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两晋南北朝时期，中国政权南北分裂，西晋、东晋、魏、齐、梁、陈等，处于分立的局面；朝鲜也是高句丽、百济、新罗三国鼎立之势；日本更是小政权林立，以本州大和地区为中心的大和国自 3 世纪始，征讨周围诸政权而统一了全日本。这个历史时期，中、朝、日之分裂内战实有类似之处。然中国儒家文化、佛教文化、医药卫生，以及政治、经济、国家体制等等方面，均在亚洲处于先进行列。朝鲜与中国山水相连，接受中国之先进文化、科学技术、艺术、医药卫生等，比日本更早。因此，朝鲜之文化艺术、医药卫生此期虽不如中国发达，但较日本却要进步得多，这显然与地理环境有着较密切的关系。因为，朝鲜与中国陆地相连，虽然也相隔大海，但距离较近。而日本距朝鲜很近，与中国虽然也是一衣带水之邻邦，但去朝鲜却要比到中国便利得多。所以，日本引进中国文化、科学技术、儒佛文化、医药卫生，大多始于此时而转引自于朝鲜。特别是朝鲜半岛南部之百济与日本的关系更为密切。不久，中日之间之直接往来日益增多，日本引进中国之文化、科学技术、医药卫生，比较朝鲜，其规模反而大大超过了。
中日此期的文化、科学、医学交流，在内涵上、层次上、形式上，与中朝之间的交流颇多类似。如向中国奉贡特产，要求修好和赐予封号，请诸涅槃经义、五行三史、历法、医学家、医学书籍等。或由儒、僧带出，或由日方派遣使节专程请求，或由中国移民直接及经由朝鲜移居日本而带去者。如此，时不间断，代不乏人。通过与朝鲜、中国之交往，日本着力引进较自己先进的生产技术，促进了本国农业、手工业的发展；通过较广泛的吸收中国地文化、科学技术，为加强王权之统治地位等，也提供了政治思想武器。儒学、佛学以及与人们密切相关的中医药学、卫生保健等，也都从这一时期有目的地被引进日本，或称之为正式开始传入日本，并在日本得到发展、壮大，从而产生了巨大的影响。例如：公元 285 年，朝鲜百济国王应日本朝廷的要求，派遣王仁儒学博士到日本传授中国儒学，王仁将中国儒学经典《论语》10 卷，以及中文启蒙课本《千字文》等献给应神天皇，为日本朝野王公大臣等所重视。王仁即为日本皇家、贵族举办教育，传授儒家理论与学识，担任其教授。此后多时，百济一直担当着向日本传播中国儒学的桥梁角色。日本医史学家富士川游认为：“吾邦人往来高丽，散见于神代之历史记载，与中国交流则始于彼邦周代。吾邦与外国交通，发端于太古时代，此后与吾邦交通之有关记载，散见于中国之书，然此仅为我西陲一带人民与彼土之往来。崇神天皇时，经任那而致外国之风渐入吾邦。神功皇后征服新罗后，文艺智巧自海外传入，吾邦文化因而受其影响，然此多限于物质方面，尤止于工艺之术，精神文化所受之影响并不明显。应神天皇时，百济贡《论语》《千字文》等汉籍，吾邦朝廷始有文字，中国之学随之而入，儒教亦伴之而来。
此前，孝灵天皇朝，秦人徐福来吾邦求取仙药，留于斯土，其方因有百工技艺，医人亦在其中，然正式采用外国医方则始自允恭天皇朝（452—461 年）。允恭天皇三年秋月，新罗王金波镇汉纪武（金为姓，波镇乃官名，汉纪为号，武为名）任调贡大使，御调八十一艘船进贡。此人熟谙医方，治天皇之疾获效，天皇喜而厚赏赐归。雄略天皇三年（506 年），诏征良医于百济；百济贡以高丽医人德来，德来应征至，居于难波，子孙世代以医为业，世称‘难波药师’。钦明天皇十四年（567 年）夏六月，诏遣使于百济，欲使医博士、历博士、易博士等轮番来朝，并随送种种药物。翌年春正月，百济国奉诏献医博士王有陵陀、采药师潘量丰及丁有陀。允恭天皇朝，征彼邦良医，二百年间，非但药方，医博士、采药师亦求自彼邦，随着其术之传播，韩医方日愈兴盛。”
又如公元 513 年起，百济曾先后派五经博士多人去日本，传授《易经》《书经》《诗经》《礼记》与《春秋》等儒家经典。公元 538 年，日本又经由朝鲜之百济引进中国之佛教。《北史》称“倭国……无文字，唯刻木结绳，敬佛法，于百济求得佛经，始有文字。知卜筮，尤信巫觋……略与华同”。朝鲜有文字，由中国引进汉字，当早于日本。日本有汉字，看来也从朝鲜引入佛经开始。汉文字被朝鲜、日本引入应用，无疑为中日文化交流和医药卫生交流创造了良好的条件，发挥了极为重要的作用。
中国医药卫生传入日本，根据日本学者研究，始于公元 4世纪末的仁德天皇时代，是通过朝鲜南部的医学家带入日本的，这是日本接受外来医学的最早记载。但其人之名姓已不能考知了。
围绕允恭天皇即位问题，涉及诊治天皇之病，有一段记载。《古书记》载有：“此时新罗国贡进船八十一艘来，御调之大使名号金波镇汉纪武。斯人深知药方，使彼使治天皇之疾病，服药数剂，大有效验。”浅田惟常《皇国名医传前编》也载有：“（金武）新罗人，允恭帝自为太子时得疾，艰于步行。即位三年，征医于新罗。新罗王遣武为调贡大使兼献方，帝服之而愈。”《古事记》述此情节时，指出反正天皇驾崩，皇太子是当然的继位者，但是太子提出他有慢性病，不肯即位。“然上自太后，下至诸卿，因强奏以遂践大祚”。正值此刻，朝鲜之新罗派金武大使赴日本贡船，由于金武深知药方，为皇太子（允恭天皇）诊治而病愈。然而，《十训钞》却记载，“然疾病未瘳，群臣虽劝即位，不许之，于是遣专使于新罗招良医，以使治之，弗豫忽愈，以践帝祚”。此说与前述稍有不同，即皇太子是在请求朝鲜医生金武治愈后才即天皇位的。无论如何，允恭天皇曾请朝鲜新罗医生诊治疾病这一点上则是共同的。而《日本医事大年表》对此事之记述，情节较为详细，且比较可信。此书认为，允恭天皇为皇太子时所患慢性病（长病）见于史籍当为初登帝位的元年，即公元 412年。同时，引《日本书记》语：“皇子谢曰：我之不天，之离笃疾，不能步行，且我已欲除病。独非奏言，而密破身治病云云。”不难看出，允恭天皇因为自己有病不愿登帝位，以及请金武为其诊疗等，似乎是可信的，否则不会有那么多日本学者屡述此事。有人怀疑，即使允恭天皇有病，并请朝鲜新罗医师金武为其治病，均属事实，但也不能说明这位朝鲜医师掌握之医术即为中医学。这似乎是个问题。但考察朝鲜三国时期与中国的医药学关系，以及朝鲜固有医疗保健技术水平等，也并不难作出判断。至少，金武所掌握的医疗技术最大的可能还是中医学，我想，其理由是显见的，兹不赘述。日本著名医史学家富士川游一针见血地指出，“破身治病”一词，可能就是针刺放血治疗。这可证明，金武给允恭天皇治病是运用了中医学特有的针灸疗法，或放血疗法。按照历代医学家经验，针灸疗法、放血疗法等，均对步履艰难之慢性骨关节疾患是确有疗效的。
公元 459 年，雄略天皇依允恭天皇遣使到朝鲜请医疗病之事例，再次下诏征求朝鲜百济良医，百济派遣了高丽医师德来应征。德来赴日后即定居于难波（今大阪），其子孙世代以医为业，史称其为“难波药师”。据载，公元 608 年随推古朝遣隋使到中国学习医药学之药师惠日，即德来医师的第五世孙。
公元 553 年夏六月，日本钦明天皇时，由于日本天花流行，又先后承继惯例，第三次向朝鲜百济王朝提出请求派遣医师药师等，并要求引进药物，以兴办医学教育，培养医学人才。次年春，百济王应聘派遣医博士王有陵陀、采药师潘量丰、丁有陀等人赴日传播医药知识。同时赴日的还有应邀的五经（《论语》《礼记》《易经》等）博士，以及历博士等同往，是一个阵营大而有实力的博士讲学团。按照中国隋史、唐史记载，医博士、采药师其职能是负责教授内、外、妇、儿、五官、角法等临床各科医学理论与医疗技术的教官的最高职务；药师则是负责本草学之药效、药剂、药物栽培、药物鉴定，以及采药、制剂、炮炙等理论与技术的教师。朝鲜医博士、采药师、五经博士、历法博士等是由中国引进的，故其所派遣到日本者，其传授之医学、药学理论知识与技术，无疑本自中医学。
必须指出，日本有关医史文献所载，或称金武、德来等等，所传入日本的所谓“韩医方”，正如日本近代著名医学家、医史学家大塚敬节先生在《东洋医学史》中认为，韩医方可能就是经朝鲜传入日本的中国医学。我国著名医史学家范行准先生也认为“朝鲜也很早有由中国医学孕育而成的‘韩医方’”。
前已提及，中医学传至日本，其早期多经由朝鲜百济或新罗朝实现的。稍后，中日两国之医学交流即步入了直接的交往。据现代学者考证，中日医学直接交往者，即吴人知聪携带医书赴日了。但对此事的细节，也有一些不尽一致的看法。范行准先生考证认为：“于钦明天皇在位二十三年（562 年）兴兵侵略高句丽，掳吴人知聪而归，当时并携大批医书如《明堂图》等共 164 卷而去。这对日本建立汉医的历史起着巨大作用。至公元 602 年推古天皇时，有百济僧劝勒携方术等书至日本，政府即派三四人向他学习医学，实为日本医学教育的开端。”据考，当时日本泛指中国南朝为吴地，称其人为吴人。知聪，是吴王照渊之孙，国亡后寄居朝鲜。知聪带到日本的书籍有内外典、药书及《明堂图》等 164 卷。无疑这是中国医药书籍直接传至日本的最早记载。关于知聪赴日，另有一说，知聪是在日本的大伴狭手彦率兵攻高丽，于公元 562 年 8 月班师时，随狭手彦移居日本的。总之，无论被掳，或随往，知聪到日本，为中日医学交流及为日本发展中国医学作出了巨大贡献。除知聪外，知聪之子善那使主也继承父业，继续在日本业医，于公元 645年（大化元年）以制牛酪进献孝德天皇，得天皇信任，赐以“和药使主”（医药学权威）的称号。从此，知聪之子孙世袭“和药使主”之职位，均为中医学在日本的发展，以及为日本医学的进步，发挥了重要的作用。例如，知聪之后裔，和药使主黑麻吕与其弟和药使安主雄均受天皇赐给亲近臣下之姓氏——宿弥，以嘉奖其在医疗上之贡献。知聪家族子孙后代已不再是中国人，而成为日本人了，或称其为渡来人，又或称为归化人。其实，日本所称为渡来人之中国移居日本者，是成批成批或个别被邀、被征而到日本定居之中国人，以公元 4、5 世纪从大陆或朝鲜半岛赴日者为多。如应神十四年（283 年）秦始皇之后代弓月君率领秦人 20 县之民移居日本；应神二十年（289 年），汉灵帝的后代阿知使主及其子都加使主率领汉人 17 县之民迁居日本。又如雄略天皇七年（463 年），原留居朝鲜百济的带方郡中国人，其中多陶、鞍、画、锦等精工巧匠之辈，也都举家大批由朝鲜再迁日本。为区别于前期东渡日本之秦人、汉人，史称这批迁居日本者为新汉人。
此外，关于《针经》之传至日本者，目前还有不同看法。据浅田惟常《皇国名医传前篇》：“传云，钦明帝十三年，梁文帝赠《针经》，帝赐其书于纪河边多兔麻吕……按皇国通于彼，以隋大业中为始，而云梁文帝，盖自百济而献之也。”对此，史世勤所考有一定说服力。史世勤称：“按浅田氏所记梁文帝当是梁元帝之误。因梁代帝王无‘梁文帝’之称，有简文帝，但已于 551 年死于侯景之乱，552 年正是梁元帝萧绎主事之时，故以元帝为是。关于赠书日本，我国史书未见记载。当时日本并无使者来梁，包括僧侣在内的民间往来亦未见录，因此，推测赠书是通过百济国使者转达给日本的。据《梁书·诸夷传》，百济曾多次遣使朝梁，如‘献方物并请《涅盘》等经义、《毛诗》博士，并工匠、画师等，敕并给之’，又‘太清三年（549 年），不知京师寇贼，犹遣使贡献；既至，见城阙荒毁，并号恸哭泣。侯景怒，囚执之，及景平，方得还国。’考侯景占据京都（今南京），于 552 年农历三月被杀，‘传其首于江陵’。当时梁元帝在江陵（今湖北荆州）。百济使者被释后，如往江陵拜谒，元帝赠书，或在此时。史称元帝好读书，藏书极丰，故赠书之举，亦在情理之中。正值当年 9 月，百济有使者赴日，向日本钦明天皇赠送释迦佛金铜像和幡盖经籍等，此时转达梁元帝所赠的《针经》是完全有可能的。梁元帝是该年农历十一月于江陵即皇帝位的，此前虽未称帝，但后人写史习惯以帝称之，而谓梁元帝赠书。”