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当前，“基于财务报表的估值方法”存在以下一些局限：
1.财务报表只能提供历史数据，而估值却更加关注未来
中文问答社区“知乎”上有段对话，揭示了基于财务报表进行估值的局限。
问：如何通过资产负债表给企业估值？
答：没办法。你给我看你去年12月31日的银行卡余额，我怎么能猜出你今年能赚多少钱 [4] ？
基于财务报表的估值，常常假定企业过去的经营和财务“剧本”在未来会重演。事实上，“剧本”有时候的确会重演，但很多情况下并不会。只有当形成企业过往财务业绩背后的规律，在未来依然将发挥主导作用时，历史才有可能重演。此时，在对企业的未来进行估值时，历史财务数据是有参考价值的。但如果形成企业未来财务业绩背后的规律，与此前发挥作用的规律完全不同，那么历史财务数据不仅不具备参考价值，甚至还可能对估值产生误导。
2.过多的假定
我在2017年考察过一个新能源商用车主机厂
。在使用加权平均资本成本法为企业估值的过程中，尽管一再删减，但最终模型设定的假定数量依然高达77个之多！这些假定包括：企业未来的产品结构不变、收入增速不变、毛利率不变、不会发生通货膨胀、企业不会倒闭，当然也包括不会发生地缘政治冲突或流行性传染病等。
事实上，所设定的很多假定和实际情况并不完全一致，有的甚至完全脱离实际。然而为了实现可量化，为了满足投资者内心的“完美主义”，为了计算出一个形式上看起来很精确的“单一最优解”，最终不得不引入大量不太可靠的假定。
3.财务信息存在失真和损耗
在将企业的业务信息表达为财务信息的过程中，投资者使用了大量会计原则和方法，包括：确认、计量、会计估计、配比、谨慎性原则。这些“深加工”往往将原始业务数据改得“面目全非”，使得财务信息在反映业务状况时存在失真。
同时，为实现财务数据的可比和可量化，财务会计将处于不同行业、拥有不同商业模式的企业，输出为同一个财务报表模板。此外，还将那些难以量化的因子（比如宏观经济环境）排除在财务报表体系之外，信息由此产生大量损耗。上述信息的失真和损耗，最终会令基于财务报表的估值产生巨大偏差。
4.难以用于初创期企业的估值
与证券投资不同，风险投资主要投资那些技术新颖、模式独特，但常常处于初创期的企业。在为这些初创期企业进行估值时，由于其技术和商业模式太过新颖，风险投资机构常常根本找不到市场对标，财务分析（特别是基于可比公司的比较）因此失去用武之地。同时，很多初创期企业的财务方面常常不够规范，有的企业甚至连账都没有，基于财务报表进行估值也就更加无从谈起。
此外，根据中国人民银行的数据，我国中小企业的平均寿命为3年左右 [5] 。就理论基础而言，也无法满足持续经营的会计基本假设。因此，在针对初创期企业的估值实务中，投资机构对于财务数据的考量权重往往较低。在某些情况下，风险投资人甚至根本不看财务数据。一些天使投资人和企业创始团队聊上几次，看对了眼，大笔一挥，隔天打款。