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1842年之前，清廷只有传统的“市舶司”。第一次鸦片战争后，清廷与英国签订条约，开放五口通商，传统的“市舶司”或“十三行”都不再适用，不得不效仿欧洲建立近代海关。
《南京条约》谈判期间，英方代表璞鼎查围绕海关制度，提出过两项基本期望：一是五个通商口岸实施的税则与关税额度应该一致，而不是五个口岸各行其是。二是税额不管是多是少，不管是进口税、出口税还是子口税，都要明确定下来，“不得留有些许余地，听由地方官吏专擅或任意处理”。 3 前者若做不到，会造成商业上的混乱，商人们对某些口岸避之不及，对某些口岸趋之若鹜。后者若做不到，会造成纳税没有定额，地方官有宽裕的权力寻租空间，商人们永远处于不可预知的政策风险之中。
当时负责谈判的清廷官员，似乎并不理解英方这两项期望的真正含义。他们回应璞鼎查说，按清帝国惯例，海关税则要由中央制定，正税也要交给中央；维持海关官僚机构运转的经费需要从其他项目里寻找，这部分税收的开征权是下放给地方的。
这种回复让璞鼎查非常忧虑。一个典型的负面案例是茶叶，其出口正税是每担不到纹银2两，但商人实际缴纳的税额常达到每担6两之多。多出来的那4两关税，便是因地方政策变动而产生的不可控部分。今年是纹银4两，明年可能就会变成8两10两。璞鼎查要求清廷在制定税则时，一定要把海关的一切运作开支都算进去，然后制定一个明确、固定的税额。
谈判期间，璞鼎查还组织了英国商人聚会，希望他们能就“收多少关税合适”这个问题给出意见。结果没有商人能够说清这个问题，因为他们根本不知道自己纳了多少关税。多年来，他们在清帝国的商业活动无法依赖正规制度，必须靠贿赂与人脉才能立足，而后者是一个没法将账目算清楚的无底洞：
每个人都已习惯于通过行商、通事和其他一切类似的人们，为他们自己和他们的雇主，尽可能地做最有利的讨价还价，人人都是贿赂公行，随时准备用最为有害的整批走私方法逃漏中国政府的正当税课，而且从上到下的全体地方官员也都佯作不见，并分润这笔非法得利。结果自然是没有一个商人能说得出（即使他愿意这样做）实际上以关税的形式究竟付出了多少。 4
此外，以何种货币缴纳关税也是个极其麻烦的问题。清廷的货币制度非常混乱。铜钱虽然全国通行，但质量与重量各不相同。银两也是同样的问题，各省纯度都不一致。总之，确定的税则、明晰的税率与统一稳定的货币，是近代海关成立时必须具备的基础条件。而清廷在19世纪40年代成立海关时，这些条件全都不具备。其渐渐完善成型，已是19世纪60年代之后的事了。
除了没有上述基础条件（也意识不到需要创造这些条件），清廷当时还面临另一项困难，那就是征收关税是一项技术活，但当时清廷没有人才，没有能力将征收关税一事落到实处。这也是关税长期无法成为清廷核心财源的重要原因之一。为了弥补这种不足，《南京条约》及其后的相关附属条约中，设立了一种“领事保关制度”，或叫作“领事管制贸易制度”。
所谓“领事保关制度”，简单说来就是英国商人的船只到达清帝国港口后，须先向英国领事呈报相关文件，再由领事发文通知清廷海关。卸货时由领事通知清廷海关一起查验，然后照章纳税。实际上等于将防范偷税漏税和打击走私这一技术活交给了英国领事馆来做。1843年的《中英五口通商章程》里明文规定，英国方面的“管事官”必须对“英国在各港口来往之商人”严加约束，“倘访闻有偷漏走私之案，该管事官即时通报中华地方官，以便本地方官捉拿” 5 。换言之，英国驻华领事不但要监督来华英商防止他们偷税漏税，还有责任向中方提供偷税漏税的情报。
这种“领事保关制度”没能维持太长时间。
虽然制定了税则，也确立了税率，但清廷的海关机构缺乏监管，腐败问题始终没有得到解决。与旧时代相同，新时代的海关官吏们对偷税漏税视若无睹，还与那些不老实的商人勾结取利。英国驻上海领事阿礼国（Rutherford Alcock）观察到，在19世纪50年代，上海已成为各国无赖冒险家的乐园：
（这些人）是国家的耻辱，也是公众的祸害。他们和诚实的人们争夺商业机会，并且把往来通商的权益变成欺诈和逞凶的手段……同中国官厅在海关方面有直接关系的外国商人们，创出了一整套走私的方法和种种偷漏国税的诡计，而这些中国官厅都是多少有些唯利是图和贪污腐化的。中国法律和条约规定一概被置之不理，有时是一伙人用强力破坏港口章程，但更常见的是本地官厅和外国人之间的行贿串通。帝国税收被这两种方法欺蒙偷漏；对外贸易已经腐蚀败坏，成为一种冒险和欺诈的勾当了。 6
“领事保关制度”崩溃的另一个原因是：美国、法国分别与清廷签订的条约里，没有“监督本国商人不得偷税漏税”的相应条款。这直接导致美国商人与法国商人的走私活动不会受到本国领事的干预。英国商人遂被置于一种相当不利的地位。他们群起向英国政府抗议，认为自己受到了不公正待遇。在曾任英国外交大臣的巴麦尊看来：
上海走私的盛行，既然是由于中国当局的玩忽或腐败，那么就没有理由要求英国领事当局履行原属于中国当局的那部分职责。而且其他各国领事当局，既然不以同样方法预闻其事，管理他们本国的臣民或公民的买卖行为，则英国领事当局为保障中国收税而出面干涉，势必要将上海口岸的大部分贸易都送到其他国家的臣民和公民手里，因为他们的买卖行为完全不受领事的管制，他们能够和中国当局勾结串通，大肆偷漏中国的税收，这样英国商人自无法与之竞争。 7
据此，英国政府宣布：鉴于“中国当局并没有意思采取有效措施保护中国关税，自不能期待英国政府单独承担这项义务”，“英国政府认为有必要终止将来英国领事当局为保障中国税收所作的一切干预” 8 。1851年8月，英国驻上海领事阿礼国照会上海道台吴健彰：“本口英国领事自即日起停止为保障中国关税的一切手续。阁下……不必指望领事提供任何非法行为或走私的情报。” 9 换言之就是：为了保护本国商人的利益，英国驻华领事不愿意继续替清廷监管本国商人的关税缴纳，不愿意继续为清廷提供关税征收方面的技术支持，也不愿意继续替清廷去打击本国商人的走私活动。
作为补救，上海道台公布了一套新的海关章程，共计十条。其中比较重要的是第一条、第九条、第十条。
第一条规定外国商船到埠，其申报必须通过该国领事，再由受托人向清廷海关申请开仓卸货的许可文件。也就是外国领事虽不再负责缉私，但仍须介入海关货物的申报工作。这种捆绑显示了清廷的不甘，但对外国领事而言并无实际约束作用，无法驱使他们为清廷海关做事。第九条规定海关官吏有权稽查来往于港口的驳船小艇，有权勒令这些船只停靠到海关码头接受卸货检查。第十条规定海关查获的任何走私货物，“不论其属于何人或何旗号，一概没收入官”。这两条规定，清晰宣告清廷海关将加大针对走私的打击力度。 10
新办法带来了两个结果。
第一个结果是英国领事卸掉了缉私责任后，英国商人与其他国家商人的政策待遇回归平等。第二个结果是走私状况更加严重。有统计称，在新政策实施的四个月里，只有850匹印花布申报了进口，同一时期售出的印花布却多达2.5万匹左右，这些布多数是以颜色布或花边布的名义进口，这样的话它们的纳税标准就只有一钱，而非二钱八分。按《北华捷报》（North China Herald）的说法，走私状况加剧的核心原因，是商人们深谙与中国官员胥吏的合作之道。 11