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柳氏医学流派在理论上创建了“中国象数医学”理论体系、疑难病“病机四论”体系、太极思维辨证体系和中医复健医学体系，在临床上“以方证立论”为柳氏医学流派临证法式，从而形成了“方证学派”的学术体系。
张仲景在《伤寒论》序中云：“感往昔之沦丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博采众方，撰用《素问》《九卷》《八十一难》《阴阳大论》《胎胪药录》，并平脉辨证，为《伤寒杂病论》，合十六卷。”由此可见，张仲景在《黄帝内经》《难经》的基础上，总结了汉代以前的医学成就，并以其临床经验，根据《素问·热论》的六经分证，创造性地把外感疾病错综复杂的证候总结为六经辨证，严密而有效地将理、法、方、药一线贯穿，有效地指导了外感疾病及其他杂病的辨证论治，从而奠定了辨证论治的基础，为后世医学的发展做出极其重要的贡献。
《医宗己任编》尝云：“夫立方各有其旨，用方必求其当。”此是余结合临床实践，编著《伤寒方证便览》《金匮方证便览》之谓也。以证统方，以方类证，方证结合，有法则，有案例，一览仲景方治病之精要。即使用于治疗现代医学之疾病时，亦应辨病与辨证相结合。大凡具备该方证之相应病机，无论何病，均可“以方证立论”应用之，此乃柳氏学派临证法式也。如桂枝汤可广泛应用于现代医学众多疾病中，其使用原则，只要具有桂枝汤证——营卫失和之病机者，皆可应用。也正如清代吴仪洛所云：“夫医学之要，莫先于明理，其次则在辨证，其次则在用药。理不明，证于何辨，证不辨，药于何用？”故而《伤寒杂病论》中经方的应用，则重在辨证明理。
《金匮要略》是《伤寒杂病论》的杂病部分。其对于杂病的治疗法则，主要体现在两个方面：一是根据人体脏腑经络之间的整体性，提出了有病早治，以防止病势的传变发展。如《金匮要略·脏腑经络先后病脉证》篇所云：“见肝之病，知肝传脾，当先实脾……人能养慎，不令邪风干忤经络，适中经络，未流传脏腑，即医治之。”二是根据治病求本的精神，重视人体正气。因为人体抗病能力悉赖正气，正气虚损，药物治疗就难以奏效。故《金匮要略》对于慢性衰弱性疾病，尤为注重观察脾肾两脏功能是否衰退。因为脾胃是后天之本，生化之源；肾是先天之本，生命之根。内伤病至后期，往往会出现脾肾虚损证候。脾肾虚损，会影响其他脏腑，促进病情恶化，故补脾益肾是治疗内伤疾患的根本方法。这种观点，从《金匮要略·血痹虚劳病脉证并治》篇中所列的小建中汤、肾气丸等方证可以看到其大概内涵。
《金匮要略》对于方剂的运用，总体来说是立方严谨，用药精当，化裁灵活。有时一病可用数方，有时一方可治多病，充分体现了“同病异治”和“异病同治”的辨证论治精神。同是一种疾病，但由于人体体质或病机上的差异以及病位的不同，故在治法上也就有所区别。例如同为胸痹病，同有“心中痞气，气结在胸，胸满”的症状，但若阴邪偏盛，阳气不虚者，可用枳实薤白桂枝汤以通阳开结，泄满降逆；阳气已虚者，则用人参汤以补中助阳，使阳气振奋则阴邪自散。又如同为溢饮病，其治疗有“当发其汗，大青龙汤主之，小青龙汤亦主之”，这是针对溢饮的具体病情采用不同的汗法。如邪盛于表而兼有郁热者，则用大青龙汤发汗兼清郁热；如病属表寒里饮俱盛者，则用小青龙汤发汗兼温化里饮。综上所述，《金匮要略》一书，不仅对中医方剂学和中医临床医学的发展起到极重要的推动作用，同时也促进了中医基础理论、方剂学、临床医学三位一体的发展，形成了完整的独具特色的中医学理论体系。故林亿有“尝以对方证对者，施之于人，其效若神”的赞誉。
《潜夫论》云：“凡治病者，必先知脉之虚实，气之所结，然后为之方。”此约言方者，药方也。《诗·大雅》云：“万邦之方，下民之王。”毛传注云：“方，则也。”《易·系辞》云：“方以类聚，物以群分。”故广而言之，方者，法度、准则也，又义理、道理也。明代李士材《伤寒括要》有“方者，定而不可易者也；法者，活而不可拘者也。非法无以善其方，非方无以疗其症”的论述。清代吴谦《医宗金鉴》尚有“方者一定之法，法者不定之方也。古人之方即古人之法寓焉。立一方，必有一方之精意存于其中，不求其精意，而徒执其方，是执方而昧法也”的记载。故“方因法立，法就方施”，乃仲景组方之内涵，从而印证了柳氏医派在临床中，运用“以方证立论”法式的合理内涵，此法式的应用，也是柳氏医派临证之法则也。清代张璐云：“伤寒诸方，为古今方书之祖。”故而仲景被后世称为“医圣”，其方被誉为“经方之祖”，此即“祖方”之语源。由此可知，祖方，又称祖剂，系指张仲景《伤寒杂病论》中的方剂，并以祖方归类，于是就有了桂枝汤类、麻黄汤类、小柴胡汤类等几类方剂的出现。宗于此，明代施沛以《黄帝内经》《汤液经法》为宗，仲景方为祖，归类介绍流传名方，撰《祖剂》四卷；清代张璐《张氏医通》引用书目中有《伊尹汤液》，在卷十六中有“祖方”一卷，将主方分30类，并云：“夫字有字母，方有方祖，自《伊尹汤液》一脉相传。”其后清代徐灵胎有《伤寒类方》一卷，将仲景方分为桂枝汤、麻黄汤等12类方。清代王旭高又根据《伤寒类方》，著《退思集类方歌注》，分麻黄汤、桂枝汤、葛根汤等24类方。由此可知，伊尹根据《本草经》的知识创立了《汤液经法》，而张仲景继承了伊尹《汤液经法》的经验，广验于临床，从而发展了药物学的知识。仲景《伤寒论》的方药知识，取法于伊尹《汤液经法》，从而形成了《伤寒论》辨证论治体系中理、法、方、药四个方面中的重要内容，而“祖剂”“祖方”“类方”又成为方剂学分类的重要方法。
在《伤寒论》中，有小柴胡汤临床应用的化裁，如“若胸中烦，不呕者，去半夏、人参，加瓜蒌实一枚”，此条也可名之曰“小柴胡去半夏人参加瓜蒌实汤”。它如《伤寒论·辨太阳病脉证并治》中，有小柴胡汤证兼有胃肠实热证者，有柴胡加芒硝汤之施，即小柴胡汤加芒硝，此乃仲景小柴胡汤之类方。再如后世宋代《普济本事方》有“小柴胡加地黄汤”之立，清代徐灵胎谓“此乃热入血室”之用方。再如《沈氏尊生书》中柴苓汤，乃时方也，然该方是经方小柴胡汤合五苓散而成。故清代张璐谓“伤寒诸方，为古今方书之祖”。所以何谓“经方派”？何谓“时方派”？若“以方证立论”法式施于临床就无经方、时方之界畔了！因余有众多“以方证对者，施于临床”的经方验案，故被人称为“经方派”，实则我尚有“经方头时方尾”或“时方”之治验。有人问：“你到底何派？”我说：“我是方证派。”从方剂学的形成和发展来看“以方证立论”施于临床，就不存在什么“经方派”“时方派”了。若固守“方派”阵地，则有失仲景“以方证立论”之旨意。若刻意于经方应用，将后世方视为另类，也就大有抱残守缺之虞了。
由此看来，经方的范围，除张仲景《伤寒杂病论》中的方剂外，当涵盖后世由仲景方而化裁的“类方”。宋代林亿等《金匮要略方论》序云：“尝以对方证对者，施之于人，其效若神。”家父吉忱公临证，均“以方证立论”且根据病因病机的需要，或经方，或时方，或经方头时方尾，大有“以对方证对者，施之于人，其效若神”之验，从而成为柳氏医学流派“以方证立论法式”施于临床的“方证派”开山之祖。宗于此，余亦“以对方证对者，施之于人”，广验于临床，均有显效。故而有《伤寒方证便览》《金匮方证便览》《柴胡汤类方及其应用》结集。由此可见，余在临证中或经方，或时方，或经方头时方尾，均是“以方证立论”，遂成为我临床辨证施治之规矩准绳。鉴于其独具特点的方法论价值，故被称为柳氏学派临床辨证论治之法式。从柳氏医学丛书中均可窥见这一学术特色，如总结家父吉忱公医疗经验之《柳吉忱诊籍纂论》及余之《柳少逸医论医话选》《柳少逸医案选》等籍。非但方药的临床应用是如此，而针灸术、推拿术，也是“以方证立论法式”为临床之应用特点。而以针方、灸方、摩方的形式施于临床，在拙著《经络腧穴原始》《〈内经〉针法针方讲记》《〈扁鹊心书〉灸法讲解》《小儿推拿讲稿——广意派传承录》《医经学派推拿术讲稿》中，也得以阐发之。
若说“理必《内经》，法必仲景，药必《本经》”是柳氏医学流派的临证法则，而“以方证立论法式”当是该派在临床辨证思维方法上的一大特点。自“柳少逸中医传承工作室”建立以来，学生们对本学派的理论体系和医疗经验，进行了较为系统的学习和研究，同时也对数万份医案进行了归类整理，以探讨柳氏医派各科临证之法要。而如何应用经方，如何在临床中实施方证立论法式，也成了学生们的一个新课题。“以方证立论为柳氏学派临证法式”，意谓非但经方，而对时方的应用，也均须遵循这一临证之通则。其后，余将家父吉忱公、学师牟永昌公及我等应用经方及其类方的部分医案，整理汇编成册，名曰《柳氏医派经方治验录》。同时工作室的同学亦“以方证立论法式”之法整理医案，编撰柳氏临床各科之“临证治验录”。意在举例说明《金匮要略方论》“以对方证对者，施之于人，其效若神”之语，绝非妄论。
若说家父吉忱公“理必《内经》，法必仲景，药必《本经》”之训，是柳氏医派崇尚经典理论学术体系的一大特点，而“以方证立论法式”是该派临床上具有方法论的学术特点。二者构成了柳氏医派在临床上的辨证论治理论体系。