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说到秦朝，说到秦始皇，那么有一件事不得不提，那就是焚书坑儒。实际上，这是两件事，下面我们从头细细道来。
秦朝统一之初，就在要不要像商周一样分封诸子为王的问题上发生了争论。丞相王绾一派支持分封，但廷尉李斯则持反对态度。秦始皇采纳了李斯的意见，在全国确立郡县制。
但是，任何事情都不会一帆风顺，更何况是分封制变为郡县制这一改天换地的大变革。于是事隔八年之后，在公元前213年，有一次秦始皇在咸阳宫举行宫廷大宴，有七十名博士赴会。在宴会上，仆射周青臣发言吹捧秦始皇，说“自上古不及陛下威德”。酒场上的话本来就当不得真，但是就有人总是那么不解风情，博士之一的淳于越接话，不仅直接当面指出周青臣这是在曲意逢迎，只说好话，不讲真话，而且抓住周青臣发言里肯定郡县制的内容，不仅否定郡县制，而且借题发挥，提出了恢复分封制的主张。秦始皇听后不动声色，只是问大家对淳于越建议的看法。丞相李斯明确表示反对。他反驳说：“三代之事，何足法也！”同时他也借题发挥：“现在天下平定，法令出自陛下一人之手，老百姓就应该在家专心务农，读书人就应该认真学习法令刑禁。但是儒生们却要效法古代，这是诽谤当世，惑乱民心啊！我冒死罪进言：古代天下纷争，没有人能够统一，所以诸侯并起，人们说话都是用古人的做法来为害当今，实际上是矫饰虚言，扰乱名实。而且人们都只欣赏自己私下所学的知识，以此来批评朝廷的制度。现在皇帝您已统一天下，分辨是非黑白应该由皇帝一人来决定。可是私学却非议朝廷法令。我认为，把这些私学都禁了算了。”此外，李斯还提出：“我请求让史官把不是秦国的典籍全部焚毁，除博士官署所掌管的之外，天下敢有收藏《诗》《书》以及诸子百家著作的，全都送到地方官那里去一起烧掉。有敢谈议《诗》《书》的处以死刑示众，借古非今的满门抄斩。只留下医药、占卜、种植之类的书不烧。如果有人想要学习法令，就以官吏为师。”秦始皇批准了李斯的建议。在宴会散后第二天，就在全国开始焚书。
在焚书事件的第二年，也就是公元前212年，又发生了坑儒事件。这件事的起因是方士们对秦始皇的欺骗。秦始皇寻求长生不老药的想法日渐强烈，方士侯生、卢生等人为了迎合他的心理，谎称能为他找到这种药，这当然是不可能的。而按照秦律，谎言不能兑现，或者所献之药无效验者，要处以死刑。侯生、卢生自知弄不到长生不老药，但为了逃脱刑罚，多次以种种借口或另外的物品敷衍秦始皇。又跟秦始皇狡辩说：“神仙不来见皇帝，可能是皇帝身边有恶鬼，因此皇帝要尽量秘密出行以便避开恶鬼，恶鬼避开了，神仙真人才会来到。而且皇上住的地方也不能让臣子们知道，如果让臣子们知道了，就会妨害神仙。”于是秦始皇做了许多举动来证明自己的诚心，同时下令，皇帝所到的地方，如有人说出去，就判死罪。有一次皇帝幸临梁山宫，从山上望见丞相的随从车马众多，很不高兴，就顺嘴说了一句。于是宦官近臣里有人把这件事告诉了丞相，丞相以后就减少了车马数目，这让生性多疑的秦始皇一下子想到：“这是宫中有人泄露了我的话。”于是浮想联翩：我想求神仙不能让俗人知晓我的住处，现在我说的话能传到外边，我的行踪他们是不是也传到外边了？我见不到神仙是不是就是因为行踪泄露了，神仙不敢露面了？于是严加拷打问是谁泄露出去的，但是无人认罪，于是秦始皇就下诏把当时跟随在旁的人全部杀掉。
这事越闹越大，侯生、卢生骑虎难下，于是商量着逃跑，还为自己的行为找了一个冠冕堂皇的理由，《史记》中是这样记载两人逃跑的“高尚理由”的：“始皇为人，天性粗暴凶狠，自以为是，他出身诸侯，兼并天下，诸事称心，为所欲为，认为从古到今没有人比得上他。他专门任用治狱的官吏，狱吏们都受到亲近和宠幸。博士虽然也有七十人，但只不过是虚设充数的人员。丞相和各位大臣都只是接受已经决定的命令，依仗皇上办事。皇上喜欢用重刑、杀戮显示威严，官员们都怕获罪，都想保持住禄位，所以没有人敢真正竭诚尽忠。皇上听不到自己的过错，因而一天比一天骄横。臣子们担心害怕，专事欺骗，屈从讨好。天下的事无论大小都由皇上决定，皇上甚至用秤来称量各种竹简的重量，每天都有定额，阅读达不到定额，就不能休息。他贪于权势到如此地步，咱们不能为他去找仙药。”然后就逃跑了。
秦始皇听说二人逃跑了，如梦初醒，也明白了前面的徐福等人都是骗人的。秦始皇被人蒙骗，恼羞成怒，于是派御史去一一审查，求长生药和见神仙的真相也浮出水面，只是一场骗局而已。最后一共牵连出四百六十多人，秦始皇亲自把他们从名籍上除名，全部活埋在咸阳。