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两晋南北朝时期，朝鲜仍处于高丽、百济、新罗三国分立局面，三国与中国之西晋、东晋、宋、齐、梁、陈等政权大都保持着比较密切的关系。在文化交流、商品互易、人员交往方面，虽然有时多时少或短时中断者，或因政权交替，或地域隔阻未能相继者，但中、朝两国之交流，在此期仍然得到不断的发展，富有成效，对促进两国之间文化、医药卫生交流有着极大的作用。还在公元 372 年，高句丽已仿照中国设立“太学”，教授儒家经典著作。僧医边布道边施医，把中医学在朝鲜传播开来。
关于医药卫生文化交流，朝鲜引入了汉文字、佛经、儒家经典等，并仿中国“太学”之制，进行文化教育培养学人、国家管理人才等，使中国科学文化在朝鲜产生了深远的影响。特别是中国由于政局动乱，多次成批难民人等移居朝鲜，这些人中，又多有统治阶层之有知识、有文化之人士，或为有特殊才能、具科技知识而被挟裹到朝鲜，或应朝鲜方面要求而派往者。如此为数众多的中国人移居朝鲜，其对两国文化、科学技术、建筑、医药卫生之交流产生的影响是不能低估的。
梁武帝萧衍，“修饰国学，增广生员，立五馆，置五经博士……于是四方郡国，趋学向学，云集于京师矣。兼笃信正法，尤长释典，制涅盘、大品、净名、三慧诸经义记……名僧硕学，四部听众，常万余人……阴阳纬候，卜筮占决，并悉称善”。
在此盛况影响下，朝鲜十分重视引进中国文化、医药卫生等。
朝鲜百济国“中大通六年（534 年），大同七年（541 年），累遣使献方物，并请涅盘等经义、毛诗博士，并工匠画师等，敕并给之。太清三年（552 年），不知京师寇贼，犹遣使贡献；既至，见城阙荒毁，并号恸涕泣。侯景怒，囚执之，及景平，方得还国”
。由此可以看出百济与中国梁王朝建立了十分密切的友好关系。同时可知，百济在引进中国文化方面的重大举措：派遣使节专程向梁武帝请求六朝时期盛行的佛教经典和精通当时普遍重视的毛诗的学问家，以及引进佛经、修建寺庙的建筑师、雕塑师、绘画寺院壁画的画家美术师等图书与人才。在精通佛经、毛诗者及工匠、画师等人才中，必不可少的包括有中国之医僧、医师等。梁武帝满足了百济的要求，命以所请数给予。这批各方面专家与文化典籍到了百济，必定受到十分的重视，他们在朝鲜文化、科学技术，包括医药卫生等方面的工作，在发展朝鲜科学文化事业方面的作用和影响是可想而知的。
《北史》在记述高丽官制以及与中国之交往史事时称：“官有大对卢、太大兄、大兄、小兄……褥奢、翳属、仙人，凡十二等，分掌内外事……书有五经、三史、《三国志》《晋阳秋》。”又于论述百济国时指出：“其人杂有新罗、高丽、倭等，亦有中国人。”“又知医药、蓍龟，与相术、阴阳五行法……其王每以四仲月祭天及五帝之神”。
《周书》在记述上述有关史事更为明确：“百济者，……兼爱坟史，其秀异者，颇解属文，又解阴阳五行，用（刘）宋元嘉历，以建寅月为岁首。亦解医药卜筮占相之术……土田下湿，气候温暖，五谷杂果菜蔬及酒醴肴馔药品之属，多同于内地。”
其官制“各有部司，分掌众务”，“内官有前内部、谷部、肉部……功德部、药部、木部、法部、后官部”等。综观上述史料，不难看出，朝鲜三国时代不但大力引进了中国文化、艺术、科学技术，而且大力引进了中国医药理论与医疗经验。所设药部，显然是管理医药事务之机构。其学人不但爱好坟史古籍，其才能出众之士，对其属文颇能释解阐发。《周书》《北史》等如此评论朝鲜学人之水平，亦足见其研究中国典籍之出众才能和实际水平。需要说明的是，南北朝时期之史书在此评论的同时，还强调了“又知医药、蓍龟，与相术、阴阳五行法”，“又解阴阳五行”，“亦解医药卜筮占相之术”，并说，“多问于内地”。这就明确反映出朝鲜三国时代，特别是百济、高丽两国在引进中国医药学方面，也已有了一定的深度，其富有中医学理论修养和专长中医学医疗技术经验者，并非只是中国移居朝鲜的中医师，而且很可能早已为朝鲜医药学家所掌握且运用自如。
又考《周书》所记朝鲜百济之职官，其十三等之“翳属”“仙人”，或与医药卫生有关。因为“翳”，亦可作“醫”解，有可能为管理医药事务之官职，待考。至于“仙人”一职，属于方士，或有医疗技术者，应无疑。可作旁证者，如：北魏“天兴中（398—403 年），仪曹郎董谧因献服食仙经数十篇，于是置仙人博士，立仙坊，煮炼百药……而炼药之官，仍为不息”
。朝鲜百济王朝仿中国北魏王朝，亦设有仙人博士一职。两个王朝在自己的官制系统中均设“博士”一职，其职能当类似。
公元 561 年（陈文帝天嘉二年），吴（今苏州吴中区与相城区一带）人知聪，携内外典、本草经、脉经、明堂图等 164 卷，经由高句丽赴日本传授医学。日本学者研究认为，知聪在居留朝鲜一年间，向朝鲜医学界、僧界传授中医学、佛学等，影响很大。朝鲜学者认为，中医学之医方也已为朝鲜医学家所引用。他们指出，《百济新集方》所收录之治肺痈方和治丁肿方等，即来自中国葛洪之《肘后救卒方》。又如医事制度，朝鲜百济国即仿照中国南北朝之体制，设置有医博士与采药师。
与此同时，朝鲜的医疗技术与药物也传至中国，为中国医药学家所赞叹和引用。梁代以山中宰相而著称的医药学家、炼丹家陶弘景，在其《本草经集注》中，已收录高丽、百济药材有：人参、金屑、细辛、五味子、款冬花、白附子等 11 种，并强调：“人参乃重百济者，形细而坚白，气味薄于上党；次用高丽……形大而虚软，不及百济。”可知梁代不但大量引入朝鲜产中药材，而且对人参之产于百济、高丽及中国上党（治所在今山西长治）之质量优劣，亦颇有研究鉴别，这说明其知识、经验可能系中、朝两国医药学家的共同心得。又如，另一部药物学名著——《名医别录》，有以为亦系陶氏所撰，记述有“生金不炼，服之杀人，高句丽炼成器，可服”。由此可知，高丽在朝鲜三国时代曾掌握了高水平的炼金技术，并为其在医疗上成功应用之经验所肯定。
中国针灸传到朝鲜并为其针灸医师所掌握，而且得到了令人叹服之发展。《酉阳杂俎》记述：“魏时有句骊客，善用针。取寸发斩为十余段，以针贯取之。言发中虚也，其妙如此。”此术或有夸大之嫌，不过也能说明当时高句丽针灸医师之诊疗技术以及其冶金炼制医针之技术已达到十分高超的水平。这亦可见新罗王以医针作为献礼，贡献给唐高宗，并非偶然，也足以说明其制针技术确实高明。隋代杨上善《黄帝内经太素》一书中，曾有“人毛发中虚，故邪从虚中入也”的论点，杨氏之观点或本于内经之发挥，或接受上述高丽医学家之经验，或杨氏之论与高丽医学家之论同出《内经》。总之，高丽医学家关于发中虚以及用针可以贯取者，语虽玄妙，但足可说明高丽医学家掌握了中国针灸学技术，反过来游学中国而能为中国针灸学家之师，令人钦佩。