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大事件在改写历史走向的同时，也将许多人的命运裹挟其中。严嵩与徐阶之间十几年的争斗，在庚戌之变后拉开大幕。而三年前考中进士的三位同年——杨继盛、王世贞、张居正，被迫调整仕途坐标，做出艰难的抉择：一个誓做“铁脊之鬼”，一个争做文坛领袖，一个擎起改革大旗。他们迥然有别的人生归宿，透视出那个时代的官僚士大夫对国家肩负的不同责任。
斗转星移。二百多年后，乾隆帝开《四库全书》馆修书，其馆臣得览杨继盛遗嘱原稿，大为感叹：“遗嘱一篇，作于临命前一夕，墨迹至今世守；仓卒之际，数千言无一字涂乙，足见其所养；词虽质朴，而忠孝之意油然，尤足以感动百世。”
传闻边马塞回中，
候火甘泉极望同。
风雨雕戈秋入塞，
云霄玉几昼还宫。
书生自抱终军愤，
国士谁讥魏绛功。
北望苍然天一色，
汉家高碣倚寒空。
匈奴万骑纵西山，
天险谁当百二关。
今日安危任边将，
异时恩泽满朝班。
乌边白骨那能辨，
马首红妆若个还。
冗散书生空哽咽，
截书谁为破愁颜。
这是时任刑部主事王世贞在亲历庚戌之变后写下的两首纪事诗。
庚戌年是公元1550年，即明朝嘉靖二十九年，这是继土木堡之变，英宗被俘一百年后，明朝遇到的又一次大危机。对于嘉靖帝个人而言，这是继八年前他被宫女谋害死里逃生后，面临的又一次人生危机。
八月二十一日午时，嘉靖帝在西苑便殿急召大学士严嵩、李本和礼部尚书徐阶，商议与俺答议和的事。此时俺答正率军数万，列阵都城之外，其前锋兵马七百余骑，已于昨日进入安定门。俺答将日前虏获的太监杨增等人放回，让他们携带文书入城求贡，并向嘉靖帝下了最后的“通牒”：如果当天得不到答复，就发兵攻城。
嘉靖帝因事态紧急，停止斋醮
，立即命司礼监太监王利带上“通牒”召三大臣议事。这是京师戒严的第四天，号称七八十万的京营劲旅，点兵时仅有老弱病残四五万人。为了补充兵力，嘉靖帝临时招募了四万人在城门外各沟口抵御俺答，又命戚继光等各地应试武举的一千多人分守城门。李本休致
后复原姓吕，故又名吕本，他是泥塑木雕式的人物，全程一言未发。对话主要在嘉靖帝与徐阶之间展开。
不等三大臣行礼完毕，嘉靖急切地问道：“现在形势如此，奈何？”
首辅严嵩似乎要先定调子：“这都是抢夺的贼寇，不足为患。”
不等严阁老把话说完，徐阶就驳了回去：“在城下杀人放火，岂能说是抢夺之贼？！正须商议如何御敌之策方好。”
嘉靖目视徐阶，“卿言是对的”。之后他转向严嵩、李本二人：“虏中求贡文书在何处？”
严嵩从袖中取出。
嘉靖帝因已知悉文书的内容，便直接发问：“此事应当如何回应？”
严嵩好像早已有了脱身之术，随口答道：“这是礼部管的事。”
嘉靖转问徐阶：“卿说如何办？”
徐阶反应机敏，答道：“此事重大，当请皇上主张。”
嘉靖闻言，顿时不悦：“正须大家一起商量，为何又转推给朕！”
徐阶见严嵩默不作声，答道：“现在贼虏驻兵近郊，而我们是战是守，一无所备。如果不答应，恐怕会激怒他们来攻城；如果答应，又担心他们贪得无厌。故不能答应为宜。”
嘉靖：“如果对社稷有利，皮币珠玉，朕不会吝惜。”
徐阶：“如果只是皮币珠玉，也就罢了。万一有皇上不能接受的，如何是好？”
嘉靖悚然道：“卿考虑得可谓长远。但现在应当如何应对？”
徐阶：“权且请用计策‘款之’。”
嘉靖：“何谓‘款’？”
徐阶：“今天派遣一个通事（翻译）到虏营，告诉他们，‘你们来求贡的文书用的是汉文，皇上怀疑是假的，特派我来询问缘由，如果真是出于你处，就另外商议来报’。如此一来一往，便有两天时间，我们战守的物资人马也能准备好了。”
嘉靖：“如果他们是真的求贡，又该如何处理？”
徐阶：“如他们求贡是实，就再派通事前往，对他们说：‘早年你的祖父曾经入贡，现在你仍想要入贡，本来会准许的。但没有兵临城下来求贡的道理，况且又没有番文的信使，这也不是你祖父的旧规。你可以退出大同边外，派人携带番文前来，把求贡的文书交给大同守臣为你转奏朝廷，就可以了。’”
嘉靖：“如果这样，他们能听则可，如果不听，又将如何？”
徐阶：“如果不听的话，我们的战守已经准备完毕，四方征兵也会集京师，他们也会退回的。”
嘉靖：“卿所言极是。此事还要与百官廷议。”
严嵩见嘉靖语气和缓了一些，便及时提出：“现在臣民都希望皇上能出朝理政，并拨乱反正。”
嘉靖露出了略带不屑的微笑，想到自己多年不临朝，说：“现在还不至于乱。朕不难一出，但是否有些突然？”
徐阶：“百官众庶盼望此举已经很久了，现在皇上一出，如久旱逢甘霖，怎么能说突然呢？”
于是嘉靖答应第二天临朝。嘉靖令他们三人退下，并下令由徐阶出面与百官商议求贡之事。
当天下午，徐阶在午门紧急召集百官，传达皇帝旨意。他拿出俺答求贡文书，俺答要求派三千人进京求贡，如果不答应就攻城，朝廷请各位发表高见。群臣面面相觑，许久也无人发表言论。徐阶理解百官的苦衷：公开表态极易惹祸。他只好发放笔墨纸签，让各自写下意见。这时司业国子监赵贞吉大声说：“此事不必问，如果问的话，那些奸邪大臣，一定会把求和的计策献于皇上。万一皇上准许纳贡，俺答必然入城。三千多人入城，恐怕乌蛮驿都难以容纳。况且俺答兵已经肆意深入，一旦内外夹攻，将如何抵御？各位不担心会震惊宫阙吗？当务之急在于如何驱逐贼虏，如果畏惧贼虏的恐吓，被逼迫而许贡，那与城下之盟有什么区别！”
检讨毛起不赞同：“由于时事紧急，应该暂且允许纳贡，等俺答出塞后再拒绝。”此音刚落，赵贞吉立即大声呵斥毛起。
当天晚上，火光烛天，德胜门、安定门北，人居皆毁。嘉靖秘密派往窥探会议的中使向其回报了内情。他立即宣召赵贞吉入左顺门，令其手疏应对之策。赵贞吉奋笔疾书，提出派遣近侍同锦衣卫官前往诸将营中，赏军激励士气，无论军民人等，只要得对方一首级即赏银百两，逗留观望不战者诛无赦。嘉靖览奏，大为嘉许，当即升赵贞吉为左春坊左谕德兼河南道监察御史，给赏功银五万两，令其前往各处宣谕将士。
赵贞吉兴冲冲地前往西苑直庐拜谒严嵩，守门者却不放行，赵贞吉怒斥门役。通政使赵文华闻声而出，劝道：“还是暂缓一下吧，当今的重大事件应该慢慢商议。”赵贞吉怒气冲天：“你是权贵门口的犬，怎么会知道当今的大事？”
严嵩等三位大臣虽然得到皇上明日临朝的许诺，但考虑到嘉靖已经十几年没有上朝，不敢公开发布消息，只传令百官明早穿戴公服，齐聚奉天殿。因国有大事，皇帝才会登临奉天殿，百官自然也理解其中之意。
奉天殿是永乐十九年（1421）正旦建成的，明朝迁都庆典就在这里举行，以此作为定都的标志。可惜此殿不到半年就因雷击被毁，留下瓦砾一片。其后永乐帝忙于北征，加上仁宗、宣宗二帝一直想把都城迁回南京，直到英宗正统五年（1440）才重新修建。
八月二十二日，天还没亮，百官早早齐聚奉天殿前，但坏消息传来：俺答军由巩华城进犯大明各陵寝，转掠西山、良乡以西，京畿直隶、保定震动。
直到傍晚，嘉靖才驾临奉天殿。群臣行五拜三叩礼后，嘉靖一言未发，只是命礼部尚书徐阶奉敕谕至午门，随即还宫。
按明制，颁诏天下通常在承天门，午门则是颁朔、命将、献俘、宣旨的地方。午门于群臣而言，记忆最深的是廷杖。因此，在这个特殊的时间点，在此跪听鸿胪寺官宣读谕旨的百官，自大清早就滴水未进，此时早已饥肠辘辘，加之唯恐灾难降临，个个身体颤抖如筛糠。果然，嘉靖把责任全部推到臣子身上，言语间充满杀气。
今虏酋听我背叛逆贼，入侵畿地，诸当事之臣全不委身任事，曰：“上不视朝，我亦不任事。”……朕中夜之分，亦亲处分，辅赞大臣日夕左右，未顷刻有滞于军机，而朝堂一坐，亦何益？欺天背主之物，科道官通不一劾，且胁我正朝大内，恐吓朕躬，沽名市美，非党即畏奸臣，敢欺君父！各误事大小诸臣，便一一指名，着实参劾定罪。
这里的“背叛逆贼”是指逃往俺答统辖之地的汉人。全篇敕谕都在为嘉靖帝不上朝理政辩护，而最令这位皇帝难以容忍的是，胁迫他上朝。最后一句是要追究官员的责任。
果然，谕旨发布后，当即把到任才数月的张居正的老师、户部尚书李士翱革职，并累及多人，同时派锦衣卫前往通州、蓟州等地抓捕文武大吏。至于张居正为他的老师“平反”，那是几十年之后的事了。
等到百官从午门散去，宫门已到上锁时间。
王世贞诗中“云霄玉几昼还宫”，说的就是嘉靖帝自西苑还大内的情景。
经嘉靖帝允准，太监杨增等人在护卫的陪同下，当即前往俺答驻地，代表明廷允诺通贡，并劝其退兵。在得到明廷的保证后，八月二十三日，俺答把焚毁的上万区庐舍留给了大明，带着数量惊人的战利品，旁若无人一般从京城撤离。而京营、边防军、各地勤王军、招募的义勇等二十万人，一箭未发。两天后，京师解除戒严。
大杀戮随即展开。兵部尚书丁汝夔、兵部侍郎杨守谦，以贻误军机等罪，拟秋后处决。因三法司的判决书过于冗长，誊写需要一些时间，嘉靖一再派太监催促，仍不见送达，而后他龙颜大怒，命将审判官员廷杖、夺俸；又降旨将丁、杨二人押赴法场，立即行刑。对此言官群起抗争、救护，嘉靖毫不退让，命将言官廷杖、削籍。八月二十六日，丁、杨被处斩。丁汝夔还被枭首示众，不准收葬。赵贞吉以举动轻率的罪名被廷杖五十，贬为广西荔波典史。
亲自参与处理庚戌之变的徐阶，后来回忆：当时幸亏祖宗神灵的保佑，才转危为安。史家多认为，如果俺答决意攻城，嘉靖帝就会成为宋钦宗或明英宗那样的囚中之物。晚明史家谈迁说，幸亏俺答很快从京城撤兵，如果真的围困十天一个月，其结局很难预料，要么会像李世民即位之初，与突厥签订渭水之盟那样，要么会像北宋与辽朝缔结澶渊之盟那样；除此之外，真的想不出其他办法。而当年在京城考中进士，后来写作《鸿猷录》的史家高岱说：我目睹了庚戌之变，俺答已进入古北口，而京城的官僚士大夫仍在享受轻歌曼舞，作长夜之饮，一闻警报，大小臣工惊慌失措，就朝廷的应对而言，真如同儿戏一般。它暴露，天下安定时间长了，国家已缺乏折冲应变的能力了！这对嘉靖帝的影响最大，此后每当塞外传警，他都惶恐不安：莫非庚戌之事又要出现了吗？
中国传统史学通常用朝代来表述时间。法国年鉴学派把历史表述为长时段、中时段和短时段，而短时段又称为“事件的历史”。如果把明朝近三百年的历史作为一个长时段来考虑，恐怕再没有重大到如庚戌之变这样的事件，能够作为前后期的时间分野了，它直接影响到明朝军事防御体系的重建，以及京城外城的建造等一系列变化。
大事件在改写历史走向的同时，也将许多人的命运裹挟其中。严嵩与徐阶之间十几年的争斗，在庚戌之变后拉开大幕。而三年前考中进士的三位同年——杨继盛、王世贞、张居正，被迫调整仕途坐标，做出艰难的抉择：一个誓做“铁脊之鬼”，一个争做文坛领袖，一个擎起改革大旗。他们迥然有别的人生归宿，透视出那个时代的官僚士大夫对国家肩负的不同责任。
庚戌之变的次年二月，三十六岁的杨继盛迎来仕途的一次重要升迁，由正六品的南京吏部主事调任京师，升为从五品的兵部车驾司员外郎。
杨继盛在进京途中，顺路回了一趟家乡（现属雄安容城）。这是一个偏僻的小村庄。他早已适应南方的生活，回到家乡后，每天吃面椒，睡火炕，反而很不习惯，几天后痰火盛发，遍体热疮，两耳壅塞，四肢麻木，卧床一个多月才痊愈。他已察觉到，以自己燕赵人爽直的性格，在这个时候进京为官，凶多吉少。他想告病山居，避避风头再出来做事，但转念想起几个月前写给老师徐阶的信中“有一时之富贵，有万世之事功；有目前之荣辱，有身后之褒贬”的话，他料想兵部的这个职位是徐阶的有意安排。
杨继盛最终还是踏进了京城。由于连续多日有“进则有败坏之凶，退则有避事之罪”的焦虑，于是他找来几位要好的朋友为自己指点迷津。
朋友给出了上、中、下三策。上策是文死谏以图“不朽”。就现实而言，只有不露锋芒，与世无争，才可免祸。而以杨继盛的性格，祸一定难以避免；与其得罪人，遭受不测之祸，不如超越自己，向皇帝力陈当今时弊，好的结局是罢官革职，生为田野之人，最坏的结果是做“铁脊之鬼”，留下不朽之名。中策是效仿赵国名将李牧。与其用诚恳耿直的谏言引来杀身之祸，不如上疏请求招募豪杰死士，与俺答决一死战，以雪朝廷城下之耻。下策是等待时机。职位低的人去谈论职位高的人所做的事，肯定会获罪；力量小的人要承担繁重的任务，一定会摔跤。不如做好本职工作，不要有超出自己位置的想法，慢慢熬，等在其位再施展抱负。
杨继盛的性格不适合做京官，尤其是现在这个时候。没过多久，他就厌倦了京城。他感觉自己仿佛从天堂坠入地狱一般，一天也熬不下去了。兵部更让他大失所望，从上到下，一味支吾，一件实事都不干。他每天寅入酉出，所做的都是琐碎无聊的事。他怀念南都的日子，把自己的苦闷向好友南京刑部侍郎何迁倾诉。
俺答退兵后，明廷勉强答应与其通马市。俺答生于正德二年（1507），“俺答”是汉文典籍对明代土默特首领的称谓，蒙文典籍称他为阿勒坦汗。他是成吉思汗的十七世孙。自嘉靖十三年（1534）起，他几乎每年都向明廷请求通贡，庚戌之变是第十次。
三月初四，宣大总督苏祐的奏疏提交兵部讨论，大将军仇鸾、兵部尚书赵锦等人赞成互市，并拟定了一年在边关开市四次，派朝廷大员主持等六项办法。嘉靖帝对兵部的拟议犹豫不决，他征询严嵩的意见。严嵩提出：一年开市四次，每次用马价银十万两，次数频繁，费用太高，可压减为一年开市两次。嘉靖帝批准，并起用致仕的兵部侍郎史道，以原职兼佥都御史赴大同经略马市。
杨继盛任职的兵部车驾司主管马政。他作为员外郎，在参加兵部会议前就提出异议，认为这是向俺答示弱，有辱国威，草拟开市必须有五大条件：俺答爱子作为人质；归还掳夺的所有人口；俺答约束各部，不得侵扰边地；公平马价；整兵以备战守。但他的草稿被同僚看见了，兵部尚书赵锦得知后予以阻止，说如果这个奏疏让皇上看到，马市绝对不会开放了。但杨继盛不肯作罢。嘉靖批准开市十天后，他上疏反驳，投递上疏时巧遇他的主管上司——兵部侍郎聂豹。聂豹劝阻他，开马市本来是怀柔之术，以此来争取时间加强战备，并非依此为久安之策，依你的意见罢开马市，如果俺答又来犯，有什么办法应对？杨继盛一时无法回答。
杨继盛的上疏是一篇长文，他提出马市不可开的十个理由：忘天下之大仇，失天下之大信，损国家之大威，灰豪杰效用之志，懈天下敢死修武之心，开边臣通虏之门，启百姓不靖之渐，长胡虏轻中国之心，堕胡虏狡猾之计，不为国家深长之虑。他还说开市与否是国家盛衰的契机，祖宗的社稷江山更不是两三年苟安无事就能维持永远的。他最后请皇上收回成命。
杨继盛对蒙古的实际情况并不了解，他的结论：俺答是否进犯，不在于马市的开与不开。这实属严重误判。因为俺答自嘉靖十三年开始，几乎年年请求开市，有时为了表达诚意还饮血为誓，表示永不犯边。而在大明朝堂之上，官员却把俺答视为狡诈多端、不可信任之徒。受此影响，大同等边关将帅竟然杀俺答使者以冒功。杨继盛在上疏中还把嘉靖帝看作“英武”皇帝，与汉文帝、唐太宗相比。他还把积弊已深的大明说成是“国家之全盛”，这虽说是上疏的一种策略，但也说明他对大明朝的颓势，特别是对嘉靖帝本人缺乏基本的认识。他希望嘉靖“擒俺答于阙前，驱丑类于海外”，未免异想天开。
其实，开马市是兑现去年“款虏”的承诺。嘉靖帝是一个多疑的人，他既担心因被逼开市在臣民面前颜面扫地，又对整军经武缺乏信心。一个人在举棋不定时，更容易为他人所左右。嘉靖缺乏定力，更无远见。他反复阅读杨继盛的上疏，觉得所言颇有道理，于是交内阁票拟。
朝廷为此组成规格最高的八大臣会议，人员包括内阁首辅严嵩，次辅李本，礼部尚书徐阶，兵部尚书赵锦，兵部侍郎张时彻、聂豹，成国公朱希忠，咸宁侯仇鸾。
廷议在内阁直庐进行。兵部作为主管衙门，当初宣大总督苏祐请开马市时，兵部是赞成的，故此三位兵部长官分别阐述意见仍坚持开市。朱希忠、徐阶也表示，开放马市也没有忘记武备，现已差遣官员组织落实，没有必要再议。仇鸾提出，开市之议发起于他，他不便发表意见。严嵩代表内阁，在综合各位大臣的意见后提出，朝廷举措关系非轻，现在俺答有四个人质留在大同北镇羌堡，而朝廷所派大臣史道已在去往大同途中，开市难以中止。至于防备俺答之事，按照皇上初意，坚定防守。
八大臣的意见高度统一，极力反对开市的杨继盛就要承担责任了。嘉靖以阻挠军机、蛊惑人心的罪责，命锦衣卫将杨继盛拿送镇抚司拷问。随后，杨继盛被贬为狄道典史，从五品京官降为知县属官。这次的大挫折，让杨继盛领悟到，官场如戏场，时上时下，倒也正常。而他也收获了正直敢言的名声。他人还没到任，狄道上下就都觉得他不好相处，各怀疑畏之心。杨继盛全然不觉得委屈，反而认为这种结果比朋友为他设想的要好许多。一切仿佛回到了原点，他把自己当作中进士后初次选吏，好像他不曾任过五品京官。这种高人不卑己的姿态，让他很快收获了狄道上下的赞誉，觉得他还是可亲可近的。
明朝对待贬官，大多不安排实际工作。他每天静坐衙署，喝茶、收发文件。知县李鱼泉也按照官场不成文的规矩，不交给他具体事做。杨继盛闲不住，对知县说：岂有每天食国家俸禄而什么事情也不做的道理？凡有事可以代劳的，希望能委派给我。如此一来，杨继盛又忙碌了起来。狄道县归临洮府所管。一个月后，府、县学的生员有五十多人拜他为师，学习讲论，很有趣味。他用门生的贽礼及自己积攒的官俸，在东山买下超然台，据传这是老子飞升的地方。杨继盛命人在那里建造了一所较大的书院，前三间用来揖见，中间五间是讲堂，后面高处盖了三间殿堂，作为祭祀儒家统系的祠堂。狄道县住着很多西部的回族人，他们通晓番经，不读儒家经典。杨继盛聘请两位教读，在圆通寺设馆，招募番汉童生一百多人前来读书，学习的课程都是儒家经典、礼仪。
杨继盛任狄道典史有一年零一个月。其间，马市由开放到禁止，特别是徐阶进入内阁，使杨继盛的仕途又发生了戏剧性变化。
在杨继盛被贬的第二个月，大同马市在镇羌堡开市，一时秩序井然，纷乱数十年的烽烟不再。五月，宣府马市在新开口堡开市。七月，延绥、宁夏二镇在花马池设市。但明廷开市的初衷仅是权宜之计，且限制颇多，加之有人从中挑唆，导致俺答不时抢掠。于是，朱厚熜于嘉靖三十一年（1552）九月下令关闭各边马市，并降旨以后敢再建言开市者斩。
杨继盛是科举制下“暮登天子堂”一类。他二十五岁中举，第二年会试落第后，进入国子监学习。嘉靖二十三年（1544），他会试再次落第，仍入国子监。在这里，他遇到了平生第一个“贵人”——为母服丧期满后，任国子监祭酒的徐阶。杨继盛好学勤问，徐阶也对该学生的文章大为赞赏，说杨继盛是真奇才，但缺少指引。杨继盛于是备上一份束脩，正式拜徐阶为师，跟随徐阶学习整整三年。得名师指导后，杨继盛得中嘉靖二十六年（1547）丁未科进士。这一科在明朝科举史上号称“得人最盛”，本书介绍的王世贞、王宗茂、刘应节、宋仪望、李春芳、汪道昆、杨巍、陆光祖、凌云翼、殷士儋、殷正茂等响当当的人物，都出自这一科。当然，这些响当当的人物的发迹也离不开杨继盛当时并不看好但后来为改革大业“以其身为蓐荐”的张居正的长期奖掖。在三百多位同年中，杨继盛真正欣赏的，只有王世贞和顾允扬。三人经常聚首，谈论时政，激愤时感慨万分，唏嘘泣下。
杨继盛中进士时已三十二岁，在这一科中是年龄偏大的。自洪武十八年（1385），明朝开始有个很好的制度，中进士后除极少数直接进入翰林院为庶吉士，进入承敕监为中书舍人外，绝大多数要经过数月不等的“观政”期，以便这些毫无政事经验的人明达政体，扩充见闻，积累经验。他们多被派往中央六部和都察院、通政司、大理寺，称为“观政进士”，又名“办事进士”。杨继盛“观政”的衙署是工部，随后他赴南京吏部任职，官居正六品的主事。徐阶本想把杨继盛留在身边加以培养，但杨继盛家庭负担很大，又加上刚买了小妾刘氏，官高一品毕竟能多收入几两银子，比在京城熬年月要实惠一些。徐阶颇有不舍，以一首《送司封仲芳杨子赴留都》诗（注：继盛，字仲芳）作为赠别：
哲人重道义，朝贵不足縻。
丈夫志四方，远适非所悲。
如何与子别？怅怅不忍辞。
古道日沦替，群谀纷追随。
子独谅迂僻，经训相劘规。
去住忽以异，丽泽安所资。
颓波无停流，灵耀亦西驰。
感此重念子，何以慰尔知？
至理不外得，吾心实吾师。
愿言励操存，千里同襟期。
徐阶一直挂念这位爱徒，在寻找恰当的时机。嘉靖三十一年三月，徐阶进入内阁。他屈指一数，杨继盛任狄道典史已一年。杨继盛的仕途又一次迎来重大变化。在随后的半年间，他四次升迁，先任山东诸城知县，到任不足一月，升任南京户部主事，到南京仅仅两天，就接到调任北京刑部员外郎的吏部文书。杨继盛整理行装，乘驿传北上，途次扬州时，与同年好友王世贞不期而遇。王世贞是以刑部员外郎身份沿运河由北而南去江淮查案的。刑部当时是闲曹。可以与最要好的同年在同一衙署共事，二人都特别高兴。王世贞告诉杨继盛，现在倭乱甚急，他要顺路回家乡太仓，与即将赴浙江巡抚之任的父亲王忬会面，也打算把母亲安排到京城避乱。杨继盛本想向同年倾诉此刻纠葛的心情，但看王世贞心不在焉的样子，只好作罢。
杨继盛乘驿传北上，在淮安又接到调任兵部武选司之令。如此短时间的快速升迁，让他兴奋中又颇有几分不安。既然开马市的大门永远关闭，那么接下来就要直面俺答的武力进犯，而加强武备，选拔得力的武职人员镇守边关，无疑是兵部武选司的首要职责。他想：不管此项任命是出自皇帝，还是老师徐阶，他都要以赤诚之心相报。
九月三十日是徐阶的五十岁生日，杨继盛洋洋洒洒地写了《寿少湖徐公序》。与其说这是一篇祝寿文，不如说是一篇劝谏书。开篇言明“君子之寿，当图不朽之真，而所以寿之者，贵有恳恳相勉、惓惓相成之义，琐琐年数之末，颂祝之私，皆所不取也”。他称赞徐阶“黄阁元老，黑头相公，以年言之似尚未可以寿之者，然观诸所修为者，所建立者，所垂后者，半生积累，已足垂万年不朽”。回想六年前，他与几位门生在三槐堂给老师祝寿。四十四岁的徐阶时任吏部侍郎，意气风发，以儒家“三不朽”举杯为令：“立德要知似德之非，立功要知贪功之戒，立言要知尚口之穷，言寿要知罔生之辱。”
杨继盛以当年行酒令为题，劝勉贵为内阁大臣的徐阶，说老师德、功、言“三者见其始而未见其终，著其端而未究其极”，作为徐门弟子，于此深感畏惧。他提出三大希望：上策是不惕威改节，以悦俗固宠；次之能以身殉国，建掀揭非常之功；再次是能主国是、排邪议。
在儒家的理念中，“三不朽”是士人追求的最高境界，而肉身之寿数是不值得刻意追求的。杨继盛对老师六年前的“酒令之教”记忆犹新，但他发现，当年那位激昂的老师已渐行渐远。不错，职位每升迁一步，人的血性就可能减少一分。他期许老师不要为了自身的利益，而把天下的治乱与自己之间的关系视为秦国与越国那样遥不相关，从而陷入当年自己所说的“似德、贪功、尚口、罔生”之过错。倘若那样的话，即便以后长命百岁也属于虚度年华。这又何尝不是杨继盛对人生的看法呢？但站在徐阶的角度，内阁这条路他足足走了三十年。“高处不胜寒”正是刚刚到达权力高峰的徐阶复杂心绪的写照。
半年四迁，杨继盛感念朝廷厚恩。他在去淮安船上秉烛静思，彻夜不眠。四鼓时，妻子见丈夫在舟中一人呆坐，惊问缘由，他告诉妻子：我受国厚恩，欲思舍身图报，苦无下手得力处。妻子顺着丈夫的思路，思忖片刻说：奸臣严阁老在位，岂容直言报国耶？当此之时，只不做官可也。妻子的这番话，仿佛给了苦苦思索不得报国之门的杨继盛一盏指路明灯。他知道如何做了：打定主意，借元旦日食弹劾严嵩。
他接到好友唐顺之的来信，信中称赞他是豪杰之士，忘身许国，不屈不挠，足以让满世间苟全名禄者闻风缩颈，羞愧不已。但出于知己之交，唐顺之又善意指出杨继盛的性格弱点：慷慨激发之气太胜，而含蓄沉几之力或不及焉。他还引用了宋朝邵雍《何事吟》中的名句：“施为欲似千钧弩，磨砺当如百炼金。”希望杨继盛留意，则不朽之业终当属于他。
唐顺之是杨继盛的知己，他了解这位性格刚烈的男儿，不平则鸣，慷慨激昂之气太盛，缺乏深沉内敛之气，而这何尝不是为官者的大忌。
船沿运河一路北行。淮河以北，千里陆沉，易子而食，景象凄惨，实不忍睹。这是近年少有的水灾。杨继盛每天在船上不停地写，又不停地改。
家乡容城越来越近了。他很想回去看看让他流下很多泪水的家乡，也想拜祭双亲，有那么一瞬间，他甚至有过告病不出的念头。然而转念一想，身为七尺男儿，心系天下安危的使命感让他义无反顾。他怕耽搁时间，不能在元旦前赶到京城，于是改近路于十二月十六日到京，十八日到任。数日后封印放年假。
岁末将至，王世贞从邸报上得知好友杨继盛回任兵部。他清楚，在南倭北虏最盛时，兵部是最危险的衙门。他太了解这位同年了，于是提笔给杨继盛写信：你名声太高，如孔雀开屏，让凤凰感到威胁，猎人张开罗网正盼望你进入笼中；你太明于公义，而从未想到自身的安全，希望你规避。
但怕死不是燕赵男儿。王世贞的信到达京城时，杨继盛已经被打入大牢三天了。
杨继盛的奏疏大部分是在进京途中完成的，到兵部后又搜集了严嵩的一些罪证。他任职的武选司，有三人向他提供了一些细节，汪宗伊向他提供严嵩孙子冒军功一事，杨继盛又向周冕核实，周冕告知有冒功这件事，但没有见到兵部核稿。后来周冕因站出来指证严嵩孙子冒功之事，被斥为民；汪宗伊自免官而去。
嘉靖三十二年（1553）元旦，日食，阴云不见，旋即下起鹅毛大雪，百官停止朝贺。当天，杨继盛最后誊写弹劾本。第二天清早，他去端门投递，听闻锦衣卫正在抓捕宫内掌管天象的灵台官，他觉得自己借日食弹劾严嵩之举与讲究祥瑞的皇帝大为不合，立即转回兵部衙署。此后多日，他魂不守舍，怏怏不乐。从十四日决定上疏起，一连斋戒沐浴三天。他天真地认为，以其诚意能够打动斋醮修道的嘉靖帝。十八日奏上，他将出入宫门的牙牌主动缴回，又与僚友一一辞别。直到此时，兵部衙署的人方知杨继盛弹劾严嵩。大家唯恐受到牵连，皆避之不及。
上疏原稿现保存在河北省博物馆；定稿与之相比，内容上有些差别。杨继盛用了极为耸人的标题为上疏定调子——《请诛贼臣疏》。他说自己官居兵部，讨伐贼寇是职责所在，而凡是有害江山社稷的，都可称之为贼，大学士严嵩误国殃民，是天下第一大贼；外贼俺答最大，内贼严嵩最大；与俺答这类疮疥之疾相比，严嵩才是心腹大害；要想除掉外贼，一定先要诛杀严嵩。他历数严嵩专政误国十宗大罪，包括父子专票拟之权，以致京师有“大丞相”“小丞相”的说法；接受仇鸾贿赂，陷害兵部尚书丁汝夔；等等。历数“十大罪”后，又指严嵩有“五奸”，包括：用重贿结交皇上身边的人，使其成为严嵩的间谍；令义子赵文华为通政使，凡是奏疏内的情节，都能提前得知，凡有妨碍则暗中消弭；笼络东厂、锦衣卫官员，与之结为姻亲；科道言官，不是出自严嵩的门下不能选任；笼络大臣。
上疏还涉及他的老师徐阶。说大学士徐阶本应为天下苍生除贼，但由于畏惧严嵩加害，凡事听命于严嵩，不敢坚持正义去抵抗，如此做法最终辜负了皇上。
后来为严嵩找到破绽的，是杨继盛上疏的最后一段：
群臣于（严）嵩畏威怀恩，固不必问也。皇上或问二王，令其面陈嵩恶；或询诸阁臣，谕以勿畏嵩威。如果的实，重则置以专权重罪，以正国法；轻则谕以致仕归家，以全国体。则内贼既去，朝政可清矣。
上疏两天后，嘉靖降旨：这厮因贬官而心怀怨恨，收集浮言，毫无顾忌，恣肆渎奏。本内引二王为词，是何主意？着锦衣卫拿送镇抚司，好生打着，究问明白来说。
弹劾疏所说的“二王”，是指时年十六岁的裕王朱载垕、景王朱载圳。杨继盛上疏时，明廷正在讨论“二王”婚娶礼仪、王府地址等事。嘉靖帝为道士的“二龙不相见”而摇惑，他作为天子是“大龙”，惧怕与作为太子的“小龙”相见，因而数日前择定“二王”婚娶时，仍不立太子。而杨继盛上疏提出要以“二王”做证，以坐实严嵩之罪，这令嘉靖帝极为警觉，更充满愤恨，也让严嵩找到了置杨继盛于死罪的关键所在。
晚明史学家谈迁分析，“二王”自幼长于深宫，岂能知严嵩专权之事，必是杨继盛草奏时，胸臆冲涌，笔不停思，而执法官吏深文周纳。其实，“二王”一节是杨继盛有意加入。镇抚司多次严刑审问，除追问指使人外，主要围绕“二王”展开。
镇抚司：本中何以引用“二王”？
杨继盛：奸臣误国，虽能欺蒙皇上，必不能欺蒙“二王”。因“二王”年幼，且未册封，奸贼必不能提防避忌，譬如人家有家人作弊的，家长虽不知，而家长之子未必不知。满朝都是严嵩奸党，有谁敢言严嵩之过？皇上不常与“二王”相见，所以奸贼敢于放肆无忌，但只能瞒皇上一人，“二王”一定知道他专权误国的事。至亲莫如父子，皇上若问“二王”，一定会讲严嵩的过失。
镇抚司：如此回答，岂敢回本。
当晚杨继盛被送回大狱。
严嵩以为，杨继盛是兵部的中级官员，从何而知“二王”之事？必有交关的人，嘱咐左都督陆炳（锦衣卫首领）严加根究。徐阶劝陆炳说：如果处理不慎，一旦涉及二位皇子，万一出事，对江山社稷会有重大影响，谁能承担这个责任？徐阶又以危语劝告严嵩：“皇上仅有二子，万一根究，皇上必不忍拿二子定罪，定罪的必是二位皇子身边的人，那时候严公将如何善后？这分明是故意与宫邸结怨啊！严嵩遂不再追问‘二王’之事。”
王遴是杨继盛进士同年，又是其老乡，与杨继盛肝胆相照。杨继盛觉得他是可以托付后事的人，便把一双年幼子女的终身大事托付给他。王遴说：“此事包在小弟身上。我有一小女，正与三令郎年岁相当。”杨继盛喜不自禁，没想到这种时候好友还敢把女儿许给自己的儿子。自杨继盛入狱后，镇抚司、刑部等各处打点、保护，都是王遴出的力。
镇抚司随后于二十日、二十二日两天，奉嘉靖旨意对杨继盛酷刑拷问。据宦官刘若愚《酌中志》记载，凡会审大狱，北镇抚司拷讯重犯，东厂都有人在场，将听到的口词记录在一个本子上。另外还有一个本子，专记拶打数目，于当天晚上或次日早晨奏报皇帝。
在受刑之前，好友王之诰从袖中私带蚺蛇胆一瓶，托校尉苗生带去，并送酒一壶。据《五杂组》记载：大的蚺蛇能够吞下小鹿，人食其胆不但能止痛，且能够经受严刑拷打上百下而不死；但其性大寒，能萎阳道，令人无子。杨继盛谢绝好意：椒山自有胆，何必蚺蛇哉！他只饮酒一杯。椒山是杨继盛的号。
受刑后，校尉将杨继盛推入大包袱，抬到门外。家人用门扇把气息仅存的杨继盛抬到刑部门口。杨继盛的进士同年、江西人李天荣担任巡风官，慑于严嵩的威势，他把门扇、药饵等全部去掉。杨继盛的双腿僵硬如木，不能屈伸，被狱卒架着进入狱中。
明朝刑部等三法司不在大明门千步廊左右，而是在距离宫廷较远的皇城西，始建于正统七年（1442），位于宣武街西。
按照惯例，官员入狱有官监。提牢主事刘槚是严嵩的党羽，他将杨继盛押入了民监。因没有药物，杨继盛进监后受刑之疮发烂，耳不能听，目不能视，忽生忽死。司狱刘时守送来一盅茶，杨继盛想起“人以瓦尖打寒”的事，遂将盅打碎，用瓦尖将竹箸破开，夹瓦尖在内，用线拴紧，以尖放疮上，用鼓捶打箸入肉五六分，在狱卒、监友的帮助下，脓血流出，两腿打有五六十个孔，脓血顺着腿流到地上，有十几盅。出血后，杨继盛头脑稍清，他担心睡倒，血必奔心，自受刑后从锦衣卫到刑部，三天间挺身端坐，因此不死。监友帮他买来黄蜡、香油，他自己熬膏药贴上。至二十六日，他的右腿已经溃烂入骨。外间传闻杨继盛已死。
刑部于二十二日，即杨继盛入监当天就定了其罪。尚书何鳌是严嵩的门生，侍郎王学益是严世蕃的亲家，二人受严嵩父子指使，以“诈传亲王令旨律”，将杨继盛拟绞，监候处决。参与判决的刑部郎中史朝宾是杨继盛的同年进士，他坚持从轻议罪：如此牵强附会，坐人死罪，这是侮辱国家法律，岂不羞愧？！刑部成稿后，史朝宾在刑部奏本末尾，签上自己的反对意见，表示杨继盛之罪应发配边远。史朝宾随后被降三级，调外任。
京官犯重罪，须经九月朝审方可最后定罪。此时杨继盛已被监押八个多月。他的奏疏天下传扬。朝审当天，他戴长板杻镣出监，观者如堵，拥塞不能前行。他坐西廊下，宦官有上千人围在四周，齐声骂严嵩老贼不绝口。有感于宦官知正义所在，他口吟一首：
风吹枷锁满城香，
簇簇争看员外郎。
岂愿同声称义士，
可怜长板见君王。
圣明厚德如天地，
廷尉称平过汉唐。
性癖从来归视死，
此身原自不随扬。
此次朝审，没有行刑。转年朝审，严嵩的人四处散布谣言，说裕王府差人给杨继盛送饭、打点门路，一时谣言四起。杨继盛感觉性命不保，但又躲过一劫。
嘉靖三十四年（1555）九月，是杨继盛经受朝审的第三年，他已得知，自己生命将尽，于是用自著年谱的形式，回顾四十年的人生。他出生在极为贫寒的家庭，经历了常人难以想象的穷苦。五六岁时经常身背一小捆柴火，跟随在母亲、姐姐身后，见者无不为之叹息流泪。七岁时母亲曹氏去世，自此他以牧牛为生，有时夜宿场院，有时宿于瓜圃，家人不知其去向也不去寻找。九岁时胞兄与他分家，他不得不独自生活。十一岁时父亲去世。他早年没有经历过正式的私塾教育，后来一边从事艰苦的劳作，一边进学。十八岁中秀才，进入社学，这是三间破败的土房，前后无门，连炭柴炕席都缺乏，需要自己动手做饭，起卧冰霜，寒苦至极。十九岁进入破庙读书，腿被冻得僵硬，要绕室疾走才能好转，其苦难言万一。这一年，娶胡村普通农家张杲次女为妻。杨继盛是热爱生活的人，他一生最快乐的时光，是在南京任职时，与南京兵部尚书韩邦奇学律吕，自制十二律管等乐器。
朝审后的一个多月，好友仍没有放弃杨继盛。他们奔走救解，与死神赛跑，一切能想到、用到的办法都尝试了。同年好友王世贞想到国子监司业王材是杨继盛的座师（杨继盛年谱误为门生），又是严嵩的得意门生。于是他骑马拜访，请王材前往严嵩处游说。因时间紧迫，王材凌晨进入西苑，拜见侍奉嘉靖帝斋醮的严嵩，辞语哀恳，说到动情处声泪俱下：杨继盛之死不足惜，但关系国家甚大。老先生还当为天下后世考虑。严嵩似乎被打动了：皇上未必有意杀他，哪里来的救解？王材说：传闻很快就会降旨。严嵩不悦：你不任法曹，不安职守，岂知皇上旨意与此前不同？王材急迫中说漏了嘴：这是王世贞说的。严嵩闻言色变：此事与王某有何相干？王材只好搪塞过去。
严嵩迫于公论，有所动摇，欲上疏论救，犹豫不决时求神问卜。他的心腹，大理寺少卿胡植、太仆寺少卿鄢懋卿在旁冷言道：此何用卜，杨继盛是徐阶的得意门生，徐阶一旦当国，杨继盛出而佐助，我们将死无葬身之地，正所谓养虎自贻患啊！严世蕃率领几个孙子又跪在严嵩面前，哭着说：爹如救杨某，举家皆为杨继盛鱼肉也。严嵩乃变色，假托神卜大不吉利。
王世贞以刑部郎中的身份多次到狱中探望，也把外面的各种消息讲给杨继盛。他告诉杨继盛，这次怕是难免一死。杨继盛心如刀绞，自他决定上疏之始，就把生死置之度外，但令他痛心的是，自己的满腔热血并没有换来皇上丝毫的醒悟，更没有撼动严嵩。他提笔写下《和凤洲王年兄诗韵》：
未酬拼死恨，虚负再生身。
和泪原非假，谊书太任真。
寒收燕谷夕，烟锁汉宫春。
扰扰欲投石，君何相问频。
五岁的小儿杨应箕去狱中探望父亲，杨继盛一再让他回家，而小应箕坚持与父亲同宿数夜，那是杨继盛临终前最欣慰的时光：
良知好向孩提看，
天下无如父子亲。
我有乾坤大父母，
孝情不似尔情真。
当小儿向父亲索要画骑马官时，杨继盛将父子问答写下：
我已因官累，尔何又爱官。
街前骑马者，轰列万人看。
杨继盛的妻子张氏伏阙阶下，上《愿代夫死疏》，由于词语不雅，经王世贞润色、改拟。其中有：
闻今岁多官会议，适与张经一同奏请，题奉钦依，依律处决。……倘蒙鉴臣蝼蚁之私，少从末减，不胜大幸；若以罪重不赦，愿即将臣斩首都市，以代臣夫之死。夫虽远御魑魅，亲执戈矛，必能为疆场效命之鬼，以报皇上。
有“三秦杰士”之誉的临洮狄道县人张万纪，时任给事中，也上疏论救，说狄道县乃是臣的故里，臣十分清楚杨继盛贬官后，忠肝义胆，起居食息不忘陛下高厚之仁，益加砥砺臣节；他矢志报国，置生死于不顾，进京后弹劾奸臣。请将其发配边远或革职为民。倘若以臣为杨继盛之党，将臣处死，万不足惜。张万纪被贬官庐州。
杨继盛是十月二十九日那天被执行死刑的。此前他在狱中得到两个有关自己生死的版本：一种善意的说法是，张经因防剿倭寇失事，皇上先已告庙，必欲杀之，张经用两万两银子买通严嵩及其党羽，为其出脱。严嵩党羽考虑到杨继盛是皇帝记挂的人，于是把张经与浙江巡抚李天宠的死刑判决与杨继盛的奏本混在一起，请嘉靖帝裁决，以为如此操作，张经就可以与杨继盛一同免死。另一种说法是，严嵩知道张经是皇帝必杀的人，因而将杨继盛的名字放在张经之后，一同上奏，嘉靖帝一见张经之名，即降旨“依律处决”，附在后面的杨继盛，连名字都没有机会被御览。
史学家谈迁驳斥了这两种说法：嘉靖在位时裁决的奏章数以万计，每天都不会有存留，何况处决死囚犯这样的重大奏章，岂能有漫不省览就草草令处决的道理！谈迁的结论：杀杨继盛的不是严嵩，而是嘉靖帝。
万历时名臣范守己曾在徐阶处，亲见嘉靖帝改定内阁大臣的拟奏：凡是阁臣所拟的，嘉靖帝一一省览，有的改定到原拟不留几个字；即便全部合于他的意旨，也一定改易十几个字，以示明断；有不合意的驳令再拟，再不合意，阁臣定会受到处罚。他的结论是，凡属于“大张弛、大封拜、大诛赏，皆出独断，至不可测度”
。
杨继盛得祸，实因触犯嘉靖帝的隐衷。上疏中说“皇上聪明刚断，乃甘受（严）嵩欺”，又说皇上“堕其术中而不觉”，这分明表示：一向以聪察自诩的嘉靖帝实则忠奸不分，是被严嵩父子操纵的玩偶。
杨继盛赴义前一天的夜里，在给妻子留的遗嘱中引用司马迁说的“死有重于泰山，死有轻于鸿毛”，并说我死在你前头，你是一个烈性女子，两子皆幼，一个女儿尚未出嫁，你要戒掉烈性子，以儿女为重，坚持活下去。
杨继盛也给应尾、应箕两儿留了遗嘱，先嘱咐其立志，立定志，涉及未来一段说：读书若中举、中进士，思我之苦，不做官也是。若是做官，必须正直忠厚，赤心随分报国，固不可效我之狂愚，亦不可因我尽忠受祸，遂改心易行，懈了为善之志，惹人父贤子不肖之笑。尤叮嘱兄弟二人要孝敬母亲，和好到老。遗嘱最后说：
覆奏本已上，恐本下急，仓促之间，灯下写此，殊欠伦序。然居家做人之道，尽在是矣。拿去你娘看后，做一个布袋装盛，放在我灵前桌上。每月初一、十五，合家大小，灵前拜祭了。把这手卷，从头到尾念一遍，合家听着，虽有紧事，也休要废了。
斗转星移。二百多年后，乾隆帝开《四库全书》馆修书，其馆臣得览杨继盛遗嘱原稿，大为感叹：“遗嘱一篇，作于临命前一夕，墨迹至今世守；仓卒之际，数千言无一字涂乙，足见其所养；词虽质朴，而忠孝之意油然，尤足以感动百世。”
临刑前，杨继盛将在狱中自书的年谱交给儿子应尾，告诉他十年后方可拆开，并作二诗诀别：
浩气还太虚，丹心照万古。
生前未了事，留与后人补。
天王自圣明，制度高千古。
平生未报恩，留作忠魂补。
杨继盛弃世当天，朝臣慑于嘉靖帝和严嵩的威势，大多不敢送别，只有王遴、王世贞、吴国伦、宗臣与之诀别。他们看着行刑完毕，次日出宣武门，收尸治殓，炙鸡斗酒，且酹且哭。吴国伦写了六首长诗，祭奠好友。好友还派人把杨继盛遗体移送容城老家安葬。
杨继盛被害数年后，王世贞给同年进士张居正写了一封长信，谈及他自己因料理杨继盛丧事而招致严嵩怨恨，致使他的父亲蓟辽总督王忬含冤而死，希望张居正看在同年情分，为其父平反。
此时张居正已进入内阁。我们没有在张居正的文集中查到张居正的回信，而经他一手编定的《世宗嘉靖实录》却明确记载，王忬之死并非严嵩加害，而是嘉靖帝亲自改判，这与王世贞的私人著述大不相同；加之王世贞自视甚高，对张居正出任首辅后给他安排的职位大为不满，导致二位同年之间的恩怨纠葛持续了很长时间。其晚年所作《首辅传》，极力丑诋张居正，这与清朝压制臣权，“无名臣乃国家之福”的基调又极为吻合，因此清修《明史·张居正传》等，多沿用王世贞的说辞。
王世贞出身名门，生有异禀，读书过目不忘。显赫的家世，江水灵性的陶养，再加上几分才气，使他养成了狂妄、不羁、睥睨一切的性格。据说他少年时就好酒成性，中进士时只有二十二岁，可谓少年得志。授刑部主事时，好为诗文，与李攀龙、宗臣、谢榛、梁有誉、徐中行、吴国伦互相唱和，提出“文必西汉，诗必盛唐，大历以后书勿读”。这些人交往密切，以讥谈时政为快意之事，互相标榜、称许，动辄曰“吾党我辈”，曰“我二三兄弟”，曰“海内中原”，傲视古今，朝中显宦、达官贵人，在他们眼里都是俗人。他们被称为“后七子”，也被视为狂人。而李攀龙、王世贞相继为“后七子”领袖。后来“江右四大家”的艾南英评价说：后生小子不必读书，不必作文，但书架上有王世贞所作的前、后《四部稿》，每遇应酬，顷刻裁割，便可成篇。骤然读之，无不浓丽鲜华，绚烂夺目，细一品案，都是一腐套耳。
王世贞在刑部出任郎中时，因他的父亲王忬是严嵩的门生，故与严氏父子交往甚好，王世贞也是权门相府的常客。但他看不起小阁老严世蕃，每与他宴饮，都会出恶言取笑。嘉靖三十八年（1559），王世贞的弟弟王世懋中进士，严嵩为此对自己的子孙进行了严厉责备，认为他们应该争气。严世蕃颇为妒忌，经常在父亲面前讲王世贞兄弟的坏话。
嘉靖每日斋醮，喜怒无常，这是典型的病夫治国。相传宫中常见鬼祟，有十目十手。一次，嘉靖帝降旨问真人陶仲文，真人也不能解。有人说王世贞博识多闻，一定知道。王世贞说：“何必博识，《大学》不是说‘其严乎’？”意思是鬼祟就是严嵩。又有一次，王世贞路过严世蕃家，当时二人关系尚好，王世贞想便道探访，严家把门者报称：主人说他今日伤风，不能出来见客。王世贞大为不悦，讥讽说：爹居相位，儿子岂能说出伤风的话？！门者告知，严嵩父子恨之入骨。
至嘉靖三十五年（1556），王世贞任刑部郎中已九年，仍不得升迁，他使酒骂座，写了大量讥讽时政的诗文。严嵩说，老夫年事已高，本以为轻薄少年，都已赶出朝廷，不会再见到了，没想到还有一个王某。这些话传到父亲王忬那里，他非常不安，质问儿子究竟做了什么事惹怒相国。王世贞说自己无罪可究，如果罢官，愿用十年时间读尽天下书，再用十年自在悠游。
当年五月，王世贞与友人夜里前往保安州（今河北涿鹿）拜访沈炼。沈炼是浙江会稽人，嘉靖十七年（1538）进士，庚戌之变后他弹劾严嵩父子收受将帅贿赂，误边误国，嘉靖帝把他发口外为民，编籍宣府之新保安。沈炼向来狂直自负，在口外开办书院，招四方游士，公议朝政得失，凡遇士大夫往来，必骂严嵩父子。有时他会驰马至居庸关下，南望京城，手持戟唾骂严嵩老贼，接着痛哭流泪，人们都以为他得了癫病。他又做三个人偶，一是唐朝李林甫，一是宋朝秦桧，再就是严嵩，每日在人偶上射箭以为乐趣。他还多次扬言，要传檄京师，欲起义以清君侧之恶。严嵩父子对他恨之入骨。王世贞夜访沈炼之事，也逃不出严嵩的眼线。严嵩想借故把王世贞发往王府长史，让他一辈子不能升迁，后因徐阶力救，王世贞升任山东按察使副使，兵备青州。青州乃盗伙重地，历来难治，此次升任是严嵩以危险之地暗中构陷王世贞。王世贞与父亲王忬商量，想辞职回乡读书，父亲不同意：你这样做将置老父于何地？年少之人，学未成而背君，且使长辈亲执干戈之役，而保卫其子弟徜徉于鸡狗之乡，可乎？王世贞当即向父亲谢过。
王世贞在青州任上，还专程拜访罢官里居的诸城人丘橓，此人是在张居正死后对其进行抄家沉族的急先锋。王世贞还去看望了罢官居家的作曲家李开先。李开先完成传奇《宝剑记》，以林冲参奏高俅、童贯结党营私，祸国殃民，最后被逼上梁山的故事讥讽严嵩父子。李开先对王世贞设宴款待，并让家里的戏班出演，还谦逊地说，本有善歌者数人，都下乡去各地演出了，现在有老苍头上演，博君一笑。后来王世贞又多次造访，沉浸在歌舞戏剧声中近一个月。
嘉靖三十六年（1557）十月，沈炼及其二子被杀于保安州，执行者是宣大总督杨顺、巡按御史路楷。杨顺本是严嵩的门客，当时应州堡被俺答攻破，杨顺怕失事坐罪，放纵吏士杀人，随即以功上奏自解。沈炼得到实情后，写信讥讽。杨顺密报严世蕃，说沈炼结纳死士，击剑习射，伺机杀相国父子。不久，巡按御史路楷赴京拜访，严世蕃置酒设宴：“如果有人为我除掉吾疡，事成之后，大者封侯，小者升公卿。”路楷明白，小阁老所说的“吾疡”就是沈炼，于是回任后与杨顺合谋杀害沈炼。沈炼被害后，杨顺果然荫一子锦衣千户，路楷选五品卿。王世贞为沈炼写墓志铭，说他不胜酒力，饮少辄醉，醉则击磬呜呜，咏《出师表》《赤壁赋》后，慷慨曼声长啸，泣数行下。
沈炼被害一事发生在边关，时任蓟辽总督王忬知悉内情，他对此愤愤不平。王忬精于吏事，为人正直。他任御史时，巡视中城，弹劾东厂太监宋兴。宋兴通过近侍给严嵩送两万两银子，请从中说情。严嵩是王忬的老师，又刚进内阁，以为王忬能给这个面子，但王忬不听，宋兴被罢免。严嵩拿了钱没办成事，感到很惭愧，讥讽说御史是好手，一份白简就让大珰（太监）散两万金。严嵩想把有才干的王忬收为自己人，而王忬不愿与其同流合污，一心想出外为官。他遂任浙江巡抚，抗击倭寇；后调任大同巡抚，进入抗虏前线。蓟辽总督杨博升任兵部尚书，王忬接任。杨博掌兵部后，边将大臣升降之事多听取王忬的意见，这无形中断了严嵩父子的财路。王忬性格刚直，与徐阶又是姻亲，严嵩觉得王忬明显站队徐阶，遂忌恨在心。
在此前后，还发生过王忬向严嵩进献赝品《清明上河图》的事。宋朝张择端所绘《清明上河图》有真本、赝本之别。真本上的人物、舟车、桥道、宫室皆细如发，且又老到遒劲。赝本也大有来头，据说是张择端的稿本，功力绝好，笔势遒逸惊人，一般行家也看不出破绽。只有大家才能看出赝本腕指间乏力，与真本有别。
严嵩出任首辅后，各种珍宝盈溢，后来他爱上书画、古董之雅事。最初他的义子鄢懋卿以都察院副都御史总理两淮、两浙盐政，胡宗宪、赵文华督兵吴越，这三人秉承严阁老的意旨，搜取古玩字画，不遗余力。当时传闻有《清明上河图》手卷，乃宋人张择端所绘。经过数百年的流传，先为大学士徐溥所藏，后为大学士李东阳所得，李兴奋之余，题写长诗以记其盛。自此，《清明上河图》身价倍增，后来辗转到了陈湖陆氏家。而陆氏之子因负官债，把图押给了昆山大族顾梦圭家。
严嵩为搜罗古字画，家中养了不少门客，其中有以善装潢而知名的汤臣，人称“汤裱褙”，还有王彪、张四等人。汤臣最初流落江湖，王忬任浙江巡抚时与他结识，知他有独特技能，于是把他推荐给了严世蕃。此时严嵩父子经过明察暗访，已知图的下落，遂让汤臣游说王忬，前往购买。王忬当时以总督镇守蓟门，知道这是严嵩的意思，不好拒绝，于是先一口答应了汤臣。但藏家也知道这是稀世珍宝，无论出什么价都不肯出手。汤裱褙不时前往王忬处催要，要挟恐吓，无所不用。王忬后悔当初草率答应，无可奈何，遂私下请了一个名叫黄彪的苏州人，让其临摹来应对。黄彪乃画家中的高手，所摹各本无人可以辨识真伪。王忬拿到画后就送给了严嵩，严嵩高兴之余，通过严世蕃给了王忬一千二百两银子，以表谢意。自此严嵩把它视为稀世珍宝，是其所有藏画的压卷之作，每次置办酒会，压轴的节目就是与诸贵人欣赏一番。一两年间，也不曾有人识破。
兵部派遣职方司署郎中唐顺之前往核查。唐顺之是嘉靖八年（1529）进士，嘉靖十八年（1539）因欲朝见太子而被削籍。赵文华视师江南，向严嵩推荐唐顺之。他奉旨进行实地考察前，去往严阁老家拜访。严嵩知道唐顺之对书画鉴赏非常在行，便拿出《清明上河图》请他鉴赏。唐顺之仔细观赏，发现这是一幅摹本，而非真品，但因为有他人在场，加之阁老兴致很高，唐顺之没有当众捅破，于是敷衍称赞。但这一情节瞒不住精明无比的小阁老。过了两天，严世蕃追问这件事，唐顺之只好以实相告。小阁老半信半疑：何以证明这是赝品？唐顺之说：这也不难。相公只看屋角雀是否一脚踏二瓦便可证实。严世蕃回到相府与父亲一起观看，果然如唐顺之所说。严世蕃大怒，说严家出了一千二百两银子，入手的竟是赝品，这是王忬有意为之，我们父子让人给耍了，自此对王忬恨之入骨。还有一种说法，唐顺之怨恨王世贞兄弟，于是揭露摹本始末。后来严嵩父子构陷顾梦圭之子顾懋宏，借查抄之机将真本弄到了手。
严嵩败落后，据参加清理、鉴别、查抄江西严嵩府第书画的文徵明之子文嘉在其所著《钤山堂书画记》载，张择端的《清明上河图》就在被查抄的书画当中。他明确说，《清明上河图》乃苏州陆氏物，严嵩以一千二百两银子购买，但得到的是赝本，因严嵩识破，最终致数十家破败。据王世贞讲，赝本藏在他的弟弟王世懋家，因当时各个画院图画汴河之风盛行，而有甲本、乙本之别。王世贞的家乡人将其弟弟所藏鉴定为真稿本。王世贞还说，真本初落墨相严嵩家。后来严嵩被抄家，籍入宫廷，为隆庆帝所珍爱，饰以丹青。此图万历初年落入了冯保之手。
唐顺之经过一个月的查勘，回到朝廷上奏说：蓟辽额兵
原本有九万一千人，现在实存只有五万七千人，又多是羸弱、老疾不能参战的，总督王忬、总兵欧阳安、巡抚马佩等人奉旨练兵，现在出现三万多的缺额，总得有人承担责任，皇上谕旨所言“一卒不练”，足见圣上明察。唐顺之的奏报让王忬陷入极为被动的状态，为挽回嘉靖帝的信任，他请求给三年时间练兵。严嵩认为过去八年都没有练成，三年又怎么能练成？王忬因此被降俸二级。一次，嘉靖帝问严嵩：调边兵入卫，是旧制吗？严嵩回答：以前并没有调边兵入内的事，王忬任总督后才开始尽调边兵守卫要害，去年又征调全辽士马入关，致使贼寇乘虚入犯，辽左一空。如果年复一年，调发不已，不但靡费饷银，更有其他方面的忧虑。嘉靖帝由此异常憎恶王忬。
嘉靖三十八年（1559）二月，俺答犯辽东，王忬率兵败之，斩首八百多人。按照惯例，斩首两百即可以报捷，四百即可以大捷奏闻。但俺答也非等闲之辈，随后他率众数万，采取声东击西之计，使王忬中计。本来春防兵力只有秋防的一半，加之因操练戍卒又减少两成，致使兵力不足，又调兵防东，俺答于是从潘家口越过长城，渡滦河后兵分一路向西，直逼三屯营，大掠遵化、迁安、蓟州、玉田，驻内地五日，京师震恐。嘉靖帝降旨，斥责王忬防御不力，致使京畿受祸。御史王渐随即参劾王忬及总兵欧阳安、巡抚王轮有罪。嘉靖帝大怒，将欧阳安下狱论死，贬王轮于外，令王忬停俸，将功补过。
副都御史鄢懋卿是严嵩义子，又与严世蕃结为姻亲，他还是王忬的进士同年。五月，他受严嵩指使诱骗王忬：相国本来想用蓟辽困住你，现在边镇重地不再能困住你，因而想放你回朝。你可奏请回朝，即可无罪。王忬想：鄢懋卿是我的进士同年，不会出卖我，他说得有道理。于是奏请归朝。鄢懋卿又主使直隶巡按御史方辂弹劾王忬。方辂曾在王忬手下工作，不想参劾老长官，鄢懋卿劝道：你上弹章对王总督不会有妨碍。现在阁老欲放回王总督，王总督也自请归朝，此举对两人都有交代。方辂答应了，但觉得鄢懋卿起草的参劾王忬的文辞太重，想自己起草，鄢懋卿又说：用辞不重，则皇上不听。皇上不听，而王总督不得回朝，这样做既对王总督无益，又与相国的本意相悖。于是方辂接受了鄢懋卿草拟的参劾疏，说王总督调度无策，贻害地方，有三失策、四可罪，请罢黜为民。嘉靖帝得奏，派锦衣卫官处治王忬，蓟辽总督由山西总督杨博代之。
镇抚司在审理王忬失守潘家口，致使敌虏入掠近京一案时，认为王忬二月抵御俺答有功，功过对消。严世蕃则建议抹去功次，将其送刑部议罪。尚书郑晓按照守边将帅守备不设，致使贼寇入侵境内掳掠人民，将王忬判拟戍边。嘉靖帝手批不准：诸将皆处斩，这是军令指挥之误，而出令者却不治，这是什么法律？应当从重拟罪。五月二十日，王忬以失陷城寨的罪名，与中军游击张伦以贻误军机的罪名，均被拟斩，监候待决。
王世贞得知父亲王忬下狱，他上疏弹劾自己，并解除自己的山东按察副使印绶，辗转十日进京，想与弟弟王世懋伏阙上疏，请代父服刑。王忬在狱中得知后，极力劝阻：我没有辜负国家，皇上也会念我过去的微劳，或许不用多久就忘了潘家口的事。现在皇上正处在盛怒之下，你们这一举措无异于火上浇油，怎么能再去激他呢？莫非是想让我死得快些吗？且严氏圈套太深，我已深受其害，你们兄弟还想重蹈覆辙？王世贞兄弟不得已，每日囚服垢面，匍匐在严嵩的门前，跪泣求解。严嵩不时用谎言来宽慰，告诫说不要激化此事，应当静静等待；并说皇上并没有治罪之意，只是不想立即释放，以弛边臣之心。
王世贞兄弟身穿囚服，跪于道旁，见到贵人车马即拦住，祈求帮忙解救，又挨户请求平日认识的权贵出手相救。权贵们都避而远拒。当他们向徐阶求救时，徐阶也回答说，要默默等待皇上回心转意，不应该速激，避免更生不测。嘉靖帝的心思，确实谁也猜不透。当年冬天，王忬并没有被执行死刑，案子暂缓了下来。因母子在京，日用拮据，王世贞受父命南回家乡，筹措资费。刚刚到家，他又得知父亲狱案紧急，于是立即返回京城。
王忬的性命与嘉靖帝的喜怒相关，也与俺答对内地的进犯相关。嘉靖三十九年（1560）春，俺答犯宣府。十月初一，王忬被杀于西市，年仅五十四岁。王世贞兄弟当时在外，得报后急奔西市，跪舐父颈之血。当年冬天，王世贞扶父丧南归，自此发誓不出为官。
对父亲之死，王世贞将其归罪于严嵩，乃至在《首辅传》中把严嵩塑造成一代奸臣。这也为清修《明史》所沿用，似乎严嵩的奸臣形象已成定论。而在王忬死后乃至晚明，史学界多不认同王世贞的说法。万历时史学家支大纶评论说：嘉靖帝本来重视军政，即使有功勋的皇亲国戚也很少宽恕，王世贞把王忬之死归罪于严嵩，甚至以秦桧杀岳武穆（飞）相比拟，并不是事实。谈迁也说：王中丞是因为边疆之事而死，并非死于严氏之手。隆庆初，王世贞为王忬申辩冤屈，归罪于严氏，这是一家的诉说，怎么能作为定论呢？！
同年进士杨继盛被判死刑的第二年，张居正留给老师徐阶一封长信，飘然回到家乡闲居，一住就是六年。正是这六年乡居，让这位经常感叹人生易老的翰林院编修，在最好的年华度过了凶险而煎熬的一段时光。他的好友耿定向后来回顾严嵩柄国时期（1548—1562）官僚士大夫的归宿时，仍心有余悸，说：
分宜柄国，倚铨为市，一时人士靡然顾化，卑卑者无论，即素负瑰玮英俊者，十九败坏其中。秉道居贞，执德不回，则为之㧙挡摧陷几尽矣。
分宜是江西袁州府的大县，是严嵩的家乡。古人常以地望指代其人。上文大意是说，严嵩当国的十几年，把选官当成做生意，一时间士大夫都被铜臭熏染，那些卑琐的人不用说，即便有志向的英俊之人，也十之八九败坏其中。而坚贞不屈秉正道而行的人，几乎被他摧残殆尽。
重新回到朝中后，张居正在给与他交往颇深的湖广老乡吴国伦的回信中，颇为自得地谈及了他的处世之道：我与你有桑梓之谊，早年交情不浅。后来我因病乡居，你也遭受了无根据的猜疑，我们联系少了很多。去年春天一别，我感慨颇多。你的才华，你的超凡脱俗，脱颖全楚，但也因此而受牵累。为什么？洁白纯净的素丝最容易受到污染，长相美貌的人最容易蒙垢。古往今来，士大夫背负伟抱卓才而遭受坎坷、一蹶不起的人不可计数，难道这都是世人的过错吗？毛嫱、西施是天下最漂亮的女子，鸟儿见到她们都要高翔，鱼儿见到她们都要游入其处。同处一室，侍奉一主，就有争妍而取怜，就会发生楚姬、班女那样的事，招劓而兴悲也。那些有才华的人，不知含光葆真，收敛他们的美，相反却穿上华丽的服装，扮靓、涂红粉，以此沾沾自喜，如此想求得那些长相平庸的人的接纳，不是太难了吗？！我非常欣赏晋朝隐士孙登对嵇康说的话：生而有光，而不用其光，果然在于用光。人生有才，而不用其才，果然在于用才。故用光在乎得薪，所以保其耀；用才在乎识物，所以全其年。假令屈原、贾谊这些有才华的人稍加留意于此，屈原可能不会投汨罗江而死，被贬到长沙的贾谊不会写出感伤身世的《鵩鸟赋》。我的才能不如你，但得益于时代垂怜，早得清高显贵的位置。自省十余年来，我生性朴实，粗疏傲慢，按理足以招致怨尤，但结果却大不同。吴公你屡次跌倒，我却安然无恙，你伤痕累累，我却完好无损，则有幸有不幸啊。自今而后，我们要从事于至人之学，才能步入玄同之轨。你的来信也检讨了过去跌跌撞撞的缘由，这真是苍天启发高明，以此去做，未来定会获得福祉。我不揣愚陋，妄有所献，希望你能垂听接纳。
张居正饱读儒、佛、道各家经典，但他不是书呆子，他读出了智慧，读懂了人生。此信之所言，也可以视为张居正在嘉靖朝昏暗时期所奉行的生存智慧。他对典故信手拈来：信中的楚姬，指被楚怀王夫人郑袖害死的美姬；班女指西汉班况之女，成帝的婕妤，为赵飞燕所害。
“后七子”之一的吴国伦于庚戌之变那年中进士，以五律、七律诗最为有名，钱谦益评价他“才气横放，跅弛自负”。严嵩最初也很欣赏他的才华。他中进士的次年九月，严嵩以内阁起草皇帝制、诰的两房缺官，奏改吴国伦为中书舍人。这是接近中央决策的核心官职，最能锻炼人，上升空间也大，但吴国伦不入严嵩之彀，与杨继盛、王世贞等交往甚密，彼此唱和，讽议朝政，四年后擢兵科给事中。杨继盛去世后，吴国伦首倡为之奔哭、赙赠、作挽诗并料理丧事，他所作的挽诗六章，尤称悲愤。吴国伦的所作所为传到了严嵩那里，严嵩恨恨地说：我本来看重吴生，现在看来他非长厚之人。随即，吴国伦在考察科道时，被以浮躁之由贬为江西按察使司知事，后调为南康推官，再调归德知县，最后被迫弃官回乡。十几年的仕途遭际，让他变得成熟起来，“但得宽严谴，微官任屡迁”。他在写给张居正信中检讨既往所为，也一改往日狂放诗风，在“后七子”“五子”中最为老寿。
张居正的回信，透露出他不想像杨继盛那样做“铁脊之鬼”，对王世贞等同年以诗文显世也颇为不屑。早年的军籍出身和个人经历，以及湖广特有的地域熏染，使他对王朝的积弊和危机有更深的体悟，他希望通过切实的改革寻求解决之道，而不是空谈性理。他更不愿拿自己年轻而单薄的身躯，与他丝毫不能撼动的王朝抗衡。
“有一时之富贵，有万世之事功；有目前之荣辱，有身后之褒贬。”这是同年杨继盛写的。张居正从不想做富家翁，也不想要什么万世之事功。他要积蓄能量，待时而动。王世贞说，嘉靖二十六年和二十七年，张居正在翰林院这段时间，所有的进士都赋文作诗，文必秦汉，诗必盛唐，竞相仿效，互相砥砺。张居正却不屑于此，潜心钻研国家典故与政务之切要。每有地方实务官员（如管盐政的盐司，掌关税的关司，职屯田马政的屯马司，理刑罚的按察使司）到京城，张居正总要带上一壶酒迎接他们，并向他们密询地方的一些机要事务，回到住处后，奋笔疾书，详记下来。
西方有一句谚语：港湾永远不会为没有目标的水手开放。张居正则是有着极强目标感的人。王国维在《人间词话》开篇说：古今之成大事业、大学问者，必经过三种之境界。张居正眼下经历的正是第一种境界。
张居正的先祖张关保，是安徽凤阳府定远人，元朝末年追随朱元璋的大将徐达平定江南，后来受封到归州，成为长宁所一个世袭千户。明朝的卫所制度规定，千户统兵一千一百二十人，正五品，属中级军官。因千户长由长子承袭，张居正的曾祖父张诚是次子，不能承袭父职，于是携家人从归州迁到湖广荆州府。张诚说话口齿不利落，人称“謇子”，但他为人仗义，急公好义，常积德行善，有钱就拿出来周济贫困，致使家无余财，日子过得很拮据。由于善举很多，他在当地颇有影响，里中父老常以他的话训诫子弟。他曾多次发宏愿，愿意把自己的身体作为蓐荐，使人在上面安设床榻，寝处游息。“蓐荐”是荆州一带农户用稻草挽成绳子编织而成的一种卧具，可以替代褥子，俗称草垫子。张诚的言行对张居正的一生极有影响，他的担当、献身精神，可以从此处找到根源。张居正后来经常谈及曾祖父甘为蓐荐的事。
张诚有三个儿子，长子张钺善于经营，家庭富有；三子张釴业儒，是县学生员；次子张镇，即张居正的祖父，豪宕任侠，不事生产，又不业儒，却深得张诚的喜爱。张镇有个儿子叫张文明，即张居正的父亲。张文明出生后，张诚说：我平生做了很多周济穷人的事，后世一定会有振兴家业、光大门户的人，大概就是你这个儿子吧！明朝的军籍隶属都督府，是世袭的。要脱离军籍，只有三种途径：一是与宗室联姻，二是取得军功，三是通过科举考试。张文明是个美男子，到谈婚论嫁时，不少大户女子都愿意嫁给他，有个宗室女子的家长也来提亲。但张诚很有见识，说：我以此儿光大门户，岂能凭妇人显贵？！不许。当时居住在荆州的宗室是简王的后代，想联姻的或许就是后来与张家结怨的朱宪㸅长辈的女子。
张文明也想通过科举之路，改变一家人的命运，但对于寒籍子弟来说，这条路比登天还难，他到了成年才成为补府学生员。在后来的近二十年中，他七次参加乡试，年逾不惑尚未中举。此后不久，出任湖广学政的许少华在荆州府选拔优异人才，张文明有幸被选中，在书院进行研习。先后在书院学习的人都考取了科甲，唯有张文明一直榜上无名。这对心气很高、颇为父亲看好的张文明是个不小的打击。不过这位性情刚烈的湖北汉子并未因此气馁，他把科举这个接力棒交给了下一代。张居正成了家族人的希望。
张居正童年时，家庭条件非常艰苦，但他先天禀赋极好，属于绝顶聪明的一类，三岁就开始认字。因家人经常夸奖，张居正的大伯不服气，说：你儿子这么聪明，我今天教他读几个字，过两天看他能不能认出。大伯正在读《孟子》，指着“王曰”两个字给张居正看。过了几天，张居正确实认了出来，神童之称由此传开。旧时儿童开蒙，多从大字本的“千百三”（《千字文》《百家姓》《三字经》）入门，句读通常要晚些。张居正五岁学习句读（阅读节句），要比同龄儿童早两三年；十岁时通《六经》大义，十二岁取中生员。这在中国古代名人榜中应该是最早的。
在中国地域文化当中，明清时期的江南处于第一层级，江南人也因此有极强的优越感。明朝科举分为南、北卷，后来又分南、中、北卷，这样区分是为调节地域差别，以示公平。但江南人对此愤愤不平。顾炎武明确反对分卷，说这不是为天下选人才，而是调停之术，非造就之方。他说北方人自宋朝时就有京东、京西、河北、河东、陕西五路举人不善于文辞声律的记载，又经金元之乱，文学（文字学）一事不及南方人已久。今南方人教小学，先令对对子，这还是唐宋以来相传的旧法；而北方人都不这样做，所以要找到习比偶、调平仄的人，千室之邑几乎没有几人，而八股之外一无所知的人则比比皆是。顾炎武还回忆说，他幼时读《四书》本经，读的都是全注本，后见平庸的师傅想要速成，多为删抹，而北方则有全不读者，甚至不知《十三经注疏》为何物。所以现在北方有二患：一是地荒，二是人（才）荒。
湖广略强于北方，但与南方相比仍望尘莫及。万历元年（1573），张居正请名士王世贞为湖广乡试写程文（示范文章）时，特别说道：楚人闻见非常浅陋，真诚希望得王公大雅之作，以为示范。这绝非谦逊客套的话。
张居正在参加府学考试时，受到荆州知府李士翱的激赏，李知府取《春秋公羊传》中“故君子大居正”，为他改名“居正”。张居正的早慧并非因他后来的成就而牵强附会。接任李士翱荆州知府的李元阳在他的文集中明确记载：他监考诸生，看到张居正的试卷后，认为张居正必是国家大器——六百人当中他考了第一名。当时张居正年仅十二岁。
第二年，张居正赴湖广贡院参加乡试，结果考中了举人。湖广巡抚顾璘找来监考的冯御史，对他说：（张）居正聪明天授，即便让他早日进入仕途也无不可。但我以为不如再锤炼他几年，他日成就会不可限量。不过这是御史大人管的事，还是由你做主。中国人有早享大名为不祥的理念。十二岁中生员，十三岁中举，未免过于顺利。人一生的能量是一个逐渐释放的过程，如同花儿一样，如果开放得过早，就没有绚烂多彩的盛放期了。冯御史采纳了巡抚的建议，把张居正从举人的名单中移除了。
鉴识人才是古代大人物应有的本事，所谓知人则明。顾璘是弘治九年（1496）进士，江南吴县人，寓居南京上元。嘉靖十五年（1536），他自山西调任湖广巡抚。他下车伊始，访察人才，一见张居正便以国士相许，二人年龄差距很大，他呼张居正为自己的“小友”，还经常与布政使、按察使这些官员说：此人是将相之才啊。过去张燕公识拔李邺侯于童稚时，我识拔张居正，也差不多吧！（张燕公，指唐朝张说。史载李泌少有奇才，唐玄宗召见，让张说试其才，张以“方圆动静”四字为赋，李泌答：方若行义，圆若用智，动若骋材，静若得意。张说对玄宗说，这是奇童。）同时，他又解下犀牛角打磨的腰带赠给张居正：你将来肯定会有更贵重的，此物聊以表吕虔（三国魏人，能用贤才）之意。
有一天，顾璘留张居正一起吃饭，他让小儿子顾峻出来拜见张居正，并说：此荆州张秀才也。将来一定当枢要，汝可往见之，必念其为故人子也。两年后，顾璘以工部侍郎督修嘉靖帝父亲的陵寝（显陵），张居正亲往安陆拜访，顾璘对张居正说：古人都说大器晚成，这是对中等人才说的。我没有把你当中等人才看，却耽误你晚三年才做了宰相。一个有大成就的人，必须学养深厚，磨砺自己，即便再晚十年也不迟。我当年与冯御史说，希望你能学做伊尹、颜渊这样的人，不要因为早中秀才而沾沾自喜。顾璘还赋诗一首以作勉励。嘉靖十九年（1540），张居正再次中举，时年只有十六岁。顾璘则于四年后被参劾回籍，次年病卒。张居正则高中嘉靖二十六年丁未科二甲第九名进士，在三百多人中总排名第十二，这是很靠前的，因此考选庶吉士，进翰林院深造。翰林院是为朝廷储备人才，培养出色政治家的尊贵殿堂，从翰林院出来为官者，皆属于天子近臣，备皇帝顾问。在明朝一百七十多位内阁大臣中，由翰林院出来的占到了百分之九十以上。非进士不入翰林，非翰林不入内阁，几乎是明代不成文的规定。张居正的不同之处在于，他要把循资历养声望的翰林做成实学，他信奉“学不究乎性命，不可以言学；道不兼乎经济，不可以利用”。在他的心目中，只有通天、地、人才可以谓之儒。他经常说：整顿国家纪纲，矫正社会风俗，这些都有赖于我们的作为；安定国家，使得蛮夷不敢内犯，也都有赖于我们为之经营。而写一些不痛不痒的文章，那只是文人骚客用心做的事情；揣摩章句，构思诗文，那是为参加考试的童生们做的事情。如果不敦本务实，不预先储备学养知识，一旦以渺渺之身，而任天下之重，必定忙无所从，成为一个平庸官员。在他看来，那些希望借助诗文之长以自显于世的想法，浅陋至极。张居正是实干家，他骨子里与王世贞不是一类人。“但恐须臾间，魂气随风飘”，他珍爱自己的生命，清楚再多的血肉之躯也无法唤醒斋醮中的嘉靖皇帝。
张居正刚踏入仕途的这段时间，明朝讲学之风最盛，各种书院多达数百所，其中以传播王阳明心学为最多。晚明大儒黄宗羲总结说：明朝人的事功文章，未必能超越前代；至于讲学则超过了以往。张居正入仕之初，也是满腔热血，拼命向那些实务家学习，他对国家典章制度尤为在意。他说自己广交海内名士，而与礼部官员交往最多。礼部所掌的，恰是国家典制礼仪。他与先后出任礼部尚书的徐阶、欧阳德都建立了非同一般的关系。欧阳德是王阳明的真传弟子，他任礼部尚书期间，“致良知”学说风靡天下，而自称欧阳门人者最多。嘉靖三十二（1553）、三十三年（1554），欧阳德与大学士徐阶、尚书聂豹、侍郎程文德主盟京师灵济宫（永乐帝所建皇家道观），讲阳明心学，学徒云集数千人，盛况为数百年所未有。
张居正最初也向往理学，与理学名家多有交往，但他很快认识到，理学空疏不务实际，根本不能解决王朝累积的问题。复古派他不参加，心学他不苟同，为此他内心苦闷，成为一个孤独的思考者。乡居前他致信兵部尚书聂豹，指责近时学者言行颇不相符，张居正不愿沽名钓誉，与这类人混迹。他说学问必须从社会实际中根究而来，如果只是人云亦云，终究会落入佛经所说的“阅尽他宝，终非己分”的尴尬境地。
泰州学派代表罗汝芳，被誉为明末三大思想启蒙的先驱，他虽然也讲理学，但致力于解决社会问题，曾一度放弃科举，用十年时间考察社会，走近下层百姓，对佛学也深有研究。张居正引为同道。罗汝芳出任宁国知府，很有政绩，张居正对他说：学问既知头脑，须窥实际，欲见实际，非至琐细、至猥俗、至纷纠处，不得稳贴。如火力猛攻，金体乃现（修养到家）。我常遗憾自己在翰林院没有下过苦功夫，不曾做过外官。于人情物理，如纱窗里看花。张居正才大心细，他说的“实际”就是根本。只有抓到了根本，才能游刃有余。
将帅必起于卒伍，宰相必起于州部。与许多有非凡成就的人一样，张居正也为自己没有在地方做官的经历而感到遗憾。他没有挥霍的资本，从不参加士人的诗酒之会，更没有浪掷光阴；他利用翰林院事务清闲能读宫廷藏书的机会，拼命阅读典章制度。而他的高明之处在于能提出建设性方案，从大处着眼，抓住问题要害，又讲究策略、方式，而不具体指责任何人。嘉靖二十八年（1549），二十六岁的张居正正式做官。经过两年多的实际调查，张居正以满腔热血上了一份《论时政疏》，这是他第一次为大明王朝把脉。在他看来，国家的问题已非常严重，如同一个病人，病根是气血壅淤不通。他委婉地批评皇帝不理朝政，君臣之间缺乏沟通，由此导致臃肿痿痹的病症有五。他引用扁鹊见蔡桓公的故事，说如果现在不治疗，将来即便下大力气，也难以奏效。在张居正看来，大明王朝还没有出现不治之症，臃肿痿痹不是什么大患，如使一身之中血气升降而流通，则五种病症可以一治而愈。如何让血气升降？关键是皇帝。张居正开出的药方很对症：皇帝要亲近辅弼大臣，群臣百官都有机会与皇帝讨论国家大事，上下之间思虑贯通，君臣之间没有格碍，则人人都想效其所长，从而积弊便可消除。他认为以下五种病症必须着力解决。
第一种病症是宗室问题。这是张居正最先关注的问题，也是他的切肤之痛。他柄国后着力推动改革，临终前，他坦然地说，唯有宗室这个问题他没有解决好，认为自己顾虑重重，不敢轻易尝试，因为它牵动的是皇家。他还不指名揭露与张家有过几代恩怨、同处荆州的辽王。
第二种病症是百官不履职，背后的原因是人才问题。人才的培养在平时，而用人必须慎重。古代一个职位一定有多人能胜任，因此不会出现人才匮乏的问题。平时不重视培养人才，用人又不当其器，一旦有言官参劾，就罢官解职。等到缺乏胜任的人才时，只好按资格来递补，结果是新补的人远远不如被解职的人。现在存在的问题是，有才能的人没有得到任用，或者只因为小过失就永远废弃不用。他提出把人才从各种束缚中解放出来，只要不是贪婪、品质低下之人，尽可能随才任使，发挥他们的一技之长。
第三种病症是考课问题。府县官是亲民官，他们能否认真履行职责，关键在于按察使、布政使等大员能否行使监督责任。国家的制度本来很周密，但因为考课不严，只走过场，名与实也不核查，府县官对上级只是奔走承顺，以“簿书期会为急务，承望风旨为精敏”，监司以此评定其贤否，然后上报吏部、都察院，吏部、都察院也不深察，只以监司的评价作为升降的依据，因此出现“贿多者阶崇，巧宦者秩进”，最终导致吏治问题百出。张居正后来以“考成法”作为牵引改革的一把钥匙，对考课大加改革，把制度的运行作为做实事的工具来使用。
第四种病症是边备不修。他甚至预言了随后发生的庚戌之变。他说中国自古以来就有边患的问题，但今日边患尤甚，有可能冲击宣府、大同，有可能深入内地，小入则小害，大入则大害。守边的文臣武将，把所有的精力放在侥幸而不是大害上，不再有图万世之利、建难胜之策的人。他引用《孙子兵法》里的一句话：“无恃其不来，恃吾有以待之。”他认为，边备不修的后患，还没有被充分认识到。
第五种病症是国家财用匮乏。现在国家财赋主要取自东南，但民力有限，无用的开销太大，且毫无节制。特别是皇室支出，比国家初建时增加了数十倍之多，户部屡屡告乏。如果以天下奉皇帝一人，虽然费用过多，也不至于掏空国家，而耗费国家财力的不仅仅是这一个方面。他引用《淮南子》中的一句话：“三寸之管而无当，天下弗能满。”三寸的管子如果没有底，再小的容器都装不满。更何况现在绝非没有底的管子，绝非三寸而已，所以国家财政才有大匮乏。他后来以极大的勇气和耐心，通过清丈土地、实行一条鞭法等，解决了赋役分担不均和国家积贫的问题。
尽管二十六岁的张居正提出的问题切中时弊，但嘉靖帝每天仍以斋醮为名行其宣淫之术，首辅严嵩一如既往地贪婪，次辅徐阶等大臣也只是讲学。张居正的一腔热血仿佛洒向了冰冷不见底的空室中，一点儿声息都没有。他不想浑浑噩噩、得过且过，更不愿同流合污。
黎忠池赴福建上任，他送到潮白河，看着好友上了运河的船，他惆怅而诗：
余有归与兴，抱病淹朝秩。
君怀济世心，揽辔辞朝邑。
以兹负羁羽，羡彼搏云翼。
况多感慨情，世虑缠胸臆。
盈盈别泪泫，漫漫歧路及。
不惜去日远，我怀谁与析。
世路方险巇，修名苦难立。
愿以皓首期，无为索丝泣。
——《送黎忠池》
失望、苦闷中，同年杨继盛被判死刑，他受到极大冲击，感到仕途倾险，接连写下《适志吟》《蒲生野塘中》《述怀》等诗，最终决定回乡久居。
有欲苦不足，无欲亦无忧。
羲和振六辔，驹隙无停留。
我志在虚寂，苟得非所求。
虽居一世间，脱若云烟浮。
芙蕖濯清水，沧江漂白鸥。
鲁连志存齐，绮皓亦安刘。
伟哉古人达，千载想徽猷。
——《适志吟》
蒲生野塘中，其叶何离离。
秋风不相惜，靡为泉下泥。
四序代炎凉，光景日夕驰。
荣瘁不自保，倏忽谁能知。
愚暗观目前，达人契真机。
履霜知冰凝，见盛恒虑衰。
种松勿负垣，植兰勿当逵。
临市叹黄犬，但为后世嗤。
——《蒲生野塘中》
先天而天弗违，后天而奉天时。张居正感慨李斯临刑叹黄犬，而自己像蒲草生在野塘，朝不保夕。这时他的结发之妻顾氏病故，扔下一个牙牙学语的孩子——长子张敬修。他不再迟疑，以养病为由，平生第一次主动选择了自己的道路——乡居。
临行前，他写了一封名为《谢病别徐存斋相公》的信给徐阶。这封近两千言的信，是张居正为数不多的长文，字里行间皆是其对时局极度失望的情绪，结尾部分与他嘉靖二十八年所上《论时政疏》的内容相近。而改变朝政仍是长信的主旨，因此也有对徐阶的失望与批评。
他首先感谢徐阶的知遇之恩，说相公如果发起周、召辅成王那样的千古大业，我张居正愿意追随左右，或者拾遗补阙，参谋大事，进可以效力身边，退可以效齐国杞梁之死。但令我感到失望的是，老师却选择“内抱不群，外欲浑迹”的委顺之路，致使纪纲风俗颓败一仍其旧，登进之路比踏荆棘还危险，如果等到更多的邪恶之人登上高位，有抱负而正直的人受到排挤迫害，那时相公的“内抱不群，外欲浑迹”岂不是太难了吗？而后他话锋一转，劝老师不要计较个人得失，应当与浑浑噩噩的世道和当道者“慨然一决其平生”，如果皇帝幡然醒悟，千秋功名可期；即便正道不得伸展，太平无期，再回归您的超群脱凡之志，遗弃尘世而独往，也是人生一大快事！何必每日郁郁寡欢，私底下长吁短叹呢！再者说来，宰相是天子最注重的位置，近年来，君王与大臣之间越来越隔绝，朝廷大政已经到了毫无言责的匹夫都想在天子面前进行高谈阔论的窘境，而宰相却不敢发一言，这不是浪费国君给予的爵位和俸禄吗？！
随后，就百姓穷苦之状，张居正告诫大臣要节俭爱民：现在财用匮乏，习俗奢靡，贫穷的人衣不遮体，而在位者连身边的婢妾都衣锦饰绣；百姓食不果腹，而在位者或役使之人则早已厌腻了美食佳肴。这些在上者就是损下益上的人。
给徐阶的信中还提及张治，张治也是张居正交往颇深并寄望甚高的老师。张居正中进士后，选入翰林院庶吉士，张治时任教习，是张居正的老师。隔年，张治进入内阁。他学识渊博，议论天下大计，谋思如江河之不穷，对问题的预见如龟策之不爽。张居正推想：如果张治在位，一定会使朝廷尊荣，边疆安定；他正色立朝，如果久于其位，必能以刚直之节，整肃百僚。遗憾的是，张治次年去世。张居正极为悲痛，写下《祭张龙湖阁老文》以示纪念，文中感慨道：
难成者，事也；难得者，机也。以其硕德宏器，负海内之望者二十余年，曾不得大展于时，而竟然憔悴以殁，谓之何哉！……不悲公之死，而悲公之志未伸；不悲公之一人亡，而悲后学之无所师承也。
如同历史上很多有才华的年轻人把改变现状寄望于大人物一样，张居正写给徐阶的信，是他内心深处对革新政治的呼唤。
别了，紫禁宫阙，荆州的山水在召唤。张居正行前是翰林院编修，他按例奏请把自己的封诰改授父亲，张文明大为感慨：吾束发读书，业儒四十年，自视不比别人差，困厄至此，这大概就是命吧！遂就封。
明朝自成化三年（1467）制定了内外官员病假不得超过三个月的休假制度，但在执行上非常宽松。不少大臣的履历中，都有休长假的经历。严嵩借为母守丧之机，在家乡建造钤山堂，一住就是八年，表面的理由是养病，实是为度过正德朝宦官刘瑾乱政的那段至暗时刻。
历史总是把经验留给后人。在中国人的信念中，往往会在人生最困厄的时候眷恋生养自己的家乡。嘉靖三十三年，张居正在极度失望中回到江陵。他没有在自己的老家居住，而是在城东门外天井渊买了一块地，在小湖山中锸土编茅，架上三五根椽子，盖了一间房，取名乐志园。他在园子里栽种半亩竹子，还养了一只象征吉祥高洁的鹤。自此，他把自己封闭在这块世外桃源中，与世人断绝了来往，终日闭关不启，只令二三童子在庭前洒扫。他喜好家乡的大红袍茶，煮茶、洗药都亲自动手。有时看看书，与古代先贤进行跨越时空的心灵交流。他完全放松自己，此时安养身体是他最大的事。外面的人仿佛也忘记了这位当年名声颇盛的“神童”、如今的翰林。这样的日子久了，他感觉神气日壮，于是开始博览群书，贯穿百家，究心当世之务。
张居正一定熟悉南齐学者周颙隐居南京钟山的故事。周颙把小湖山上所盖的草堂名为钟山堂。张居正在《学农园记》记述自己这段难忘经历：谢绝所有亲故，在田中辟地数亩，植竹种树，编茅结庐，惬息其中。
林深车马不闻喧，
寒雨潇潇独掩门。
秋草欲迷元亮径，
清溪长绕仲长园。
——《山居》
诗中元亮是陶渊明的字。张居正的《山居》诗借用陶渊明的《归去来兮辞》和东汉仲长统的词句，为自己营造了超尘脱俗、意趣盎然的情境。但张居正做不了陶渊明。三年后的嘉靖三十六年，他曾短暂回到朝中，但朝政比过去更加腐败。于是他又回到家乡，继续蛰伏，乡居六年之久。
大概有抱负的人，对光阴流逝总是特别敏感。张居正“时时称老易”，对人生苦短有更强烈的认识。他常说：夫人身百年耳，而精神意虑，每随血气以为盛衰。往往见人其盛时，气若奔马，颜若橓华，或奋于义气，临大难、决大疑，议不反顾，计不旋踵，虎视一世而心雄万夫；及其形摧力尽，志靡心灰，盖有百炼之刚，化为绕指者矣！故骐骥疲于迟暮，强弩顿于末力。他对“日月易往，与众俱尽”充满恐惧，说自己“多病早衰，平居气不充形，临事力不副意，昔人所谓已成老翁，但未白头耳”。他有时也相信命运，但他更相信这样的道理：积累深厚的人一定发之必远，积蓄力量大的人一定用之充足，这好比物产，吸取的精华多而接受的养分充足，那么它生长的时间就会漫长，而其果实一定会饱满茂盛。
张居正强抑自己，在家乡度过了而立之年。他的思想更成熟了，对百姓艰辛讨生活有了切己的感受。在《学农园记》中，他对高高在上的达官贵人每天过着绮衣灿烂、钟鼓馔玉的生活进行了无情鞭挞，讥讽这些人剥下自润而不睹其艰。他经常穿行于阡陌之间，与田父、佣叟一起测土壤燥湿，比较谷物收成先后，观察气象以知岁时丰凶。他看到农夫们每天在田间被风露、炙熇日，一年从早到晚劳累，仅免饥饿。年成稍差，即便妻子儿女都不相认，而官吏催科征赋却急如星火，未尝不恻然以悲，惕然以恐。有时得老天照顾，赶上年谷顺成，黄云被陇（王安石《木末》：“缫成白雪桑重绿，割尽黄云稻正青”），岁时伏腊（杜甫《咏怀古迹（四）》：“岁时伏腊走村翁”），野老欢呼，家人父老仅做一日之欢。他谦逊地说，自己的才能无法救时，只有力田疾作，时得好食物以养父母。君子志，其远者、大者，而自己只是个微不足道的小人物，只忧餐食不足，并无其他志向。
人是环境的产物。他爱上了家乡的一草一木，渴望像竹林七贤一样终老于此，不再问世事。他为七贤无力用世，每日只能在杯中浇心中块垒而辩护说，人的见识有长短，人生的轨迹有明晦，又岂能全让世人看得明白！假如他们生逢清明之世，又有适当的位置，也能上赞兴王之业，下树不朽之声；而沉沦滓秽，无所表现，默默老去，并不是他们想要的生活！
张居正的内心苦楚，通过赞赏七贤展现出来，也是他面对种种讽议的别样抗议。由此我们可以窥见，张居正选择久居乡下，绝非一时心血来潮，而是权衡利弊后的明智选择。
孔子说，五十学易，可以无过。乡居时，张居正正值而立之年，他精研《易经》，并不时与好友分享心得。被贬为广平府（今河北邯郸一带）通判的同年胡杰，在任吏事精核，完全不像被贬的官员。张居正致信对他说：小弟为年兄感到忧虑的，恰恰是没有参透其中的玄机啊。《易经》所谓“困亨”者，并非因为“困”就能“亨”人，是指处于困境而不失去其应有的作为就可以了。小弟非常喜好杨万里的《易传》，座中放置一帙，便于时常玩味。小弟认为，《六经》所记载的，除《易经》外，无非是些格言警句。至于圣人君子涉世妙用，全在《易经》一书。自起居言动这些日常细微之事，乃至经纶天下的宏大韬略，无一事不有微权妙用，无一事不达到至高境界。至于它的精妙之处，即便白首到老，也不能阐述；即便圣人不能道尽。如果能够精通其中一二，就可以做到超世拔俗。年兄您本来就是深研《易经》的，闲暇时重新拿来观览品味，不要专从训诂上咬文嚼字，而单纯观览其宽宏豁达的根本，必定会有得力之处而无穷。
仕途有时是“碰境”，入仕即如戴罪之身，而进退又有许多不可言说的奥妙。山东潍州人刘应节是张居正的同年进士，因在罗旁镇压反抗者而引起非议，他向张居正诉说苦衷。张居正回信现身说法：弟自为官以来，暗中观察，发现一个人仕途顺利与否，好像冥冥之中，总有什么东西为你默默主持一样。概括起来，不出下面几种情况：有的被压制却反而发达，有的被举荐推助却反而颓废抛弃，有的按理应该顺畅如愿却反而运气不佳——总是事与愿违。从人事来看，也有完全相反的情况。风能刮掉即将脱落的树叶，而不能使挺拔有力的树干立即枯萎；咒师能测算人的寿命，而不能使长寿的人短命。人初入仕途犹如浮萍，任凭时运推移，丝毫不能做主，唯吾道之兴废，又何必计较怨仇呢！《国语·鲁语上》说，爰居这种鸟能够预测海上有灾，躲避三天后便可渡过劫难；《庄子·列御寇篇》有“虚舟”随泛，说的是空船任其自然，随波漂流。这两种方式，都是高明之士符合天地万物混同如一的自然之道。今天下之势，莫亟于东南。海波未靖，内奸伺隙，庙堂忧之。愿年兄勉就功名，以答群望。
嘉靖三十五年，是张居正在家乡度过的第二个元旦，他对镜感怀，看着鬓边白发，想起晋朝的美男子潘岳，有才华而不得志，滞留官场十年不得升迁，一时不能自已，赋诗以记：
青镜流年惜暗移，
江湖潦倒负心期。
被嘲扬子玄犹白，
未老安仁鬓已丝。
直北烟云占斗气，
隔江梅柳媚春姿。
闲愁底事淹芳序，
且尽尊前柏叶巵。
——《元日感怀》
“被嘲扬子玄犹白”一句，指扬雄在哀帝时不得志，写了《太玄》，有人嘲笑他“以玄（黑）尚白”。白，意为空，空无禄位。
这年十月，张居正一连八天与友人徜徉山水间，寄情古今事。他从汉口而西，登临赤壁之战的遗址湖北蒲圻，实地观看孙权刘备联军与曹操大战之处，慷慨悲歌，俯仰今古。向北眺望乌林，感慨曹操在这里败走，使其一统天下的雄心受挫；东望汉口，羡慕雄姿英发的周公瑾（周瑜），羽扇纶巾的诸葛亮，真是生逢其时啊！这些豪杰上演的史诗般的一幕，浮现在张居正的眼前，他遐想徘徊，不能自已。继过岳阳，观看洞庭湖，长涛巨浸，惊魂耀魄，茫茫无际，一瞬皆空。天地真的神奇已极，它吞吐万象，包罗八方。张居正想起在《三国志》中曹操对“英雄”的定义：夫英雄者，胸怀大志，腹有良谋，有包藏宇宙之机，吞吐天地之志者也。有大志向的人该当如此。张居正随后登上衡山，览洞壑之幽邃，与林泉之隈隩，不觉心旷神怡，又好像历遐远蹈险景这样的事，并不难为。他再次发问，人心与大自然的神奇有不同吗？今我所历之境，与往昔没有不同，而我之感且愕且爱且取者，乃知向来所云者，尽属幻妄。是心不能化万境，万境反化心也。
乡居六年，张居正多次应就藩荆州的辽王朱宪㸅之邀，游览王府名川，这也勾起了张家几代人的屈辱往事。明朝开国后，朱元璋派诸子镇守北边。洪武二十五年（1392），朱元璋改封其第十五子朱植为辽王，镇守辽东。传至第七代，辽王朱致格于嘉靖三年（1524）受封，但他身体不好，王府之事全交由其妃毛氏打理。毛妃通晓文墨，沉毅有断，又有王府承奉王大用佐助，府中严肃，毛妃贤闻天下。嘉靖十六年（1537），朱致格去世。隔年，庶出的第一子朱宪㸅被封为第八代辽王。朱宪㸅，号贞庵，别号种莲子。他少时顽劣成性，承袭王爵后，骄奢淫逸，王国体统逐渐废败，加之三教九流蛊惑其中，愈趋下流。他酷虐淫纵，又信符水，奸黠少年无赖群依归之。朱宪㸅恣为不法，是荆州城远近闻名的一大害。
辽王有一座庞大的藏书楼，名“味秘草堂”，藏书一万多册。
张居正与辽王同龄，早年无数次随祖父、父亲奔走辽王府。乡居之初他应邀前往，并作《味秘草堂卷为贞庵王孙赋》留念：
别业初开小苑东，
翠微佳气郁葱葱。
瑶章惊锡蓬莱阙，
羽节高悬太乙宫。
采药但教云作侣，
应门常使鹤为童。
独怜尘世遥相隔，
惟听琼箫度碧空。
二人之间，诗文唱和颇多，把盏杯盘更是常事。辽王长于诗，尤以作艳曲自鸣得意。所著《庚申稿》，徐学谟为之作序，称赞辽王逸材命世，蕴藉今古，对客挥毫，一伸纸即千数百言立就，一时骚坛之士莫能难。现存辽王所写《望龙山》，颇有意境：
桓公展高宴，乃在龙山巅。
大会文武士，冠盖相周旋。
谁知孟参军，天质任自然。
堕帽了不惊，请笔词翩翩。
兹风已千载，朝市几递迁。
山前有故邑，化作陌与阡。
我欲矫双舄，荆棘谁可搴。
延伫发长慨，万壑生塞烟。
嘉靖三十七年（1558），张居正应辽王邀请，为其所作《戊午稿》作序，文中说：嘉靖三十三年（1554），我病归，因乡里偏僻，谈艺之人屦绝于户，只有辽王殿下好名重士，时常以文翰派人往返我处，遂忘其寂静。嘉靖三十六年，我重新回到朝中，次年秋因朝廷差使，又回到家乡，拜谒辽王。辽王拿出近稿三册，诗作二百多首，这是从春到秋数月而成的。他酒酣赋诗，动辄令坐客拈韵限句，依次比律，无不奇出，人皆闭口不能出一语，辽王则挥毫落纸，累数百言而稳帖新丽，越在意表，倾囊泻珠，累累不匮，故其著述之富如此之多。我读他的诗，往往称说曹植、李白，在我看来辽王的才气与之相略。我为文数日仅得一篇，常常不满意，随即又弃去，但最终也不能超越他人，而辽王认为我们有谈文之交契，嘱我作序。今皇上赐以真人之号，又献财帮助国家，捐禄救济斯民，皆被敕奖。
张居正虚与委蛇，语带讥讽，称赞辽王的诗可与李白相提并论。吹嘘的话未免肉麻，但张居正的内心深处永远不会忘记辽王对祖父、父亲的侮辱。毛妃听闻张镇的孙子张居正了不得，经常拿自己的世子朱宪㸅与同龄的张居正相比，说他事事不如张居正。一次，毛妃在酒桌上当着张居正的面对朱宪㸅说：儿不成才，终当为张生穿鼻也。穿鼻即任人摆布的意思。后来世子袭爵成为第八代辽王，便对张居正充满嫉妒。张居正中举后，他以请张居正的祖父张镇喝酒为名，对其羞辱备至。张家人有纵酒传统，但张镇毕竟年纪大了，不胜酒力，却因辽王逼着喝，最后竟然给灌死了。
辽王还对张居正的父亲张文明施以笞杖之刑，这给张居正的心里留下永不磨蚀的暗影。据清人查继佐的《罪惟录》记载：辽王府中用矾红，因为成效不足，辽王命人将生产矾红的张文明绑来，施以笞辱之刑。此时张居正已考中举人，父亲受此大辱，他怨恨的心里留下了复仇的种子。中进士后，张家终于不再仰辽王鼻息过日子了。在乡里养病期间，张居正多次到辽王府做客，对这个难以摆脱的恶邻心生厌烦，不过他也借此了解到辽王的许多不法之事，他写的《辽府承奉正王公墓志铭》和《王承奉传》，表露出对辽王的极端鄙视和对王承奉的高度赞扬。核心内容是辽王认外子为继承人之事，这也是隆庆二年（1568）辽王被废、除辽王国的第一条罪状。
张居正在前文中说，他任翰林院编修时，喜欢询问前朝史实。在几个老太监向他讲述孝宗朝事时，他感慨欲泣。后来回湖广，他了解到辽王府的承奉王大用也是孝宗时人。谈到过去的事，王承奉便娓娓道来。王承奉是霸州府大成县人，事孝宗时刚刚成年，后来成为乾清宫、坤宁宫的六品太监。明武宗好武，宫中太监都练习骑射，他经常跟随武宗在上林苑打猎，后被升为御马监太监。王承奉性格耿直，对自己要求严苛。嘉靖即位后，从安陆来的太监得到重用，他不愿与这些人为伍，被排挤出宫，成为辽王承奉。因其在宫中时间久，对国家事了解颇深，到辽王府后，他奏启辽王革除王府积弊，府中顿时整肃。嘉靖十六年，辽庄王去世，朱宪㸅年幼，由毛氏主政，毛氏谙习书史，沉敏有断，大小事务都由她裁断。朱宪㸅袭封后，骄奢淫逸，荒淫无度，王大用每事力谏。
由于当时辽王得嘉靖帝宠信，张居正为一个承奉所写的墓志铭，只能委婉书写辽王之恶。嘉靖、隆庆之交，张居正再写《王承奉传》就不再闪烁其词，而是直接写出辽王恶行。这篇传记与辽王被废或有关。《王承奉传》中说：辽王朱宪㸅聪敏善辩，贪利而刻薄，长大成年后多为不法之事，常出数百里外而游戏，地方官不敢阻止，他更加无所忌惮。承奉直谏，王不能忍受，说“承奉老了，应该免朝请”，意思是不想再见到你王承奉了。从此承奉很少能见到辽王。辽王宫中有无数女子，但没有人为他生子。后来他宠幸的女乐人为其生子，被安置在外舍。而后辽王患了阳痿，推断自己不会再有孩子了，于是将安置在外的儿子接入宫中。当时此子已八岁，被谎称为宫人某某所生，想向朝廷奏报。按照明朝皇家故事，王子一出生，承奉司要立即将其生母姓名及产媪状向长史报告，得到皇帝准奏后才能附入玉牒。辽王将此事交给王承奉办理，王承奉大惊，说：“辽王哪里来的儿子？承奉不知道宫人有妊娠及产子的情况，不敢奉命。”辽王大怒说：“老奴敢这样，不怕死吗？”遂把王承奉及手下办事的所有人都抓了起来榜笞数百，加以重罪，以此胁迫王承奉，王承奉终不为所动。辽王见硬的行不通，又改变策略召见王承奉，好语劝说：你难道不知本王有病吗？事成，则本王有后主继承王爵，你也可以长保富贵，奈何为他人效忠？王承奉伏地叩头，流着泪说：老奴受国厚恩，死无以报，只是事涉欺罔，法例甚严。王子非真子，外人皆知。如果将来被揭发，祸且不测。老奴死不敢奉令。辽王假装感谢说：承奉的话是对的。事后以计哄骗，将承奉印夺去，自己署上承奉的名字，将外子招入宫。承奉知道自己受了欺骗，无可奈何，愤懑得以首撞壁，大声喊叫道：我生不幸为刑余之人（宦官），又被弃外藩，今王所为如此，我不能匡救，祸不旋踵。实在不想老了见刑狱。他当即闭户自缢，后恰逢有人施救，才苏醒过来。此后他日夜哭泣，失明而死。辽王一国都为他悲痛。
张居正为一个老承奉作传，又写墓志铭，这本已不正常，再看所写内容，都是辽王不法之事。联想他嘉靖二十八年所上《论时政疏》，第一种病症大讲宗室问题，所引据的又多是辽王之事，后来废黜辽藩的第一罪状，便是张居正所写的纳外儿为子的事。以上种种似可证明，张居正家族与辽王府的恩怨，绝非无中生有。
“文园卧病岁华移，又见飞花楚水湄。”张居正不想如木槿花一样朝开暮谢，他要做百炼之钢，等待国家召唤的那一天早日到来。张居正更不会忘记父亲的教诲：我平生没有实现的愿望，全部交给你了。
张文明见儿子在山中居住近三年，丝毫没有回朝的意思，为此常常闷闷不乐。张居正问父亲大人为何焦劳不乐？张文明连看都不看一眼张居正，立即起身离开，而他又把希望儿子回朝的意思告诉亲近的人。张居正是孝子，他怕在山中再住下去会伤了父亲的心，于是决定走出山中。
嘉靖三十八年，张居正重新回到朝中。这一回，就是整整二十载光阴。