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叶心清自幼习医，刻苦钻研，治学严谨，精通理论，经验丰富，在临证时十分强调“辨证论治”。辨证论治是中医学术的基本特点，是理、法、方、药在临床过程中的具体应用。辨证就是通过四诊八纲，对患者的表现进行综合分析，归类总结，找出病因病机，也就是辨证求因，这要强调“准”字，是取效的前提。论治是确立治疗措施、治则治法，组方遣药，这要强调“活”字，是取效的基础。两者结合，构成中医临证治病的全过程。叶心清认为，这是“中医取得疗效的关键”。他曾举例治泄泻一证。如见腹痛腹泻，肛门下坠，泄物黏冻，苔黄脉弦，系湿热蕴蒸，郁于肠内，虽然腹泻日久，脾胃损伤，也不可妄投补益，仍需清利湿热。如误投健脾散寒之品，常致湿热留连，腹痛加剧，腹泻反增；如见腹泻便溏，完谷不化，面白肢冷，苔白脉弱，此乃火不生土，健运无力之证，应当益火健脾，大胆投以六君子、肾气丸之类，腹泻可止。因此临证不可不辨，这是中医治病的基本功。为医者，务必在临床实践中，苦练此基本功。
叶氏还常言，用药固需辨证论治，针灸不辨证也难以进行刺爇。只能对症治疗，头痛医头，脚痛医脚，而不知脏腑经络之关系，也不能充分发挥针灸之效应。比如治疗头痛，如果其病位在顶颞部，就要取肝胆经穴为主。因为足厥阴肝经有分支布于前额，与督脉会于颠顶。足少阳胆经起于目外眦，上抵头角，分布于耳前后，故针肝经原募穴太冲、期门，再配风池、太阳、头维以祛风平肝，疏通气机，加率谷养肝活血。这样辨证配穴，远近相引，头痛方止。