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朱由检 10 岁那年，即万历四十八年（1620）七月二十一日，明代历史上在位时间最长的明神宗去世。八月初一日，朱由检的父亲朱常洛继位，是为明光宗，改元泰昌。他的大政方针继承乃父明神宗的老套路未变，不顾国库空虚、百姓穷困，继续大兴土木，催征税粮。生活上仍然沉溺酒色。郑贵妃为讨其欢心，给他送去八个（一说四个）妖艳的女乐，他欣然接受。有一天退朝，升座开宴，他令这几个女乐陪饮，至半夜就寝，连幸数人，第二天即大病不起。郑贵妃又指使其亲信崔文昇进大黄药，明光宗服后大泻不止，“一夜数十起，支离床褥间”
。而后，又服下鸿胪寺丞李可灼所进的“红丸”，继位仅一个月，就“龙驭上宾”，成为明代在位时间最短的一位君主。
明光宗临终时，明确表示由虚龄 16 岁的皇太子朱由校继位。当时，西李选侍占据只有皇帝、皇后才能居住的乾清宫，挟持皇太子，邀封皇太后，并与郑贵妃相勾结，支持郑贵妃邀封太皇太后，郑贵妃则支持她邀封皇太后。她们妄图在朱由校继位后，以太皇太后、皇太后的身份垂帘听政，左右一切。东林党人识破她们的图谋，给事中杨涟与内阁大学士刘一璟、韩爌等东林党大臣冲进乾清宫，与司礼监掌印太监王安一起抢出朱由校，至文华殿举行即东宫位典礼，入住慈宁宫，以摆脱西李的控制。然后采取强硬措施，逼迫西李选侍搬出乾清宫。泰昌元年（1620）九月，朱由校登基就位，以明年为天启，是为明熹宗。
祖父和父亲相继去世，使朱由检感到无比哀痛。但是，长兄朱由校能顺利摆脱西李的控制，继承皇位，又让他感到些许欣慰。朱由校只比朱由检大 6 岁，兄弟俩过去都曾由西李抚养，共同生活过一段时间，一起嬉戏玩耍，亲密无间。朱由校登基之后，想到诸弟相继夭亡，只剩下五弟存世，对他更是关心和呵护。继位刚半年，即于天启元年（1621）二月晋封东李为庄妃，让她能更好地照顾自己这个年幼的弟弟。一有闲暇，朱由校也来到朱由检居住的勖勤宫看望这个弟弟，嘘寒问暖，无话不说，两人的关系越发亲密。有一次，年幼无知的朱由检竟抬起头问他：你这个官儿，我能不能做？他笑着回答道：当然可以，我先做几年，就让你来做。也许是受到这句戏言的影响，有天夜晚，朱由检竟梦见“黑龙蟠殿柱”的景象，他将此事告诉庄妃，“妃异之”。勖勤宫的后花园有两口井，相距甚远。有次，朱由检到一口井边玩耍，用水桶放下去打水，井里竟跳上来一尾金鱼，再到另一口井去打水，同样也跳上来一尾金鱼。左右随从觉得这是一种吉兆，但想到当今皇上毕竟登基不久，说这种事犯忌，于是都守口如瓶，“弗敢宣”
。
在险恶的宫廷争斗中，明熹宗之所以能躲过各种险滩暗礁登上皇位，实赖于清流派官员特别是东林党人以及同他们关系密切的太监王安的拥戴与支持。因此，在天启前期，清流派官员特别是东林党人的势力不断增长，不少东林党人出任内阁大学士及七卿之职，有的还担任内阁首辅、吏部尚书、左都御史的关键职务，形成“东林势盛、众正盈朝”
的局面。
掌握部分权力的东林党人，积极整顿内政，整肃吏治，斥逐奸佞，留用贤能，惩治贪腐，提拔贤吏。他们还奏请明熹宗发放内帑，以充军饷，并设法减轻百姓的负担，一时“中外忻忻望治”
。
与此同时，东林党人还大力加强辽东的防务，抵挡后金的进攻。自萨尔浒战败之后，明廷曾起用江夏（今湖北武汉武昌）人熊廷弼为辽东经略。他有胆知兵，实行以守为战、筑城以守的积极持久的防御策略，使后金不敢轻举妄动。但因红丸、梃击、移宫三案而失势的内阁首辅方从哲，却坚持速战速决的作战方针，想尽快扭转辽东的战局，以稳定自己在朝中的地位。于是，他便指使言官攻击熊廷弼“出关逾年，漫无定画”，甚至说不罢免熊廷弼“辽必不保”
。明熹宗不明是非，下令罢免熊廷弼，以用兵非所长的袁应泰代之。结果，很快就丢失沈阳和辽阳，袁应泰也自缢而亡。东林党人掌握部分权力后，力主重新起用熊廷弼。天启元年（1621）二月，明熹宗下旨再命熊廷弼为辽东经略，但同时又命既不习兵而又刚愎自用的王化贞为辽东巡抚。熊廷弼提出以山海关为核心，以广宁（今辽宁北镇）为前线，以天津、登州（今山东蓬莱）、莱州为水军基地的“三方布置策”，拟海陆配合，以保广宁。但掌握辽东实际兵权的王化贞却主张速战，尽快收复辽、沈。这种经抚不和的局面，给了后金以可乘之机。天启二年（1622）五月，后金八旗兵渡过辽河，攻取西平堡（今辽宁盘山东北），再克广宁。阉党利用广宁之败，加紧迫害东林党人，熊廷弼、杨涟后终被杀。随后，东林党人孙承宗受命为兵部尚书兼东阁大学士，亲赴山海关阅视，提出守关外以屏关内、以辽人守辽土之策，并自请出关督师。同年八月，他受命督理关城及蓟、辽、天津、登、莱等处军务，即大力整顿防务，依靠袁崇焕、满桂等将领筑城练兵，收复失地 400 里，构建起一道坚固的宁锦防线，使努尔哈赤未敢率兵西进，从而稳定了辽东的局势。
然而，东林党人在整顿内政、加强辽东防务的同时，又花费相当多的精力，去辩论梃击、红丸、移宫三案的是非曲直，追究浊流派官员在其中的罪责。结果虽然迫使浙党首领方从哲辞去内阁首辅之职，并将崔文昇贬谪南京，李可灼遣戍边地，但也加剧了长期存在的门户之见，为腐朽的宦官势力的崛起提供了可乘之机。
这股腐朽的宦官势力，就是以魏忠贤为首的阉党集团。魏忠贤出身于北直隶河间肃宁（今属河北）的一个农家，“多机变，有小才”
。年轻时吃喝嫖赌，无所不为，不仅将家产变卖净尽，还欠下一屁股债，遂自行阉割，入宫当了一名低级宦官，管理甲字库。他先是依靠西李选侍，西李失势后，又勾结明熹宗的乳母客氏，与之结为“对食”。明熹宗虽是明神宗的长孙，但因其父不得宠，他也受到明神宗的冷落，迟迟不被立为皇太孙，也不让他出阁读书，成了一个文盲。为了消磨时光，他在宫中整天就是爬树、掏鸟窝、养猫、斗鸡、斗蟋蟀、听戏、骑马、射箭，或者做木匠、油漆匠、泥水匠的活，从中寻找乐趣。魏忠贤和客氏就利用明熹宗年幼无知、生性好动的特点，极力诱导他嬉戏玩乐，“劝帝选武阉，炼火器为内操”，“又日引帝为倡优声伎，狗马射猎”
，以讨其欢心。明熹宗继位之后，竟让一字不识的魏忠贤担任司礼监秉笔太监，掌握替皇帝对内阁的票拟批红的大权。东林党人追论三案的责任，敌对诸党惶恐不安，于是纷纷投靠魏忠贤。魏忠贤的势力迅速壮大，开始主动出击。他先诛杀与东林党人关系密切的太监王安，逐步掌控内廷的实权，再将东林党人刘一璟逐出内阁，在内阁安插自己的亲信。天启三年（1623）底，魏忠贤受命提督东厂，进一步掌握镇压异己的生杀大权，权势更加显赫。
东林党人对魏忠贤势力的崛起满怀疑忌，极力进行反击。天启四年（1624）六月，东林党干将、副都御史杨涟上疏揭露魏忠贤的二十四大罪，要求明熹宗将魏忠贤就地正法，把客氏逐出皇宫。群臣纷纷响应，交章论劾魏忠贤不法诸罪。明熹宗懵然不辨忠奸，下旨斥责杨涟，并对上疏弹劾魏忠贤的工部郎中万燝施行杖刑，将他活活打死在殿廷之上。一批东林党人随即被罢斥，失去在朝中的权力优势。阉党集团有恃无恐，公然炮制《东林点将录》等黑名单，罢斥、杀害东林党人，特别是利用手中掌握的厂卫迭兴大狱，捕杀杨涟等六君子和高攀龙等七君子，并编制《三朝要典》，公开为三案翻案。
到天启末年，魏忠贤的权势达到一手遮天的地步。内廷之中，有王体乾等三十余名骨干；外廷有“五虎”“五彪”“十狗”“十孩儿”“四十孙”等一批亲信爪牙。自内阁、六部至四方总督、巡抚，遍置死党，并派大批宦官到各个要冲之地充当镇守太监。魏忠贤本人更是威势煊赫，位晋三公，加恩三等，并通过冒功请赏、敲诈勒索、贪污受贿等手段，捞取大量钱财。他的远近亲属及义子干孙，亦位居要津，贪污盗窃，无所不为。举朝的官员，竞相拜魏忠贤为干父，称之为“九千九百岁爷爷”，并纷纷为之建造生祠。杨涟曾在奏疏中悲愤地叹道：“掖廷之中，但知有忠贤，不知有陛下；都城之内，亦但知有忠贤，不知有陛下。”
魏忠贤的专权统治，成为明朝历史上最黑暗的时期。有一疯道人歌曰：“委鬼（魏忠贤）当朝立，茄花（客氏）满地红。”
魏忠贤的黑暗统治，进一步加重了人民的负担和土地的兼并，加以水利连年失修，自然灾害频繁发生，阶级矛盾进一步激化。天启二年（1622），山东及北直隶等地爆发了徐鸿儒、于弘志领导的白莲教起义，畿辅震动。天启七年（1627）二月，陕西澄城县又发生农民起义，拉开了明末农民战争的序幕。辽东地区的民族矛盾，也在日益激化。努尔哈赤在统一女真和对明朝的战争中建立的后金八旗国家，是以对异族人民的掠夺和奴役为基础的。以努尔哈赤为首的女真贵族，通过战争占领大片土地，俘获大批战俘，掠夺大量人口，将土地、俘虏和人口赏给八旗旗主，建立奴隶主庄园；进入辽沈地区后，更是强制推行奴隶制的生产方式和民族征服与民族压迫政策，将当地汉人的土地、住宅和财产全部剥夺，将土地分给八旗官兵或编入八旗庄屯，把绝大多数汉人编入旗下，充作奴隶，为八旗官兵耕作，并强迫他们改从满人的习俗，剃发易服，变为满人。这样，就将对明朝的战争变成一场侵略的战争。民族矛盾因而迅速激化，成为辽东地区的主要矛盾。因此，面对后金咄咄逼人的攻势，辽东守军无不顽强地加以阻击。天启四年（1624），当辽东经略孙承宗拟入京营救遭受阉党迫害的东林党人而受阻，被迫辞职返乡后，继任辽东经略的高第，在阉党、权宦的支持之下，一反孙承宗的守关外以屏关内和以辽人守辽土的政策，下令撤退关外守备，驱兵入山海关。袁崇焕抗命不从，坚守宁远孤城。天启六年（1626）正月，努尔哈赤率兵西攻宁远。袁崇焕等守将坚守不动，后用西洋火炮击退后金兵，取得“宁远大捷”。努尔哈赤被迫退兵，不久染病而亡。继位的天聪汗皇太极，于翌年（天启七年，天聪元年,1627）二月派兵攻打同明朝合作的朝鲜，与之签订“江都和约”，约为“兄弟之国”，解除了后顾之忧。接着，便在当年五月再攻宁远，又被袁崇焕击退，再转攻锦州，仍未得手，史称“宁锦大捷”。袁崇焕为这两次大捷立下赫赫战功，但因未及时为魏忠贤建造生祠而遭其忌恨。宁锦大捷，“文武增秩赐荫者数百人，忠贤孙亦封伯”
，袁崇焕却遭到无端的猜忌与弹劾，被迫引病辞职。
就在辽东战事日趋危急之时，天启六年九月，四川永宁宣抚使奢崇明发动叛乱，翌年二月贵州水西宣慰使安位之叔安邦彦挟安位起兵应之。明廷出动湖广、四川、贵州、云南、广西的军队进剿，但终天启朝一直未能将其平定。
魏忠贤的专权乱政，自然不可避免地影响到朱由检的生活。抚育朱由检的东李选侍，虽在天启元年（1621）二月晋封庄妃，但因她持正不阿，引起魏忠贤和客氏的忌恨，他们多次裁减她的待遇和礼数，她的日子过得很不如意，后竟郁愤而死。庄妃的死，不仅给朱由检精神上造成沉重的打击，同时也使他对魏忠贤和客氏产生了警惕。
明熹宗凡事昏庸，却极重兄弟之间的亲情。天启二年（1622）九月，明熹宗下旨册封刚 12 岁的朱由检为信王，朱由检的各种待遇大为改善。同朱由检关系最为亲近的庄妃死后，他更加思念自己的生母刘氏。刘氏原是海州（今辽宁海城）人，后落籍宛平（今属北京）。初入宫为淑女，万历三十八年（1610）十二月生下朱由检，后“失光宗意，被谴”，死后“光宗中悔，恐神宗知之，戒掖庭勿言”，偷偷派人将她葬于西山申懿王坟的旁边
。朱由检 12 岁，明熹宗在册封他为信王时，追封刘氏为贤妃。朱由检向小太监打听到她的葬身之处后，常偷偷交给小太监一些银两，让他代替自己前往西山祭祀。为了防范魏、客的加害，朱由检常在书案前静坐读书，尽量少与外界接触。为了迷惑魏、客的耳目，有时还故意不修边幅，“衣冠不整，不见内侍，坐不倚侧，目不旁视，不疾言，不苟笑”
，装出与世无争的样子。偶尔带着小太监到宫外看看，但无论见到什么景象，听到什么议论，回宫后都守口如瓶，绝不言讲。魏忠贤为了试探朱由检对自己的态度，曾暗中派人到他的住地侦伺，有时还故意对他说些有关魏忠贤的坏话，他立即严词加以训斥，说：魏公公有辅佐君主的才能，很得皇上的看重与信任；我是个亲王，不久就将就藩封国，还得借助于他；你可别来多事，让魏公公知道了，有你的好果子吃。当时各地进献宫廷的珍异之物“半致忠贤”，魏忠贤有时将一些“非时花木果蔬之类”派小太监送给朱由检，他“
受之”，并“厚犒其使”，“若相得甚欢者”
。
转眼到了天启六年（1626），朱由检已是虚龄 16,魏忠贤为了让他尽快地离开京城就藩封国，以免妨碍自己的专权，便劝明熹宗为之完婚。礼部从五城两县选出 77名民间淑女。一个月后，由明熹宗的张皇后主持，从中择定大兴县生员周奎 15 岁的女儿周氏。经钦天监选择吉日，婚期定在翌年的二月初三日。考虑到他婚后的开支比婚前的独身生活要大，天启七年（1627）正月明熹宗下令拨给信王岁米 3000石、钞 1 万贯。接着，又将景王府的地租银赐给了他。朱由检考虑到国家财政困难，上疏请辞，明熹宗于是又命以汝、福两王遗留的地租转赐给他。天启七年二月初三日，朱由检与周氏正式完婚。三月，皇叔瑞、惠、桂三王就藩封国，留下三座王府的空宅。四月，明熹宗下令将惠王府重加修缮，让朱由检携周妃从勖勤宫搬到那里居住。朱由检和周氏在那里度过短暂的新婚生活，暂时放下了对生母和庄妃的思念。