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约翰三世（John Ⅲ Megas Komnenos，Ιω
ννης Γ μ
γας Κομνηνóς，生于1322年，卒于1362年5月，享年40岁）是特拉比宗帝国的第十四任皇帝，1342年9月9日至1344年5月3日在位将近两年，于1362年5月死于西诺普。
在约翰三世继位前，还有一位短暂在位的皇帝和皇后，但后者旋即被约翰三世的支持者处死，即安娜·阿纳胡特鲁·大科穆宁，也被后人计入特拉比宗帝国皇帝名单，与米哈伊尔一起算作第十三任皇帝。
约翰三世为阿莱克修斯二世之弟米哈伊尔的儿子，也就是约翰二世的孙子，生于1322年。关于约翰三世的早年经历，同时代的史家们没有留下相关记述。约翰二世去世后，皇后尤多奇亚于1298年带着次子米哈伊尔前往君士坦丁堡，当她于1301年返回特拉比宗时，米哈伊尔似乎并未跟随，因为她托词劝说留守特拉比宗的阿莱克修斯二世接受拜占庭皇帝安德罗尼库斯二世为其定下的婚姻，摆脱了君士坦丁堡的控制，留下的儿子米哈伊尔还具有人质含义。其后不久，尤多奇亚因病去世，葬在特拉比宗城郊的圣格里高列教堂。自此到1341年之前，我们再未发现关于米哈伊尔及其家庭的记录。
当特拉比宗帝国在瓦西里一世去世后，陷入贵族派系引发的内战时，斯候拉派贵族于1341年7月底从君士坦丁堡请回米哈伊尔，曾短暂地从拉兹派与安娜·阿纳胡特鲁·大科穆宁手中夺取了特拉比宗的统治权。但这一胜利极为短暂，米哈伊尔很快被推翻流放，斯候拉派的支持者遭到镇压，其他贵族在威尼斯商船的帮助下逃往君士坦丁堡，迎回米哈伊尔之子、年方20岁的约翰，再次成功夺取政权。“过了一段时间，6951年（1342）9月4日，周三，米哈伊尔之子约翰·科穆宁，带着两艘战船以及三艘热那亚船只（Γενου
τικ
κ
τεργα）抵达特拉比宗。就在那一年的9月9日，他们在金首圣母教堂……所有人都聚集到这里。然后进行了大规模报复和劫掠，那时天昏地暗，包括阿维札达里家族（'Αβυτζαντ
ριοι）在内的贵族们被处死，乔治（Γιωργ
ου）的母亲萨尔加丽（Σαργαλ
）被抓起来肆意玩弄，而公主阿纳胡特鲁则在当月的一个周日被杀。”
帕纳雷托斯是约翰三世的同时代人，其关于皇帝登基及统治的记载相对可靠。现代学者根据这一记载以及其他史料，对其中诸多细节作出补充。米勒称斯候拉派的贵族尼基塔以及格里高利奥斯等人逃往拜占庭京都后，成功劝服当时主政的皇后萨伏依的安娜（Anne of Savoy）将约翰交给他们。当他们返回特拉比宗时，正逢当地居民不满安娜即拉兹派的统治而发动起义，于是斯候拉派雇佣的外国军队趁机快速夺取了特拉比宗的政权。
芬利认为约翰及支持他的贵族们在特拉比宗东郊的大竞技场附近登陆，随后他们与安娜的支持者在街头巷尾爆发激战，最后成功击败对方，夺取了皇位。
根据帕纳雷托斯的记载，约翰三世即位后，在斯候拉派的控制下进行大清洗，拉兹派的许多贵族成员被羞辱，安娜·阿纳胡特鲁·大科穆宁公主则被处死，以避免她再次被反对派推举出来威胁新皇帝。然而，约翰三世清除了拉兹派并处死安娜公主后，其皇位并不稳固。帝国先是遭遇到外敌入侵，生活在南部本都山区的白羊部土库曼人（Amitiotai，或Aq Quyunlu）再次对特拉比宗发动侵扰。“6951年（1343年）6月，白羊部突厥人再次发动战争，不过空手而回。”
虽然这次白羊部的入侵未对特拉比宗帝国造成严重损害，但不久以后，帝国统治基层内部深刻的矛盾就将激化。
1344年5月，被关押在利姆尼亚的米哈伊尔突然被迎回，加冕为皇帝。帕纳雷托斯如此记述道：“6952年（1344年）3月，因为那位大统领太监（约翰）要求把被关押的米哈伊尔带离利姆尼亚，于是斯候拉派的大贵族动身前往利姆尼亚，带着米哈伊尔回到特拉比宗，并在5月3日周一加冕为皇帝。”
帕纳雷托斯的记载极为简短，只是说因在利姆尼亚看守米哈伊尔的大贵族约翰要求把他带走，斯候拉派的贵族就将他带回特拉比宗立为皇帝，这背后的矛盾与背景只字未提。
对此，现代学者们有着各种解读，在芬利看来，当时20岁的约翰三世完全是斯候拉派贵族的傀儡，他的权力无法在宫墙之外行使，只能凭借富足的国库钱财沉溺于各种奢侈品和愚蠢的娱乐活动，将对外防御完全交给外国雇佣军以镇压人们因不满而发起的各种反抗。而斯候拉派的主要贵族尼基塔则根据常年政变、叛乱的惯例，声称希望建立更好的特拉比宗，对约翰的做法严重不满，从而选择了被关押的米哈伊尔。
米勒则认为，斯候拉派不满意约翰三世没有听话地按照他们的意愿签署文件，只是以奢靡沉溺迷惑贵族们的视线，但还没有做出什么反抗就被斯候拉派贵族抛弃了。
米哈伊尔称帝后，约翰三世被废黜，关押在圣萨巴斯修道院。“他（米哈伊尔）的儿子被带到圣萨巴斯（
γ
ου Σ
βας）修道院关押，约翰皇帝统治了一年八个月。”
圣萨巴斯修道院坐落于特拉比宗附近的米特拉山（Minthrion）的悬崖上，在悬崖一侧有三座岩洞教堂，还在较低处岩石上建造有一座小礼拜堂，是天然的监狱。
一年之后的1345年11月，约翰又被送往君士坦丁堡，之后转到阿德里安堡，当阿莱克修斯二世即位后，正逢特拉比宗再次暴发瘟疫，“恰在此时，约翰·科穆宁从阿德里安堡逃离，来到西诺普，并死在那里”
。芬利认为，他是被突厥人抓获后杀死的。
但由于当时特拉比宗正暴发瘟疫，所以有学者认为西诺普可能也发生了瘟疫，约翰可能死于瘟疫。
约翰三世统治期间并未结婚，可能在阿德里安堡期间他结婚生子，当他去世后，他的孩子成功逃往热那亚人控制下的卡法，1362年，“约翰·科穆宁的儿子去了卡法（Καφ
），其后又去了加拉塔（Γαλατας）”
。
约翰三世统治时期的特拉比宗帝国虽然陷入内乱，政务、社会、经济严重失序，但从内战中各派的斗争可以看出，威尼斯与热那亚的舰队在其中起了不小作用，每次贵族们出逃均雇佣意大利人的船只，甚至可能雇佣他们的军队。例如，1342年斯候拉派带着约翰三世返回特拉比宗时就雇用了意大利人。因此当斯候拉派扶植约翰三世把控政权时，威尼斯与热那亚都与特拉比宗保持着比较友好的关系。1344年，威尼斯政府规定了威尼斯人前往特拉比宗的旅行规则。他们的首领“就像大使觐见皇帝那样，适当地表达尊敬，告诉他我们对于其古老生活的爱慕，以及在其帝国内的愉悦，祈祷神能不断保佑他，让他们的首领能够不断地获得特权；还让他们带着价值200杜卡特的礼物献给皇帝及其贵族。
在经济方面，约翰三世的统治期间基本保持适度发展，也发行了以其名字铸造的货币，但截至目前仅发现了这个时期发行的青铜币，它们依然延续着特拉比宗铜币的传统样式，两面分别为圣尤金与皇帝的正面立像。
显然，这个时期的特拉比宗皇帝成为各方政治势力角逐政治经济利益的工具，基本丧失了掌控帝国的实际权力。