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明思宗在即位诏中宣布：“朕以冲人（幼童）统承鸿业，祖功宗德，惟祗服于典章，吏治民艰，将求宜于通变。”
意即他将遵循祖制，并根据现实的需要，着力整顿腐败的吏治，解决民生的困苦，以图实现广大臣民期盼的“中兴之治”。不过，这毕竟不是朝夕之间可以一蹴而就，当前急需解决的是以魏忠贤为首的阉党集团问题。因为这个毒瘤不割除，不仅“吏治民艰”问题无法解决，就连自己的宝座也有倾覆之虞。因此，明思宗在继位之后，首先考虑的是采取何种策略，从哪里下手铲除阉党集团的问题。他深知，魏忠贤经过多年的经营，亲信党羽遍布朝廷内外，盘根错节，自己稍有不慎便会招来灭顶之灾。经过反复的斟酌，他决定采取静以待变的策略，先不动声色，稳住魏忠贤，然后潜移默夺，稳扎稳打，一步步清除其党羽，剥夺其权力，待时机成熟，再一举将其铲除。
即位之初，明思宗以大智若愚的姿态，按照传统新君登极的惯例，集中精力处理后妃的册封之事，为先帝选择昌平的潭峪岭作为陵址，动工建陵，并在文华殿开始接受作为皇帝传统教育的日讲。对魏忠贤，则按照皇兄“魏忠贤可任也”的遗嘱，让他及其心腹、亲信继续留任原职，该赏赐的赏赐，该荫官的荫官，不让他们感到有什么变化，以便稳住他们。
魏忠贤自然不想失去手中的权势，他又像当年巴结明熹宗那样，给明思宗送去四名绝色女子，试探其态度。明思宗为了不引起魏忠贤的怀疑，全都收入宫中。但待她们入宫之后，即命人对这四名女子进行搜身，结果在其裙带末端佩带的香囊里各搜出一粒黍子般大小的“迷魂香”。据说男子一接触此物，即刻心旌摇动，亟思淫欲。但明思宗本来就“不迩声色”
，他即将这些迷魂香全部毁弃。魏忠贤仍不死心，又命小太监在明思宗平常批阅奏章、面见大臣的偏殿复壁里，偷偷点燃起一种迷魂香。有天晚上，明思宗正与几位大臣议论朝政，忽然隐隐约约地闻到一股奇异的幽香，不觉怦然心动。他站起来，命近侍太监秉烛仔细巡视偏殿，但没有发现什么异样的东西。过一会儿，远端的墙角闪现点点微弱的火星，他又命太监挖开复壁，竟发现里面坐着一名持香的小太监。经审问，小太监交代是魏忠贤命他在暗壁里点燃迷魂香的。明思宗不由感叹道：“皇考、皇兄皆为此误也！”
下令以后不许在偏殿里点燃此香，但未追究作为幕后指使者魏忠贤的罪责，以免惊动魏忠贤。
魏忠贤见他的色诱之计虽未能成功，却也没有受到惩罚，不知这个新君葫芦里究竟卖的什么药，感到浑身不自在。他忽然想起原信王府有个颇得明思宗信任的太监徐应元。此人是他过去赌场上的老朋友，何不找他套套近乎，摸摸皇上的底细，讨教点对策呢？于是，便“屈身事之，馈之异宝，结为兄弟”。徐应元“告以辞东厂印”
，要他辞掉东厂提督的职务，暂避锋芒。魏忠贤心想，以退为进，不失为一种好计策，反正我交出东厂提督的大印，手里还攥着司礼监秉笔太监的印把子，掌握着替皇帝批红的大权，将来有机会再翻盘也不难。九月初一日，他上书请辞东厂提督之职。孰料明思宗不仅没有批准，反而好言劝慰，魏忠贤还是无法猜透这位年轻君主的心思。
魏忠贤仍然贼心不死，继续放出试探气球。九月初三日，他让亲密伴侣客氏请求从宫中迁回私宅。第二天，他的亲信王体乾又请辞司礼监掌印太监之职。客氏是以明熹宗乳母的身份入宫的，明熹宗断奶之后她就应该出宫，何况如今明熹宗已死，她更没有理由留在宫中，明思宗便顺水推舟地予以批准，借以隔断她与魏忠贤的联系，难以再形成合力，控制内廷。魏忠贤虽然心中不悦，但也觉得明思宗此举合乎情理，没起太大的疑心。王体乾原是尚膳太监，后迁司礼监秉笔太监。当明熹宗任命王安为司礼监掌印太监时，王安按惯例推辞，“体乾急谋于客、魏夺之，而置安于死”
，此后，他一味阿附魏忠贤，为之出谋划策，成为魏忠贤的一个重要谋士。魏忠贤虽任秉笔太监，但目不识丁，所有的票红文书和改票之事，都由王体乾替他操办。一动王体乾，马上就会惊动魏忠贤，因此，对王体乾的请辞，明思宗则坚决予以回绝。
九月十四日，右副都御史、署南京通政司事的阉党分子杨所修，由于阉党内部的矛盾，上疏弹劾魏忠贤的亲信、兵部尚书兼左都御史崔呈秀，工部尚书李养德，太仆寺少卿陈殷，延绥巡抚朱童蒙等人，说他们的父母过世，都因先帝的命令夺情留任，有悖以孝治天下的准则，希望皇上准许他们回籍守制，明思宗“不听”
。崔呈秀与陈殷因为心虚，两天后请求回乡守制。明思宗批准了陈殷的请求，而崔呈秀之请则不许。因为崔呈秀是魏忠贤的重要谋主，他若一动，必然会引起魏忠贤的警觉。
九月二十四日，国子监司业朱之俊又上疏弹劾监生曹代阿、陆万龄、储寓奇，揭发他们首倡在国子监西侧为魏忠贤建造生祠，应予治罪。明思宗下令将曹、陆、储等监生逮捕下狱。魏忠贤见苗头不对，赶紧奏请将准备用来建造新的生祠的钱粮解送辽东充当军饷，明思宗立即批准。二十五日，江西巡抚杨宪邦、巡按御史刘述祖不知好歹，上疏为魏忠贤歌功颂德，请求为之建立“隆德祠”。魏忠贤慌忙请人代为起草一个《久抱建祠之愧疏》，上奏明思宗，请求停止建祠。明思宗觉得清除魏忠贤的时机尚未成熟，批复道：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”
魏忠贤一看，未建的生祠不许建造，已建的似乎仍可存在，并未深究，长长地舒了一口气。崔呈秀更是呼朋引类，大搞贪污，同先前没有两样。
为了稳住魏忠贤一伙，明思宗在九月二十七日，分别赐给魏忠贤侄子太师宁国公魏良卿、侄孙少师安平伯魏鹏翼铁券。接着，又给魏忠贤的一批亲信、党羽荫官晋爵。
明思宗表面不动声色，暗中却加紧进行铲除魏阉集团的准备。即位之后，他就将原在信王府侍奉自己的宦官“尽易以新衔，入内供事”。原在宫中供职的魏忠贤心腹李朝钦等太监陆续要求休致，明思宗全都批准，接着又遣散其家丁，“逆贤羽翼剪除一空”
。九月二十七日，举行周皇后的册封典礼之后，明思宗将皇后的父亲周奎由南城兵马司副指挥提升为右军都督同知，又将皇后的兄长周炳文、周文耀擢为兵马司副指挥，以加强京城的巡捕。十月，明思宗又亲至内教场检阅魏忠贤建立并操控的内操军。阅操完毕，令诸武阉都到兵部领赏，待他们出了宫门，即传谕内丁：“着各散归私宅，不许复入！”
从而消除了宫廷的一大隐患。
尽管明思宗采取了一些优容魏忠贤的措施，但不少人还是从他惩处陆万龄等监生，不许再为魏忠贤建造生祠以及停止内操的举措中，捕捉到魏阉集团终将遭到毁灭的信息。十月十四日，继杨所修弹劾崔呈秀等人之后，阉党分子、云南道御史杨维垣再次上疏，指责崔呈秀“立志卑污，居身秽浊”，“指缺议价，悬秤卖官”，还说“先帝信任厂臣（指魏忠贤）甚专，而厂臣亦孜孜竭力，任怨任劳，以图报称，此其所长也。独是误听呈秀一节，乃其所短”。明思宗仍斥其“率意轻诋”，未做处理。十九日，杨维垣再次上疏，弹劾崔呈秀“恃权纳贿”，并说“不知者谓呈秀于厂臣为功首，于名教为罪魁，臣谓呈秀毫无益于厂臣，而且若为厂臣累”。明思宗下旨，“令静听处分”。直到二十一日，崔呈秀再三请辞，乃下令免去其官职，“归守制”
。
魏忠贤的谋主、掌握最高军事和监察大权的崔呈秀的免职，立即引起巨大的反响。弹劾魏忠贤的奏疏雪片似的纷至沓来。工部都水司主事陆澄源、兵部武选司主事钱元悫、浙江海盐贡生钱嘉征陆续上疏，弹劾魏忠贤。钱嘉征的奏疏揭发魏忠贤并帝、蔑后、弄兵、无二祖列宗、克削封藩、无圣、滥爵、掩边功、朘民、通同关节等十大罪状，行文纵横恣睢，鞭辟入里。明思宗阅后击节赞赏，当即召见魏忠贤，命内侍读给他听，“一曰并帝。夫天无二日，而阿附诸臣凡有封章，必先关白忠贤，至颂莽功德，必以上配先帝，及奉俞（谕）旨，必曰‘朕与厂臣’，从来有此奏体否？滔天之罪一也。二曰蔑后。夫中宫，天下臣民之母后也。皇亲张国纪未罹不赦之条。闻先帝令忠贤宣皇后，而忠贤灭旨不传，致皇后当先帝御前面折逆奸，遂罗织皇亲，多方欲致之死，几危中宫，滔天大罪二也。三曰弄兵……”
魏忠贤跪在地上听着，直冒冷汗。告别皇上后，他踉踉跄跄地回到宫中，愁眉紧锁，无计可施。第二天，只好借口“患病不能供职”，请求辞职。明思宗当即准其“私家调理”，也就是辞职回家，调理身体。同时，下令将魏忠贤之侄、宁国公魏良卿降为锦衣卫指挥使，东安侯魏良栋降为指挥同知，侄孙安平伯魏鹏翼降为指挥佥事。并令拆毁各地为魏忠贤所建生祠，折价变卖，资助边饷。
许多大臣继续上疏，揭发魏忠贤及其心腹爪牙的罪行。十一月初一日，明思宗以除恶务尽的坚决态度发布谕旨，历数魏忠贤的罪状，下令“谪忠贤凤阳祖陵司香”，即贬至凤阳看守明太祖父母的坟墓，并“命太监张邦诏等籍客、魏家产”，“其冒滥宗戚，俱烟瘴永戍”
。就在这个关键时刻，明思宗身边的太监徐应元跳出来为魏忠贤辩解。明思宗查明，魏忠贤当初请辞东厂提督之职，是徐应元出的点子，遂下令将徐应元贬至湖广安陆显陵当差，后改谪凤阳。
魏忠贤在接到将他贬谪凤阳、籍没家产的御旨后，即命其心腹爪牙在官府前来抄家之前，将多年搜刮来的金银财宝、稀世古玩转移藏匿，其他财物装满 40 辆大车，准备随身带到凤阳享用。他命亲信李朝钦和家丁六十儿随自己前往凤阳，并令自己私养的 800 名家丁，携带近千匹骏马，全副武装护送；还暗中叮嘱心腹李永贞、王朝用等，让他们随时将朝中大事快马飞报给他。准备就绪后，魏忠贤一行前呼后拥，浩浩荡荡地出了北京城，向南而去。不少市民沿途驻足围观，议论纷纷，个个义愤填膺。
明思宗很快从通政使司杨绍震的奏疏中，得知魏忠贤离京时得意扬扬的情况，异常恼怒，立即传谕兵部：“朕御极以来，深思治理。而有逆恶魏忠贤，擅窃国柄，蠧盗内帑，诬陷忠直，草菅人命，狠如狼虎，本当肆市以雪众冤，姑从轻降发凤阳。不思自惩，将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然。令锦衣卫官旂扭解押赴。跟随群奸，即时擒奏。”
兵部接旨，即遣千户吴国安率众锦衣卫卒，兼程前往扭解。
魏忠贤一行，经良乡、涿州、新城、雄县、任丘、河间、献县，于十一月初七日抵达北直隶河间府距阜城县 20 里的新店。李永贞派快马飞报，告知皇上的逮捕令。魏忠贤吓得面如土色，浑身瘫软无力，好不容易在随从的护送下抵达阜城，住进一家尤氏旅店。夜晚，他僵卧在冰冷的床铺上，长吁短叹，自忖率众抵抗，必败无疑，但若束手就擒，被押回京师，必将遭受残酷的极刑，还不如自行了断，便解下腰带，悬梁自尽。随从太监李朝钦从梦中惊醒，见主子已死，也自缢而亡。天亮后，负责押送的刘应选发现魏忠贤已死，担心朝廷追究他的责任，遂与心腹一起进入魏忠贤歇息的房间抢掠金银财宝，飞马向南逃窜。随行的家丁、仆从，纷纷乘乱抢夺金银珠宝，四散逃窜。负责押解的另一名太监郑康昇，急忙赶往县衙报告，远近为之震动。
魏忠贤一死，明思宗决定趁热打铁，惩处阉党集团的另外两个首恶分子客氏和崔呈秀。
崔呈秀是北直隶蓟州人。万历四十一年（1613）中进士，授行人。天启初年擢为御史，巡按淮扬。他为人“卑污狡狯，不修士行”，“在淮、扬赃私狼藉”
。他见东林势盛，遂力荐东林党人、淮抚李三才入阁，希望加入东林党，为东林党人婉拒。天启四年（1624），左都御史高攀龙揭发他的贪污行为，吏部尚书赵南星拟谪戍之，明熹宗下诏将其革职，听候查处。崔呈秀连夜赶赴魏忠贤的宅邸，叩头涕泣，求为养子。当时魏忠贤遭受廷臣交章弹劾，正在寻找外廷的支援，遂假传圣旨恢复他的官职。崔呈秀从此死心塌地为魏忠贤卖命，极力排斥清流派官员，镇压东林党人，后累官至兵部尚书兼左都御史，权倾朝野，成为“五虎”之首和阉党集团的重要骨干。十月二十一日，他被免职，回蓟州守制。十一月初九日，户部员外郎王守履又揭发其招权纳贿的罪行，明思宗下旨：“呈秀罪状明悉，先行削籍，俟会勘定夺。”
崔呈秀知道自己的末日已到，十一月十一日便在家中摆下一席豪华的送终宴，将搜刮来的奇珍异宝陈列于前，与宠妾萧灵犀等一起举杯痛饮，饮下一杯即摔碎一件宝器，然后悬梁自尽。明思宗闻讯，下令籍没其家产。崔呈秀事先已将大部分家产转移藏匿，查抄结果，共得白银 7 万余两、黄金 300 余两、箱柜 300 余件，书箱 17 只、房屋 26所计 700 余间、田地 300 余顷，不及原有财产的十分之一。十二月初一日，廷议崔呈秀罪状，明思宗说：“呈秀负国忘亲，通同擅权，虽死尚有余辜。法司其按律暴其罪。”
客氏也难逃厄运，在崔呈秀死后六天即十一月十七日，明思宗命太监王文政将她从私宅押赴宫内浣衣局，严加审讯。客氏招供当年怀孕的八名宫女，原是她私自携带入宫的奴婢。明思宗大怒，下令将其笞死，并将其子侯国兴逮下诏狱，几天后与魏良卿一并处死。客氏之兄客光先、侄客璠等人，俱被谪戍边地。
十二月二十一日，刑部、都察院、大理寺三法司呈报魏忠贤与客氏罪状，明思宗明确批示：“忠贤串通客氏，恣威擅权，逼死裕妃、冯贵人，矫旨革夺成妃名号，惨毒异常，神人共愤。其戕害缙绅，盗匿珍宝，未易枚举，皆由崔呈秀表里为奸，包藏祸心，谋为不轨。”
要求三法司尽快拿出魏、客、崔三个元凶的审查结论，依律定罪，以伸国法。但当时各个行政机构尚未进行调整和改组，内阁和部、院、卿、寺的主要官员多为魏忠贤安置的心腹、亲信，他们千方百计袒护自己的主子及同党，使审查工作遭遇重重阻力，进展缓慢。直至崇祯元年（1628）正月二十六日才拿出魏、客的审查结论，而崔呈秀的审查结论尚未整理成文。明思宗认为此事不能久拖不决，果断下令：“魏忠贤于河间戮尸凌迟，崔呈秀于蓟州斩首，其客氏尸亦着查出斩首示众，仍将爰书刊布中外，以为奸恶乱政之戒！”