公元350—1820年,苏丹先后经历了基督教和伊斯兰教时期。基督教的传入和发展,改变了努比亚文明的基本形态与历史走向,以新的意识形态填补了努比亚地区数百年的文化真空,并在伊斯兰教和阿拉伯帝国崛起之后顽强地在穆斯林世界的西部边缘存续了8个多世纪。这也是努比亚文化与拜占庭文化、阿拉伯文化碰撞融合的重要时期,努比亚地区出现文化繁荣局面。穆库拉王国被摧毁后,努比亚进入“黑暗时期”,出现大规模的种族混合与文化融合:大量努比亚人开始主动或者被动的阿拉伯-伊斯兰化,新来的阿拉伯移民则逐渐非洲化和地方化。丰吉和富尔素丹国兴起后,苏丹社会进入稳定发展期,几条纵横交错的长途贸易商路将苏丹与埃及和红海联接起来。
1800年前后,苏丹的人口格局基本定型,此后很少再出现其他新的种族/部族。北方是阿拉伯人聚居区,讲阿拉伯语,信奉伊斯兰教,“阿拉伯人”在当地是一个更具文化内涵而非种族意义的人类学名词。南方主要是尼罗特人的丁卡、努尔、希卢克、巴里等分支,属尼罗-撒哈拉语系的沙里-尼罗语族,迄今保持着原始部落文化和泛神论拜物教。南北方在人种和宗教方面确实有明显差异,有一条大致的文化边界,并最终演变成了现实的国家边界。