人，灵帝宠爱宦官，甚至说出“张让是我爹，赵忠是我娘”这种话。十二常侍势力大，张钧随即被御史诬奏“张钧是太平教徒”，然后被收捕下狱，死在狱中。
史书上记载：郡县政府不察，反而报告“张角鼓励人民向善，推广教化，受到人民敬爱”。
撰史者认为，郡县政府失职，但郡县政府所看到的可能是真的：瘟疫流行，听闻张角能治病，所以人民大量前往求治，“途中病死”可为佐证，而张角受人民敬爱，自然也是事实。
是时中常侍赵忠、张让、夏恽、郭胜、段珪、宋典等皆封侯贵宠，上常言：『张常侍是我公，赵常侍是我母。』
——《资治通鉴·汉纪五十》