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在严惩魏忠贤、客氏、崔呈秀三个阉党集团的元凶之后，清查阉党余孽的工作随之逐步展开。
天启七年（1627）十月，崔呈秀倒台返乡后，魏忠贤的一些心腹、党羽如杨朝、李实、李希哲、冯玉、李进、倪文焕、周良材、张元芳、吴淳夫、白太始、魏扶民、涂文辅、王体乾，先后遭到弹劾，或被迫辞官，或被免职。十一月，揭发弹劾阉党分子的奏疏不断增加，又有李明道、崔文昇、周应秋、张凌云、陈大同、田吉、刘志选、田尔耕、孙云鹤、朱童蒙、李春茂、黄宪卿、张我续、陈九畴、薛贞、刘诏、梁梦衮、孙杰、李夔龙等，被先后免官。
魏忠贤的心腹李永贞，在明熹宗死后已预感到前途不妙，在明思宗即位后第四天便告病请求辞职，于九月初七日得到批准。十月初，他干脆将外宅小院的院墙砌死，仅留一个小洞让家人给他送水送饭，自己躲在里面读书。到月底，得知魏忠贤请求辞职得到批准的消息，认为风波即将平息，便拆墙而出。本来他想找徐应元联络，不料徐应元却在十一月初遭到明思宗的斥逐，这才慌了手脚，急忙暗中派人去找太监王体乾、王永祚、王本政，各送 5 万两银子，希望他们能在皇上面前为他美言几句。但这三个太监怕受连累，都把银两呈献给了皇上。李永贞吓得魂飞魄散，连夜和他的外甥孙济化装逃跑。十月二十六日，明思宗下令将其降为净军，谪戍湖广显陵。十二月初九日，李永贞被捉获，押赴显陵。崇祯元年（1628）二月，李永贞又与徐应元一起被谪戍凤阳。
经过一段时间的清查，许多阉党骨干和亲信受到免职和惩处，但仍有不少阉党的党羽盘踞要职，整个阉党的罪行也未受到彻底的清算。如不解决这些问题，就无从扭转国家的危局。天启七年（1627）十二月二十三日，明思宗乃“命定逆案”
，下令对阉党集团进行一次全面的清查，依照明律，对其做出审查结论。
但是，由于明思宗在即位之初，担心打草惊蛇，未对各个行政、司法、监察机构进行改组，内阁和各部、院、卿、寺充斥着魏忠贤的亲信、党羽，他们便千方百计进行阻挠和破坏。天启七年十一月，户科左给事中李觉斯上疏弹劾魏忠贤的“五虎”“五彪”“十孩儿”，说：“魏忠贤、客氏、崔呈秀冒滥弟侄亲属俱已远戍，中外咸歌舞之矣。然其‘十孩儿’‘五虎’造恶较弟侄尤甚，不尽置于重典，尚令扬扬而归。内官李实下手杀人，涂文辅奸欺横索，宜一体究遣。”明思宗“从之”，“令法司一并议奏”
。但刑部尚书苏茂相、左都御史曹思诚、大理寺署印少卿姚士慎却对“五虎”“五彪”等阉党骨干曲加庇护。他们审议了一番，竟然提出这样的处理意见：“吴淳夫、倪文焕当削秩、夺诰命；田吉、李夔龙褫职；田尔耕、许显纯当逮论；杨寰、孙云鹤、崔应元等当削夺。”
明思宗认为惩治太轻，下令再议。他们仍然阳奉阴违，重新提出一个处理方案：依照明律“职官受财枉法”的律条，将吴淳夫、李夔龙、田吉、倪文焕改判发配边疆卫所充军，并由各自原籍的抚按官员对他们进行追赃，其中倪文焕 5000 两，吴淳夫 3000 两，李夔龙、田吉各 1000 两；依照明律“职官故勘平人因而致死”的律条，改判田尔耕、许显纯监候处斩；依照明律“同僚知情同勘”的律条，改判崔应元、杨寰、孙云鹤充军边卫。这个方案一公布，舆论愤愤不平，一片哗然。
为了推动清查工作的开展，明思宗决定对内阁大臣进行调整。他刚登基之时，内阁首辅为黄立极，次辅施凤来，阁臣还有张瑞图、李国
，他们都依附听命于魏忠贤，当然不能指望他们为清查工作出力。当时为了集中精力扳倒魏忠贤，明思宗对内阁并没有任何动作；相反，当有人弹劾内阁辅臣时，他反而指责其“逞臆轻诋”，对被弹劾的辅臣多加安抚。随着清查工作的深入，改组内阁的时机逐渐成熟。天启七年（1627）十一月中旬，首辅黄立极和另三位阁臣联名上疏请求增补阁臣，明思宗令按旧例，由九卿及科道官员廷推，结果推举孟绍虞、钱龙锡等 12 人，报请明思宗点用。当月下旬，黄立极致仕还乡。十二月，明思宗为了破除“阿党”的弊疾，命以枚卜法选用，结果选出钱龙锡、李标、来宗道、杨景辰、周道登、刘鸿训 6 人。崇祯元年（1628）五月，施凤来、张瑞图、李国
相继致仕，来宗道、杨景辰、李标、刘鸿训、周道登、钱龙锡相继入阁任事。来宗道一度出任首辅，杨景辰为次辅，两人都是《三朝要典》的副总裁，群臣纷纷请毁《三朝要典》，他们难辞其咎，于六月致仕。李标继为首辅，钱龙锡与刘鸿训协力辅助，三人都是东林党人，刘鸿训曾在天启元年（1621）任少詹事，后因得罪魏忠贤而遭罢斥。崇祯元年四月，曾被召回任为礼部尚书兼内阁大学士。此时魏忠贤虽已被诛，但其党羽势力犹盛，其他阁臣皆畏首畏尾，他却挺身而出，冲破重重阻力，罢斥杨维垣、李恒茂、杨所修、田景新、孙之獬、徐绍吉、张讷、李蕃、贾继春、霍维华等阉党分子，获得广泛赞誉。但他也因此遭到阉党余孽的合力攻击，于当年十月被罢官。不过，当年十一月，曾遭魏忠贤迫害的原天启朝首辅、东林党人韩爌还朝复职，与李标、钱龙锡一起主持阁务，清查阉党的工作继续深入。
清查阉党集团的工作，还碰到一个很棘手的难题，即如何对待魏忠贤一伙炮制的带有明熹宗钦定假象的《三朝要典》问题。
《三朝要典》一书，主要是万历、泰昌、天启三朝有关梃击、红丸、移宫三案的文献汇编。三案涉及万历、泰昌、天启三朝最高统治集团内部的斗争，关系到由谁执掌最高统治权力的重大问题，如何对待三案就成为一个敏感的政治问题。天启初年，东林党人一度执掌朝廷的大权，他们对三案的看法成为当时官方的论断，认为东林党在三案之争中是主持正义，有功于国家社稷的。他们主持修纂的《光宗实录》也是依照这种观点来编撰的。到天启五年（1625），当魏忠贤的势力占据上风后，他们便极力为三案翻案。经过一番密谋策划，当年二月，时任御史的阉党分子杨维垣首先上疏为梃击案翻案，说当年主持此案审查、现任刑部侍郎的东林党人王之寀不但无功，而且有罪，魏忠贤即借此将王之寀革职为民当差。四月，魏忠贤的谋主、时任给事中的霍维华继之上疏，洋洋数千言，全面否定三案，大肆攻击刘一璟、韩爌等与三案有关的东林党人，并赞扬与东林党人对立的范济世、刘廷元等浊流派官员。当时人说：“此疏乃一部《三朝要典》也。”
受魏忠贤摆布的明熹宗，竟下旨曰：“这本条议，一字不差。”
韩爌等人被削夺，而范济世等人则分别被起用。天启五年（1625）五月，礼科给事中杨所修进一步建议：“三案宜仿《明伦大典》，命史臣成书，以示天下。”
《明伦大典》是明世宗命史馆编纂的，采用《资治通鉴》之例，以年月日为纲，汇集议礼派的有关奏疏和张璁所写的记述大礼议发展过程的纂要，书前有明世宗所作的序，成为一部有关议礼的钦定著作。杨所修的建议，就是要求仿照《明伦大典》的编纂方法，将浊流派官员有关三案的奏疏汇编成书，后面再附以史臣的论断，以统一天下的舆论。明熹宗表示同意，于是以内阁首辅顾秉谦等人为总裁的一帮纂修官，正式开馆编纂。到六月，编纂完成，名曰《三朝要典》。全书共 24 卷，全面否定此前有关三案的结论，极力诋毁东林党人。书前冠以顾秉谦代拟的明熹宗“御制序”，以图用钦定的大棒来钳制舆论。天启六年（1626）十月，阉党集团又着手改修《光宗实录》，凡是涉及三案的史事，一律依据《三朝要典》进行改写。
由于《三朝要典》前头冠有顾秉谦代拟的“御制序”，带有明熹宗钦定的假象，否定此书就带有很大的政治风险，所以在清查工作刚开始时，没有人敢于触及这个问题。随着清查工作的逐步深入，人们逐渐认识到，《三朝要典》必须彻底否定，否则，东林党人和清流派官员在三案中保护明光宗、明熹宗的行为就是非法的，而站在他们对立面的魏忠贤以及后来投靠他的浊流派官员的行为反倒是合法的，清查阉党的工作也就变成非法的行为。崇祯元年（1628）三月，新任南京兵部武选司主事别如纶大胆上疏，请求对《三朝要典》重新进行评判。奏疏说：“圣人御宇，霾雾全消，乃是非未定之关，急宜商榷者则《三朝要典》是也。”《三朝要典》中指为奸邪而遭斥逐、诛窜者，哪个不是今日济济在位与谆谆启事之人？哪个不是皇上许恤许谥为理学气节之人？如果仍然把它当作信史看待，那还有是非可言吗？许显纯之流当日奉魏忠贤指使，诬陷杨涟、左光斗的文字，都载在《三朝要典》之中，难道还要作为确论传之后人吗？崔呈秀已被抄家戮尸，他写的一篇疏文赫然列于《三朝要典》的篇末，难道还要保存而与皇上的圣意相悖吗？“皇上若不以臣言为非，下之九卿、科道，宣付史馆，博采群议，令各注《要典》内之议论孰是孰非，集此众论以揽天下之公议，议论自一，是非自定，起废恤谥诸大典归于一是，而已决未决之大狱引于正律矣。”
明思宗阅后，担心重新引发党争，未予采纳。
过了一个月，翰林院侍读倪元璐再次上疏，进一步奏请销毁《三朝要典》。早在崇祯元年（1628）正月，当魏忠贤及崔呈秀已死并被抄没家产，阉党分子杨维垣曾经上疏，将东林党人和魏、崔一并称作“邪党”，企图把水搅浑。倪元璐就曾上疏为东林党人辩白，力辟东林为“邪党”之说，四月，他再上《毁要典疏》，一针见血地指出：“臣观梃击、红丸、移宫三案哄于清流，而《三朝要典》一书成于逆竖，其议不可兼行，而其言不可不速毁……杨涟（弹劾魏忠贤）二十四罪之疏发，魏广微（曾炮制《缙绅便览》，分别开列魏党与东林党人名单）门户之见兴，于是逆珰杀人则借三案，群小求富贵则又借三案。经此二借，则三案之面目全非。”
话中点出了阉党集团借总结三案的历史，以歪曲史实的手法来镇压东林党人的实质，表明其对三案历史的总结旨在行一己之私，是违背天下之公论的。明思宗读过奏疏，觉得言之有理，令内阁辅臣来宗道代为票拟谕旨。来宗道多年取媚于魏忠贤，不满倪元璐的奏疏，但既然皇上命其代为拟旨，他只好拟出这样一道谕旨：“所请关系重大，着礼部会同史馆诸臣详议具奏。”明思宗看了不甚满意，在后面加了一句：“听朕独断行。”
即对《三朝要典》如何处理，请礼部和史馆诸臣提出意见后，由他最后定夺。
明思宗的谕旨一下，大臣议论纷纷，大多数支持倪元璐的主张，要求销毁《三朝要典》。魏忠贤的党羽、翰林院侍讲孙之獬跑到内阁哭诉，力言《三朝要典》不可毁。接着，又上疏说《三朝要典》有明熹宗的“御制序”，岂可投之于火？皇上是先皇的亲弟，属同枝继立，何必如此忍心狠手？他还以生病为由，提出辞职。御史吴焕随即上疏，予以驳斥，指出孙之獬所谓《三朝要典》有明熹宗的“御制序”，是以先皇的“御制”来压当今的皇上，使之不敢动；至于“忍心狠手”之说，更是功罪不明，邪正颠倒。因此，他要求明思宗立即将孙之獬革职，以为无礼于君主者戒。来宗道接到此疏，极力庇护孙之獬，他代明思宗拟旨曰：“孙之獬已经回籍，词林闲局，不必过求。”
当年翻三案的急先锋、协理戎政兵部尚书霍维华，此时也跳出来，力持《三朝要典》不可毁之说，主张对其稍作“删正”，而不必弃毁。
经过反复的辩论，明思宗终于明白，《三朝要典》如不彻底否定、销毁，清查阉党集团的斗争就难以继续开展，阉党余孽也难以彻底清除，势必后患无穷。五月初十日，他颁布谕旨：“朕惟皇祖皇考洎于熹皇，止慈止孝，炳若日星，载之实录，自是光昭盛美。乃复增《三朝要典》一书，原不能于已明之纲常复加扬阐，徒尔刻深傅会，偏驳不伦，朕无取焉。”
下令将皇史宬收藏的《三朝要典》取出，用火焚毁，并传示全国各处官府、学宫，将所有《三朝要典》书籍及刻版一概销毁。《三朝要典》的销毁，为阉党的清查扫除了一大障碍，清查工作的步伐逐渐加快。