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佩里在日本，向幕府政府递送了来自美国总统的国书，国书写作的对象是日本的“世俗皇帝”。美国人知道日本有两个国家领袖，理所当然假定有一个是宗教的，另一个是世俗的。美国要谈条约，当然要找具备实权的领导者，那在日本不是天皇，而是幕府将军。
很自然地，在和美国及其他西方势力交涉过程中的笨拙、屈辱，引发了日本社会对于幕府的不满。过去两百年间德川幕府强力压制各地强藩，本来就累积了许多潜在的冲突，此刻看到德川家颟顸无能，这些势力便高张反对旗帜。
江户时代最盛大、最有名的“大名行列”
，看起来很热闹、很惊人，然而在政治上的实质作用是逼迫强藩藩主定期到江户晋见幕府将军，而且旅途中一路铺张浪费，目的是将他们的财富花掉，不得累积在自己的领地里。藩主身边的家臣也要跟着去江户，还被严格规定必须在江户待多久，幕府要保证这些人也受到德川家监管，不会只效忠藩主，勾结做出对幕府不利的举措。
这样的手段在统治上有其效果，但遇到变局时，原本敢怒不敢言的强藩就借机联合抵制幕府了。最大胆积极的，是在南方九州岛的几个强藩，他们的根据地离江户很远，而且地理与气候的条件让他们有着比较丰厚的经济与武力资源。他们很聪明地拉拢了天皇作为反抗合法性的基础。
一开始的骚动争议是针对该继续锁国还是开国，然而没多久，开国成为势不可当的共识，骚动的焦点就转移到是“公武合一”还是“王政奉还”上。
两者都是将原本纯粹象征性的、一直在权力暗影中存在的天皇，推到了政治舞台的最前方。“公武合一”指的是“公家”（也就是天皇）和“武家”（也就是幕府）要齐心协力解决问题。这是承认在危机中幕府的权威不足，所以要拉拢天皇，借天皇来创造更大的团结力量。
“王政奉还”却是要排除幕府，将实权还给天皇，解决日本政治上存在长达几百年的二元结构，将象征与实际的统治地位合二为一。
一阵混乱中，在一八六七年，也就是夏目漱石出生这年，又发生了孝明天皇去世的事件。在当时的骚动情境下，天皇的死讯一传出，就同时出现了天皇并非自然死亡的耳语。言之凿凿的说法是天皇朝廷中的倒幕派大臣木户孝允毒杀了天皇，原因是孝明天皇支持“公武一家”，阻碍了更激进的“王政奉还”改革计划。
很多人相信这个谣传，却没有人追究，显示了德川幕府之不得人心。明治天皇即位后，身边的大臣一边倒地反对“公武合一”，幕府的处境于是更艰难了，被要求“王政奉还”的压力也愈来愈大。
其实天皇已经几百年没有行使过统治权了，并没有一个现成可运作的朝廷，要“王政奉还”，就必须几个强藩联合起来，一方面推翻德川幕府，另一方面协助天皇新组政府。
天皇没有经验，强藩也没有经验，但他们很快拟定了简单的策略，积极推动。既然幕府是因为无法应对西方强权问题而垮台，那么“王政奉还”后的施政重点就放在尽快引进西方制度上，让日本快速西化，不只要取得阻止洋人侵夺的能力，还要赢得列强的尊重。