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水运工程装配式结构除适用于一般地区外，根据其特点尤其对施工条件差、作业窗口受限、产业工人缺乏的地区适应性好。例如，我国沿江、沿河枯水期护岸的施工，受施工水位影响，严重限制施工进度；我国沿海港口，多数没有天然掩护区，需要建设防波堤等掩护结构，传统结构施工期防护措施费较高，装配式结构可自由选择窗口期施工，减少施工期防护措施费。根据具体结构形式适用范围也不同，例如装配式高桩码头结构、桶式基础结构、装配式护岸结构和重力式结构。
高桩码头结构是国内外常用的码头结构形式之一，适用于软土深厚的建港区域。其技术特点为利用长桩将外部荷载传递到深层地基中，传统的上部梁板结构一般以少部分预制配合大量现浇为主。装配式高桩码头结构继承了高桩码头所有优点，并对上部结构的建造方式进行改良，充分利用专业化预制厂的制作及养护条件，把梁板结构由传统现浇转化为质量更高、耐久性更强的预制产品，通过现场吊装的方式快速拼装出码头结构。装配式高桩码头可适应各种不同的潮差、潮流及波浪情况，施工不再受海况条件的影响，有效避免了现场支立模板、绑扎钢筋、赶水位浇筑及养护条件恶劣的问题，缩短了工期及建设综合成本。尤其是模块化装配式上部结构方案，可通过多个排架梁板构件的集成预制，在现场一次性吊装形成空间框架，大幅度提升了施工期结构的纵横向刚度，为后续的上部结构施工提供便利条件。
桶式基础结构适用于淤泥质海岸的软土地基，地基土体成层分布，表层土强度较低，水深在10～20m。混凝土桶式基础作为导流堤、防波堤等工程持力层可以选择在软土中；作为驳岸、围堤、人工岛、码头结构等工程持力层应选择强度高的土层，一般选在表层软土下面的黏土、粉质黏土或粉砂层中。钢质桶式基础具有自重小、浮运吃水浅、空间刚度小、端阻力低等特点，适用于非岩土地基，地基土体成层分布，土层贯入度一般小于15击，水深在5m以上。钢质桶式基础结构作为导流堤、防波堤等工程持力层可以选择在软土中；作为驳岸、围堤、人工岛等工程持力层应选择非淤泥的强度高的土层；作为风电基础、码头结构等位移变化要求严格的工程，持力层选择强度高的土层外，泥面与基础盖板间要灌浆处理，保证结构和地基整体性，达到增大空间刚度、减小位移的效果。分离桶式基础结构可以应用于浅水区的防波堤结构和护岸结构中，也可以在防波堤或护岸轴线转弯位置局部应用，作为其他形式结构的衔接过渡结构。
装配式护岸可分为装配重力式护岸和装配桩基承台式护岸及装配板桩式护岸三种结构形式。装配重力式护岸可采用预制挡墙护岸结构、方块护岸结构、空箱护岸结构等形式。挡墙护岸结构可适用于挡土高度较高、具有干地施工条件的护岸工程；方块护岸结构与装配式空箱护岸结构可适用于挡土高度较低、具有干地施工条件的护岸工程。装配桩基承台式护岸结构适用于承载能力较低的软土地基，场地便于沉桩施工；上部结构可采用预制L形挡墙、预制扶壁挡墙、预制生态砌块挡墙、预制箱体挡墙等结构形式。装配板桩式护岸结构适用于黏性土、粉土、砂土等地基，场地便于沉桩施工。
重力式结构适用于场地覆盖土层较薄，良好持力层埋深较浅的地质条件，具有结构整体性好、结构坚固耐久、维修量小、施工简单等特点；尤其是对砂石料资源丰富的地区，可以降低工程造价。重力式结构的基础选型主要有圆形沉箱、方形沉箱、椭圆形沉箱等。圆形沉箱基础的优点是受波浪荷载较小，适用于水工结构宽度较小的情况，当水工结构宽度较大时，也可将圆形沉箱前后布置，由两个沉箱组成一个重力墩基础。方形沉箱基础的优点是长短边可根据需要调整，适用面较广。椭圆形沉箱基础兼有圆形沉箱和方形沉箱的优点，前后墙采用圆形设计不仅有利于减小波浪力，相对方形沉箱还可节省工程投资，其整体性好，施工效率也高，优势明显。