下载掌阅APP，畅读海量书库
立即打开
这一与天博弈的工程，最后由清朝康熙时期的治河能臣靳辅开凿中河而最后完成。从此，运河不再经由黄河运道。运道畅通，黄河安澜，才有一百多年的繁庶，康熙、乾隆二帝才能徜徉运河之上，浏览江南盛景。这一切，不能不说是明朝打下的基础。故靳辅称赞，“明一代治河，莫善于泇河之绩”。
隆庆四年民间俗称的大年初一，按照明朝典制，这一天皇上应在皇极殿举行朝贺大典，但因日食，紧急取消。正月十五日，朝野期盼的元夕张灯，又因月食提前宣告禁止。工科给事中陈吾德上奏说，一年岁首的朔、望之日，日月并食颇为罕见，天象预示会出现大灾，皇上要摒弃所有游乐玩好，以挽回天戒。君臣都忐忑不安，感觉有大事要发生。四月初一，京师地震。其后，俺答进犯山西的边报接连传到大内。转眼到了九月重阳节，黄河在睢宁决口，自宿迁到徐州的近三百里运河淤塞，河水横流，九百多艘漕船漂没，二十多万石漕粮漂落，一千多名漕卒溺亡。明朝人广泛流传的一句话似乎再次应验：
漕粮三月不至则君相忧，六月不至则都人啼，一岁不至则国有不可言者。
明成祖朱棣定都北京后，三千多里的运河就如同大明王朝的生命线，必须保证周身通畅，王朝才能正常运转。继张居正后出任内阁首辅的申时行概括国家有两件大事：一个是防边，一个是河漕。河与漕在国家安全稳定中的作用由此可见。仁宗即位后竟因困于漕运，下令重修南京皇城，诏令明年还都南京，因其不久去世而未果。宣宗时北京仍称“行在”。直到正统六年才诏告天下，北京各衙署去掉“行在”，南京各衙署仍加“行在”，自此，北京作为明朝都城最终确定，而保障漕运就成为帝国运行的头等大事。黄宗羲说，“江南之民命竭于输挽，大府之金钱靡于河道”，都是因为定都北京。
中华文明的起源和发展，深深镶嵌在治水中。而明朝运河自茶城至清河长达五百四十里的河道，是借用黄河作为运道，因此治河的首要目标是确保漕运畅通，民生有时不得不退居其次；淮河、泗水又是明朝祖陵所在，治河还要确保陵寝安全。这三大目标有时无法兼顾，甚至成为互相牵制的因素。
在管理体制上，自成化七年（1471）起，逐渐确立河道与漕运分职制度，设总理河道驻济宁，与漕督平行，两大衙署各司其职，职能又有交叉。后规定，天妃闸以南归漕运总督管理，以北归河道总督管理。如此一来，两大衙门适成彼此，漕船迟缓就推诿是河道梗阻，河道梗阻就推诿是漕船过重。
运河管理系统是双重结构，纵向系统是中央派出的总理河道；而三千多里运河又划分为三四个区段，各管一段的是工部都水司郎中，他们奉旨行事，上受总河、工部之命，下设临清、济宁、南旺、沽头、夏镇、宁阳、徐州洪、吕梁洪
、清江浦、瓜仪等都水分司主事，负责所属河道或工程管理。在行政系统之外，另设巡河御史职司监察。
运河经由浙江、江苏、安徽、山东、直隶等多省，各省设有文武官保障系统。文官按察使副使一人专管河道，称监司。沿河的府设同知或通判，州置判官，县设主簿等官。武职是军卫系统，涉及三十四卫，各派指挥一员巡河。河道上还有具体管理的差役，称夫役，他们根据工种不同，名称各异，大体按照里甲编派。从通州到瓜州，国家额定夫役四万七千多人。
漕运总督驻淮安，这是偏重军事的管理系统，与总兵、参将共同管理漕运。漕督下有领运、攒运、监兑等官。漕粮征收又涉及有漕省份。为监督漕运，设巡漕御史驻淮安，多由锦衣卫太监充任。运送漕粮更是一个庞大的系统，额定漕船一万一千七百七十只，官军十二万名，分别来自有漕省地的一百一十三个卫所。
定都北京后，政治中心与经济重心距离拉长，在中央集权体制下极易导致分离主义。张居正与海瑞等很多有见识的政治家都明确指出，朝廷之法不行于江南久矣。张居正还忧心忡忡地说，将来有事，一定是从江南开始。因此，政治和经济一旦过度分离，往往离心力累积，进而构成对集权国家的破坏；而中央集权体制需要平衡各地的发展，由此带来“死的拖住活的”等诸多问题。
自成化八年（1472），定漕粮正额四百万石，加上耗米，共五百一十九万石，经过京杭大运河运送到北方，作为驻京七十八卫官校的军饷和官员俸米，蓟州、密云、昌平镇兵也倚此为命，且京城百姓必借此而后果腹。成化十六年（1480）、成化十八年（1482）、成化二十二年（1486），京通仓实储粮米均在二千二百万石以上。弘治时期开始下降，嘉靖、隆庆中叶以后，天灾人祸，将以前累积耗食殆尽。隆庆即位之初，太仓所存粮米仅能支三个月，边军百万石不知所出，致使举朝震骇。此后出现持续性粮荒。嘉、隆时期，黄河流经之地忽东忽西，河患成为与边患并列的威胁大明王朝统治的两大核心问题。
危急之中，明廷先把河道总督翁大立调任，随即罢斥，而急召在家守制期满的原任都察院右副都御史潘季驯代之。
这是潘季驯第二次踏上治河之路。潘季驯，号印川，正德十六年（1521）出生在浙江湖州府乌程县，父亲潘夔是一个秀才，母亲闵太夫人乃弘治朝九老尚书闵珪的女儿。嘉靖二十九年，潘季驯沿运河北上，考中进士。在京“听选”期间，他亲眼见到俺答围困京师，对国家危机和朝政腐败有切肤之痛。当年年底，他出任九江府推官，开始踏上近四十年的为官历程，而前后四次出任总理河道总督，竟占去为官生涯的二十七年。他也成为历史上最有成就的治河专家，与清朝靳辅齐名，论其理论建树要远超后者。而潘季驯的成就，离不开张居正对他的器重和重用。
嘉靖四十四年七月，黄河在沛县决口，徐州上下二百里运道全部淤塞，而山东运河济宁至江苏徐州段，主要依靠两省交界处的昭阳湖水济运，这次洪水冲毁运河大堤，涌入昭阳湖，致使山东南阳到江苏留城之间的一百九十里运河全部淤毁。朝廷起用大理寺左少卿潘季驯总理河道工作，协助工部尚书朱衡治河。朱衡查勘发现，会通河段已淤为平陆，而嘉靖七年河道总督盛应期所开凿的新河故迹犹在，因新河在昭阳湖东，地势高，黄河泛滥后漫过昭阳湖后不能继续东流入河，于是他主张开挖新河，潘季驯却主张修复黄河故道，两人为此争执不下，意见无法统一，只好各自向朝廷上奏，请庙堂裁定。
治河是传统中国专业性最强的系统工程之一，朝廷不敢擅自决定，派工科给事中何起鸣前往查勘。何起鸣经过一个多月的考察，向朝廷提交报告，旧河难复有五，新河难成有三。廷议反复权衡后，最终采纳了朱衡的意见，此时已近年关。次年正月正式动工，历时八个月之久，动用民工九万人，修成南阳到留城一百四十里的运河河道，这就是著名的南阳新河，又称夏镇新河。新河修成后，山东运河南段避开了黄河决口的侵害。潘季驯协助朱衡修新河的同时，主持留城以下五十多里运河旧道的疏浚。十一月，潘季驯回籍为母守丧，结束了第一次治河生涯。
南阳新河的修筑，没有解决留城以南靠近黄河运道的威胁，但给治河者一个重要启示，即运河可以避开黄河之险，另辟新河，后来张居正主持的开泇河之议，是朱衡开南阳新河思路的延续。泇河原是一条自然河流，它源出有二：一出山东费县南山，顺沂州西南流；一出山东峄县君山，谓之东、西泇河。二河在邳县以西的泇口（今泇河镇）汇合，再南行循沂水汇入泗水。
隆庆二年九月，张居正提议翁大立出任河道总督。翁大立是嘉靖十七年进士，是张居正的前辈。翁大立到任后，提出疏沁导卫工程，张居正表示，朱衡所修南阳新河刚刚竣工，国家财力捉襟见肘，难以再举大工程，等休养生息二三年后，物力稍宽裕时再提上日程。次年七月，黄河在沛县决口，运河在茶城段淤堵，洪水自考城、虞城、曹、单、丰、沛县到徐州，田庐冲毁不可胜数，两千多只漕船被阻塞在邳州。翁大立提出开泇河，在马家桥开渠，经利国监
入泇河以通漕。工部尚书朱衡议复时说，黄河为患，自周、汉至今，从未有能久治而不决之术，要在因势利导，随弊修补而已。他提出秦、浊二河易淤难疏，应在梁山之南别开一渠，远避黄水，以免沙淤之患。他仍然反对修复黄河故道的办法，他还举出汉武帝因兴办匏子工程
几乎把帝国拖垮，北宋因回河工程几乎葬送江山，明朝嘉靖中开浚孙家渡等处费出不赀，旋即壅塞等为证。此时的张居正，事实上主持内阁大政，对于这样一项严肃而重大的工程，他不敢擅断，内心焦灼异常。翁大立请把储存在徐州仓的漕粮平价卖给百姓，并绘了十二幅百姓受灾图进呈。朝中君臣受到极大震撼，张居正急忙致信翁大立，说淮、徐一带困敝已达极点，再经不起大灾，幸运的是新渠安流，而百姓受苦已极，你经划有方，安集灾民，减少朝廷南顾之忧，所上大疏一一准行。
但救急章解决不了运河的根本问题。危急中，朝廷再次任用潘季驯治河。
潘季驯是隆庆四年九月下旬，带着仆从自家乡乌程乘船第二次赴总理河道之任的。乌程是湖州府所在地，恰是大运河的“湖漕”一段。明朝人将长达三千五百八十八里的运河，按流经地域之别，冠以不同的名号。
从通州到天津，全程三百六十里，因利用潮白河道（即通济河）故称白漕；天津到山东临清段运河，因利用卫河运道，故称卫漕；临清到济宁以南为元代开凿的会通河，因水的落差较大，这段六百九十里的航道，先后设有数十道闸口用来调节水量、水位，故称闸漕；徐州到淮安为原泗水运道，后为黄河所夺，这段长达五百里的河道借用黄河水，故称河漕。其中运河过徐州以西的丘陵地带，水急难行，是运河航行最艰难的一段；兼之黄河在睢宁、宿州之间迁徙不定，而洪泽湖西、泗州城北的杨家墩是明朝祖陵所在，时有水患之虞。这段运河历来是治河的重点。
从淮安到扬州，这段长达三百七十多里的运道，是借用湖泊为运道，故称湖漕。明太祖定都南京，以凤阳为陪都，划浙江、江西为直隶省（南直隶），位于直隶省境内的淮南运河又称里运河，以北的泗水、汶水运河为外运河，利用长江的运道称江漕，钱塘江以南的江南运河和浙东运河共八百里，称浙漕。
以上白漕、卫漕又划分为运河北段，简称北运河，它利用天然河道，问题较少。浙漕地处江南，是运河南段，河网密布，运道畅通。而闸漕、河漕、湖漕三段一千五百六十里组成的运河中段，贯通长江、淮河、黄河、济水，是古人所称的“四渎”，即四大水系的咽喉，尤其处于黄河最强的泛滥区，问题也最多。历代治河也主要集中在中段运河，漕运总督驻淮安，明末改驻徐州，可见它的重要性。
潘季驯到任前，翁大立上了一篇《论河道疏》，是为解决运道淤塞拿出的办法，他提出近来河患不在山东、河南等，而专在徐州、邳州，如果实行长远之计，应开泇河，以避开徐州的秦沟河、浊河，以及徐州洪、吕梁洪二洪之险，直接从邳州入黄河；毗邻徐、邳东边的田地，也能逐渐恢复耕种；再开萧县河以减缓河流冲击，可以解决浮沙拥聚、河面增高的后顾之忧。不利的条件是山水骤发，须多张水门，广开水柜，利国监又多伏石，位于徐州北的南直隶、山东省分界处，须迂回避开，工程浩大，要劳费数年方能成功。而今秋水溢为灾，权宜之计在放弃黄河故道而就新冲，即先从黄河新冲出的河槽顺势形成运道，在旧河上建截河大坝。这两种办法是上策、中策，下策是复黄河古道，可以解救陷在河中的九百多艘漕船，可以还百年运道，难处是一百多里的淤泥河沙，难以一时挑浚。
潘季驯匆匆赶到济宁府所在的总理河道衙门后，当即与翁大立办理了交接手续，随后召集司道官员，讨论治河方策。他结合第一次治河经验，仍倾向于恢复黄河故道，不赞成开泇河，但他的下属认为，翁大立的中策即就新冲，认为这是现在唯一可行的方案：“故道最终不可复，应该因睢宁决口而导运道。”潘季驯不同意，说：“不然。避难趋易，争一时方便而忽略其危害，非长久之策。逞快因袭于一时，只考虑自身成功，而把艰难留给后人，这不是纯臣对国家负责的态度，众人所见，是复故道难以成功。我不忍因睢宁决以就新冲而遗患于后来者。”经他再三解释，河道官员统一思想，一致赞成复故道。而在朝廷决策时，内阁大臣高拱、工部尚书朱衡也表赞成。
翁大立在其下策即复故道方案中，提出挑浚泥沙的办法。潘季驯巡视河工时，发现这种办法有种种弊端：因为一尺之下都是淤泥，随挑随陷，无所着足；有水缺口四处弥漫，无水之地积沙遍野，需要从四五里外取土堵塞决口而卷埽
下桩，在波涛汹涌之中投土很容易漂失；筑堤缕水，去沙实土，沙之深浅，土之远近，都难以预料；更艰难的是，自徐州至淮水多次被沙壅，河身渐高，水易散漫，如果不加高两岸，明年秋天决口必不可免。他权衡利弊，提出堵塞决口、高筑堤防的方案。朝廷予以批准。
工程于隆庆五年正月十六日开工。五万河夫经过一个多月的奋战，至二月下旬，沿徐州、邳州以下的数十处决口大都已经堵塞。就在堤工完成的这一天，恰好黄河春汛到来，河水陡长，水与岸平，直冲新挑河口，迫使河工围堰
。潘季驯命河夫打开围堰，放水入渠。水势充沛，使得原来淤在运道里的一千三百多艘漕船、民船全部浮活，出渠前进。潘季驯为这一奇观而震惊，他仔细观察、分析，见强大的水势将河渠两岸的泥沙带走，河床随即变深变宽，他由此判断水流与泥沙存在一种制约关系，于是提出一个大胆又非常科学的设想：束水攻沙。他提出自徐州至邳州，自邳州至淮水，对两岸堤岸加高加厚；在两岸之外，仍筑遥堤，以防不测。如此水由地中行，淤沙也随之而去，数年之间，深广如旧，可以免受冲决之患；由于黄河淤塞堤岸单薄，水从中决，故下流自壅，河身忽高，必须预筑坚固长堤，水无泄漏，则沙随水去，就不会再发生停蓄壅遏之患。故久远之计，必须筑近堤以束河流，筑遥堤以防溃决。
上奏得到批准后，潘季驯立即投入紧张的治河中。工程展开一个月，沿河堵决已大见成效，不料上游突降暴雨，新旧堤防溃决四十多处。天公不作美，这让大家垂头丧气。潘季驯当时正患背疽，在官邸治疗。他不顾属下劝阻，裹创而出，亲临现场指挥抢险。他还告诉大家，我昨夜梦见河神，告诉我塞决口的办法，即伐河柳为骨，用草为衣，将土实其中。总督带病督战，鼓舞了士气，一个月后，决口全部堵筑。到了四月，水位大涨，有的工段又出现溃决。潘季驯闻报后，不由分说，亲乘小艇组织堵决。此时狂风大作，小艇被掀覆，潘季驯被挂在树梢才幸免于难。
嘉、隆年间，漕运因黄河决口经常受阻，京城仓储几乎无粮可放，保障运道成为治河的首要任务。隆庆帝敕谕潘季驯与漕运总督陈炌，务必和衷共济，并明确二人的责任：如漕粮运到运河尚未通航，则罪在河道总督；河道通而漕粮运不过淮安，则罪在漕运总督。潘季驯几乎是在用自己的性命博得河道安澜，他每天提心吊胆，忧虑朝廷的处分会随时降临。
就在这时，邳州王家口决口，自双沟而下，南北决口十多处，损漕船运军上千，漂没漕粮四十多万石，匙头湾以下八十里淤塞。这对潘季驯是个沉重的打击。好在大工即将告成。至隆庆五年六月，主体工程全部竣工，仅用河夫五万，用银十二万两，筑堤一百五十里。
八月，他上奏邳河工成，请为效劳诸臣录功。他特别为管理南河工部都水司郎中张纯请功，称赞张纯志行贞亮，才识充融，全河都是他履历要害，欲保是河，非本官不可，请将其升为按察使副使，专理河道。当时张纯已调补工部营缮司郎中，高拱以内阁首辅管吏部事，他以河道乃国家重务，加升副使后归属地方，必受巡抚、按察使节制，管理河务反而不便，将张纯仍以都水司郎中管河务，待河工有成，另议超升。十九日奉旨如所请。
第二天，张居正支持的开泇河之议，由工部尚书朱衡提交朝廷讨论。朱衡说，明朝漕运自景泰以后黄河入运河，夺漕为河，自此河身浸广，淤沙岁积，不得不借黄河以行，故今徐邳之漕河即黄河。南阳新河建成后，茶城以南犹属黄河，如果不能将此段运河与黄河分离，仍无法保障运道畅通。为此请将开泇口河之议交诸臣讨论。朝廷动作很快，八月二十五日，命给事中雒遵前往邳州等处查勘河工。当天，先因潘季驯奏邳河工成，乞录效劳诸臣。隆庆帝说：“今年漕运比正常时间迟误甚多，为何还报完工？且叙功太滥，该部核实以闻。”尚书朱衡以隆庆帝敕谕为据，说河道通塞专以粮运迟速为验，非谓筑口导流便可塞责，请派官员就潘季驯所奏邳河工程复勘。朝廷命潘季驯戴罪管事。
在此关键时刻，张居正致信潘季驯，说现在海运已经报罢，河道又无宁时，不得已回到开泇河之议，刚刚奉旨勘议，希望熟计其便，即将开工。张居正没有明说，但他希望潘季驯支持开泇河，还令人传话给潘季驯：“泇河新河成功，即升潘公为工部尚书。”但潘季驯执理不移，回答说：“泇河与黄河相首尾，即使河南决，淮扬北决，丰沛漕渠不相属，泇河处中间，将焉用之？司空任他人为之，老臣只知泇河不可开。”并把开泇河“有三难二悔之说”进呈。张居正大为不悦。
十二月，雒遵自邳河勘工还朝，他奏报运船漂没的原因，是漕督陈炌等人之罪；而王家口初决之时，黄水尽从漫坡经流，南出小河口，假如潘季驯稍缓筑堤一月，则漕船可以尽出漫坡，避开新溜之险，而他反驱舟以就新溜，坐视漕船陷没，又复腾章报功，其罪更大。请求把二人一并罢黜。
朝廷立即升雒遵为都给事中。隔日，将陈炌、潘季驯二人解职，命冠带闲住。
潘季驯解职，是为开泇河让路，河督一职也顺理成章由倡议开泇河的工部尚书朱衡接任。
病急多医。首辅高拱主张开胶莱河，通过海运输送漕粮，是救漕之急的又一方案。源出山东高密县的胶河与莱河，南北分流，南流胶河经胶州湾入海，北流莱河经平度州至掖县海仓口入海。这是一条季节性河流，旱枯汛流，无法通航。元朝初年曾计划在两河之间开沟三百里，称为胶莱新河，工程未半而罢。明朝嘉靖十七年也曾尝试。如果开凿成功，漕运可以避开黄河直达天津。首辅高拱认为这是一劳永逸的最佳办法，他给胶莱河所在的山东巡抚梁梦龙写信说，开胶莱新河虽是科道官上奏，实际主意出自他本人，现已奉旨，差工科给事中胡槚前往勘处，他会很快到达，希望你与他协心共计，务成此事，此乃社稷之福。
梁梦龙是张居正的门生，与高拱的关系向来很好，但他不认同高拱的倡议，复信说修胶莱河有十害。高拱意识到梁梦龙是因动用山东劳力甚大，所以反对，接到复信后又致信梁梦龙，反复解释说新河总计修筑道里不长，费用不多，如果修成，二道并行，万一有一道淤塞，也有一道可通，这是万年之利；所需经费银两不用山东出；官员也不用山东之官，现有主动请缨的人，而且此人还打保票说事必可成，不成甘愿领罪。希望你赞成其事，千万不要阻止。高拱对梁梦龙颇为不满，私下与即将前往勘河的胡槚说，梁梦龙素来没有讲求治河，也未到地方踏勘，哪里来的十害？必是孙蒙泉当时所议旧说，二司以告梁梦龙，据以为言罢了。
派胡槚勘察胶莱河工程是张居正的巧妙安排。原来，梁梦龙不想因胶莱河工程与高拱产生不快，他想听听老师张居正的意见。张居正也认为，凿开莱河与胶河之间的分水岭工程太大；而且，即便开通，水量也不足承运。但他不愿直接与高拱的意见相左，于是想了一个两全其美的办法，让高拱最信任的胡槚去实地查勘。果然，胡槚踏查后，与张居正的判断一致。张居正请胡槚早日将不能开泇河的勘察报告向朝廷上奏，以便立即停止，对建议之人也不必追究责任。张居正又把胡槚关于胶莱河不可开的书信请高拱过目，高拱阅读后也向朝廷请求中止开泇河的工程。张居正称赞高拱虚怀若谷，二人可以同心共济，并说这是社稷之福。
张居正认为自己的判断得到了验证，更为其处事方式感到自得，对梁梦龙说出借胡槚勘河阻止胶莱河工程后，感慨他现在处理天下事务，大多类此，虽竭尽心力，不过小补而已，最终不能有所建明，这就是《易经》所说的“屯其膏”“施未光”吧。张居正的感叹，又何尝不是人治社会有才能者遇到的普遍境况！他话题一转，询问梁梦龙：王宗沐在山东布政使任上，政事做得如何？布、按两司及各府知府，谁可以任用？希望告知。他信中还透露，今年徐州、邳州河患更加严重，将来漕事深有可虞，如果试行海运，未尝不是一种选择，但事关海防，应该慎重，明年可以少载试行，如果顺利，再逐渐增加。
客观而论，潘季驯第二次解任河督，摆到桌面上的责任是赶邳河工程致使漕船漂没，失粮过多，真正的原因是技术之争，他主张恢复黄河故道以通运道的治河方策，远水不救近急，而京仓无粮支放，是现实危急。河、漕二督同时解任，朝廷处理并无厚此薄彼之嫌。
潘季驯反对开泇河、胶莱河，与他的治河思想有关，他主张治河要兼顾保运道与治黄。他说，假如开泇河、胶莱河，将置黄、淮于不治吗？还是并黄、淮一起治理？如果另外开河，必将置黄、淮于不治，而尧舜之时泛滥中国的就是此河，即便漕船无阻，黄河泛滥时周边百姓何以维持生计？在潘季驯看来，黄河不可一日不治，与其多费帑金另开一河以通漕运，而用来治黄河的费用仍不能节省，不如治黄河而兼治其中的运河。
隆庆年间的治河之争以及由此带来的河、漕二督等人事变化，更多是由技术路径引发，并非像有人渲染的那样，是高拱、张居正之争。他们没有对错之分，但事情有急难缓易之别。
潘季驯解职后，雒遵会勘泇河，结论与潘季驯相同，认为与其烦劳多费开泇河，不如对黄河段的运河时加修防，如期漕运，兼保一百多年的故道。但朝廷仍不放弃，命尚书朱衡会同总理河道万恭复勘。朱衡到现场查勘后，提出开泇河有开深、凿石、筑堤三难，同时肯定潘季驯的河漕兼治思路。至此，张居正力主的修泇河以通漕的动议也被搁置。
经高拱、张居正举荐，极力倡行海运的山东布政使王宗沐接替陈炌出任漕运总督，说明通漕运粮成为二位内阁大臣的第一要事。高拱对王宗沐说，公素有弘略，又夙谙运务，现在兴办海运，可与鸣泉（梁梦龙）彼此相成，希望不负我的举荐。张居正对王宗沐也寄望甚高，肯定他所上海运事宜疏处划周详，今年如果顺利，以后可逐渐增加；并嘱咐他，新总河万恭已到任，河漕事体如同左右手，必须同心协力乃能有所成功。
隆庆六年三月，王宗沐运米十二万石从淮安入海，历经三千三百多里海道，于五月抵达天津。但南京户科给事中张焕却参劾王宗沐海运途中有八艘漕船漂没，损粮三千多石，还说王宗沐私下令人用三万两银子买米补上。王宗沐抗辩并无其事。
此时万历即位，张居正为首辅，他充分肯定王宗沐海运漕粮的成功尝试，说现在天下太平，最可忧虑的就是河漕之事，希望借助你的力量能经理十分之七，江淮之米并舟北上，来年新运又已规定日期，计三年之后京师之粟将不可胜食，欣慰之至。张居正又劝阻张焕，说王宗沐锐意任事，其才足以依靠，你不必深责他。海运初开，小有失损，无害大计。
海运初试成功，对张居正鼓舞极大。万历元年，王宗沐又组织三百条船第二次实行海运。四百万石漕粮通过江海并运的方式，如期抵达，特别是海运，在洪涛飞越中如涉平津，张居正说他自有知以来，实未见到如此之盛。有一天他陪侍皇上，语及今岁漕事，龙颜喜悦，殿上侍臣咸呼万岁。张居正说，这都是督臣的功劳啊，应该重加赏劝。可惜的是，这一年漕船在山东即墨福山岛遭遇台风，沉船七艘，损粮数千石，军丁十五人溺亡。言官纷纷参奏。迫于舆论压力，海运暂时中止。王宗沐痛心疾首，他把搜集的资讯集成《海运详考》一册进呈朝廷，并建议保留遮洋总一职，以备他日重启海运。他在任三年，增设漕运专官，山东布政使右参政移住淮安，专理漕务。他还创造早运法，限定漕船航行时间，避开黄河主汛期五至九月，限定四月前必须通过徐州、吕梁二洪；漕军必须在十月兑米，漕船在正月通过淮河，并将此作为考核赏罚的依据。他还建立全单规制，规定漕船运行的数额和运京期限。
张居正迫于言官的压力，为当初叫停海运颇感后悔，反复权衡后认为，应实行海运、河运并举。当王宗沐举荐潘季驯代他为总漕后，张居正告诉他，潘君才猷宏远，他日必不负你的举荐，只是朝廷正重托于你，恐怕现在还不能卸任。我因群言稍有混淆，但以国家大计，须虚心商量。
张居正与总理河道万恭也有很好的私人交情，他对万恭表示：忠诚担任的人臣乃是国家之宝，对这样的人才，鄙人如果能举荐、保护，即便因此蒙嫌招怨也在所不避。张居正肯定万恭治河的贡献，经他奏请，特荫其一子入国子监读书。张居正父亲七十寿诞，万恭即时书问；张居正弟弟张居谦、长子张敬修乡试中举，万恭也以匾额相贺。而张居正最放心不下的是河道与漕运二位督臣能否和衷共济，他多次致信二人，就此协调。
为突破体制上的窒碍，万恭会同王宗沐，以漕运、河道原属一体，向朝廷正式提出，将漕、河二督合并为一。他指出：
漕臣言漕，河臣言河，漕河之相争久矣。靡通条贯，血脉未融。夫言漕而不言河，是进饮食而不理脾胃者也；言河而不言漕，是理脾胃而不进饮食者也。……若不早图，噬脐何及！
尽管在国人的观念中，法久弊生的思想早已深入骨髓，但任何体制的变动往往又是最难的。张居正没有采纳漕河合一的建议，而是一再叮嘱二人共肩大事。其后，由于王宗沐漕船装载超额，而早运法与运河修整期不合，他与万恭二人芥蒂益深。万历元年四月，万恭上奏说，国家原来规定，每船装载不得超过四百石，并特制浅船，底平仓浅，入水不深，负载不满，又限定浅船用水不得过六拏，今各省不遵原运，足以病河道，请勿废祖制。工部予以采纳。这又引起漕督王宗沐不满，他声称如照规定执行，不能多运漕额，定会妨碍漕运。工部两面不讨好，指责河道不能保证漕船按期回空，事实上参了万恭一本。随即，工科署给事中朱南雍参劾万恭，请令戴罪管事。工部也认为万恭有罪。张居正仍尽力调和，只是下严旨切责万恭。但万恭不服，他申辩说，江南运道延袤八百余里，每年夏初开运，河水充溢，运道无虞，今改于年前十二月开帮，正属各河浅滞，诸坝断流，京口封闭之时，挑浚工费动以数万计，且病农派夫，非久远之计。
张居正因二人矛盾日深，心情不好，他致信万恭，苦口婆心般劝说：
近有人言公与督漕不协，两家宾客，遂因而鼓煽其间，仆闻之深以为忧，甚于忧洪水也。夫河、漕皆朝廷所轸念者也，二公皆朝廷所委任者也。河政举，漕运乃通；漕运通，河功斯显，譬之左右手，皆以卫腹心者也。同舟而遇风，橹师见帆之将坠，释其橹而为之正帆，帆者不以为侵官，橹师亦未尝有德色，但欲舟行而已。二公今日之事，何以异此！
张居正忧河、漕二总督意见不合，甚于忧洪水，说同舟行船遇到风浪，划船桨的与掌风帆的在各司其职的前提下要不分彼此帮助对方，才能安然无恙。但体制的病灶，并非大臣之间和衷共济所能弥补。万历二年四月，因多次被参，万恭回籍听用，总河由山东巡抚傅希挚接任。王宗沐也于当年年底调往阅视宣大山西边务，漕督由吴桂芳接任。当时淮扬水患严重，张居正倾力在山东治水，江淮之人纷纷指责张居正以运道为急，置淮扬百姓生死于不顾。张居正嘱咐吴桂芳，出淮扬百姓于洪水为当务之急，不必先考虑运道之是否有利。
本来，因黄河多在开封上下决口，对淮扬运道影响不大。但隆庆以来，治黄严防北徙，使得黄河主槽相对稳定，而黄河由清口夺淮入海，原黄河下游多支分流变成一支独流，大量泥沙涌入黄淮河下游，加速抬高河床，不仅黄淮之水不能顺畅入海，清口地段严重淤塞，而且，淮河由清口以上溃决南徙，灌注高邮、宝应诸湖，淹没运堤，从而形成新的问题。因此，治理清口淤塞与淮扬运道，出淮扬百姓于水中成为万历三年后的治河重点。过去各种治河策，包括张居正力主的开泇河、极力反对的开胶莱河等，重新被提起。
万历三年八月，黄河在砀山等地决口，徐州、邳州、淮南北漂没千里，漕船阻梗，不得北上，淮扬水患尤为严重。南京工部尚书刘应节上疏提出实行海运，他说海运之难有二，一是漕船行驶在波涛之中，二是有翻覆漂溺之险，今欲去此二患，只有一个办法，即在胶州以北杨家圈以南约方圆一百六十里的地上，挑浚百里，这里没有高山长坂之隔，用屯驻在胶州的山东班军一支，合附近该营，起军数千，度地分工，量工命日，由实心任事大臣一员领其事，可成不世之功。工部议复认为，既然刘应节筹划如此精熟，请专敕交他到胶州相度经营，未尽事宜，悉听便宜行事。
刘应节是山东潍县人，张居正的进士同年。隆庆初年，他建议永平西门抵海口距天津仅五百里，可通漕，请募民习海道者赴天津领运，同运官出海达永平，部议以漕卒冒险不便。隆庆五年，他时任蓟辽总督，提出一项对京畿漕政及边防有重要影响的建议，为朝廷所采纳，即打通潮、白二河，通漕密云。他还推心任用戚继光等人。张居正对他非常信任，于是采纳工部意见，以刘应节为主，又改徐栻为工部右侍郎兼都察院右佥都御史，命会同山东抚按官，将开浚事宜一一计处停当，具奏来行，再有造言阻挠的拿来重处。
人员部署既定，张居正考虑到工程在山东，委用属吏、量派夫役等事都需要山东巡抚的支持，为此他致信李世达，要求他配合刘、徐二人，做好开胶莱河的工作，说现在朝廷大政多已略举，唯有漕河、宗室未得治理。宗室事情巨大，不敢轻举妄动，尚须等待恰当时机，漕河现在就该图之。了此一二事，我即归政而去。今刘应节、徐栻复议及开胶河，与你所议相合，望协恭济事。
随即，张居正又提醒刘应节，你家乡山东人并不赞成胶莱河工程，除了一些不得已的事，需要山东协助外，其河道官属钱粮，都不必与之干涉，使得浮言不兴，大事可成。但刘应节当时是协理京营戎政，他以回避本省为名，并没有到山东。一切交由徐栻操作。
徐栻出身常熟望族，也是张居正的进士同年，此次以朝廷特使主持胶莱河工程，他有很多疑惑，向张居正和盘托出。张居正清楚，几年前高拱任首辅时，曾主持开胶莱河，他当时不赞成，何以柄国后态度大变？他告诉徐栻：“凡有心于国家的人，都知道胶莱河可以开凿，但还是为浮议所阻，原因有二：一是山东人怕兴大役，有科派之扰；又恐漕渠一开，官民船只乘便别行，则临清一带商贩自稀。这是过去多年的说法。二是恐漕渠开后，粮运无阻，将轻视河患，不为治理，这是近年才有的说辞。这些都是从利己角度出发，不是公天下之虑。今当决计实行，不用再做勘查。我过去最担心的是没有任事之人。日前刘应节来信，称赞你不辞劳苦，如果真的这样，大事可济。我已面奏皇上把这件事交给你，前得山东抚台李世达书，说开泇河不如疏通胶河，他的意见与你相合，故宜会同。”张居正甚至以宰相之位相许诺，说世有非常之人，然后有非常之功。然又必遇非常之时，而后其功可成。大功克成，当虚阁臣之位以待。
张居正柄国，常以勋业许官，此次竟以内阁大臣的尊崇虚位以待，可见凿通海运在他心中的位置。当他从李世达处得知徐栻已到山东，更是无比欣慰，他告诉徐栻：“此事甚巨，费用肯定不少，现在想为国家建万年之利，不敢惜费。但齐鲁之人很不乐意兴此役，因有‘阻挠拿来重处’的圣旨在，虽不敢明目张胆阻挠，而其心则终不以为然。所以凡是说此事必须几万、几十万而后可办的，不可遽信，你应与有心计、诚心为国的人商量。近来朝廷之上事事精核，凡有工程兴作，与先年相比，大多费半而功倍，这是虚实不同的缘故。希望你计虑周全，然后次第请旨而行。”
尽管张居正一再打预防针，但阻力远比预想的要大。徐栻不乏江南人的精明，但缺乏担当，他悔不当初，到山东旬月就感到千难万难。张居正给他鼓气，话语不乏激将法，但还是给徐栻留有余地：开胶河已有成议，即便费多也不会停止。疏浚、调用有司等事宜，全听你便宜处划，一毫不从中制。我近日听到你为群议所苦，很后悔当日倡议时把事情说得容易，果真如此，则难望成功。古人说得好：疑事无功，疑行无名。愿你毕智竭忠，以成不朽之功。如果不能坚持初意，也应该明告朝廷。
除人事上的重重阻力外，限于当时的技术条件，工程确实遇到了难以攻克的难关，即凿石开路，引渠通航。万历四年正月，徐栻提出，新河二百五十八里，中间凿山引水，筑堤建闸，工必不可议省，估算费用达九十万八千七百六十一两。张居正得奏大惑不解，他质疑说，胶河在嘉靖年间开浚，工程已进行十分之六七，当时没有听说向朝廷要钱粮、多用夫役，现在是接续未完工程，即便工费巨大，何至百万。张居正还得知，徐栻等委勘各司道官，大多推艰避事，其中工程道里丈尺，大率虚估，这明显是故设难词，欲以阻坏成事。今观徐栻措划，殊无勤诚任事之忠，命户、工二部会同原议刘应节并工科勘议以闻。
张居正本想为国家建万年之利，也明确说不惜费用，但何以一见百万预算，就怀疑徐栻用人不当，扣了一顶“殊无勤诚任事之忠”的大帽子？在张居正看来，刘应节的上奏数据来自徐栻，最初估算全程一百六十里中，施工路段仅有百里，现在一下子涨出二百五十八里，他说徐栻委勘人员从中作假。无奈之下，朝廷命刘应节暂解京营戎政职务，会同徐栻并山东省抚按官亲到地方，虚心计议，先将难处开浚，试验如果可行，再细估具奏，毋得拘泥原议，含糊两可，致误大计，又责成户、工二部各先发银三万两交给刘应节支用，以后工费另行议处。
刘应节到山东后，与徐栻的通漕思路又发生争执，他主张先凿石通海，而徐栻主张引泉通漕。
转眼到了五月，胶莱河工程仍无进展。徐栻受到言官交章参劾，在张居正的保护下，改任浙江巡抚。凿石通海运漕也无果而终。
在此之前，总河傅希挚提出的开泇口之议，也因全程五百三十多里，预算高达七八百万，工期须历时数年而告停，后经再次压减，又提出开浚徐州、吕梁至直河上下二百多里，以避让二洪邳河之害，预算一百五十多万，而良城伏石长五百五十丈，比原勘多四百七十丈，开凿之力难以预料，泇河之议最终也落得与胶莱河同样结局。
值得一提的是，万历十九年（1591），张居正去世九年后，明朝祖陵被淹，工部尚书舒应龙总理河道，开始挑挖韩庄河，正式开凿泇河，后经总理河漕刘东星继其事，最终于万历三十二年，由总漕李化龙等开凿成功。这条长约二百六十里的泇河，连同朱衡开凿的南阳新河，共长三百五十余里，山东运河鲁南段从此避开邳州以上黄河三百三十里的黄河运道及徐州、吕梁二洪之险，借道黄河旧道仅三分之一。开凿泇河，其中近百里是在石山上开凿，在没有炸药的条件下，用火烧浇灌醋的古法，将其凿通，工程历时十三年之久，耗银一百五十万两。开通当年，取道泇河的漕船多达七千七百多只，占全部漕船三分之二以上。如果从翁大立开始计，历经三十年。运河借助黄河，仅余下自邳州直河口以南至淮安清河一段未能完成。这一与天博弈的工程，最后由清朝康熙时期的治河能臣靳辅开凿中河而最后完成。从此，运河不再经由黄河运道。运道畅通，黄河安澜，才有一百多年的繁庶，康熙、乾隆二帝才能徜徉运河之上，浏览江南盛景。这一切，不能不说是明朝打下的基础。故靳辅称赞，“明一代治河，莫善于泇河之绩”。
统观潘季驯第三次出任河督以前，近六七年的时间，张居正用人不疑，他批准各种治河方策，相继尝试，但都没有突破。由于运道不畅，不得不改折征收，万历四年过淮漕粮仅有二百八十二万石。吴桂芳主持的草湾工程及其后的高邮堤工修竣，淮、泗安流，是这段时间差强人意的成绩。张居正为每年漕船北上寝席难安，他说方今天下，庶几小康，只有河、漕之事让他不能释怀。
越是如此，河、漕二衙门矛盾越深。万历五年闰八月，河决崔镇，总河傅希挚议堵筑决口，束河水归漕，漕督吴桂芳坚持利用决口，使之冲刷成河，以为老黄河入海之路。二人各持异议，又各有确实理据。张居正劝慰傅希挚，说河、漕意见不同，我在朝中也听到，如果所见不和，也应各自上陈，等待朝廷裁断。次月，调傅希挚为陕西巡抚。
这一切纷争来源于体制，河督与漕督，张居正非常在意选择两相交好的人充任，以期成为左右手。但站在各自的立场，朝廷各有功令悬在头上，恰好成为对立的所在。十二月，言官刘铉提出，朝廷应简方略大臣一员，位于河漕二臣之上，吏部奏请以吴桂芳为工部尚书总理河漕。
至此，体制的变革已箭在弦上。张居正不想叠床架屋，他拟旨干脆把二衙门合并为一，说近来当事诸臣意见不同，动多掣肘，以致日久无功，今以此事专属吴桂芳经理河道，都御史暂行裁革，李世达改推别用，其选任部司、处置钱粮俱许以便宜奏请，若明年运道有梗，户部查先年海运事宜行。
吴桂芳感到责任重大，担心任事招怨，坚辞不任。当时张居正在京守制，顶住一浪高一浪的反夺情浪潮，劝慰吴桂芳的同时郑重承诺：“孤浅劣无他肠，唯一念任贤保善之心，则有植诸性而不可渝者。若诚贤者也、诚志于国家者也，必多方引荐，始终保全，虽因此冒嫌蒙谤，亦无反顾。”他回顾近来河漕不成功的原因，说主要责任并不在朝廷：一二担当此事的人，开始未尝不锐意前行，等事情进行到中间遇到阻力，反而为他人所动摇，与自己的初衷相违背，或者草率以塞责，或自隳于垂成。这些都不是庙堂不为主持，也并非流言蜚语足以坏事。他与吴桂芳约定：深思熟虑，集思广益，计定而后发，发必期成，这是吴总督的责任，“至于力排众议，居中握算，则孤之责也”。
在张居正的反复劝说乃至重诺之下，吴桂芳于万历六年正月正式走马上任。但一个人能否成大功、立万名，往往人天各半。正当吴桂芳准备大展弘略时，却于十几天后溘然而卒，享年五十七岁。历史的重任再次落到潘季驯身上。
万历六年三月初十，张居正经历夺情引发的巨大磨难后，准备乡葬父。这一天，吏部会推二位人选为总理河漕，一位是潘季驯，另一位是原江西巡抚庞尚鹏。张居正最终选定潘季驯，并于回乡前一天办理了这项重要的人事任命。
潘季驯自隆庆六年初冠带闲住后，亲自选址，在家乡湖州府城以东十里的毗山修盖了一座草堂，作为平日读书的地方，又建造祝亲家庙，作为供奉祖先灵位之地。他回想两次治河的经历，心中惆怅，打算在此了却余生。但张居正并没有忘记这位能臣。万历四年三月，张居正起用他为江西巡抚。潘季驯以自己往年在河上劳疾过度，留下病根，巡抚乃一方重臣为由，希望朝廷收回成命。张居正以个人名义劝慰，还委婉道出当年对他不公，说潘公雅望宏猷，我久已钦慕，过去河工的事情我心知冤枉，每每与吏部尚书评论当朝人物在民间没有得到重用，未尝不把潘公放在首位。现在政治清明，正是为国家建立功勋的时候，希望潘公立即动身，以就新任。
五十六岁终老林下，似不是读书人对国家应有的态度。潘季驯了解张居正，对朝政也充满希望，遂于六月到省城南昌就任。正巧有南昌府所属宁州闹事，他向朝廷奏报，张居正告诉他，此事关系两省，应约请邻省才能肃清，但新任命的兵备道恐怕不足以办这件事，兵部又不精心任命，我知道后想改调已来不及，潘公试观察，如果不相应，就速奏改调。张居正还不忘嘱咐，说潘公退居乡里时间已久，近来朝廷政令或不尽知，宜查近年皇上旨意并题准事例，有与巡抚、巡按相关的，记录下来时常翻阅，则自无废格、错谬之虞。
潘季驯任江西巡抚不足两年，疏通钱法、整顿驿站、役制改革，做出多项大政，且做得有声有色。张居正深知，专业的事情要交给专业的人，于是有调任河督之举。
这一次，颁给潘季驯的敕书比前两次更加详尽，前两部分分析了治河多年未能取得成效的两大原因：一是没有实心任事之臣，动辄以工费艰巨为推辞；二是当事诸臣意见不同，事多掣肘。敕书明确要求潘季驯找出黄河、运河、淮河致害之因，确定平治之策，并以清单形式列出，这些也是困扰张居正多年的问题：
草湾口为什么既开复淤，现在如何开通？
全淮水为什么南徙不复，现在如何疏导？
徐、邳河身高于州城，如何疏浚使平？
黄浦、崔镇等口久塞无功，如何修筑加固？
老黄河故道应不应该开复？
清口、桃源正河应不应该挑浚？
高家堰、宝应堤应不应该修筑？
小浮桥新冲口能不能够济运？应不应该加挑？
徐、邳以上地形南高北低，哪处是正河，哪处是支河，哪处是合河？
敕书第三部分是明确职权。潘季驯的职务是督理河漕事务，总理河道一职暂时裁革，将其事专交潘季驯；南北直隶、山东、河南地方，有与河道相干的，令各该巡抚官照地分管，全听潘季驯提督；合用钱粮及选任司道等官，全部由潘季驯便宜奏请，给发委用，功成之日，通将效劳官员一体分别升赏；如有抗违不服及推诿误事的，文官五品以下，武官四品以下，直接提问，应奏请者奏请定夺。
潘季驯马不停蹄到达淮阴河漕总督署后，随即召集属下、幕僚及地方巡抚司道官员，进行实地考察。第一程是受灾最严重的淮扬地区。因黄河水势强，南徙后夺水势弱的淮水入海之路，淮水改道东流，在里下河泛滥，高家堰全堤被毁，淮水从溃口东泄入海，淮扬地区一片汪洋。潘季驯与巡抚司道看到百姓田庐尽淹水中，黎民四处逃难，潸然泪下。他心情沉重而压抑地慨叹道：“河患怎么到了这种地步！”第二程是向西到凤阳、泗州，这里分别是开国皇帝朱元璋父母陵寝和祖陵所在地。泗水已是汪洋一片，祖陵虽高出泗州城二丈三尺多，但迎面淮河背临黄河，因修筑高家堰大堤，洪泽湖水位上涨，壅高了上游的淮河水位，祖陵随时有被冲毁的危险。随后又北到清桃，东到海口。全程历时两个多月，详尽考察了黄河、淮河、长江三大流域，对两河沿岸十几个县的考察尤为细致。他几乎询问遍了两河父老，他们都异口同声回答说：“崔镇必不可塞，高堰必不可筑。”潘季驯摇摇头，说：“如此的话，治河的事就无法做下去了。”父老问他有何高明办法，他说：“淮河水清，黄河水浊，淮河水弱，黄河水强，黄河水一斗，泥沙有六升。每到伏秋季节，河水流漫，黄河水一斗，八升是泥沙，如果水流不湍急，必然停滞。并且，黄河水最怕从旁处决口，旁处决口则水势分，水势分则水流弱，水流弱则泥沙堆积，而河日加淤浅。因此，堵塞崔镇（今江苏泗阳县西北），令黄河不能旁决，得以与淮水交汇；筑高堰，令淮水无旁决得汇黄河，是故河淮合而后故道可复。”父老疑惑不解，潘季驯看属下的意见，虽不敢表示反对，但都揣度如此治河必不会成功。
潘季驯不为所动，经过详尽勘察、分析，向朝廷提交治黄河、通淮河、济运河的一揽子方案——《两河经略疏》，主旨是借助淮河之清水刷清黄河之泥沙，通过筑高家堰束淮水入清口，增强黄河之流量与流速，最终借助黄河、淮河二水并流，冲刷黄河河身及其入海口的积淤，使之顺利入海，从而确保运河河道畅通无阻，沿河百姓免受洪水之苦。
张居正是在回京途中读到《两河经略疏》的。到京当天，工部尚书李幼滋就急如风火般见张居正，说：“潘公所上的治河疏，全得自目击利害，而非道听之言。这是大事，应该尽速请旨，以便举事。”张居正离京数月，皇帝、两宫太后要召见，加之酬应的事情太多，也就没有对奏疏提出具体意见。到了六月二十五日，工部议复，完全采纳潘季驯条陈的治河六事：塞决口以挽正河，筑堤防以杜溃决，复闸坝以防外河，创滚水坝以固堤岸，止浚海工程以免靡费，寝老黄河之议以仍利涉。方案经朝廷批准，万历帝还降旨说，如有玩愒推诿、虚费财力的，随时拿问、参治。
数日后，山东按察使副使林绍给张居正写信，对潘季驯的治河疏提出异议，核心意见有二：一是崔镇决口不宜塞，二是遥堤未宜成。张居正结合林绍的意见，将他的两大疑虑与潘季驯沟通，一是筑堤束水、以水攻沙的治河策是否可靠？因水性驱下，今河身已高，欲以数丈之堤束之，万一有一处溃决，数百里之堤皆归无用。二是用堵决口并支流的办法，能否使黄、淮两河安流？以往黄水强淮水弱，故淮水远避，在高邮、宝应漫溢，最后在黄浦（今江苏淮安县境运河堤段）决口；自崔镇决口后，淮河已安流，如果塞崔镇决口，恐怕黄河又强，直冲淮口，天妃闸（淮安运河堤上）以南复有横决之患，高堰也恐最终不保。张居正说，我有此两个疑虑，谨此奉闻，希望详议见教。如果皆无足虑，可坚执前议。如果将来之患不可逆料，所请八十万钱粮不足以兴办，现在也应及早慎图，如果觉得不好自变其说，可以私下与我沟通，通过御史提出。
潘季驯提出的以水治水之法，当时确是少数派，“疑其事之难成者十一，而疑其人之不能成者十九”。
这一方略的核心包括：高筑南北两堤，以断两河内灌，出淮扬百姓昏垫之苦；塞黄浦口、筑宝应堤、浚东关之浅，修五闸、复五坝之工，次第兴举，则能够保障淮河以南运道安然无虞；堵塞桃源以下崔镇各决口，使得全河之水可归故道。至于两岸遥堤，或葺旧工，或创新址，或因高冈，或填洼下，次第而举，则能够保障淮河以北运道安然无虞。淮、黄二河既无旁决，并驱入海，则沙随水刷，海口自复，而桃清浅阻又不足言。这就是以水治水之法。
束水攻沙的治河思想，是潘季驯治河的主要理论支撑。他回顾以前两次治河的遭际，给张居正写了一封长信——《堤白书》，详细阐释“决口不可不塞，遥堤不可不筑”的思路，开篇说他自六月以来，工程各项准备就绪，但因意见不一，以致异议纷纷，万一庙堂之上被浮言所摇惑，致使工程半途而废，即便他潘季驯有一百颗头颅，也不能赎此罪。还说他过去治邳河时，疏通黄河故道一百二十里，筑堤三百里，最后竟然因为塞决罢黜，如果不是邳河无恙，不知道有没有今天的潘季驯！希望相国留神详览，如有不妥，敬请指教，容潘季驯虚心改从；如敢固执己见，自败己事，神明在上。
张居正认真地阅读了潘季驯的《堤白书》，回了一封颇带感情又郑重表态的信，说来书条析事理，明白洞悉，鄙心乃无所惑。现在的进言者，喜生事而无远图，又每持此以归咎庙堂，坐视民患不为拯救，实不知当政者的苦心深虑。此次工程浩大，不但筹措经费之难，且兴动百姓，频年不解，其中也有隐忧，元朝末年因治河动用大量人夫引发起事，殷鉴不远。希望所有工程之事，慎重处理，以副鄙人所望。
有了张居正的郑重表态，潘季驯于七月上《河工八事疏》《勘估工程疏》等，涉及工程施工、管理、奖罚。他提出以三年为期，朝廷管浮言，他管工程，如有不效，治臣以罪：
治河固难，知河不易，故虽身历其地，犹苦于措注之乖舛，而况于遥度乎？但劳民动众之事，怨咨易兴；而往来络绎之途，议论易起。至于将迎之间，稍稍简略，则以是为非，变黑为白者，亦不可谓其尽无也。忧国计者以急于望成之心，而偶闻必不可成之语，何怪乎其形诸章牍也。而不知当局者意气因而消沮，官夫遂生观望，少为摇夺，隳败随之，勉强执持，疏逖难达，其苦有不可言者。
张居正何尝不为议论所苦！他理解潘季驯的苦衷，作为庙堂之上的柄国首辅，他坚定支持潘季驯，不再有任何犹豫。对潘季驯提出的，在工程施工的三年期间，停止各官升调，等河工完成之日分别赏罚，委官贤否但以该管河道官为主，别道不得干预等要求，他一概准奏。
潘季驯随即将河工分解为八个施工段，黄河工程包括修筑河堤、堵筑崔镇等一百三十多处决口、建滚水石坝等项；淮河和运河工程包括沿洪泽湖东岸筑高家堰大堤、堵筑里运河决口、新筑宝应湖石堤等。每段由一名司道官员负责，定于九月十五日正式起土动工。
就在工程全面展开的关键时刻，有三个施工段的司道官员竟然抗命不遵。徐州道副使林绍甚至上疏朝廷，说遥堤不当筑，决河不当塞，天妃闸不当闭，而徐北雁门北阵一带浅阻可虞，全面否定潘季驯的治河方略。潘季驯极为气愤，对林绍的说法一一驳斥，漕运侍郎江一麟也上疏参劾林绍治河无状。万历六年十月，朝廷将林绍罢黜。水利道佥事杨化隆是八大段的总负责人之一，他和淮安府通判王弘化联合抗命。潘季驯参劾二人耽误河工，张居正命差锦衣卫官校将二人逮捕解京。司法官按照大明律运炭赎罪例，判拟工程竣工之日官复原职。张居正说，这样抗命不遵的官员，如果不严加惩治，不足以警戒来者。他奏请皇帝，将杨化隆、王弘化革职为民，并为此修改法律，规定凡律文官犯私罪杖一百的，即罢职不叙，今后但据所犯拟罪，送吏部拟处，毋得概拟复职，以致轻纵。南河郎中施天麟也是八大段工程的负责人，因其不尽力，命将他调外任。
主持朝政的张居正如此严惩不职，对顽梗之人产生极大震慑。潘季驯得以大展弘略。两河工程中，高家堰工程关系成败，潘季驯把最难啃的这块硬骨头留给自己。施工之初，波涛浩渺，怎么也找不到旧堰址，一万艘船把土填上后，旧堰隐隐从水中露出。但水流湍急，筑塞决口的堰体，往往今天筑一半，明天又冲决。这时有人建议重新选址。潘季驯率领数百人的敢死队躬身其间，他每天与役夫同辛苦，一起吃住在苇舍；早晨迎着风霜，胡须结了坚冰，脸色也成了包公。经过一年多施工，筑起堰体三千六百多丈，堵塞大小决口一千多丈。一座大型水利枢纽终于建成。
高家堰筑成后，位于其下游淮扬运河上的黄浦决口断流，其堵筑工程难度相对要小一些。当时黄浦决口已有五年之久，决口处冲成一个深潭，当地人传说，蛟龙在此兴风作浪，经常听闻其声如鸡啼。堵塞黄浦后的一个白天，突然电闪雷鸣，暴雨如注，从玄云望见数条白龙，袅袅向东北而去，明日池坼，遗骨磊磊。有个商人驾舣舟到浦口，经多番攫取，仅存两首骨，状如马首，质如石，色如矾。黄浦人抱着首骨，送到司水官员处，始知为龙首骨。因为水土既平，蛟龙无所盘踞，蜕骨而飞。潘季驯把原解龙骨手足共十块解送工部查验，并将发现前后缘由奏报。黄浦堵筑后，治理其下游崔镇决口就相对容易多了。
张居正几乎每隔数日，就向工部询问工程进展情况。转眼到了万历七年三月，因去冬积雪凝寒，至春天未改，张居正担心高家堰、黄浦大工受到影响，难以施就，忧心如焚。潘季驯告诉他，大患已除，两工完成，遥堤、湖堤也将次第完成，张居正喜而不寐，称赞潘季驯成就的不是一时之功业。潘季驯提出，因水患流离失所的百姓现已回到原处，应给予赈济。张居正与潘季驯商量，对水患严重的地区免征赋税三年，使漂泊在外的人得以返回故土，重建家园。
经过一年多的紧张施工，至万历七年十月，两河工程比原计划提前一年半竣工，共动用夫役八万多人，筑土堤六百多里，砌石堤三千三百丈，堵塞大小决口一百三十九处，建减水坝四座，疏浚运河淤浅一万多丈，栽种堤柳八十多万株；用银仅五十六万两，比原预算节省二十四万。潘季驯在奏报河工告成，遵旨分别为效劳官员请功疏中，他第一个为之请功的竟是张居正。他说：
臣等奉役外服，若非庙堂主持，岂能展布。内阁元辅张居正，赤心报主，毕力匡时，当夷夏谧宁之秋，尤惓以民生国计为虑。当议论纷纭之日，惟切切以委任责成为先。开诚布公，兴千百载平成之绩，发纵指示，祛数十年昏垫之忧。
其后又为包括义民在内的上百人请功，最后为漕运总督江一麟请功。
张居正得报，称赞潘公之功不在大禹之下，他抬头仰望南方的云霞，想到潘公数年辛苦，终于大功告成，不胜欣慰喜悦。当他看到潘季驯举他为首功时，谦逊地说他非常惶恐，实不敢当，回想工程之初，言者蜂起，妒功幸败者旁摇阴煽，最后得以成功，一是仰赖皇上英断，采纳我的意见，裁撤河道，由漕运总督兼管河道，使事权不分，二是将治河不力的淮安府通判王弘化、水利道佥事杨化隆革职查办，使得冥顽得以震惧，三是驳斥副使林绍之妄言，扑灭异议之赤帜，使得无稽之徒无所关说。然后潘公得以展其宏猷，底于成绩。
自入夏以来，张居正眼疾、口疮、牙痛，诸病缠绕，潘季驯非常关心，书问不断。张居正告诉他，自己本来体质脆弱，加以百责攸萃，昼作夜思，救过不足，故未老先衰。这些年最大的祸患是河患，今仗潘公宏猷，平成奏绩。我想在一年内将国政交还皇上，自己终老田园。勘报工程的奏报还未收到，希望尽早提交。
万历八年二月，因河工告成，加潘季驯太子太保，升工部尚书兼都察院左副都御史，荫一子，升总漕江一麟都察院右都御史兼户部右侍郎。各银币、赐敕奖励。吏部在核定潘季驯奏报的有功人员名册时，仅照章办事，张居正为此奏请皇上，加级升补，一切从优，如有五个从六品的州同知，其中三个贡生出身，两个吏员出身，吏部拟任他们为三司首领（经历司经历、理问所理问等），张居正与吏部沟通，给予正六品的府通判。潘季驯奏请的其他人员也大都类此。张居正说，不如是不足以劝有功，而鼓励任事之臣。
潘季驯在河工善后疏中提出，河道关系最重，全在得人任久，乃可责成，大小官员俱令久任，或考满加升，或积劳超叙，与就近遴补、交代亲承，最为治河先务。张居正全部采纳。自此，河工这类专业性强的官员实行久任，成为制度。
最后一件事，是对潘季驯的安排。张居正既要让有功者得懋赏，又必须保证治河政策、技术路径的连续性，更要为国家长远考虑。潘季驯因治河有功，升任工部尚书，交接前，张居正反复、慎重考虑并经皇帝批准，请潘季驯接任凌云翼的职位，出任南京兵部尚书，参与机务，而由潘季驯多次向张居正推荐并赞同其治河经略的凌云翼接任河漕总督一职。张居正与潘季驯商量说，这样安排有五点好处，如果潘公有更好的主张也可以重新安排。一是凌公虚豁洞达，过去在两广总督任上，我有所指授，他一一执行，动有成功。他接替潘公，必能因袭旧划，以终潘公之功。二是南京兵部尚书官尊权重，足以就近遥控河漕事务，指导凌云翼完成收尾事宜。三是南京兵部尚书在留都参赞机务，乃是重任，为今后入阁创造条件，也足以证明朝廷重视河漕，对在任诸臣是一种勉励。四是留都南京，距漕督衙门道途很近，闻命即行，不烦候代，则漕事不至于妨废，且有数月与潘公接洽商量，同心计处，有什么事都可办理。五是潘公马上回京，亦不过添注管事，即添注官
管事，不能发挥大作用，不如立即接替凌公，是身不离南中可以镇伏异议、收属人心，又不妨碍他日柄用，于公亦有利。
潘季驯非常赞同张居正的安排。因有收尾工程，并与凌云翼详尽商量后续事宜，办理交接，四个月后，潘季驯到任。他留下的治河工程，成为万历时期乃至清代仍在嘉惠国家百姓的重要遗产，特别是他的束水攻沙思想，至今仍为中国的治河者所吸收。正如他的儿女亲家王世贞所预言的，潘公治河之功，乃一世之功也，而其借水攻沙、以水治水的经略则是百世之功。至于张居正去世后被抄家破族，潘季驯因公开为张居正鸣不平，而被革职为民，足证二人肝胆相照，昆仑无贰。