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然而，希特勒拒绝考虑这些经验丰富的将领的反对意见，并且制订了自己的具体计划。为发动进攻，德军部队被分为三个集团军群，南方集团军群向普里皮亚特沼泽以南（明斯克和基辅之间）进发，由格尔德·冯·龙德施泰特指挥，他的主要任务是夺取基辅并且进入乌克兰至第聂伯河一带。部队包括第1装甲集群、第6集团军、第11集团军和第17集团军，还有一个匈牙利集团军、两个意大利集团军和两个罗马尼亚集团军提供支援。而德国大部分的装甲部队都集中于部署在普里皮亚特沼泽以北的北方集团军群中，它由陆军元帅威廉·里维尔·冯·勒布指挥，包括第18集团军、第16集团军和第4装甲集群。陆军元帅费多尔·冯·博克所指挥的中央集团军群由第9集团军、第4集团军和在北部提供装甲支援的第3装甲集群以及在南部的第2装甲集群组成。北方集团军群要穿过波罗的海国家与由中央集团军群提供的装甲部队一起夺取列宁格勒，同时50万芬兰部队也将越过边界向苏联旧都的北部进军。
苏联和德国军官走出比亚韦斯托克的会场，会议讨论了1939年联合入侵波兰后的边界划分问题
希特勒和古德里安视察战场的过程中，在波兰检阅德军。古德里安被称作德国闪击战之父，他在入侵法国以及以后入侵苏联的战役中扮演重要角色
苏联BA-10型装甲车
虽然装备了37毫米（1.46英寸）口径火炮的重型火力，但大量的苏联BA-10型装甲车仍被德军击毁
希特勒在这一阶段特别热衷于征服波罗的海国家和夺取列宁格勒，中央集团军群将向斯摩棱斯克进军，以它的装甲部队包抄敌军，并在两个包围圈中分别歼灭敌军。其中一个包围圈在比亚韦斯托克；另一个在明斯克，从这种意义上来说，苏军将被歼灭于白俄罗斯。中央集团军群夺取斯摩棱斯克后的另一个目标是莫斯科，它是苏联的政治、经济和交通中心，同时也是苏军最高统帅部的所在地。进军莫斯科可以消灭残余的苏联部队，占领敌人的权力中心，但莫斯科并没有被希特勒认可为“巴巴罗萨”计划中的一个具体目标。考虑到首批行动后的形势变化，入侵的最终目标被故意定得比较模糊，这样就可以避免陆军和空军在战争开始后仍采取一些已经不再适应形势的行动。尽管希特勒的目的是通过一场战役就让苏联人屈服，但出现的问题往往与计划相冲突而且越积越多，即使可以随机应变，也不能帮助他的指挥官们及时解决。而“巴巴罗萨”行动要想获得成功，这些问题就必须得到解决。