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中医中药学是我国人民在长期的生产生活以及同疾病抗争的实践中的经验总结，是中华民族优秀文化遗产的重要组成部分。
在整个中医发展史上，秦朝没有流传下来什么有影响的中医典籍，因此有人说，秦朝的医学水平不高。但是，实际上这种说法是错误的，事实正好相反。在秦朝，中医已经发展到了一个相对较高的水平，广大百姓生病了，能得到一定水平的医生诊治。这可以通过以下几点史实推断出来。
首先，中医中药学在中国发展源远流长，传说中的神农氏就“尝百草”，用植物来为大众解除疾病，可以说是中医中药学的开端。随后在经历了从远古至夏、商、周诸朝的发展后，到春秋、战国时期中医中药学已经发展到了一个相对较高的水平。比如这一时期的神医扁鹊，他在总结前人经验的基础上，提出了“望、闻、问、切”四诊合参的方法，为中医诊病的标准化、规范化做出了突出贡献。在具体实践中，他精于内、外、妇、儿、五官等科，应用砭刺、针灸、按摩、汤液、热熨等法治疗疾病，奠定了中医临床诊断和治疗的理论基础，因此他被尊为中国传统医学的鼻祖，中医理论的奠基人，被后人誉为“医祖”。“扁鹊见蔡桓公”的故事更是家喻户晓。扁鹊生活的时代是战国中后期，而从《史记》等史料中得到的信息，可以推断出，扁鹊生活的时代，医术高明的医生是很多的。我们可以由此设想一下，这些名医的门人弟子也一定为数众多，到了秦朝时期，中医治病的水平应该发展到了一个相对较高的程度，这从后来的华佗、张仲景等名医以及各种中医理论著作的出现可以略窥一二。因此我们说，秦朝时期是中国医学史上承前启后、继往开来的发展时期。
其次，在秦朝建立以前，中国大地上经历了几百年的混战，在这样的环境下，不只是军人需要救治，普通民众也随时处在受外伤及颠沛流离、居无定所引起的内科疾病当中。在这样的背景下，医生可以说是一种受人尊敬的职业，而医术水平也在丰富的实践经验的支持下得到了长足的发展。而到了秦朝建立后，秦始皇曾“收天下书，不中用者尽去之”。使中国文化遭到巨大损失。但值得庆幸的是，在“焚书”的法令中明文规定“医药卜筮种树之书”不在焚烧之列，使得医药书籍得以在社会上保存和流行，中医的传承和发展没有因为这一历史的倒退而受到大的影响。
另外，统一天下后，秦始皇开始寻求长生不老药，一些方士便有了自己炼制长生不老药的想法。于是这些方士开始逐渐将卜筮和医药联系起来，这也从一个侧面促进了医学的发展。从秦始皇“焚书”的诏令中也可以看出来，是把“医药”与“卜筮”同等看待。因为秦始皇对“方士”的看重，使得医学也“爱屋及乌”地受到了重视，医学水平得到发展也就顺理成章了。
最后，秦朝医学水平的发展，从秦朝政权有关医药卫生方面的法律法令和规章制度中也能看出来。
秦王朝在其政权建设中，从其他诸侯国和前代医学中吸取经验教训，形成了一套分工明确、体制完备的医事制度。虽然秦王朝历史不长，但是这一医事制度影响深远。在秦朝的国家机构中，九卿下少府所设的六丞之一，从其中的太医令、太医丞主管全国与宫廷的医疗事窥豹一斑。《通典·职官七》：“秦有太医令丞，亦主医药，属少府”。太医令丞不但负责中央官员的疾病诊治，而且掌管地方郡县的医疗事宜。当时各地都设有医长，对太常、太医丞负责。药府中的药长主持药物之事，设有药藏府储存药物。从这一系列的医事制度中可以看出，在秦朝时期，国家已经对中医中药有了系统的管理。
能证实秦朝医学水平达到相对较高水平的，还有从史料中发现的有关秦朝的一些医事律令。比如《云梦秦简》（《睡虎地秦简》）中就记载有修城的民工患病，由主管的官吏酌情给予口粮，但不给予医疗待遇；若隶臣病死，一般由主人处理，但是如果隶臣不是因病而死，就需要将检验文书呈报官府来处理；凡官府要买奴隶，必须经过令史对其进行体检后，无病者方可买卖；看守官府的残疾人逃亡而被捕获，与因公致残的人逃亡而被捕者同样由官府予以处罚等一系列与医疗事窥豹一斑有关的规定和法令。这也说明，医学已经在当时国家的日常运转中发挥了很大作用，医学如果发展水平很低的话，是根本不会起到这样重要的作用的。
值得一提的是，在秦朝还出现了世界上最早的法医——令史。秦律规定，死因不明的案件原则上都要进行尸体检验，令史如果违法不进行检验，将受到处罚。《云梦秦简》中的《法律答问》和《封诊式》，对令史的工作做了比较详细的记载。其中从《法律答问》内容可以看出，秦律已经在相当程度上运用了法医学知识。而《封诊式》则对法医鉴定的方法、程序等做了较为详细的记载。比如在人命案件中，鉴定的主要内容有尸体的位置、创伤的部位、数量、方向以及大小等。令史检验完成之后，必须提交书面报告，称为“爰书”，这是世界上现存最早的法医鉴定和现场勘察报告。秦朝还建立了收容传染病患者的地方——“疠迁所”，并制定了最早的治疗传染病的隔离制度。这些秦简中规定，凡经医生在给病人检查后发现有鼻梁塌陷、手上无汗毛、声音沙哑、刺激鼻腔不打喷嚏等症状者，一律送至疠迁所隔离治疗。这说明秦朝时对传染性疾病的认识和治疗措施已经达到了一定水平。