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样品的代表性、有效性和完整性将直接影响检验结果的准确性，因此必须对样品的接收、发放、流转、保存、处置及识别等各个环节实施有效的质量控制。
送验样品送到检验室后，首先要进行验收，检查样品包装、封缄是否完整，重量是否符合规程规定的不同检测项目送验样品的最低重量等。验收合格后进行登记。要求尽量在收到样品后就立即进行检验。
样品保存包括检验前和检验后的保存。检验机构在收到样品后应及时将其放在样品库中保存，防止样品因不能及时检验而发生变化。委托检验后的剩余样品和监督抽查的备份样品应及时入库保存。样品应按检验类别、编号或不同作物分类存放，以便于查找。样品库应保证安全、无腐蚀、无虫蛀、清洁干燥和低温。样品库应设专人管理，定期监测样品库内的温度和相对湿度并做好记录。
样品贮藏室要保证样品在贮藏期间满足两方面的要求：一是尽可能减少其质量劣变，保持原始的发芽率；二是避免种子受害虫和啮齿动物为害。
当送验样品被送达检验机构时，样品管理人员应认真检查样品的状态，特别是样品的包装和封签是否完好，同时记录作物种类、品种名称、样品重量、批号、受检单位、送样时间等信息。接收委托检验样品时，要与委托方签订委托检验协议或由委托方填写委托检验申请书，除记录作物名称、品种名称、检验项目、检验依据外，还应记录样品重量、包装规格、样品的外观质量、种子批号、送样日期、取报告日期、联系方式、收费标准和委托方的有关建议与要求等信息。最后收样人和送样人在委托检验协议或委托检验申请书上签字。
检验机构收到检验样品后，由业务室或办公室下达检验任务书。检验员持检验任务书领取检验样品，并核对样品状况与检验任务委托书的内容是否相符，检验员领取样品后应在样品发放单上签字。
样品按检验流程流转，在进行多项检验时，检验员在样品交接时应检查样品状况并在检验样品流转单上签字。
样品的保存时间根据不同检验项目而不同。一般而言，样品保存时间至少应持续到受检单位对检验结果的异议期以后。品种纯度检验的样品至少应保存到该作物的下一个播种季节。经济价值较高的特殊样品可根据委托人的要求，待委托检验项目结束后退给委托人。委托人领回样品时，应承诺“对本样品的检验报告无异议”之后方可办理并在样品登记表上注明“样品已领回”字样。保存期满后的样品，经过检验机构负责人批准后由样品管理员进行处理。