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在哲学界，杜威首先敏锐地注意到达尔文的进化论的革命性意义。我们都知道，胡适首先把杜威的思想介绍到中国，也都知道胡适特别推崇杜威的思想方法，并用“五步说”推广了杜威的实验主义方法。但很少有人注意到，在介绍杜威的思想方法的《实验主义》中，胡适还提到了杜威的另一种方法genetic method。不过胡适将之翻译为“历史的态度”，使人误以为杜威的思想方法是“五步说”，而genetic method只是一种“态度”而已。不过，胡适正确地指出，达尔文的进化论对实验主义影响巨大，把进化论的思想应用于哲学，讨论和研究哲学上的问题，就是genetic method。他的结论也是正确的：“所以我们可以说，实验主义不过是科学方法在哲学上的应用。”
genetic method应被译为“发生学方法”。这一方法是杜威把达尔文的进化论应用于哲学的直接后果，在杜威的中后期思想中占有重要的地位。胡适显然低估了它的重要性，他所概括的“五步说”在詹姆士的实用主义中已有大量论述，并非杜威的独特发明，而胡适在“五步说”中特别强调“假设”和“证明”两个步骤（即用他自己的话所说的“大胆假设，小心求证”），又使人分不清实验主义与实证主义或操作主义之间的界线。其实，两者的分野十分明显：实证主义以现代物理学的发现为思想范式，而杜威的实验主义则以达尔文的进化论（以下简称进化论）为范式。杜威的哲学所依赖的主要材料，是可以用进化论解释的生物的、心理的和历史的经验；在此意义上，他坚持哲学的科学标准和科学方法，但另一方面又避免了以实证主义为代表的唯科学主义。
杜威的哲学起步于新黑格尔主义，接着他转向了心理学研究。在弗雷格、罗素等人用数理逻辑研究自然数的性质的同时，杜威也在研究同一问题。1895年，他与麦克莱伦（J.A.McLellan）合作出版了《数的心理学》。这本书虽然从心理学角度说明自然数的性质，却并没有陷入弗雷格、罗素或胡塞尔等人所批判的“心理主义”的窠臼。因为杜威不是像经验主义者那样研究数的“抽象性质”，而是解释数的起源。如果说逻辑主义者的问题是：什么是数？自然数的定义是什么？那么，杜威提出的问题则是“心理学（和教育学）的问题：在什么环境中，对什么样的刺激和需要作出反应，在什么样的心理场景中，产生了这种意义？”
杜威的回答是：“数字来自计数，计数来自活动的调整。”杜威解释说，人类生活在资源有限的世界，人类的生存要求衡量获取的生活资料与为此所耗费精力之间的数量关系，“为了使用合适的手段，必须考虑到空间的距离，时间上的长短，某类东西的数量，这意味着准确的计量”
。人类根据计量调整行动，用不多不少的精力解决每一个生存问题。
虽然杜威关于数的起源的解释符合进化论，但他此时还没有意识到这一点。1896年，数学家H.B.Fine和杜威在《科学》期刊上对这本书进行了批评和反批评。杜威或许在争论中感到，他诉诸人类生存环境的解释需要进化论的理论基础，他在以后的著作中，越来越自觉地转向进化论。从1898年开始，杜威转向伦理学研究。1899年之后，杜威注意利用人类学中关于早期人类道德的材料，用进化论思想解释道德的起源和性质。在1902年发表的《进化论方法在道德中的应用》和1903年发表的《道德的科学考察的逻辑条件》等文中，杜威明确地提出了按照进化论的原则、用发生学方法对道德进行科学的研究的思路。
1909年发表的《达尔文主义对哲学的影响》
一文可以说是杜威中后期哲学的一个纲领性文件。全文共四节。杜威在第一节中说，达尔文的《物种起源》开创了“一种新的思维方式，它最终必定要变革知识的逻辑，由此带来研究道德、政治和宗教的变革”。杜威还说，虽然进化论至今遭到神学的抵制和批判，但进化论与神学的对立不是科学与宗教的对立，而是新旧两种哲学的对立。
在第二节，杜威接着说明了进化论与传统哲学的一个根本分歧：进化论所说的“种”与传统哲学的“本质”的分歧。这两个词在希腊哲学中都是“形式”（eidos），它表示事物不变的、永恒的规定性，最圆满地体现为事物的运动变化所要达到的“目的”。进化论用物种的演化过程代替了本质论和目的论的哲学传统。杜威评论说，虽然从哥白尼、开普勒和伽利略以来的物理学描述了世界不断运动变化的图景，但在物理世界与人的心智和政治之间有一个植物和动物的王国；由于不了解生物界的变化，传统哲学仍然统治着关于人的知识。达尔文把物种看作是与伽利略所说的地球同样在自我运动，它“一举解放了发生的、实验的观念，使之成为提出问题和寻求解释的工具”
。
在第三节，杜威从因果关系的角度阐述了进化论的方法论的意义。他说，传统哲学在说明事物的第一原因或终结原因时，总是诉诸设计代替机遇、心灵代替物质的解释。达尔文用“自然选择”解释了生物进化的根本原因，克服了传统哲学的二元对立的解释。按照“自然选择”的原理，物种的变异是偶然的，但“自然选择”的作用却是必然的，只要发现物种的变异与自然环境之间的适应关系，就可以解释物种进化的原因，完全不需要预先的“设计”或“心灵”的作用等非科学的、不可验证的解释。
在第四节，杜威说明，进化论与传统哲学是两种根本不同的逻辑。传统哲学企图一劳永逸地发现永恒不变的全部真理，包括“绝对本质”“最高的善”“第一原因”“终极目的”等。进化论标志着一个根本的转折：从全部本质转向具体变化，从一劳永逸地规定事物的智慧转向具体地规定现实事物的智慧，从终极的善的目标转向公正和幸福的逐步改善。杜威说：“哲学放弃了对绝对起源和绝对终极性的研究，才能对产生出它们的具体价值和具体条件进行探讨。”传统哲学的绝对主义不仅无用，而且这种无用的清谈不负任何责任。杜威把进化论的解释称为“发生学和实验的逻辑”，这是关于具体事件的发生和发展的逻辑，它能够通过实验，增进我们的知识，改善我们的生活，使心智活动对事实负责任，对社会负责。
我们说《达尔文主义对哲学的影响》在杜威哲学中具有纲领性的意义，这是因为这篇短文勾勒出杜威后来的主要著作的逻辑。杜威提倡的“发生学和实验的逻辑”是探讨具体经验的思想方法，他总是在具体的经验领域说明这一逻辑。比如，《逻辑：研究的逻辑》是对科学经验的逻辑所作的发生学考察，《哲学的改造》从希腊哲学开始对西方哲学的逻辑作了社会历史考察，《人的本性和行为》关于社会伦理的研究，《艺术经验》关于美学的研究，《共同的信仰》关于宗教的研究，《新旧个人主义》《民主和教育》《公共领域及其问题》等著作中的社会科学研究，也都是对具体领域的经验的逻辑考察。正是这些逻辑考察，决定了杜威的思想属于哲学，而与人文和社会科学的具体学科相区别。
在1902年发表的《进化论方法在道德中的应用》中，杜威应用进化论的发生学方法研究道德问题，正如他所说：“只有使用进化论的方法，即历史的方法，道德才能进入科学的领域。”
杜威指出，科学的实验方法就其实质而言是发生学的方法。他说：“实验方法可被称为发生学方法，它处理的是事物变成经验存在的方式或过程。”以水为例，只有在实验中观察到氧原子和氢原子化合成水的发生过程，我们才能科学地认识水的“经验存在”。
杜威还说，实验方法和历史方法一样，都是关于个别事物的起源的考察。“我试图说明，在我们的物理知识的实验方法与我们精神领域或自觉的价值领域中的狭义的历史方法之间，并不只是相似关系，而是完全相同的。”
杜威并不否认两者的差别。实验方法为了控制和制造事物，把个别事物的发生过程概括为一般化的过程，但历史方法探讨个别事物起源是为了找到一个简单化的起点，为研究整个过程提供一个限制性的条件。但是，两者的不同只是在用途和目标上的差异，而不是方法论上的根本差异。
如果不注意实验方法和历史方法的差别，就会产生杜威所说的“唯物论的悖谬”（materialistic fallacy）。实验方法的研究对象是物质的生成，并把这物质的过程一般化。但历史方法不能把物质的生成过程当作历史的全过程，不能认为最早发生的物质是贯穿全过程的本质。在实验过程中，起源可以被一般化为本质，但在历史过程中却不能把起源概括为本质。杜威说：“从某种观点来看，时间上较早的东西有较大的价值，但这只是方法上的价值，而不是存在的价值。序列上后来的东西以太复杂和混乱的形式掩盖了它们的面目，却能以相对简单和明白的样式表现在较早的东西中。”
就是说，在历史变化的序列中，确定一个起点只是为了设定一个限制性的条件，而不能把以后发生的事件从这一起点中“推导”或“演绎”出来。从存在的形态和价值上看，后起的事件可能比起源更加高级和重要。
在历史演化的过程中，物质在先，精神在后。研究精神现象必须从物质的生成变化开始，但如果由此认为物质是精神的本质，关于精神的知识可以从关于物质的知识中推导出来，那就是“唯物论的悖谬”。不过，杜威同时指出，如果不顾最初的物质条件的制约，片面强调精神的重要性，那也会落入唯心论的窠臼。“正如唯物论者把较早的东西隔绝开来，加以神化，成为实在的典范，唯心论者用同样的方式对待后来的东西。”
杜威认为唯物论和唯心论都犯了同样的错误：“混淆了过程的连续性与内容的同一性。”就是说，进化过程是连续的，把这一过程出现的一个事物抽象出来，当作独立对象来研究，这是科学的需要，在方法论上也是允许的。但如果把这一对象看作是孤立的本质或本原，认为其他事物或对象都要与它相等同，那就是“混淆了过程的连续性与内容的同一性”。根据杜威关于经验的“连续性原理”，“进化论的方法在道德事实中的应用，没有给我们留下两个极端，一边完全是动物的本能，一边是精神的绝对命令。它向我们揭示了动物本能和责任感都有自己位置的单一的连续过程。它给予我们一个具体的全部。”
在杜威的伦理学著作中，发生学方法有两方面的运用。首先，杜威用发生学的眼光看待道德的起源。他在1927年的《人类学和伦理学》中，对克鲁泡特金（Kropotkin）、韦斯特马克（Westermarck）、冯特（Wundt）和豪伯浩斯（Hobhouse）四人关于起源的观点作了批判性的评论。
他的《伦理学》（1908）一书引用了人类学的材料和观点，从原始部落的习俗开始说明道德的起源，并用环境和社会的变化说明“群体道德”向“个人道德”的进化。
另外，在《人性和人类行为》（1922）一书中，杜威从心理学的角度，说明从刺激、反应自然形成的习惯到自觉精神的发展过程。
杜威大力提倡把进化论的原则和方法应用于道德以及其他精神活动的领域，并且身体力行，运用进化论的发生学或历史方法，考察人类道德习俗和道德意识的起源。他的方向是正确的。至于他关于道德起源和性质的探索是否符合现代达尔文主义，我们将在后文中继续讨论。