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自明思宗下令全面清查阉党逆案以来，一重重障碍被清除，一个个阉党重要骨干被曝光，将阉党集团的名单及其罪行查清、坐实，公布于众的时机已经日趋成熟。
崇祯二年（1629）正月二十四日，明思宗在文华殿召见内阁辅臣韩爌、李标、钱龙锡，吏部尚书王永光，都察院左都御史曹于汴等人，要他们确定逆案的名单，强调“朕欲定附逆人罪，必先正魏、崔、客氏首逆，次及附逆者。欲分附逆，又须有据。”他将各地乞请建造生祠、称颂魏忠贤的奏疏交给他们，供确定逆案名单参考，并要求他们在内阁秘密查阅，以免受到外界的干扰。他还特别叮嘱，确定逆案名单，既要做到除恶务尽，又要区别对待，“如事本为公而势非得以，或素有才力而随人点缀，须当原其初心，或可责其后效。惟是首开谄附，倾陷拥戴，及频频颂美，津津不置，并虽未祠颂而阴行赞导者，据法依律，无枉无徇”
。然后提出一个初步名单，再同刑部尚书乔允升一道，依照律例做进一步斟酌。
负责议定逆案的这些官员，有的是魏忠贤或其心腹安插的，本身就是阉党分子，根本就不可能认真清查阉党。如吏部尚书王永光，长期依附阉党，仇视东林，在清查逆案时，处处庇护阉党分子。其他参加议定逆案的官员，有的虽然是明思宗即位后刚任命的，与阉党没有瓜葛甚至遭受过阉党的迫害，但他们面对阉党余孽的强大势力，也显得畏首畏尾，缩手缩脚。如新任内阁大学士、东林党人韩爌为人宽厚，钱龙锡为人谦和，都不想打击面过大，以免树敌过多。结果，他们只开列了一个一百四五十人的逆案名单。明思宗看后很不高兴，要求扩大范围，并加重惩处，最轻的也应该削籍。韩爌等内阁辅臣只好在名单上又增加数十人，明思宗还是不满意，要求按“称颂”“导赞”“速化”等几种类型分别开列上报，说：“忠贤一人在内，苟非外廷逢迎，何遽至此。其内臣同恶，亦当入之。”阁臣以外廷不知内廷之事来塞责，明思宗一针见血地指出：“岂皆不知，特畏任怨耳。”于是命人将司礼监的“红本”通通收缴上来，装在一个黄包袱里，召见辅臣说：“此皆红本，珰实迹也。宜一一按入之。”原来，在明武宗正德年间，宦官刘瑾专权，大臣的奏疏都要抄写两份，先将包着红色封皮的一份交给刘瑾，称为“红本”，另一份包着白色封皮的递交通政司，称为“白本”。魏忠贤专权时，虽位居秉笔太监，但他是个白丁，充当其谋主的掌印太监王体乾及李永贞等人，便仿照这种做法，由李永贞等人将大臣送上来的奏疏先摘出要点，告知魏忠贤，再由他议决施行。明思宗收缴的红本，就是由李永贞等人摘出的奏疏要点。他认为这些所谓红本，都是魏忠贤一伙阉宦结党营私的罪证，要求韩爌等人逐一按核，据以增补逆案的名单。韩爌等阁臣又推托说：“臣等职司票拟，三尺法非所习也。”明思宗又召见吏部尚书王永光，王永光也推托说：“吏部只谙考功法耳，不习刑名。”明思宗不得已，遂召刑部尚书乔允升，命其“据律定罪”
。
内阁辅臣韩爌与刑部尚书乔允升、都察院左都御史曹于汴，经过反复审核，呈上第三份逆案名单。明思宗看后，仍觉得遗漏太多。二月二十六日，他再次召见韩爌等辅臣及乔允升、曹于汴，责问道：“张瑞图、来宗道何不在逆案？”阁臣回答：“无事实。”明思宗说：“瑞图善书，为珰所爱；宗道祭崔呈秀母，文称‘在天之灵’，其罪著矣。”接着，又责问：“贾继春何以不处？”阁臣答曰：“其请善待选侍，不失厚道，后虽改口觉反复，其持论亦多可取。”明思宗说：“惟反复故为小人。”
于是退回这份名单，并列出红本有名而未被列入名单的 69 人，让他们重新审查酌定。
内阁辅臣韩爌、李标、钱龙锡和刑部尚书乔允升、左都御史曹于汴等大臣，见明思宗决心彻查逆案，便进一步扩大逆案范围，于三月十五日呈上第四份名单。明思宗亲加审定，名曰“钦定逆案”。这个钦定逆案的名单共分八等定罪。（一）首逆：魏忠贤、客氏 2 人，俱诛死，已正法。（二）首逆同谋：兵部尚书崔呈秀等 6 人，俱依谋大逆减等拟斩。（三）结交近侍：提督操江右佥都御史刘志选等 19 人，俱谄附当斩，秋后处决。（四）结交近侍次等：大学士魏广微等 11 人，俱遣戍。（五）逆孽军犯：东平侯魏志德等 35 人，俱发烟瘴地面永远充军。（六）谄附拥戴军犯：内监李实等 16人，俱放回原籍，革去冠带，为民当差。（七）结交近侍又次等：大学士冯铨等 128人，俱坐徒三年，纳赎为民。（八）祠颂：大学士黄立极等 44 人，俱依照考察不谨例，冠带闲住。
综观这个逆案名单，有个别不该列入逆案而被列入者，也有个别应该列入逆案而未被列入者。但总的来看，大体上还是做到实事求是，这对阉党集团是个沉重的打击，因而受到了正直官员和广大民众的欢迎。后来，南明弘光政权的大理寺丞詹兆恒在评述此案时，即赞誉道：“先皇手定逆案，芟刈群凶，第一美政。”
宦官专政是君主专制的产物，是皇权的一种异化现象。如果宦官不是以皇帝圣旨为后盾或是假传圣旨以行事，其权力是不可能超出宫门之外荼毒天下的。但是，明代的宦官专政，从王振、汪直、刘瑾直到魏忠贤，尽管都曾权倾一时，气焰嚣张，但最后都难逃覆灭的命运。这同汉唐的宦官专政大不相同。汉唐时期，宦官势力极度膨胀，不仅掌控行政、司法大权，还独揽军事大权，可以将皇帝变成自己的傀儡，甚至径直立君、弑君、废君。明代的君主专制高度发展，皇帝不仅掌控行政、司法大权，就连军权也牢牢地掌控在自己手中。明中期以后，在各省、各边设置镇守太监，在京城设置提督、坐营、监枪太监，让宦官染指军事权力，但这种军事权力并不完整。因为同他们一起掌握兵权的还有武将（总兵官、提督）和文官（巡抚），这些官员和宦官彼此互相牵制，最后均需听命于皇帝。因此，明代的权阉尽管气焰熏天，但他们终究是皇帝掌控之下的家奴，受宠而代行皇权。一旦皇帝觉察到他们对皇权构成威胁，一翻脸即可将他们从权力的顶峰推下去，使之跌个粉身碎骨。正如明代中后期著名的文学家、史学家王世贞所指出的：“夫振、瑾至狼戾也，公卿台谏至狐鼠伏也，亿兆至鱼烂也，然而不为汉、唐之季者，高皇帝收天下之权以归一人，即狼戾如振、瑾者，一
而忧，再
而危，片纸中夜下而晨就缚，左右无不鸟散兽窜，是以能为乱而不能为变也。”
明思宗在钦定逆案的同时，也在逐步地展开为受阉党迫害的仁人志士平反的工作。
天启年间，魏忠贤为了排斥异己，独揽朝权，曾采取极其残暴的手段，镇压杀害一批东林党人和倾向于东林党的清流派官员。为此，魏忠贤的心腹爪牙，先后炮制了一系列的黑名单，作为黜陟的依据。其中，比较突出的有内阁大学士魏广微于天启四年（1624）冬呈进的《缙绅便览》，它将投靠阉党的黄克缵、王绍徽、王永光、徐大化、贾继春、霍维华等五六十人列为“正人”，名下各加两圈或三圈，而将拒绝依附阉党的叶向高、韩爌、何如宠、成基命、缪昌期、姚希孟、陈子壮、侯恪、赵南星、高攀龙、乔允升、曹于汴、李邦华、郑三俊、杨涟、左光斗、黄尊素、周宗建、李应昇等百余人目为“邪党”，重者在名下加三点，次者加两点，让魏忠贤“据是为黜陟”。天启五年（1625），崔呈秀又向魏忠贤进《天鉴录》和《东林同志录》两份名单，“令忠贤凭以黜陟”。前一份名单首列“东林渠魁”叶向高、韩爌、孙承宗、刘一璟、赵南星、杨涟、惠世扬、高攀龙、左光斗、乔允升、曹于汴、钱谦益等；次列“东林协从”孙鼎相、徐良彦、熊明遇等；后面又列出所谓“真心为国，不附东林”的顾秉谦、魏广微、王绍徽、冯铨、王永光、霍维华、徐大化、周应秋、薛贞、崔呈秀、闫鸣泰、王在晋、杨维垣等若干人。后一份名单在录题之下注明是“补点将录”，首列辅臣叶向高以下 6 人，词林孙慎行以下 19 人，部院李三才以下 57 人，诸臣卿寺顾宪成以下 73 人，台省黄尊素以下 41人，还有部郎常博、藩皋郡邑、任子赀郎武弁等各若干人。天启五年八月，王绍徽还仿照《水浒传》一百零八将之例，编写了一个《东林点将录》，开列托塔天王李三才、及时雨叶向高、玉麒麟赵南星、智多星缪昌期、入云龙高攀龙、浪子钱谦益、圣手书生文震孟、神机军师顾大章等三十六天罡星、七十二地煞星，献给魏忠贤，“令按名黜汰”
。后来，御史严承钦还嫌 108 人的名单未能网罗所有的东林党人，又仿效宋朝的《元祐党人榜》，炮制一份所谓东林党人 309 人的大名单，交给魏忠贤，于天启五年十二月以皇帝谕旨的形式刊布全国，称为《东林党人榜》。此外，魏忠贤及其亲信，还按籍贯、职务、已处未处以及日期，编制了《东林籍贯》《东林同志录》《东林朋党录》等黑名单。这些黑名单，把凡是不依附阉党的人，都加上东林的大帽子，进而迭兴大狱，对他们进行残酷的迫害。
阉党兴起的大狱，以“六君子之狱”和“七君子之狱”最为惨烈。天启五年（1625）三月底，魏忠贤编造受贿的罪名，将东林党的重要骨干杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章逮入诏狱，严刑拷打，“究问追赃”。这六位东林党人誓死不屈，表现出高尚的气节。杨涟先被打得肋骨寸断，并用“土囊压身，铁钉贯耳”
，仍不屈服，最后被用铁钉钉入脑壳而亡。临终时，他犹写下血书，表达自己视死如归的傲然正气：“仁义一生，死于诏狱，难言不得死所，何怨于天，何憾于人……大笑大笑还大笑，刀砍东风，于我何有哉！”
左、袁、魏、周、顾五人，也都英勇不屈，惨死狱中。天启六年（1626）二月，魏忠贤又矫诏以“欺君蔑旨”的罪名，下令逮捕著名的东林党人周起元、周顺昌、周宗建、缪昌期、李应昇、高攀龙、黄尊素。三月十五日，锦衣卫官旗到苏州逮捕周顺昌，苏州全体市民罢市。十八日，锦衣卫官旂在县衙开读逮捕令，数十万市民集结衙门之外，最后冲进衙署，痛打锦衣卫的官旂。这就是明史上著名的“开读之变”。事变之时，周顺昌一直在场，独自吟诵于谦的诗句：“粉身碎骨浑不怕，要留清白在人间！”三月十七日，锦衣卫官旂前去无锡逮捕高攀龙的前一天，高攀龙在家中已经得到消息，但仍谈笑自若。第二天一大早，他先离家拜谒宋代大儒杨时的祠堂，再回家中的后园，和两个门生一起饮酒。周顺昌被捕的消息传来，他平静地笑道：“吾视死如归尔，今果然矣。”然后起身回房中与夫人说了一会儿话，出来后“作字二纸”，一为遗表，一为别友人书。当晚，他整好衣冠，自沉于后园池中。家人打开他的遗表，上面写道：“臣虽削夺（高攀龙原任左都御史，后被阉党削籍），旧为大臣。大臣受辱则辱国，故臣北面稽首，效屈平（屈原名平）之遗则。”
除高攀龙外，其他六位东林党人均惨死于诏狱之中。
除了“六君子”和“七君子”，其他许多东林党人和一些正直的清流派官员，也都惨遭阉党的迫害，或被杀，或自尽，或遭禁锢，或被放逐。据史载：“自（天启）四年十月，迄熹宗崩，毙诏狱者十余人，下狱、谪戍者数十人，削夺者三百余人，他革职贬黜者不可胜计。”
随着魏忠贤的倒台，人们自然想到那些遭受阉党迫害的东林党人和清流派官员，认为必须为之平反昭雪。崇祯元年（1628）正月初五日，翰林院编修倪元璐即上疏，说最近读到杨维垣的奏疏：“臣顷阅章奏见攻崔、魏者，必与东林并称邪党。夫以东林为邪党，将以何者名崔、魏？崔、魏既邪党矣，击忠贤、呈秀者又邪党乎哉！”
杨维垣上疏狡辩，说判断忠直不应以是否反对崔、魏为标准，况且东林党人也有许多不足之处。倪元璐再次上疏驳斥杨维垣，盛赞“东林自邹元标、王纪、高攀龙、杨涟外，如顾宪成、冯从吾、陈大绶、周顺昌、魏大中、周起元、周宗建等之真理学、真气节、真情操、真吏治，戍遣如赵南星之真骨力、真担当”，并说：“以崔、魏定邪正，譬之以镜别妍媸。总之，东林在今日，当曲原其高明之概，不当毛举其纤寸之瑕，而揭揭焉代逆珰分谤。”
当时魏忠贤、客氏及阉党的首恶分子尚未受到严惩，明思宗批示：“朕总览人才，一秉虚公，诸臣亦宜消融意见，不得互相诋訾。”
直到二十六日，明思宗下令将魏、客、崔三犯戮尸于市，并严惩“五虎”“五彪”，这才决心为遭受阉党迫害的官员平反昭雪。
崇祯元年（1628）二月，明思宗宣布废除杨涟等人在狱中被强加的、诬陷的罪名。接着，南京给事中陈尧言上疏，要求为遭受阉党削夺官职的官员平反，重新起用。吏部拟出一个包括内阁大学士刘一璟、韩爌，吏部尚书周嘉谟，礼部尚书孙慎行，左都御史曹于汴，通政使刘宗周，詹事钱谦益，翰林文震孟、陈子壮等人在内的90 多人的名单，请求“先准复原官，致仕仍给与应得诰命，俟各衙门从公酌议妥确，分别起用”。明思宗批复：“废籍诸臣，沉沦已久。朕此番昭雪，非徒弘旷荡之恩，正欲考其进退始末，以衡人品。”要求吏部将这 90 多名官员的削逐情节“分别项款，细开具奏”
。到四月，他正式宣布恢复刘一璟、韩爌、周嘉谟等 90 多名官员的原有官职，到年龄应致仕者补给诰命，其中品望、年力可用者可酌情再度起用。
在给事中陈尧言上疏五天之后，工科给事中颜继祖上疏，请求为被阉党迫害致死的万燝、周起元、周顺昌、周宗建、李应昇、黄尊素、缪昌期、丁乾学赠荫，以示平反。明思宗下令部议。经部议后，明思宗于崇祯元年三月正式宣布，为原都察院左都御史邹元标、高攀龙，左副都御史杨涟，左佥都御史左光斗，工部尚书冯从吾，应天巡抚、右佥都御史周起元，给事中吴国华、魏大中，太仆寺少卿周朝瑞，御史吴裕中、周宗建、黄尊素、李应昇、夏之令、袁化中，吏部员外郎周顺昌，工部郎中万燝，吏部郎中苏继欧，左谕德缪昌期，翰林检讨丁乾学，陕西按察副使顾大章，扬州知府刘铎，刑部员外郎张汶等恢复名誉，各赠荫有差。九月，明思宗又下旨，为已故诸君子追赠官衔、谥号。这一系列平反昭雪的举措，大大打击了邪气，提升了正气。
明思宗还注意从魏忠贤的专权乱政中吸取教训，并采取相应措施，以防宦官专政的重演。天启七年（1627）十一月，他下令将魏忠贤贬谪凤阳为皇陵司香，并命查抄客、魏家产后，即下令撤回魏忠贤派驻各镇的内臣，谕曰：“矧宦官观兵，古来有戒。朕今于各处镇守内官尽行撤回，一切相度机宜，约束吏士，无事修备，有事却敌，俱听经、督便宜调度，无复委任不专，体统相轧，以藉其口。”
后来，又重申永乐时所制定的《自宫禁例》，禁止民间私自阉割入宫为宦。他告谕礼部：“朕览《会典》，自宫禁例一款：‘民间有四五子以上，许以一子报官阉割，有司造册送部院收补日选用，敢有私自净身者，本身及下手之人处斩，全家发烟瘴地面充军，两邻歇家不举者治罪。’我祖宗好生德意，真至周密，故立法严明。近来无知小民，希图财利，私行阉割，童稚不堪，多至殒命，违禁戕生，深可痛恨。自今以往，且不收选。尔部可宣布朕命，多列榜文，谕到之日为始，敢有犯者，按法正罪。”
崇祯元年（1628）正月，又规定所有宦官都须值班，除非有特殊的命令，一律不许走出宫门。二月，又戒谕外廷大臣，不许他们结交宦官。
明思宗受命于危难之际，即位后深思熟虑，采取静以待变的策略，先是不动声色地稳住魏忠贤，暗中则加紧策划，潜移默夺，步步为营，稳扎稳打，一待时机成熟，便一举加以铲除，显示出过人的眼光和智慧，受到广大臣民的赞誉。明思宗的日讲官文震孟之子文秉即称赞说：“烈皇昔由藩邸入继大统，毒雾迷空，荆棘满地，以孑身出入于刀锋剑芒之中，不动声色，巨奸立扫，真所谓聪明睿智，神武不杀者耶！”