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马克思主义哲学的物质本体论最早出现在恩格斯的著作之中。恩格斯并没有关于物质本体论的著作，他的这方面的思想散见于《反杜林论》和《费尔巴哈和德国古典哲学的终结》等著作中。恩格斯的物质本体论基本上沿袭费尔巴哈的思路：第一，把“实是”的意义归结为“存在”；第二，把“存在”的意义归结为自然界的存在；第三，把自然界的存在与人的思维相对照，提出“存在与思维关系”的问题，包括何者是第一性和两者有无同一性这两个方面。
上述第一、二个步骤见诸《反杜林论》。杜林按照西方哲学的传统，把世界的统一性称为Sein。恩格斯与杜林的分歧首先表现为如何理解Sein。恩格斯批评杜林把Sein理解为“包罗万象的实是”。恩格斯接着说了他对Sein的理解。这段话的德文原文是：“Wenn wir vom Sein sprechen，und bloss vom Sein，so kann die Einheit nur darin bestehn，das alle die Gegenstande，um die es sich handelt⁃sind，existieren.”
在中文版里，这段话被翻译为：“当我们说到存在，并且仅仅说到存在的时候，统一性只能在于：我们所说的一切对象是存在的，实有的。”
这里把Sein译为“存在”，结果这句话的意义成了“存在的统一性是存在的”这样一句完全没有实际意义的同义反复。实际上，Sein在这里应被翻译为“实是”。恩格斯的意思是，当我们说到实是，并且仅仅说到实是的时候，统一性只能在于：一切对象都是存在。注意：这一段把“实是”的意义归结为“存在”，却没有把这两个词当作同义词来使用。如果把“实是”等同为“存在”，那么下一段的话就有问题了。
在接下来的那一段话中，恩格斯说：“Die Einheit der Welt besteht nicht in ihrem Sein，obwohl ihr Sein eine Voraussertzung ihrer Einheit ist，da sie doch zuerst sein muss，ehe sie eins sein kann.”
这句话应被译为：“世界的统一性不在于它的实是，尽管世界的实是是它的统一性的前提，因为世界必须先是一个东西（Sein），然后才能够是统一的。”但是，中文版的翻译却是：“世界的统一性并不在于它的存在，尽管世界的存在是它的统一性的前提，因为世界必须先存在，然后才能是统一的。”
由于Sein在中文版中都被等同为“存在”，这一句中的“世界的统一性并不在于它的存在”，与前一句“统一性只能在于：我们所说的一切对象是存在的，实有的”一句，是相互矛盾的。
如果把Sein译为“实是”，把“Existenz”译为“存在”，那么，这两句就好理解了，没有矛盾了。恩格斯的意思是说，从逻辑的顺序上说，先要把世界看作“是”一个东西（Sein），然后才会有世界统一于什么东西的问题。因此，恩格斯肯定：“世界的实是是它的统一性的前提。”但恩格斯接着说，逻辑上的前提不能决定世界统一性的实际意义［“在我们的视野范围（即逻辑的范围）之外，Sein甚至完全是一个悬而未决的问题”］，世界的统一性的实际意义“是由哲学和自然科学的长期的和持久的发展所证明的”。在恩格斯看来，被科学证明了的结论只能是：“世界的真正统一性是在于它的物质性。”
从《反杜林论》上下文来理解，恩格斯区别了“实是”（Sein）与“存在”（Existenz），却没有区分“存在的”（Existieren）与“物质性”（Materialitat）。他认为，杜林世界的统一性理解为“实是”是错误的。正确的理解应该是，世界的实是在于它的存在，而一切存在都是物质存在。结论因此是：世界的统一性在于它的物质性。
在把Sein的意义归结为存在、再把存在等同为物质的存在之后，恩格斯在《费尔巴哈和德国古典哲学的终结》中，才得以把“全部哲学的最高问题”归结为“思维和存在，精神和自然界的关系问题”
（“Die Frage nach dem Verhaltnis des Dekens zum Sein，des Geistes zur Natur”）
。恩格斯解释说，这一问题涉及关于世界本原的看法，“存在”和“自然界”是同义词，“思维”和“精神”是同义词，这些都是关于“世界本原”的概念，凡是认为精神对自然界来说是本原的，属于唯心主义阵营；凡是认为自然界是本原的，属于唯物主义阵营。恩格斯说，在何者是本原这一问题之外，“唯心主义和唯物主义这两个术语本来没有任何别的意思”，如果在别的意思上使用，就会造成思想混乱。
“本原”（Ursprungliche）即起源。对起源的探讨属于费尔巴哈所说的“发生学”。（费尔巴哈说：“发生学观点……对于一个由表象提供的对象……研究其起源。”
）恩格斯把“自然界”和“存在”当作同义词，把“精神”和“思维”当作同义词，按照“本原”和“派生”的发生学标准，作出了“存在第一性，思维第二性”的区分。另一方面，恩格斯也承认两者的同一性，这意味着思维是否能够认识外部世界，这是一个认识论问题。在认识论领域，唯物主义并不必然地与唯心主义对立，而与怀疑论或不可知论相对立。
恩格斯把“实是”的意义归结为“存在”，把“存在”等同于自然界，提出了自然界与人的思维何者第一性的问题和两者是否有同一性的问题，认为人的思想可以把握自然的本质。这些都是来自费尔巴哈的“自然本体论”的思想，甚至很多表达方式都是费尔巴哈的。恩格斯在谈到费尔巴哈的影响时说，费尔巴哈的《基督教的本质》一书的解放作用，“只有亲身体验过的人才能想象得到。那时大家都很兴奋：我们一时都成为费尔巴哈派了。马克思曾经怎样地欢迎这种新观点，而这种新观点又是如何强烈地影响了他，这可以从《神圣家族》中看出来。”
但我们在《神圣家族》中却没有看出费尔巴哈有多大的影响。在那里，我们看到马克思的一段话：“实物是为人的存在，是人的实物存在，同时也就是人为他人的定在，是他对他人的人的关系，是人对人的社会关系。”
这里的“实物”（Ding）、“定在”（Dasein），相当于物质存在，但马克思没有把它当作不依赖于人的自然界的存在，而是看作人与人的社会关系。倒是在恩格斯的著作中，我们看到了费尔巴哈的“自然本体论”的强烈影响。恩格斯在总结费尔巴哈的唯物主义时说：“我们自己所属的物质的、可以感知的世界，是唯一现实的；而我们的意识和思维，不论它看起来是多么超感觉的，总是物质的、肉体的器官即人脑的产物。物质不是精神的产物，而精神本身只是物质的最高产物。”
恩格斯评价说：“这自然是纯粹的唯物主义。”恩格斯本人的唯物主义也是这种“纯粹的唯物主义”。
在马克思主义发展的下一个阶段，普列汉诺夫和列宁进一步发挥了恩格斯的“自然本体论”，使之成为“辩证唯物主义”的主要内容。我们着重来看一看列宁的《唯物主义和经验批判主义》。这是一部论战性著作，其论敌依据物理学的新发现，宣扬“物质消灭了”。其实，物理学中所谓的“物质”指“原子”，或原子构成的运动载体，这种物质观是近代本质主义的实体观的产物。只是在把“物质”的属性等同于“广延”、把“物质”等同于自然形体的情况下，当原子转化为无形体的能量时，“物质消灭”论才能够成立。但是，马克思从来没有把“物质”当作自然界的实体，更谈不上把物质的属性等同于广延。原子与能量的转换与马克思关于社会存在的哲学是不相关的，利用“物理学危机”向马克思的唯物主义的挑战是不切题的做法。但是，这对恩格斯的“自然本体论”却构成了一个挑战。从费尔巴哈开始的“自然本体论”把“存在”解释为自然界，以感性直观的方式提出了“思维与存在的关系”，蕴含或强烈地暗示着无形的内在（思维）与有形的外在（存在）的对立。当自然物的存在失去了形体，这种“自然本体论”需要辩护和进一步的理论解释。
列宁把恩格斯的“存在与思维”的关系更加明确地转化为“物质与意识”的关系。他承认：“物质和意识的对立，也只是在非常有限的范围内才有绝对的意义，在这里，仅仅在承认什么是第一性的和什么是第二性的这个认识论的基本问题的范围内才有绝对的意义。超出这个范围，物质和意识的对立无疑是相对的。”
列宁的不同之处在于把费尔巴哈的“发生学”或恩格斯的“本原问题”转变为认识论的问题。从认识论的角度来讨论物质与意识的关系问题，早在近代唯物主义那里就开始了。在经历了几百年的漫长争论之后，列宁所能进行创新的空间不是很大。
列宁关于物质的定义基本上重申了感觉反映论的基本原则。他强调：“物质是标志客观实在的哲学范畴。”“客观实在”相当于传统本体论中的“本体”概念。这一定义又强调，物质“为我们的感觉所复写、摄影、反映”。感觉的“复写、摄影、反映”都是感性直观，而感性直观的对象不可能没有形状、大小；即使是能量，在仪器的观察中也有运动的轨迹，因此能够被我们的感觉所直观。列宁的定义并没有否认物质的广延属性，它只是否认物质的广延可以被感官直接把握，并否认物质的广延等于形体大小，承认物质可以是无形体的能量的有形运动；因此可以解释原子转化为能量为什么不是物质的消灭的道理。但是，这一定义仍以感性直观的方式把握物质，因此不能摆脱虽然把物质的属性作为感觉对象的后果，也不能解决现代物理学中的争论。比如，海森堡提出的测不准定律表明，人们不能同时精确地测定微观粒子的质量和速度。玻尔提出的互补原理表明，量子粒子性（它的时空坐标）和波动性（它的动量）只有在互相排斥的实验条件下才能表现出来。海森堡和玻尔都强调基本粒子的性质和人们使用的测量仪器等观察条件有着不可分割的关系。哥本哈根学派由此得出结论：在微观世界里，观察的对象和主体不可区分，用以描述“客观实在”连续性的因果规律的概念不再适用于量子力学。我们不赞成他们的观点，但只是使用列宁的“物质”定义与他们辩论，却于事无补。因为他们的证据恰恰是针对“客观实在能够被感觉所复写、摄影、反映”这一反映论原则的，为了说明他们的证据与唯物主义并不相矛盾，我们还须另辟蹊径。
以上我们谈到的马克思对费尔巴哈的批判与恩格斯、列宁对费尔巴哈的“自然本体论”的继承，分别代表了马克思主义哲学的物质观的两个发展方向。在卢卡奇所理解的马克思的历史辩证法与苏联的理论家们所理解的恩格斯的自然辩证法之间，我们同样可以感到两种不同的物质观的张力。1971年，阿尔弗莱德·施米特（Alfred Schmidt）出版了《马克思的自然概念》一书，指出了马克思与恩格斯的不同的自然观：马克思始终从人的观点看自然，他认为，随着人类的劳动、技术和工业在越来越大的范围内干预自然，自然越来越变成为人的存在；而在恩格斯看来，自然始终是先于人、独立于客观存在的。
在20世纪80年代之后中国理论界的“辩证唯物主义”与“实践唯物主义”之间，我们再次看到马克思主义哲学中两种物质观和自然观之间的差异。
在历史和现实中，对马克思和恩格斯的“物质”概念的不同解释而形成的两种观点，都有经典文本的依据，我们现在无须把两者的差异夸大为“党派之争”或“政治思想路线之争”。事实上，马克思从来没有离开唯物主义的一般前提，从来也没有否认，只有在一定的物质条件下，人才能从事改造自然和社会的实践活动。恩格斯也一直坚持唯物主义的实践观点，承认意识和历史中的人的革命的能动作用。他们两人的分歧只是强调了他们共同创立的新唯物主义的不同侧重点。如果只是抽象地分析文本的意义，马克思和恩格斯对物质的不同论述并不是十分明显和重要的分歧，但如果我们联系社会历史观、价值论和自由解放理论的具体问题，这一分歧在理论和实践上都有可能引起明显不同的后果。