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至少在公元前1万年前，柏柏尔人就已经居住在北非的马格里布地区。
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柏柏尔人自称“伊马齐恒”[Imaziɣen，单数为‘阿马齐克’（Amaziɣ/Amazigh）]，意思是“自由”、“幸福”。
“柏柏尔（Berber或Amazighen）”一词则是外来者对他们的称呼。古埃及人一开始称他们为“特赫努”（Tehenou），
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后来称其为“利比亚人”（Lybyans）或“努米底亚人”（Numidians）。古希腊人称他们为“巴巴卢”（βάρβαρος），原意是“异地人”
。罗马在北非的一位总督始称努米底亚（Numidia）为“barbarian”，古罗马人后来称这里的人为“巴巴里”（Barbarus），与希腊语的“巴巴卢”意思相同。汪达尔人入侵北非之后，“Berber”一词逐渐流行开来。此后的穆斯林历史学家也开始采用“Berber”一词。英语的“Berber”一词出现于19世纪，用以取代“Barbary”。因此，“柏柏尔”一词是由希腊语的“巴巴卢”和拉丁语的“巴巴里”演变而来的。
关于柏柏尔人的起源众说纷纭，莫衷一是。考古成果显示，公元前1.1万年至公元前7000年，北非西部的米契塔·阿尔比人（Mechta el-Arbi）创造了伊比尔-毛鲁西亚文化（Ibero-Maurusian culture），在公元前7000年末被昔兰尼加（Cyrenaica）的卡普萨文化取代。古柏柏尔人是北非的早期居民，对其起源主要有三种看法。一是卡普萨人（Capsian man）的后裔，继承了卡普萨文化。
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二是多种人种混合的结果，包括伊比尔-毛鲁西亚人、卡普萨人和北非新石器时代其他人种。
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三是由棕发柏柏尔人和金发柏柏尔人融合而成。前者是公元前20世纪以前从亚洲高原大规模迁徙而来，即所谓的原始闪族人。后者是公元前20世纪从西班牙迁徙而来，他们与这里的东方人和少量土著黑人进行融合并采用了东方人的语言。柏柏尔人具有一些黑人血统，亦为北非的早期居民。
综合各方的观点，到公元前5000年前后，北非居民基本上都是伊比尔-毛鲁西亚文化和卡普萨文化创造者的后代。早期柏柏尔人就是从这些青铜时代末期到铁器时代早期的史前族群中融合产生。因此，古柏柏尔人的构成在腓尼基人到来之前已经基本确定，腓尼基人及后来的罗马人、汪达尔和拜占庭人都对此影响甚微。 [69]
近年来的单亲脱氧核糖核酸（DNA）鉴定结果显示，柏柏尔人与非洲其他非亚语系民族（Afro-Asiatic speakers）之间确实存在亲缘关系。根据2015年的一项研究，这些民族大都属于同一个Y染色体单倍群，而操柏柏尔语者是这个族谱中机率最高的民族之一。 [70] 染色体分析还发现，柏柏尔人与马格里布其他民族之间有一种共同的祖传基因，而这种基因在突尼斯柏柏尔人中最为普遍。 [71] 2013年，专家们对于从塔夫罗特（Taforalt）和阿法罗（Afalou）的史前遗址中提取的伊比尔-毛鲁西亚人骨骼进行DNA分析，发现它们都属于与北非和南北地中海沿岸有关的同一个母系支系，这表明旧石器时代末期和中石器时代初期地中海南北岸之间就存在较为密切的人口流动。 [72] 而古塔夫罗特人携带的U6、H、JT和V线粒体基因（mtDNA）自伊比尔-毛鲁西亚时代起就在马格里布人中间保持着连续性。 [73]
早期柏柏尔人以部落或部落联盟为单位，过着原始公社式的生活。马斯穆达人（Masmuda）多数是定居的农民，居住在摩洛哥的里夫和阿特拉斯山区；桑哈贾人（Sanhaja）居住得非常分散，卡比里山区多数是农民，摩洛哥东南部是半游牧民，撒哈拉地区是游牧民；扎纳塔人（Zanata）分布在从东到西的草原地带，从事牧业或半牧半农业。
此外，阿尔及利亚西北部和摩洛哥沿海地带居住着毛里人（Mauri）；撒哈拉沙漠边缘地带有法鲁西人（Pharusians）、尼格里特人（Nigrites）和加拉曼特人（Garamantes）；阿尔及利亚境内和突尼斯南部有努米底亚人（Numidians），包括马西尔人（Massylii）和马塞西尔人（Masaesyli）。柏柏尔人普遍从事狩猎和游牧，少数人从事农耕和林业活动。
在埃及第六王朝时期（约公元前2300年前后），古埃及文献中提到一支名为“特梅胡”（Temehou）的柏柏尔人。特梅胡同于特赫努，
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他们白皮肤，蓝眼睛，是有大量金色头发的人。
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他们穿着皮斗篷，但把一个肩膀露在外面。他们可能居住在邻近下努比亚地区（Lower Nubia），其中包括大哈里杰绿洲（Great Oasis of Khargah）。
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有人认为，他们就是埃及中王国和新王国初期努比亚的C组人（Group-C people）。
柏柏尔社会的基本组织是父系家族，以父系亲属关系为基础的父权制结合体。家长对父系家族中的所有成员拥有绝对的权力。家长死后，权力并不传给自己的长子，而是传给父系亲属中最年长者。在后来的汪达尔诸王国和土耳其诸贝伊中，也可见到这种名为“塔尼斯特里（tanaise，意为‘第二’）”的制度。牧民为了共同使用牧场而联合起来，定居者为抵御牧民的侵袭而建立起村落。这些村落形成了小型的“准国家”，受族长“贾马阿”的管辖。由于共同防御和进攻的需要，作为父系家族、牧人族群和农村共同体的部落应运而生。部落首领利用暴力或个人威望，联合其他部落，成为 “阿盖利德”（国王）。在国家出现之前，柏柏尔已出现了基于地方社会的准国家。其中，首领首先是军事统帅，其权力与自己的威望成正比，依靠亲属和奴仆行使权力，但必须同部落首领商量以争取支持。
当时，撒哈拉地区的沙漠化尚未严重到完全阻断北非同非洲内陆的联系。柏柏尔人经常深入南方与当地人交往，有的直抵尼日尔河河曲地带并定居在那里。南下的柏柏尔人与当地人融合成了新的混血居民，加拉曼特人就是其中的一支。 [77] 在从尼罗河到大西洋，从阿特拉斯（Atlas）到南方稀树草原的广大地区，分布着许多绘有马拉战车图案的岩壁画。这些岩画的分布并不均匀，而是沿着东西两条狭窄的通道穿越沙漠。东线始于利比亚西南部的费赞，通向尼日尔河畔的加奥，途径阿吉尔的塔西里、阿哈加尔和伊弗拉斯（Iforas）的阿德拉尔，由此分为两条道路分别通往提贝斯提和加多的支线。西线始于南奥拉尼亚（southern Orania）和摩洛哥南部，经过摩洛哥的泽穆尔和毛里塔尼亚境内的阿德拉尔，沿着提希特-瓦拉特地区的悬崖峭壁（Tichit-Walata escarpment），通向尼日尔河西北岸的贡达姆（Goundam）。 [78] 这些通道为后来的迦太基人深入非洲内陆创造了条件。
古柏柏尔人与东边的埃及进行了长期的战争。早在埃及统一国家形成之前，一些柏柏尔人部落就迁居埃及西北部。到法老时期，柏柏尔人更是不断东侵。特梅胡人尤其尚武，经常与埃及新王国的法老们爆发冲突。正因如此，埃及人对他们有大量记载。第19王朝法老塞提一世（Seti I，公元前1318—前1304年）击退特梅胡人的入侵后，其继任者拉美西斯二世（Ramses II，公元前1304—前1237年），在地中海沿岸建立了一道防线，还将骁勇善战的特梅胡人作为雇佣军编入军队，以抗衡来自赫梯人的威胁。 [79]
公元前13世纪时，特梅胡人中的利博人（Libou）和梅什维什人（Meshwesh）日益强大起来。利比亚人与强大的“海上民族”结盟，不断进犯尼罗河三角洲。
在拉美西斯三世（Ramses III）时期，利博人和梅什维什人先后进犯尼罗河，于公元前1194年和公元前1188年爆发了两次著名的埃及-利比亚战争。柏柏尔人遭到失败，许多战俘被强行编入埃及军队。然而，柏柏尔人的军事才能在埃及军队中得到充分发挥，到新王国结束时已经获得支配性的影响力。公元前10世纪中叶，柏柏尔将领塞桑克推翻埃及第21王朝，建立史称“利比亚王朝”的第22王朝。此后的第23王朝和第24王朝均为柏柏尔人建立，柏柏尔人统治埃及长达200年时间。
就在柏柏尔人称雄埃及的时候，腓尼基人在柏柏尔人的腹地建立殖民地。早在公元前16世纪，腓尼基人就在北非沿海地带设立商站。到公元前12世纪，他们在这里建立了几个繁荣的商业中心，如乌提卡（Utica，位于突尼斯湾西岸）、利克苏斯（Lixus，今赖阿什附近）、丁吉斯（Tingis，在柏柏尔语中是Tingi，今摩洛哥丹吉尔）。
公元前814年，相传推罗公主狄多为躲避其弟皮格马利昂的迫害，在一帮仆人的保护下乘船西渡，最后在北非的突尼斯登陆，在这里建立了一座城市。
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公元前600年前后，迦太基在周围建立了一系列殖民地，如大莱波蒂斯（的黎波里塔尼亚）、哈德鲁米图姆（Hadrumète，突尼斯苏塞省）、提帕萨（Tipasa，阿尔及利亚）和塞尔内（Cerné，莫加多尔）。
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公元前6世纪，迦太基的领地不仅包括今突尼斯、阿尔及利亚、摩洛哥和利比亚西部沿海地区，还有西班牙东南海岸、巴利阿里半岛、撒丁尼亚和科西嘉以及西西里岛西部，成为西地中海最强盛的国家。
也就是从这时起，该地区的历史不再提腓尼基人，而是与迦太基人联系在了一起。