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内部审计与内部控制都是企业为了进行更好的生产经营所采取的手段，随着信息技术与发展环境的不断变化，企业对内部审计与内部控制的要求更加严格，需要做好二者的协调，降低企业的经营风险，增加企业的经济利润。内部审计与内部控制的协调措施如下。
（1）提高内部审计的独立性
内部审计的独立性是指内部审计要区别于财务、会计等经济活动。企业应对内部审计机构进行科学的设置，内部审计机构的地位和级别越高，所受的干扰与影响越小，内部审计的独立性越强，内部审计所能发挥的作用越大。
内部控制离不开内部审计的独立性，独立的内部审计机构能更好地对内部控制进行监督与评价，使评价结果具有较强的客观性、公正性和权威性，能充分发挥内部审计在内部控制中的作用。
（2）实现内部审计与内部控制的有机结合
企业要将内部审计与内部控制进行有机的结合，共同参与到企业风险管理过程中，识别、评价、应对风险，改进风险管理体系，促进企业的生产经营。
企业应当制定内部控制制度，建立有效的风险管理机制和信息反馈系统，预测经营活动中可能遇到的风险，评估此风险可能给公司带来的损失，制定出有效的风险应对措施，使企业将面临的风险控制在能够承受的范围之内。
在内部控制的过程中可能会存在部分缺陷，需要内部审计为其提供强有力的保障，通过内部审计与内部控制的有机结合，可以实现企业风险管理目标，提高公司运营效率，利用公司资源，使公司具有持续的竞争力。