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我国创新创业教育虽然取得了显著成效，但还存在一些新的问题和挑战。
早在2015年10月20日教育部深入推进高校创新创业教育改革座谈会上，时任国务院副总理刘延东就指出创新创业教育存在的问题：一是思想认识还未完全到位。一些地方和高校认为高校创新创业教育改革是部分学生、少数教师参与的小范围改革，是应对当前经济下行压力加大、高校毕业生就业难的权宜之计，因而深化改革的内生动力不足。二是政策措施还不完善。一些地方和高校调研没有抓住症结与关键，制定的政策不具体，缺乏针对性、实效性。三是推动力度不够。一些地方和高校还只是停留在会议、文件和口头上，没有真正落实到教学观念、培养模式等教育教学的关键环节中，尚未落实到教师、学生的教学和实践上。
针对上述问题，各高校根据自身的实际情况不断深入探索，坚持以适应经济社会转型发展需求为导向，逐渐形成各具优势和特色的创新创业教育模式。如今上述问题在一定程度上已得到解决或改善。然而，纵观当前国内高校创新创业教育现状，在推进创新创业教育改革过程中依然面临诸多新的挑战、新的困境、新的瓶颈，它们都在不同程度地制约着国内高校创新创业教育的改革与发展。以下将从政府、高校、学生、社会四个维度进行认真梳理和深入分析。
国家和地方各级政府在新发展理念的指引下，不断更新观念、整合资源、加大投入，不遗余力地推进创新创业教育，但刘译阳和边恕认为现阶段还存在如下需要解决的问题
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政府推进高校创新创业教育的改革、支持大学生创新创业工作是一项长期的系统工程。目前，我国还处于分散推进的阶段，没有达到多部门共同参与、协同推进、形成合力的高质量发展阶段。发改部门负责推进大众创业、万众创新，但仅局限于面上工作，并不参与具体领域的具体工作；科技部门负责科技创新工作，承担创新平台建设，但支持对象大部分是高端人才，对大学生创新创业的支持力度不足、针对性不强；教育部门虽然是高校的管理部门，但主体作用发挥得不够充分，协调各部门的力度不够到位；人力资源和社会保障部门更偏重保就业、搞招聘；科协、团委等部门虽然也承担一部分职能，但其措施含金量、活动影响力稍显不足。各部门间横向的协调沟通不足，在一定程度上制约了大学生创新创业，影响了创新创业教育的实际效果。
国家高度重视创新创业工作，各级政府出台了一系列有关创新创业的政策措施。在国务院出台《关于推动创新创业高质量发展打造“双创”升级版的意见》（国发〔2018〕32号）和《关于强化实施创新驱动发展战略进一步推进大众创业万众创新深入发展的意见》（国发〔2017〕37 号）后，各省、自治区、直辖市政府随即出台配套文件。但是，这些文件都是针对全社会而言的，对高校在校学生的针对性不强，涉及支持大学生创新创业的政策内容不多，且相对零散，缺乏衔接性。
虽然近年来国家和地方政府相继出台鼓励大学生创业的政策，如对大学生创业贷款放宽标准，允许大学生休学保留学籍创业，针对大学生创业出台减免税收等诸多方面的优惠政策，但是针对高校创新创业教育的相关配套保障政策却不足，尚未形成完善保障措施和相关资源的引导政策与支持体系，缺乏创新创业教育多主体高度融合、协调联动的服务机制，无法保障学生个性化、多样化的教育选择权利，导致国家政策对高校创新创业教育实效的影响非常有限。例如，政策落实缺少资金保障，各地普遍没有设立地方性的大学生创新创业引导基金，政府的资金投入明显不足，这在一定程度上对学生创新创业项目的成活率产生了负面影响，致使学生创新创业热情受挫。
高校是实施创新创业教育的主体，在教育理念、教育资源、人才培养体系、教育师资等方面需要不断针对问题进行改进。
创新创业教育是一种教育，这既是其最本质的存在，也是其最基本的内涵。按照教育原理的经典释义与理论，其教育内涵是十分丰富和具体的。对于这一教育内涵，很多高校仍存在较大的认识偏差，它们在推进创新创业教育的过程中，往往忽视其教育内涵，将其视为一种实践活动而不是一种教育理念，视为第二课堂而不是一种教育模式，未能将教育应有的理念、模式的内涵有机地整合到创新创业的实施中。
一些高校存在概念认识模糊问题，仍然狭隘地认为创新创业教育等同于“企业家教育”“教育创业”，将其视为简单的“就业指导”“职业规划”，以帮助学生成功创业和完成以获得生存技能为目的的就业培训为主要目标，单向度地突出创新创业教育在引领创业、带动就业等方面的作用。这种功利性的思维窄化了创新创业教育的内涵，缺乏对创新创业教育本质性的认知，片面强调狭义的创业取向，只重视就业培训的短期效应，而忽视了对学生创新思维、创业意识和实践能力等方面的培养，偏离了教育育人应有的注重全面性、长效性的价值取向。多数大学生未能将创新创业作为自己应当承担的一种社会责任，认为这只是少数人的事情，而将自己置于创新创业教育之外，导致主体意识的缺失。
目前，国内高校的创新创业教育仍然存在着实践环节薄弱，缺乏与政府、产业的整体联动，资金、平台缺乏等现实难题，未能突破高校创新创业资源分散、疏离的瓶颈。特别是应用型院校，开放办学、借力发展意识淡薄，整合校政企创新创业教育资源、发挥多元主体教育合力的能力不足；实践平台建设乏力，平台育人效果虚化。
这主要表现在：一是校内资源整合不够，学生创新创业教育尚未全员化，部门配合不协调的现象依然存在。二是校际资源共享平台搭建不力，省域、区域校际创新创业联盟尚未形成，师资、实训基地、孵化基地等资源共享不足。三是学校与社会的深度合作机制尚未形成，缺乏与社会各类创业教育、服务机构的合作，区域化合作创业服务平台建设滞后，没有为学生创业提供政策咨询、扶持资金申请、企业登记注册以及融资等“一站式”服务。四是由政府、风险投资公司和校友搭建的创业项目与基金支持合作平台建设滞后，实习实践、评估项目、项目资助等资源相对贫乏。五是创意对接平台建设不力。高校与创客空间、创客工厂、创业园区等创新创业项目孵化基地缺乏有效联动，导致“挑战杯”、中国创新创业大赛的部分项目由于缺乏资金和孵化基地等相关资源支持，仍停留在计划项目层面，难以付诸实施。
高校创新创业教育的主体是学生，目的是培养优秀的创新创业人才，因此一个完备的人才培养体系必不可少。人才培养体系是创新创业教育的核心部分，具有多样性、复杂性、综合性等特征，包括师资、课程、教学、实践、评价、激励等多项内容，旨在从各个方面为学生营造一个良好的学习环境，以全面提升学生的创新创业能力。
以往在高校的人才培养体系中，创新创业教育和专业教育都是分散在多个部门进行，相互独立、脱节，没有统一的培养体系。创新创业教育如何融入专业教育的问题有待解决。
（1）教育模式缺乏系统性。部分高校的创新创业教育培养目标缺乏明确定位，创新创业教育没有上升到理论学科层面，没有形成科学体系，难以发挥合力作用。这类高校主要依托不同学科的师资和教学条件开展创新创业教育，因此受到传统教学模式刚性的影响较大，导致创新创业教育模式缺乏独立性、针对性和系统性。
（2）课程设置未成体系。一些创新创业课程脱离实践，创新创业教育缺乏足够的实践平台（基地）。多数高校的创新创业教育仍以课堂教学为核心，仅通过校内讲座、选修课等形式设置创新创业课程，对创新创业课程的开发与设计处于零散状态，缺乏与专业教育的深度融合，使得创新创业课程仅仅作为专业教育的一种补充而游离于第一课堂之外，无法适应创新创业教育的可持续发展需求，以及不同专业与不同年级学生的差异化需求。
（3）运行机制未统一。各高校结合自身实际，通过不同模式的创新创业教育探索，逐步形成以下三种不同类型的运行机制：一是“独立式”运行机制，设立专门的教育管理机构，由专职人员负责学校创新创业教育的开展，主要以黑龙江大学、大连理工大学等高校为代表；二是“嵌入式”运行机制，依托工商管理学院、商学院等成立相关教学管理机构，多由兼职教师负责相关工作的开展，以中山大学等高校为代表；三是“联动式”运行机制，由学校领导牵头，协调教务、学生管理、就业指导等部门与科技创业园区共同成立工作指导委员会，协同负责相关事宜，以清华大学、北京航空航天大学、广东工业大学等高校为代表。这导致在国家层面没有统一制度的情况下，各高校对创新创业教育的认知程度和执行力度缺乏相应标准。
（4）评价体系尚未完善。创新创业教育是一个相对复杂的教育过程，包括意识激发、理论传授、模拟演练、实操实践等多个核心环节，同时，它又是一个教育效果呈现周期较长的工程。因此，科学评价教育效果，就成为指引创新创业教育工作发展的风向标。目前，国内高校对创新创业教育效果的评价标准在认识上存在一定争议，大致有三种观点：一是数据指向，将创业率作为衡量创新创业教育的标准；二是锦标指向，将学生参加各级各类创新创业竞赛的成绩作为其创新创业能力的体现；三是能力指向，认为内化的素质和外化的行为是衡量教育效果的标准。
这些指标都是教育效果的客观呈现，但对于兼具复杂性和长期性的创新创业教育工作来说，又都是极为片面的。
创新创业教育是一门综合性学科，相关教师不仅要具有较高的理论素养、讲授技能，更要拥有创新创业实践经验和指导能力。在创新创业教育供给侧改革背景下，我国各高校的创新创业师资队伍建设面临严峻考验，高素质创新创业教育师资短缺已经成为制约创新创业教育快速发展的瓶颈。
（1）教师总体数量有限。作为新兴发展的学科和课程，多数高校近年来的创新创业教育师资培养还不能满足实际教学的需求，尤其是缺乏相关专业背景的教师。很多高校并未专门为创新创业教育招聘或培养师资，而是仅仅依靠现有的师资，采取盘活存量的做法。
（2）兼职多、专职少，缺乏实践指导能力。部分高校只把创新创业教育作为就业指导的一部分，创新创业教师多由团委、就业指导中心和学工队伍的教师兼任，教学水平不高，教学技能落伍，师资缺乏“实战经验”
；教师培训机制不健全，到企业挂职等交流轮岗制度落实不力，教师缺乏到企业锻炼和创业的经历；教学以理论讲解和案例教学为主，讲授的就业指导内容基本集中于政策法规讲解、就业信息获取渠道和简历制作、面试技巧等方面。
（3）校内多、校外少。高校往往受编制、专业结构等硬性条件限制，难以大量引进、聘任校外企业具有丰富经验和操作能力的企业家或创业成功人士。即便聘请了企业家或创业成功人士担任客座教师，也仅开展有限的几次讲座，缺乏系统性及延续性。同时，由于缺乏系统、专业的教学技能培训，部分企业家或创业成功人士缺乏相应的教学经验，教学效果有时不尽如人意。
学生是创新创业教育的受教育者，他们的意识、知识、能力、素质也直接影响到教育效果。当前，高校创新创业教育存在学生创新创业意识薄弱、对创新创业在理解上存在偏差，以及创新创业实践能力需要加强等问题。
部分高校的学生先入为主地将创新创业教育视为一种本科教育的负担、压力，呈现被动接受、被动吸收和被动成长的状态。
特别是在地方本科高校，学生获得学分的主要途径是上课、考试，毕业去向主要是就业与考研深造，参与创新创业的意愿不强烈，加之创新创业成功的典型案例较少，可以学习复制的范本不多，学生往往望而却步。
部分高校的学生没有准确理解创新创业教育的初心和本意，对其内涵理解较为肤浅、不够深刻。例如，有的学生认为创业就是自己开公司当老板；有的学生认为创新创业教育主要是针对少数学生的非常规教学，用于挖掘他们的创新创业潜能，并非面向全体学生的普惠式教育；更有一小部分学生不了解创新创业教育到底是教什么的，应该从中学什么等。
高校大学生因长期在学校学习，缺少充足、必要的社会实践活动，社会阅历浅，实践经验不足，很难快速融入社会。他们普遍存在创新创业实践能力明显不足的问题，有的仅具有在课堂上学到的零散的创新创业理论知识，缺乏有针对性的实践经验，理论联系实践不够。同时，部分大学生由于生活条件较为优越，缺乏吃苦耐劳的精神和抵抗挫折的韧劲。
此外，部分大学生缺乏对市场的正确判断和创新创业艰辛历程的深入了解，在创新创业时有一定的盲目性。
在社会维度上，高校创新创业教育存在的问题主要体现在教育生态的失衡。
第一，当前高等教育领域普遍存在“重学轻术，重普轻职”的现象，重视理论学习而轻视实践锻炼。这显然与创新创业活动需要学生具备极强的动手实践能力的要求背道而驰，无形中扼杀了创新创业的文化基因。
第二，社会尚未形成开放、多元、包容的创业观念。“敢为人先、宽容失败”的创业氛围不浓，对学生的创业热情和需求缺乏包容与引导，全员支持创新创业的理念尚未形成。
第三，高校对创业教育的认识存在偏差。部分高校教育者认为创新创业教育就是教学生如何创办企业，并且认为创新创业只是少数掌握资本者的事情，而缺乏资本和经验的学生很难成功。
第四，高校缺乏创新创业文化积淀。创新创业教育游离于高校人才培养模式之外，创新创业指标并没有真正纳入对高校的考核，许多高校对于学生创新创业的态度都是“说起来重要，做起来次要，忙起来不要”。
近年来，国家层面与地方政府虽为推动大学生创新创业相继出台了一系列激励政策，如放宽贷款要求、减免初创企业税收等，但由于社会上缺乏针对高校创新创业教育相关实践保障政策的同步配套支持，使得政府政策的落实效果受到制约。同时，面对创新创业教育实践中多元主体协同合作与联动互补的发展需求，高校尚未建立完善的链接与整合社会资源的政策服务体系，无法为创新主体提供个性化、多样化、市场化的创业选择，导致在响应国家推进高校创新创业教育实践的能动效能发挥时存在现实局限性。
当前大学生创新创业资金的来源主要是政府和高校，渠道狭窄，高校创新创业教育专项资金和配套资金投入不足。同时，社会、校友资助的资金少，而且没有专门的部门进行有效的整合，并将其用于大学生创新创业教育。