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虽然如此，最后商鞅却仍然难逃脱吴起的命运，被车裂而亡，死于非命。
《史记》里是这样记载的，它比《资治通鉴》细节稍多一点。秦孝公去世后，秦惠王即位。当初被商鞅处罚的公子虔等人开始报复，诬告商君要谋反，秦惠王就发官令去追捕商鞅。跟吴起情况相似，楚悼王去世，就是吴起的末日。
秦孝公去世，那些当初反对商鞅的人，向新君报告说商鞅要谋反。这个新君就是原来的太子驷，当初他犯法，商鞅饶了他，处罚了他的老师。秦惠王发布逮捕令，商鞅带着家人逃跑。逃到关下，他想藏匿名姓投宿客舍。客舍前台的工作人员说：“商君之法，没有证件的人，住旅馆是不行的，那我们得受连坐之罪，您拿出证件来吧。”商鞅如果拿出身份证件，那不正好自投罗网嘛，所以他不敢拿。 最终商鞅感慨道“嗟乎，为法之敝，一至此哉！” 法律到了这个程度，连我都走投无路了。这说明商鞅的法令严格，他自己不敢拿出证件住旅馆，人家也不敢接纳他。
他逃到魏国，魏国不接纳他。最后他又回到秦国，被抓住，车裂而死。
在商鞅罹难前的五个月，有个叫赵良的熟人来看望他，并规劝他。商鞅说：“你跟我说说，我的功劳跟当初春秋时代秦穆公的贤相百里奚比怎么样？”看来商鞅还是很自负的。赵良说：“ 一千人对你阿谀奉承，不如有一个人跟你讲真话，我希望我能给你讲些真话，请你不要加害于我，行吗？ ”商鞅说：“那当然，你说吧。”商鞅提到的这位百里奚，是三百多年前辅佐秦穆公的五羖大夫百里奚。百里奚曾在楚国云梦泽作牧人，秦穆公听说百里奚是个人才，又怕楚国不放，所以派人对楚国说，听说这个老头很会放牛，我给你五张公羊皮，你能不能把这个老头送给我。因此百里奚得名五羖大夫，羖就是公羊的意思。
赵良说：“你怎么能跟五羖大夫百里奚比呢？百里奚是楚国的普通百姓，穿着粗短的布衣服，给人家喂牛，秦穆公把他选拔上来，在万人之上。在秦国为上卿的六七年间，不但建功立业，而且实行德化。他担任秦国的卿大夫，平常不坐车，夏天不张华盖，足迹遍布国中，无须警车开道，无须武装防卫，功垂史册，德泽广布。五羖大夫死的时候，秦国男女老少，没有不怀念的，孩子们都不唱歌谣了。但是您呢， 是通过秦孝公的宠臣景监的门路上来的，你执掌秦国的国政这么多年，本应该造福百姓，你却大攫公权，上加害于太子的老师，下施酷法于黎民百姓，招致很多怨恨，所以你每次出门，总得很多卫士保护你，没有军队护送，你就不敢出门，你的危险像早晨的露珠那样。 ”赵良劝商鞅放下已得的爵位，放下财富，赶紧给自己找个退路。
商鞅没有听进赵良的劝告，五个月后，果然被杀了。
商鞅变法在中国历史上的意义，怎么评价也不会过高。 其实我们看看那个时代的西方，希腊罗马时期，特别是希腊时代的改革，与商鞅具有可比性的主要是雅典城邦的梭伦改革和伯利克里改革。
梭伦改革和伯利克里改革，都比商鞅变法要早一些，他们之间的可比性还是很强的。梭伦改革和伯利克里改革，注重工商业的发展；商鞅注重战争动员能力的提升和农业的发展。雅典改革的基本方向，在于权力的制衡，公民权利的保障；商鞅变法，注重中央权力的集中，社会管控能力的提升，不是制衡，是管控。但有一点是相同的， 无论是西方的改革，还是东方的改革，都是打破贵族血统制，不按血统来。
梭伦改革突出的是按社会财富划分等级，就是说按照财产划等级。商鞅的二十等爵，是按照军功划分政治社会地位，商鞅改革鼓励去打仗，鼓励立军功，提升自己的社会政治地位。希腊人承认私有财产，鼓励私有财产，鼓励人民去创造财富。秦朝人被引导去埋首农田，政府奖励耕战。
梭伦改革规定，第一等级可以担任执政官、司库、财务官，比如财务大臣、财务部长这样的公职，以及其他的公职。第二等级，因为你的财产相对少，你不能担任司库，但可以担任其他公职，说明管财税的司库，对个人财产要求是比较高的。第三等级，还可以担任一般的公职，第四等级就不能担任公职了，你最多可以当个陪审员。你看， 西方的社会以财富来划分地位，古今一体， 虽然今天表面上不这样讲，实际上社会是这么运作的。
客卿是秦国的一大亮点，是一道风景线。商鞅改革之后，从外来普通移民跻身卿相的客卿，就史不绝书，除他本人以外，张仪、范雎、蔡泽、吕不韦、李斯都是。 秦国之所以成功，跟客卿有关系，平民通向政治的道路，似乎秦国比雅典更彻底。 平民化的政治，导致的是没有任何势力，可以挑战君主的权力、君主的权威，它强化的就是中央君主的权威、君主的力量。所以这是中国的历史，社会都平民化了，没有人能够挑战君主社会。
可是在西方， 雅典改革的平民化过程当中，它侧重于另外一个方面，即权力的制约和制衡。 我们都知道贝壳投票法，就是说如果你这个执政官，在雅典权力太大了，大家可以通过贝壳投票，把你流放。没有任何理由，只是你的权力太大了，你的威信太高了，没有制约了。所以权力制约始终是西方念兹在兹，几千年政治理论和实践所追求的目标。所以它的平民化，从希腊时代改革起，直到近代以后，都是跟权力制约连在一起的。
中国的平民化，实际上恰恰是强化了中央的权威。 由于平民化，大家没有权威，只有不断强化中央的权威，才能够阻遏混乱，才能维护社会的安定稳定，这是中西改革的不同。
是什么差别造成这种不同呢？如果从历史上分析，不铺开去讨论，可以找到两点差别。
首先是产业的差别。地处关陇的秦国，是纯粹的农业为主，兼及畜牧业的国家，但实际上还是以农业为主。而雅典，希腊城邦则是面向海洋的，工商立国的，因此对各自产业发展思路不一样，重点也不一样。
还有人口和民众的差别。秦国的老百姓安土重迁，父祖相传，是世世代代住在那里的居民。而且公元前500年左右，雅典的人口，和秦国人口没法比，秦国的人口总数是五百万左右，那雅典最多的时候，成年男性公民有三万多人。而且跟秦国是本土居民不一样，雅典大多是伯罗奔尼撒半岛和北边来的移民。
这是两点差异，使得秦国与雅典城邦的改革重点就不一样，一个是重在发展农业，一个致力于发展工商业。一个更加集权，尽管也是打破贵族血统，平民化，按照你的军功，你的战功，来决定你的政治身份；一个是制约，权力平衡，打破贵族血统，按照财产来决定政治权利，出任公职的资格。
所以汉朝人讲，非功臣不侯，没有功，没有军功的话，不能封侯，这实际上是秦朝的老规矩。
商鞅变法对秦以后中国历史的发展有巨大影响。 中国的历史，之所以跟西方发展不一样，商鞅变法是一个关键。 当然商鞅变法不是无源之水，无本之木，它是从商周以来历史发展演变的结果，历史的涓涓溪流，到这个时候，塑造成一个制度的河床。特别是春秋战国以来的许多变化，集中表现为一种法律的形式，以持久地、依靠国家力量推动的方式展开，然后进一步通过秦的统一和汉承秦制推广开来。
我们刚才把商鞅变法，跟古希腊雅典城邦的伯利克里改革，或者跟梭伦改革进行了比较。你看伯利克里改革或梭伦改革，它表面上跟商鞅一样，都是打破血统，打破贵族制。但是希腊的改革，它打破血统后按什么来分配社会权力呢？按照财富。它的几个等级，是按照财富来分，财产最多的人，可以当执政官，其次可以担任其他重要岗位。再其次呢，各种基层干部，然后最下面的，只能做陪审员。按照财产分配政权权利。他的财产是以工商业为基础，所以他奖励工商业，每家都得有一个人要学手艺。
而商鞅不是这样，商鞅宣称打破血统是靠本事。这本事是什么呢？耕战。耕是农业，战是军事。这两个国家的情况不一样，环境不一样，结果也不一样：秦最后是灭了六国，而雅典是被别的国家灭了。
还有一点，在希腊罗马崩溃以后，封建时代长达千年，贵族制一直到近代才被打破。而商鞅以后呢，中国顺势而下，所谓“百代都行秦政法”，就是这个意思，没有进入像西方对希腊罗马的反动。希腊罗马不是贵族制了，但是随后的封建制是个贵族制，近代搞文艺复兴，就是想回到希腊罗马，打破贵族制。可 中国商鞅变法，早早地打破了贵族制以后，就使中国社会的垂直流动特别剧烈、特别频繁，“王侯将相，宁有种乎？”
因此，中国人的奋斗精神和不服输的精神特别强烈。因为社会的现实、法律的现实告诉你，徙木立信告诉你，只要去努力，爱拼就能赢。但是在中国以外其他国家的历史不是这样，他们是比较安贫乐道的。
欧洲人，像马克斯·韦伯指出的，有新教伦理，提倡奋斗，新教徒以积极入世、勤勉劳动为荣耀上帝的行为，从而促进了资本主义精神的发展。但是在欧洲新教伦理以外的人，确实真是安贫乐道的。为什么呢？贵族是贵族，平民是平民，这种观念长期影响根深蒂固，限制了阶级的流动性。
而中国社会阶层的开放性流动，则带来了完全不同的效果和影响。这种极度竞争，需要非常复杂的管理模式，来实现对人的行为的规范，对社会秩序的管理。在没有宗教约束的情况下，中国的礼教文化，“礼、义、廉、耻”的四维，从管仲到贾谊《过秦论》中一直讲的，都是如何建立、完善这一套复杂的社会管理体系。
官僚的选拔方式，从军功到察举、征辟、九品中正制、科举，这一套制约因素不断地完善，其中所蕴含的思想是尽量让它客观化，不要带主观色彩。科举考试客观化，为官员选拔确立了一套较为完备的制度体系，这都是中国要规范人的垂直流动以及人心世道的方式。
在经济领域也是如此，《汉书·食货志》就讲“除井田，民得买卖”。商鞅变法说是要遏制工商业，好像有那样子的条文，其实他是想让大家把资源集中到农业方面去。但是 土地买卖，是给市场经济、商品经济带来的最大动力。 土地可以买卖，奋斗不光有了政治目标，还有了经济目标。社会上的东西都市场化了，都可以到市场上面去买了。同时职业官僚及军队等等，也能从市场获得所需要的物资和服务了。
因此 在整个中世纪，西方是自然经济的时候，中国的情况根本不能用自然经济这个词来完全描述。 越到后来越不是自然经济，因为赋税都货币化了，就是每家都要把东西拿出去，而每家都不能完全靠自己的生产实现自给自足，而要去市场上交换。最重要的是土地买卖，由于土地自由买卖，使中国社会的流动非常大。而如何对世道人心和现实秩序进行管控，也对统治者提出了挑战。所以中国有一系列复杂的管理制度。
到近代，我们把儒家推行的这套礼教，管控人心和行为的礼教，说是封建枷锁，要破掉。但是你想想，有比宗教更像枷锁的吗？宗教的枷锁重还是礼教的枷锁重？但是西方就通过不断改革的方式，从宗教裁判所这种极端的方式，渐进到现代的宗教，已经比较人性化了。我们是无所置之，把礼教当作封建枷锁，把它去掉。
所以你看，礼教这套东西，好像跟商鞅变法没关系：一个是法，一个是儒，怎么会有关系呢？但是 商鞅变法把大家的欲望给释放出来了，对成功的欲望、对财富的欲望等。那么欲望和需求怎么管理呢？ 这就是贾谊《过秦论》及后世统治者不断探讨和归纳的根本要旨。
因此，中国的国家治理结构特色，如果是从制度上寻找起源，那就是商鞅变法。
（参见《资治通鉴》卷二）