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迄今为止，西非最早的古人类骨骼出土于尼日利亚的埃沃埃勒留（Iwo Eleru），它为公元前9250年至公元前9150年的一位尼格罗人。但就石器时代末期和铁器时代初期来说，现有证据表明，西非地区的居民来自北方的撒哈拉和萨赫勒地区
。在北纬15°—21°之间的西非地区，考古工作者共发现了约30个新石器时代定居点，从中发掘出58具人的遗骨。这些遗骨中有9具前额部分相对完整的头盖骨，为我们提供了当时西非地区居民的宝贵信息。
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据埃迈米·查姆拉（Mme Chamla）分析，当时的西非地区共有三种类型的居民。其中的6个头盖骨含有典型的尼格罗人种基因（3个是西非地区的古典尼格罗人，另外3个人的体格更加健壮一些），2个属于混合或者无法识别的基因，1个是非尼格罗人种。与相邻地区的考古成果进行对比可以发现，在可以识别的西非地区头盖骨中，25%属于典型的尼格罗人种，三分之一的头盖骨兼具尼格罗和非尼格罗基因，其余的是非尼格罗人种。尼格罗人种在北边的撒哈拉地区很少，南边的非洲内陆则非常多；而非尼格罗人种在撒哈拉地区非常多，往南的非洲内陆则非常少。这就验证了史前史学家长期以来的一个观点：新石器时代的撒哈拉气候湿润，居民以尼格罗人种为主。后来由于气候干旱，尼格罗人向南迁移，沙漠地带成了利比亚-柏柏尔人的家园。 [57] 虽然上述定居点大都在今马里和尼日尔境内，但由于毛里塔尼亚位于北纬14°—26°之间，我们有理由认为，这些定居点大致反映了当时毛里塔尼亚居民的分布情况。
一般认为，在新石器时代，巴富尔人（Bafour或Bafur）是毛里塔尼亚和西撒哈拉的主要居民，但学界对其起源尚无定论。根据口头传说，有人认为，巴富尔人是早期柏柏尔人的一支（a proto-Berber people），从事狩猎、放牧和捕鱼活动，其后裔可能是沿海地区的伊姆拉冈（Imraguen）渔民。 [58] 也有人认为，巴富尔人是一个很宽泛的概念，指代桑哈贾时代之前的各个民族，柏柏尔人、黑人和闪米特人兼而有之。 [59] 查尔斯·穆瓦利姆（Charles Mwalimu）称他们为“非洲黑人农民……后来被柏柏尔人取代”。 [60] 安东尼·帕扎尼塔（Anthony Pazzanita）则认为，他们是“新石器时代迁居这一地区的前柏柏尔时代游牧民族”，是“采集-狩猎部落中的一个游牧群体”。 [61]
巴富尔人从最初的西撒哈拉逐步向南迁移，占据了毛里塔尼亚北部和中部的广大地区。在当时的西撒哈拉和毛里塔尼亚，巴富尔人是主要的民族，但还存在其他民族。大西洋沿岸有黑皮肤的狩猎部落伊姆拉冈人，在巴富尔人后来被迫南迁后，他们仍然居住在土地未受破坏的沿海地带，一直持续到近代。
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但如前所述，有些学者推测，伊姆拉冈人也有可能是巴富尔人的后代。与巴富尔人毗邻而居的还有谷地农民（valley cultivators），他们可能是沿河地带的图库洛尔人和沃洛夫人的黑人祖先。
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后来，因为气候发生了变化，也许还由于过度放牧和农耕，撒哈拉地区逐渐干旱并沙漠化，使居住在中北部的巴富尔人不得不向南迁移。
撒哈拉地区的沙漠化是西北非历史发展的重大事件。此后，撒哈拉沙漠成了地中海帝国难以逾越的障碍，把他们的征服矛头永远地阻滞在了北非的地中海沿岸地区。然而，它却沟通而非隔离了居住在这里的各个民族，并且成为他们进行迁徙和征服的一条通道。毛里塔尼亚作为“撒哈拉沙漠尽头的一条死胡同（a cul-de-sac at the end of the Saharan Desert）”，接收了一波又一波带着各种文化的商人、探险家、迁徙者和征服者，并把他们同化到自己那越来越复杂的社会结构中去。
在伊斯兰各民族到来之前，巴富尔人始终在毛里塔尼亚居于优势地位。法国艺术史学家让·洛德（Jean Laude）写道：“根据口头传说，在前伊斯兰时期（9世纪之前），毛里塔尼亚被巴富尔人占领。这些人混杂着各种各样的血缘，从中演变出了东部的桑海人（Songhai），中部的甘加拉人（Gangara）和西部的谢列尔人。” [64] 他们随着撒哈拉沙漠的扩大而缓慢地向南迁移，最终在柏柏尔人的入侵大潮中逐渐销声匿迹，直到17世纪末被沃洛夫人、柏柏尔人和富拉人同化。