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1955年12月，为了贯彻党的中医政策，经毛主席批示，中国中医研究院在北京成立，在筹建过程中，卫生部聘请近30名全国著名老中医来院任职。年仅47岁的叶心清有幸应召进京。当时他在重庆每日门诊近百人次，每月收入逾千元，生活十分优裕。但为了振兴中医事业，他不顾进京后每月工资不足原收入的三分之一而毅然携家北上。
叶心清进京后，在中国中医研究院广安门医院高干外宾治疗室任职。每周一、周三、周五为高干外宾治疗，周二、周四、周六在普通门诊为群众服务。他对待患者一视同仁，绝无高低贵贱之分；对工作认真负责，一丝不苟，遇到疑难病症，更是反复推敲，悉心治疗（图1-4）。
图1-4 叶心清（右）在指导学生
作为国家领导人保健医的他，曾为刘少奇、朱德、宋庆龄、董必武、邓小平、陈毅、贺龙、罗荣桓、叶剑英、李富春、蔡畅、聂荣臻、谭震林、邓子恢、何香凝、沈钧儒、罗瑞卿、吴玉章、陈赓、谷牧、姬鹏飞等党和国家领导人做过医疗保健工作。1962年7月间叶心清长子叶成亮筹备婚事，完婚在即，不料邓子恢副总理在武汉患病，请他前往诊治，他毫不犹豫地赶赴救治，这种认真负责、全心全意的服务精神深得中央首长的称道和信赖。何香凝曾为他亲笔绘画梅花（图1-5），沈钧儒亲书条幅录毛主席《长征》诗相赠（图1-6），吴玉章也为他题诗赞誉：“今日华佗又复生，治疗医术有经纶。中外驰名人增寿，针灸兼施办法新。堪笑阿瞒多忌妒，沉冤百世得重伸。神州自古多奇迹，耑在人们善继承。”
图1-5 何香凝赠送叶心清亲手绘画梅花图
图1-6 沈钧儒赠送叶心清手书毛主席《长征》诗
叶心清医术高超，尤其治疗疑难危重症有力挽狂澜之举，其时许多大医院经常请他会诊。对待危重患者，他每日亲临观察，积极参加抢救，还经常通过电话询问病情，及时调整处方，使许多患者转危为安。1959年青岛铁路局总工程师牛某患粒细胞性白血病，高热不退，病苦不堪。其家属慕名来京，口述病情，叶心清巧组滋阴清热药方，药到病除，高热立退。牛某深信叶氏医术之精，遂专程来京住入铁路总医院，请其定期会诊，至病情完全缓解。
叶剑英元帅晚年在住院期间，与家人及身边工作人员谈及中西医结合的好处，曾讲过这样一个事例：我国著名的胸外科专家苏鸿熙教授（1915—2018）为一名二尖瓣狭窄患者进行手术，术后患者出现肺炎，高热数日不退，用了当时最先进的抗生素也不见效，竟至昏迷，这让这位我国第一位留美回国的心外科专家束手无策。后来，他们请来了叶心清，开了汤药给患者服用，同时配合针灸，三剂药下去，患者热退，肺部炎症也得到了控制。
由于工作勤奋，成绩突出，1960年叶心清被评为中央卫生部先进工作者，并当选为第四届全国政协委员。