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种子检验的作用是多方面的，具体作用表现在以下几方面。
1.把关作用 通过种子检验，实现二重把关作用：收获时把好种子入库关，防止不合格种子入库；销售时把好种子出库关，防止不合格种子流向市场、播入田间，保障用种者的利益和农业生产的安全。
2.预防作用 从过程控制而言，对上一过程的严格检验，就是对下一过程的预防。通过对种子生产过程中原材料（如亲本）的过程控制、购入种子的复检，以及种子贮藏、运输过程中的检测等，可以防止不合格种子进入下一过程。
3.行政监督作用 种子检验是种子质量宏观控制的主要形式，通过对种子的监督抽查、质量评价等形式达到行政监督的目的，监督种子生产、流通领域的种子质量状况，及时打击假劣种子的生产经营行为，把假劣种子给农业生产带来的损失降到最低程度。
4.报告作用 种子检验结果报告或标签是种子贸易必备的文件，可以促进种子贸易的健康发展。
5.调解种子纠纷的重要依据 监督检验机构出具的种子检验结果报告可以作为种子贸易活动中判定质量优劣的依据，对及时调解种子纠纷有重要作用。
6.其他作用 如可以提供信息反馈和辅助决策等作用。通过种子检验可以对种子生产、加工、贮藏等过程的技术和管理措施的有效性进行评估，从而发现问题并加以改进，使管理更加有效，质量不断提高。
此外，种子企业通过种子检验，可以掌握本企业的种子质量状况，对出售的种子起到内部质量控制的作用。
开展种子检验，其最终目的就是通过对种子的真实性和纯度、净度、发芽率、生活力、活力、种子健康状况、水分含量和千粒重等项目进行检验和测定，选用高质量的种子播种，杜绝或减少由种子质量所造成的缺苗减产的风险，减少盲目性和冒险性，控制有害杂草的蔓延和危害，充分发挥栽培品种的丰产特性，确保农业生产安全。
种子是极为重要的生产资料，是具有生命的生产资料。高质量的种子是农业增产的关键因素。种子从播种开始到种子成熟被收获，这一阶段是在田间度过的；从收获到再次播种，也就是等待下一次播种这段时间是在储藏仓室内度过的，而室内阶段往往比田间阶段更长（如水稻），如是供歉收年份用的备荒种或是品种资源，则在仓中的时间更长。因此，种子贮藏工作特别重要。众所周知，生产上的良种，是指优良品种的优质种子，而优质的种子必须是纯净一致、饱满完整、健康无病虫、活力强，要达到这些，就要在种子室内阶段下功夫，也就是要在种子加工与贮藏方面努力。减少贮藏期间种子的数量损失和生活力及活力损失，与田间增产粮食具有同等重要的意义。
良好的贮藏条件和科学的加工与贮藏管理方法可以延长种子的寿命，提高种子的播种品质，保持种子的活力，为作物的增产打下良好的基础。反之，如果种子贮藏工作没做好，轻则使种子生活力、活力下降，发芽力低到不能作为种用，重则整仓种子发热霉烂生虫，不能转商，也不能供人畜食用，给生产上播种带来困难，使经济上遭受重大损失，进而对农业生产造成巨大影响。特别是杂交种子，价格较高，若贮藏不当，损失更大。种子安全贮藏的意义在于：保持种子的优良种性；节约种子，减少保管费用，种子数量不发生意外的减少；为扩种、备荒提供种子；为育种工作者创造新物种提供种质；为种子经营提供物质保证。